genome.fa.s73.2.7.7.80.10.50.1000.7.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold73
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1308442

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   

This is table  7  of  9  ( 1034 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
830974--830998	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
831510--831535	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
831856--831886	15	2.0	16	93	6	55	61	0	0	38	0.96
832472--832519	22	2.1	23	85	11	64	56	0	2	41	1.11
832683--832721	2	19.0	2	89	5	60	51	2	0	46	1.14
834643--834689	15	3.1	14	80	14	58	48	0	0	51	1.00
834631--834681	20	2.7	19	84	6	68	50	0	0	49	1.00
835107--835139	15	2.4	14	90	10	50	51	0	3	45	1.16
835125--835177	26	2.0	26	86	13	74	50	0	1	47	1.12
835139--835187	13	3.8	13	74	20	50	53	0	0	46	1.00
835767--835810	22	2.0	22	91	8	72	65	2	0	31	1.05
836321--836411	28	3.3	26	77	11	92	57	0	0	42	0.99
836337--836405	24	2.8	23	75	16	66	56	0	0	43	0.99
838084--838130	15	3.1	15	77	19	53	55	0	2	42	1.12
838101--838178	25	3.2	25	77	15	67	55	0	3	41	1.18
839021--839048	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
839378--839418	18	2.2	20	86	8	59	46	0	0	53	1.00
839365--839426	18	3.0	20	73	21	58	45	0	0	54	0.99
839847--839900	26	2.1	26	82	6	65	51	0	0	48	1.00
839873--839912	20	2.1	19	85	4	53	45	0	0	55	0.99
840566--840640	23	3.0	25	75	18	75	48	0	0	52	1.00
840600--840647	18	2.5	20	80	10	64	47	0	0	52	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
840616--840670	23	2.4	23	75	3	58	50	0	1	47	1.11
841271--841399	17	7.6	18	71	23	93	58	1	0	40	1.08
841272--841348	19	4.2	19	75	20	83	61	1	0	37	1.05
841324--841372	14	3.2	14	74	20	53	53	0	0	46	1.00
841279--841386	33	3.2	33	85	6	128	58	0	0	40	1.04
843274--843312	19	2.0	21	90	10	64	43	0	2	53	1.14
843327--843365	17	2.3	17	86	8	53	69	0	0	30	0.89
843465--843503	18	2.0	18	85	14	51	25	0	2	71	0.98
843473--843633	12	12.8	12	67	21	55	35	1	1	61	1.15
843531--843633	26	3.8	26	79	14	86	35	1	0	61	1.14
843567--843632	23	2.9	22	82	8	71	34	1	0	63	1.04
843777--843802	13	2.0	13	100	0	52	38	0	0	61	0.96
843759--843849	32	2.9	30	76	11	92	41	0	0	58	0.98
843791--843827	19	2.0	19	94	5	67	45	0	0	54	1.00
843862--843909	24	1.9	26	87	8	73	62	0	0	37	0.95
844040--844144	33	3.0	36	76	17	89	41	0	0	56	1.12
844553--844587	18	1.9	18	88	0	52	71	0	0	28	0.86
845100--845177	31	2.6	29	84	9	95	51	1	0	47	1.09
845100--845174	14	5.0	15	72	15	66	52	1	0	46	1.09
846848--846888	2	21.0	2	85	5	57	43	0	0	56	0.99
847454--847500	14	3.4	14	71	11	51	55	0	0	44	0.99
847850--847894	20	2.2	21	88	11	67	46	0	2	51	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
851261--851402	60	2.4	62	75	13	136	46	0	3	50	1.18
851847--851889	18	2.4	18	85	11	61	65	0	0	34	0.93
851902--851967	11	5.8	11	72	18	55	65	3	0	31	1.08
852006--852043	19	2.0	20	94	5	69	60	0	0	39	0.97
852076--852100	4	6.2	4	100	0	50	0	24	0	76	0.80
852932--852963	10	3.1	10	91	8	55	78	3	0	18	0.89
852983--853028	24	1.9	24	86	0	65	50	2	6	41	1.40
853104--853168	19	3.5	19	75	10	62	55	3	3	38	1.31
853153--853211	23	2.6	23	86	2	84	61	0	0	38	0.96
853193--853221	14	2.1	14	93	6	51	72	3	0	24	1.00
853635--853668	16	2.1	16	88	0	50	47	0	0	52	1.00
854674--854720	16	2.8	17	74	9	51	55	8	4	31	1.49
854733--854792	21	2.9	21	85	5	68	56	0	0	43	0.99
857776--857849	21	3.5	20	75	10	60	60	1	2	35	1.19
858298--858359	18	3.5	18	76	10	65	50	0	1	48	1.10
858560--858616	15	3.7	14	75	15	51	33	1	5	59	1.30
858612--858696	37	2.3	37	87	2	118	41	7	7	44	1.59
858690--858738	13	3.4	14	81	13	55	34	2	8	55	1.41
858831--858872	17	2.7	15	80	20	50	57	2	0	40	1.12
859509--859556	24	2.1	23	85	11	64	50	2	2	45	1.25
859927--859999	34	2.2	33	80	9	76	52	1	10	35	1.46
860636--860709	24	3.4	21	68	23	55	48	1	1	48	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
860638--860719	44	1.9	42	87	5	119	50	1	2	46	1.22
860919--860967	25	2.0	24	84	11	64	53	0	2	44	1.12
861022--861173	63	2.4	63	83	6	148	49	0	0	49	1.10
861058--861179	31	3.9	31	91	5	192	44	0	0	55	0.99
861058--861179	63	1.9	63	91	3	201	44	0	0	55	0.99
862535--862584	26	1.9	26	83	0	64	22	22	4	52	1.64
873459--873496	19	2.2	19	86	13	55	52	2	2	42	1.29
873450--873502	19	2.9	17	77	11	52	56	1	1	39	1.21
875216--875255	22	1.9	21	90	10	64	55	0	0	45	0.99
877985--878032	21	2.2	21	81	3	60	60	0	16	22	1.36
878332--878372	22	1.9	21	85	5	55	31	2	7	58	1.38
878355--878384	13	2.3	13	94	0	51	46	0	3	50	1.18
878383--878430	20	2.4	19	82	6	60	54	0	0	45	0.99
879270--879304	19	1.9	19	88	11	56	42	2	0	54	1.15
879657--879684	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
879796--879844	2	25.0	2	91	4	82	48	2	0	48	1.12
881822--881898	40	1.9	40	97	0	145	49	1	6	42	1.36
886322--886367	2	23.0	2	100	0	92	50	0	0	50	1.00
888076--888116	21	2.0	21	90	4	66	63	0	2	34	1.08
888547--888639	19	4.8	20	69	20	72	62	1	0	36	1.03
888547--888657	56	2.0	56	84	10	147	60	2	0	36	1.11
888550--888651	27	3.7	27	76	14	93	60	1	0	37	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
889758--889800	19	2.2	20	88	12	63	41	0	0	58	0.98
892640--892695	28	2.0	28	100	0	112	21	7	14	57	1.61
896048--896086	2	19.5	2	89	0	60	0	43	2	53	1.14
896122--896150	14	2.1	14	100	0	58	37	20	13	27	1.91
896709--896791	39	2.1	40	82	8	98	54	0	1	44	1.08
898915--898981	16	4.6	16	69	27	51	62	0	1	35	1.04
898919--898999	41	2.0	41	83	7	103	60	0	1	38	1.05
899336--899378	3	14.7	3	85	4	61	0	30	0	69	0.88
902947--902982	17	2.1	18	89	5	56	33	0	0	66	0.92
906225--906260	12	3.0	12	88	11	56	58	0	0	41	0.98
906214--906262	13	3.7	13	79	20	57	53	0	0	46	1.00
906468--906540	38	1.9	38	91	0	119	47	13	17	20	1.81
906849--906913	16	3.8	16	84	13	85	32	0	0	67	0.91
907782--907820	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
912220--912308	28	3.1	27	77	15	90	57	0	1	41	1.06
912194--912293	38	2.7	38	86	10	143	59	0	0	41	0.98
912182--912296	38	3.2	36	79	17	116	58	0	0	40	1.04
913674--913740	12	5.3	12	75	21	66	37	0	0	62	0.95
913671--913769	38	2.7	38	90	4	150	42	1	0	56	1.06
913674--913743	26	2.7	28	75	16	80	38	0	0	61	0.96
913854--913892	17	2.2	18	86	4	53	56	10	2	30	1.46
915274--915301	6	4.7	6	100	0	56	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
916802--916841	19	2.1	19	95	0	71	32	0	2	65	1.06
917349--917382	17	2.0	17	100	0	68	35	29	17	17	1.93
921137--921202	15	3.9	16	72	20	55	42	0	0	57	0.98
921137--921169	16	2.1	16	88	5	50	39	0	0	60	0.97
921145--921205	20	3.1	19	76	11	61	45	0	0	54	1.00
921153--921264	20	5.7	19	76	18	72	46	0	0	52	1.06
921157--921256	22	5.0	21	77	15	88	48	1	0	51	1.07
921157--921264	21	5.5	20	75	20	88	47	0	0	51	1.07
921157--921264	40	2.7	40	72	14	107	47	0	0	51	1.07
934877--934973	47	2.0	48	98	2	187	60	17	7	14	1.55

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9