genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold8
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  6381039

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7194--7235	18	2.4	18	76	4	50	40	0	2	57	1.12
7243--7290	18	2.7	18	83	3	62	47	0	0	52	1.00
7367--7407	17	2.7	15	82	17	50	46	0	2	51	1.14
7433--7481	14	3.4	14	86	5	71	65	0	0	34	0.93
7429--7479	15	3.5	15	78	5	68	62	0	0	37	0.95
7744--7784	13	2.9	15	82	10	52	58	0	0	41	0.98
10641--10669	14	2.1	14	100	0	58	41	13	13	31	1.84
10950--11015	33	2.0	33	100	0	132	33	18	15	33	1.92
15414--15452	3	13.0	3	100	0	78	66	0	0	33	0.92
16070--16123	23	2.5	21	80	14	58	59	0	1	38	1.08
16209--16255	18	2.6	18	77	12	51	42	2	2	53	1.25
16222--16271	20	2.5	20	81	18	52	42	0	2	56	1.11
18525--18611	30	2.7	31	76	16	88	55	1	2	41	1.20
18956--19009	20	2.7	20	91	0	81	55	0	5	38	1.23
19491--19679	2	103.0	2	72	21	130	50	2	2	44	1.27
19522--19686	58	2.9	58	81	11	164	52	3	2	41	1.30
19496--19686	34	5.6	35	78	12	150	50	2	2	43	1.29
19590--19690	36	2.9	33	80	13	114	54	2	2	39	1.31
19770--19820	19	2.6	19	81	9	59	13	5	7	72	1.26
20894--20929	9	4.0	9	92	0	63	36	33	0	30	1.58
23212--23762	89	6.2	88	81	2	584	32	15	13	38	1.86
23245--23762	267	1.9	267	85	1	707	32	15	13	38	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23780--23936	7	22.4	7	78	16	134	42	1	1	54	1.19
23791--23936	2	81.0	2	70	22	110	43	1	1	54	1.17
23790--23936	61	2.4	63	83	10	191	42	1	1	54	1.17
23783--23936	43	3.6	42	76	17	142	42	1	1	54	1.19
23973--24005	15	2.2	15	100	0	66	45	0	6	48	1.27
24088--24126	17	2.3	17	86	8	53	30	0	2	66	1.05
24088--24159	9	8.6	8	73	13	56	31	1	2	63	1.17
24088--24159	26	2.9	25	75	6	83	31	1	2	63	1.17
24644--24726	42	2.1	40	84	8	107	44	0	0	55	0.99
25257--25310	21	2.4	23	77	22	62	72	0	0	27	0.85
25380--25441	17	3.7	16	79	16	63	66	0	0	33	0.92
25387--25443	16	3.5	16	83	11	71	66	0	0	33	0.92
25332--25529	93	2.1	94	80	6	215	60	2	1	35	1.19
28607--28648	15	2.9	15	80	16	52	40	0	0	59	0.97
28623--28687	26	2.4	27	80	12	89	38	3	0	58	1.14
28876--28914	21	2.0	21	85	14	57	38	5	5	51	1.46
29735--29774	20	2.0	21	85	5	55	45	0	0	55	0.99
31646--31708	20	3.3	20	65	13	60	53	9	3	33	1.49
31643--31717	37	2.1	36	97	2	141	56	8	2	33	1.43
34648--34686	19	2.0	20	90	5	62	46	0	0	53	1.00
36258--36298	2	20.5	2	94	0	73	0	46	2	51	1.14
36633--36662	2	15.0	2	100	0	60	0	50	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37269--37322	12	4.7	12	77	15	60	59	0	0	40	0.98
37268--37322	22	2.4	23	87	6	76	60	0	0	40	0.97
37275--37335	16	3.8	16	77	14	63	60	0	0	39	0.97
37653--37690	19	2.0	19	94	0	67	57	7	10	23	1.58
37655--37699	19	2.4	19	88	0	63	57	4	13	24	1.54
39171--39258	43	2.0	43	100	0	176	39	15	11	32	1.84
39320--39375	18	2.8	19	82	17	62	41	0	5	53	1.24
39339--39375	20	1.9	18	89	10	56	43	0	2	54	1.14
45206--45248	2	21.5	2	95	0	77	53	0	46	0	1.00
47843--47883	12	3.3	12	86	3	55	2	9	2	85	0.78
48427--48474	17	2.6	19	74	16	55	58	0	0	41	0.98
48478--48506	13	2.1	14	93	6	51	27	0	0	72	0.85
48582--48641	22	2.7	22	80	12	61	55	1	0	43	1.10
51820--51860	14	2.8	16	78	17	52	29	4	12	53	1.58
52925--52956	2	16.0	2	93	0	55	50	3	0	46	1.17
54310--54361	22	2.4	21	77	3	59	71	1	1	25	1.07
54455--54487	17	1.9	17	93	0	57	81	3	0	15	0.80
56164--56210	9	4.8	10	77	12	53	31	0	0	68	0.90
58349--58378	15	1.9	16	93	6	53	46	6	3	43	1.46
58732--58798	22	3.1	22	72	18	61	38	0	2	58	1.14
58911--58943	14	2.5	14	90	9	52	36	0	0	63	0.95
60118--60179	33	1.9	31	84	12	81	48	0	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60118--60183	36	1.9	33	84	9	87	48	0	0	51	1.00
60725--60751	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
68488--68532	15	2.9	15	86	3	63	53	0	0	46	1.00
68570--68615	19	2.3	20	85	7	58	63	2	0	34	1.07
70276--70354	32	2.5	30	80	10	86	46	24	11	17	1.81
70635--70733	48	2.1	48	92	0	162	34	19	9	37	1.83
72214--72238	12	2.1	12	100	0	50	8	24	0	68	1.16
78389--78504	16	7.2	16	70	14	62	53	6	0	38	1.34
78448--78494	16	2.8	17	87	6	69	57	4	0	38	1.18
78448--78514	16	3.7	19	80	9	54	55	2	1	40	1.24
78888--78957	21	3.2	21	74	18	63	35	1	1	61	1.14
78886--78979	23	4.3	22	72	16	79	34	3	1	61	1.19
79114--79153	6	7.0	6	86	13	50	87	0	12	0	0.54
79107--79153	24	2.0	24	83	8	60	82	0	17	0	0.66
79269--79317	18	2.6	19	77	9	55	28	2	2	67	1.13
78899--79702	333	2.3	344	83	6	992	36	6	9	46	1.63
79451--79498	19	2.5	19	83	9	62	79	0	20	0	0.74
79685--79750	34	1.9	35	84	9	91	31	7	9	51	1.62
80565--80598	10	3.3	10	88	8	50	44	0	0	55	0.99
80569--80638	27	2.7	26	79	16	74	47	0	0	52	1.00
80573--80638	28	2.4	26	76	18	64	45	0	0	54	0.99
80806--80873	16	4.2	16	77	20	70	44	0	1	54	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81953--82020	34	2.1	32	86	13	95	60	8	1	29	1.36
83632--83689	15	3.9	16	75	22	63	37	0	0	62	0.96
84301--84331	2	15.5	2	100	0	62	0	48	0	51	1.00
84331--84358	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
87572--87668	50	1.9	50	89	4	151	24	18	20	36	1.95
92626--92659	13	2.5	13	85	4	50	38	0	2	58	1.13
93112--93151	18	2.3	17	91	4	62	50	5	0	45	1.23
94717--94761	17	2.7	15	81	18	54	53	2	0	44	1.13
94822--94846	13	1.9	13	100	0	50	28	0	0	72	0.86
95175--95220	23	2.0	22	84	12	58	56	2	0	41	1.11
95281--95331	21	2.6	19	78	9	59	39	1	0	58	1.09
95527--95677	55	2.7	55	88	3	223	43	8	15	31	1.77
96010--96071	23	2.7	23	80	16	67	51	1	0	46	1.10
96246--96283	18	2.1	19	90	5	60	60	0	2	36	1.11
97728--97770	19	2.3	19	81	14	54	41	0	0	58	0.98
97798--97831	15	2.3	15	90	5	52	47	0	0	52	1.00
100911--100972	27	2.3	27	81	10	65	54	0	4	40	1.22
101030--101059	14	2.2	13	94	5	51	66	0	0	33	0.92
101326--101356	11	2.8	11	90	0	53	41	0	0	58	0.98
102495--102555	29	2.1	29	96	0	113	34	4	14	45	1.67
106232--106262	4	7.8	4	100	0	62	77	0	22	0	0.77
110073--110113	21	2.0	21	85	9	57	31	2	2	63	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
110594--110631	3	12.7	3	83	10	51	63	0	0	36	0.95
111064--111090	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
112244--112276	16	2.1	16	94	0	57	54	0	9	36	1.32
112623--112653	2	15.5	2	100	0	62	51	0	48	0	1.00
113974--114035	17	3.7	18	77	12	69	27	0	0	72	0.85
113968--114034	23	3.0	23	76	21	72	26	0	0	73	0.84
113956--114035	11	7.5	11	74	19	71	31	0	0	68	0.90
113966--114036	21	3.3	21	80	20	69	29	0	0	70	0.88
114891--114920	15	2.0	15	93	0	51	56	0	0	43	0.99
114891--114941	16	2.9	17	83	13	52	56	0	0	43	0.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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