genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold8
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  6381039

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
115979--116061	9	9.7	9	73	19	61	44	0	1	54	1.08
119168--119201	2	17.0	2	87	0	50	50	0	0	50	1.00
119851--119898	24	1.9	25	87	8	71	47	2	8	41	1.45
119247--120064	400	2.0	399	79	6	864	41	6	8	43	1.62
122405--122445	18	2.3	18	87	8	57	48	2	12	36	1.54
123136--123197	4	15.5	4	93	0	97	50	4	0	45	1.23
123692--123744	21	2.7	20	85	11	65	56	3	0	39	1.17
123715--123760	21	2.2	21	84	7	58	60	0	2	36	1.09
124354--124440	15	5.7	15	69	9	59	49	9	3	37	1.52
126699--126728	16	1.9	15	93	6	51	46	0	0	53	1.00
128482--128508	4	6.8	4	100	0	54	77	0	0	22	0.76
129534--129567	17	2.0	17	94	0	59	26	0	0	73	0.83
134278--134334	30	1.9	30	85	3	80	43	15	12	28	1.83
134337--134374	14	2.6	15	87	4	60	44	5	7	42	1.56
134376--134405	14	2.1	14	93	0	51	46	13	3	36	1.60
136691--136752	27	2.3	27	75	8	63	59	0	1	38	1.07
142055--142100	24	1.9	24	86	0	65	39	0	2	58	1.10
142169--142216	23	2.0	24	88	8	71	68	0	0	31	0.90
142927--142975	2	25.0	2	91	4	82	48	2	0	48	1.12
145946--145988	18	2.3	18	84	8	59	53	0	0	46	1.00
145947--146022	28	2.8	28	80	13	70	44	1	0	53	1.08
148881--148935	28	2.0	28	82	7	67	50	1	0	47	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
159096--159280	34	5.5	34	87	3	257	40	26	7	25	1.82
163354--163410	19	3.0	20	87	7	82	33	17	15	33	1.92
163713--163897	34	5.5	34	87	3	248	40	25	7	27	1.82
163896--163928	2	17.0	2	93	6	59	51	0	0	48	1.00
164140--164171	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
167099--167126	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
168827--168868	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
168923--168995	27	2.7	27	89	2	101	27	6	16	49	1.71
173416--173484	27	2.6	27	92	0	120	23	13	17	46	1.83
174885--174983	19	4.4	22	73	17	78	43	1	2	53	1.19
174890--174987	50	2.0	49	92	6	162	44	1	3	51	1.24
174908--174989	27	3.1	27	66	20	75	48	1	3	46	1.27
178406--178464	25	2.3	26	80	5	68	44	3	3	49	1.36
179136--179164	15	1.9	15	100	0	58	34	0	13	51	1.42
180233--180268	18	1.9	19	88	5	56	25	0	16	58	1.38
180753--180807	17	3.4	17	75	25	64	56	0	0	43	0.99
181516--181556	19	2.2	19	90	0	64	36	0	9	53	1.34
186445--186486	20	2.0	21	90	4	68	40	2	0	57	1.12
186502--186540	20	2.0	20	84	0	51	56	2	2	38	1.27
188315--188350	18	2.0	18	100	0	72	22	16	16	44	1.86
191359--191448	25	3.6	25	74	18	71	46	1	0	52	1.07
191364--191431	12	6.2	12	71	21	51	47	1	0	51	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
191359--191434	24	3.6	21	73	25	63	48	1	0	50	1.09
191388--191454	12	5.4	12	73	21	50	46	1	0	52	1.09
196784--196819	18	2.0	18	100	0	72	33	11	16	38	1.84
197266--197290	3	8.3	3	100	0	50	64	0	0	36	0.94
204119--204158	17	2.2	19	86	8	57	47	5	7	40	1.54
205086--205120	2	17.0	2	88	5	52	48	5	0	45	1.26
205236--205260	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
207990--208048	4	14.8	4	85	0	73	42	5	3	49	1.41
207990--208047	26	2.2	26	96	0	107	41	5	3	50	1.42
212440--212485	24	2.0	24	88	12	71	26	2	0	71	0.97
214498--214546	21	2.3	23	80	16	61	38	0	0	61	0.96
215774--215816	22	2.0	20	86	8	59	67	2	6	23	1.27
216670--216730	27	2.2	29	77	16	76	47	0	0	52	1.00
216927--217009	32	2.7	30	77	9	87	38	0	0	61	0.96
216903--216998	32	3.1	32	79	10	85	39	0	1	59	1.04
216966--217052	42	2.1	41	81	14	99	39	0	0	60	0.97
216993--217052	20	2.9	21	76	11	70	43	0	0	56	0.99
217010--217079	28	2.5	29	82	13	85	44	0	0	55	0.99
217361--217402	21	2.0	20	90	4	66	45	0	0	54	0.99
217510--217566	8	7.4	8	74	20	50	64	0	0	35	0.93
217510--217566	15	3.7	16	74	21	50	64	0	0	35	0.93
218432--218490	28	2.1	28	81	6	66	47	0	0	52	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
218931--218969	20	1.9	21	89	5	62	48	10	0	41	1.37
223935--223974	2	20.0	2	87	10	55	45	2	2	50	1.28
223938--223978	20	2.0	20	100	0	82	39	4	4	51	1.45
225749--225845	21	4.6	21	74	15	76	35	1	1	62	1.09
225749--225818	21	3.3	21	82	13	81	37	0	0	62	0.95
225800--225853	19	2.9	17	76	15	54	29	1	3	64	1.21
226872--226911	21	2.0	21	85	14	57	67	0	5	27	1.11
227967--228008	19	2.2	19	86	4	57	47	2	0	50	1.14
240222--240264	21	2.1	21	91	4	70	39	4	2	53	1.34
242251--242275	13	1.9	13	100	0	50	64	0	4	32	1.12
243037--243141	11	10.0	11	74	12	78	62	1	0	34	1.12
243039--243141	28	3.7	27	76	17	113	63	1	0	33	1.12
243329--243365	14	2.6	14	87	12	58	56	0	0	43	0.99
248086--248120	2	17.5	2	100	0	70	51	0	48	0	1.00
249540--249571	16	2.0	16	93	0	55	46	0	0	53	1.00
250142--250198	24	2.4	22	80	16	60	50	0	0	49	1.00
250142--250200	27	2.4	24	83	13	68	50	0	0	49	1.00
250166--250275	38	3.0	37	75	15	111	52	0	0	46	1.06
250179--250241	19	3.4	19	76	8	60	55	0	0	44	0.99
250145--250261	59	2.0	59	80	11	132	54	0	0	44	1.05
253043--253068	12	2.2	12	100	0	52	61	0	0	38	0.96
253056--253168	39	3.0	37	86	10	117	56	0	2	39	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
253076--253168	39	2.4	40	94	1	147	59	0	2	38	1.10
253087--253153	22	3.3	21	69	26	63	59	0	1	38	1.06
254646--254827	96	1.9	96	96	0	337	28	15	14	42	1.86
257533--257587	23	2.4	23	96	0	101	50	3	0	45	1.19
257708--257819	38	2.9	37	74	19	104	49	0	0	50	1.06
257788--257834	11	4.3	11	81	10	60	63	2	0	34	1.06
257788--257834	16	2.9	16	75	15	51	63	2	0	34	1.06
266586--266625	21	1.9	21	84	0	53	47	2	10	40	1.50
269017--269065	20	2.3	21	79	13	55	46	0	2	51	1.12
269151--269198	23	2.2	21	85	7	60	54	0	2	43	1.12
269341--269401	22	2.7	23	82	5	70	42	0	4	52	1.23
269424--269475	18	2.7	19	75	19	54	53	1	0	44	1.11
269830--269871	22	1.9	22	90	0	66	40	0	4	54	1.21
270180--270253	32	2.3	32	83	0	85	47	12	9	31	1.73
276566--276606	19	2.2	19	86	4	57	39	0	0	60	0.96
277006--277054	21	2.5	20	76	6	55	44	4	0	51	1.20
280242--280274	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
280318--280344	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
280798--280859	30	2.1	30	93	0	106	45	1	11	41	1.50
281089--281231	11	13.8	11	67	24	64	59	1	0	38	1.11
281100--281178	31	2.6	28	80	11	77	64	2	1	31	1.15
281164--281263	8	11.9	8	68	21	62	56	1	2	41	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
281167--281247	17	4.4	17	72	23	65	54	0	1	44	1.08
281159--281247	32	2.7	32	79	15	101	55	0	1	43	1.07
281089--281247	19	8.7	18	68	27	70	59	1	1	38	1.14
281164--281246	26	2.9	26	80	18	94	54	0	1	44	1.08
281208--281262	26	2.1	26	82	0	65	56	1	3	38	1.28
283045--283087	21	2.1	20	87	12	61	60	0	0	39	0.97
283054--283172	36	3.2	36	74	5	123	55	0	0	43	1.05
283057--283173	37	3.2	36	70	9	103	56	0	0	42	1.05
286366--286414	17	3.1	16	85	5	55	46	2	4	46	1.33
286944--287097	10	16.1	10	65	18	51	39	1	0	58	1.11

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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