genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.15.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold8
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  6381039

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   

This is table  15  of  33  ( 3942 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2083213--2083282	34	2.2	31	83	14	90	60	1	1	37	1.15
2083359--2083427	30	2.3	30	82	9	79	47	5	1	44	1.35
2083407--2083469	31	2.1	30	82	8	74	44	1	0	53	1.10
2083694--2083740	7	6.7	7	92	0	76	76	0	2	21	0.89
2084599--2084682	23	3.2	27	70	14	77	45	0	0	54	0.99
2084597--2084687	24	3.3	27	70	25	73	45	0	0	54	0.99
2084607--2084694	17	5.3	16	72	17	63	43	0	0	56	0.99
2084621--2084720	15	6.4	16	69	18	61	44	0	0	56	0.99
2084616--2084702	29	3.1	29	69	12	74	42	0	0	57	0.98
2084624--2084708	10	7.9	10	70	24	50	43	0	0	56	0.99
2084597--2084729	60	2.2	59	81	10	146	45	0	0	54	0.99
2084639--2084717	25	3.3	24	70	22	69	46	0	0	53	1.00
2086242--2086280	20	1.9	19	85	10	51	23	10	12	53	1.69
2091724--2091751	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
2094236--2094277	13	3.3	13	83	6	50	88	9	0	2	0.61
2094905--2094953	25	2.0	25	100	0	98	40	28	10	20	1.85
2098937--2098964	2	14.0	2	100	0	56	50	50	0	0	1.00
2101196--2101241	22	2.0	21	88	12	65	41	0	0	58	0.98
2101193--2101241	24	2.1	22	92	7	80	40	0	0	59	0.98
2102540--2102618	29	2.7	31	79	14	96	58	0	1	40	1.06
2102658--2102685	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
2103179--2103208	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2111113--2111178	33	2.0	33	88	5	98	34	6	9	50	1.59
2113597--2113628	3	10.7	3	100	0	64	68	0	0	31	0.90
2114038--2114070	16	2.0	16	94	5	57	33	0	0	66	0.92
2114488--2114530	20	2.2	20	87	8	61	48	4	0	46	1.22
2114489--2114548	17	3.4	17	79	11	50	53	5	0	41	1.23
2118886--2118937	26	2.0	26	85	3	70	46	0	28	25	1.53
2119358--2119402	22	2.1	22	83	4	56	55	2	2	40	1.24
2119890--2119960	30	2.5	28	77	6	72	57	2	0	39	1.13
2124666--2124726	30	2.0	30	96	0	113	52	9	14	22	1.71
2130292--2130322	15	2.1	15	93	0	53	29	6	16	48	1.70
2132339--2132374	2	18.5	2	94	5	65	50	0	0	50	1.00
2133342--2133370	1	29.0	1	100	0	58	100	0	0	0	0.00
2136024--2136052	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
2138444--2138527	25	3.3	25	68	19	66	36	0	0	63	0.95
2138445--2138492	11	4.0	13	75	24	52	31	0	0	68	0.90
2139258--2139295	17	2.3	16	90	4	58	36	0	2	60	1.11
2142807--2142877	34	2.3	29	76	21	88	43	0	8	47	1.33
2143004--2143061	28	2.1	28	83	6	73	56	0	0	43	0.99
2143529--2143575	20	2.3	20	82	7	60	31	0	4	63	1.13
2144301--2144346	17	2.6	18	83	16	60	60	0	0	39	0.97
2152256--2152295	11	3.6	11	80	12	55	32	0	0	67	0.91
2152736--2152833	11	8.4	11	69	19	56	40	0	2	57	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2152753--2152831	26	3.0	26	76	14	65	40	0	1	58	1.06
2152778--2152845	22	3.0	22	72	10	66	38	0	0	61	0.96
2152829--2152866	15	2.5	15	87	8	51	42	0	0	57	0.98
2154025--2154053	11	2.5	12	88	11	51	58	0	0	41	0.98
2154311--2154365	16	3.1	18	84	15	78	67	0	0	32	0.91
2154348--2154391	23	1.9	23	90	0	70	61	2	4	31	1.28
2154465--2154563	39	2.5	41	72	18	104	57	1	2	39	1.17
2154470--2154559	41	2.3	40	74	16	91	57	1	2	38	1.18
2157494--2157712	122	1.8	121	87	5	325	22	22	12	42	1.87
2159691--2159814	60	2.0	61	89	1	187	25	24	13	36	1.92
2165961--2166039	28	2.8	28	80	16	83	45	2	1	50	1.23
2166122--2166171	19	2.6	19	84	6	66	66	0	2	32	1.03
2167242--2167293	26	2.0	26	92	0	86	15	38	7	38	1.76
2167427--2167460	14	2.5	14	90	4	52	41	0	0	58	0.98
2167353--2167493	29	4.9	29	74	10	105	43	0	2	54	1.12
2167425--2167493	22	3.0	22	76	18	61	42	0	0	57	0.98
2167873--2167926	21	2.7	20	78	18	58	59	0	0	40	0.98
2168093--2168125	2	17.0	2	87	6	50	45	0	0	54	0.99
2168096--2168140	17	2.6	17	85	0	54	40	0	0	60	0.97
2168325--2168359	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
2171140--2171181	19	2.2	20	86	4	59	50	4	0	45	1.23
2171225--2171280	18	3.3	18	63	27	50	33	3	25	37	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2171217--2171280	32	2.0	32	96	0	119	34	6	23	35	1.80
2174390--2174457	17	4.2	15	74	20	57	57	0	0	42	0.98
2174399--2174458	20	3.3	18	77	22	56	58	0	0	41	0.98
2174400--2174483	16	5.2	16	72	23	54	61	1	0	36	1.04
2175377--2175425	11	4.7	10	79	16	55	32	0	0	67	0.91
2175377--2175425	22	2.3	22	89	6	75	32	0	0	67	0.91
2175574--2175657	31	2.9	27	77	19	80	47	0	0	52	1.00
2175581--2175664	36	2.5	31	80	16	89	45	0	0	54	0.99
2175619--2175665	12	3.9	12	78	8	51	40	0	0	59	0.97
2175911--2175986	31	2.3	33	84	8	93	40	2	3	52	1.34
2176304--2176380	16	4.8	16	68	19	52	54	2	2	40	1.28
2176765--2176802	18	2.1	18	85	9	51	57	0	2	39	1.12
2177325--2177374	21	2.4	22	83	6	59	32	2	0	66	1.03
2177322--2177396	29	2.6	28	80	14	80	37	2	1	58	1.20
2177429--2177462	18	1.9	17	88	5	50	61	0	2	35	1.11
2177394--2177480	43	2.0	43	82	6	104	52	3	2	41	1.31
2177571--2177620	21	2.3	23	82	6	68	48	4	2	46	1.32
2177591--2177620	15	1.9	16	93	6	53	46	3	3	46	1.35
2178591--2178636	19	2.4	18	82	10	56	52	2	6	39	1.40
2178771--2178795	12	2.1	12	100	0	50	48	0	0	52	1.00
2186117--2186149	16	2.0	17	88	5	50	57	0	12	30	1.35
2186202--2186254	22	2.4	21	75	9	61	49	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2186241--2186273	9	3.7	9	92	8	50	30	0	0	69	0.88
2186469--2186523	19	3.0	18	78	5	56	45	0	1	52	1.11
2187746--2187779	2	16.5	2	93	6	59	47	2	0	50	1.16
2189890--2189984	18	5.7	17	76	14	90	40	1	3	55	1.23
2189893--2189957	33	2.0	33	84	6	87	40	1	4	53	1.31
2189904--2189984	33	2.5	34	82	9	89	39	0	2	58	1.12
2190555--2190582	9	3.1	9	100	0	56	35	0	32	32	1.58
2190809--2190837	2	15.0	2	92	7	51	51	0	0	48	1.00
2191998--2192027	10	2.9	10	95	5	51	70	0	0	30	0.88
2192024--2192061	15	2.5	15	84	16	51	52	0	0	47	1.00
2194078--2194119	2	21.0	2	92	0	66	52	2	45	0	1.13
2195562--2195604	10	4.3	10	93	0	59	51	6	0	41	1.29
2195570--2195609	2	20.5	2	89	5	64	50	2	0	47	1.14
2198743--2198768	2	13.0	2	100	0	52	0	50	0	50	1.00
2200111--2200153	18	2.4	18	84	7	52	62	0	2	34	1.08
2207501--2207567	10	6.5	10	81	6	62	47	5	0	46	1.27
2207532--2207569	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
2209269--2209408	73	2.0	66	80	16	151	45	0	1	52	1.14
2209325--2209433	5	23.0	5	65	17	54	40	1	0	57	1.09
2209324--2209408	32	2.5	33	83	11	111	44	1	0	54	1.07
2209293--2209397	16	6.2	16	69	20	63	46	0	0	52	1.07
2212124--2212243	15	8.1	14	67	23	52	56	0	1	41	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2212162--2212228	28	2.4	27	80	14	73	53	0	2	43	1.16
2213234--2213261	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
2214384--2214408	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
2214446--2214489	22	2.0	22	87	12	65	59	0	2	38	1.10
2214446--2214503	21	2.7	22	80	15	61	53	0	1	44	1.10
2214507--2214604	27	3.6	27	78	13	85	58	2	3	36	1.25
2215415--2215456	7	6.3	7	89	10	52	50	0	0	50	1.00
2215404--2215458	23	2.5	22	85	5	67	50	1	0	47	1.11
2220007--2220040	17	2.0	17	88	0	50	79	0	17	2	0.86
2224226--2224292	34	2.0	33	82	2	80	50	1	2	44	1.26

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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