genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold8
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  6381039

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   

This is table  6  of  33  ( 3942 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
722022--722094	27	2.8	26	80	17	89	49	0	0	50	1.00
722050--722090	22	1.9	21	85	5	55	41	0	0	58	0.98
725432--725463	1	32.0	1	93	0	55	96	0	3	0	0.20
727690--727719	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
727968--728045	24	3.2	24	81	18	92	46	0	0	53	1.00
728998--729024	2	13.5	2	100	0	54	0	48	0	51	1.00
728994--729051	6	10.2	6	80	17	52	0	39	1	58	1.08
729599--729698	45	2.3	45	92	3	177	48	6	9	37	1.60
731360--731406	24	1.9	24	82	4	58	27	0	8	63	1.23
732853--732887	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
733380--733499	64	1.9	64	87	6	181	26	18	20	35	1.95
733225--733525	156	1.9	155	91	2	487	24	19	18	37	1.94
734584--734618	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
738811--738844	15	2.2	16	89	5	52	73	2	0	23	0.97
738898--738930	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
741823--741869	2	23.5	2	100	0	94	51	0	48	0	1.00
746395--746421	7	3.9	7	100	0	54	11	0	0	88	0.50
746792--746860	29	2.6	25	78	15	66	39	0	1	59	1.06
746788--746851	29	2.2	28	83	10	76	39	0	1	59	1.07
746847--746934	32	2.8	32	75	18	87	47	0	0	52	1.00
747242--747294	17	3.0	17	73	10	52	47	0	0	52	1.00
747249--747302	25	2.2	25	81	18	69	44	0	0	55	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
747337--747377	17	2.4	18	88	8	59	29	0	0	70	0.87
747721--747752	3	10.7	3	100	0	64	31	0	0	68	0.90
748099--748128	3	10.0	3	100	0	60	33	33	0	33	1.58
748785--748852	18	4.2	18	74	20	53	55	0	0	44	0.99
748779--748879	32	3.1	33	77	14	95	55	0	0	43	1.06
748810--748879	27	2.5	30	81	9	85	57	0	0	42	0.99
749437--749473	2	18.5	2	94	0	65	54	0	0	45	1.00
751429--751467	19	2.1	19	85	9	53	30	0	0	69	0.89
754814--754894	35	2.3	35	83	10	103	33	23	9	33	1.88
760502--760531	14	2.1	14	93	0	51	36	0	0	63	0.95
761648--761690	21	2.0	21	100	0	86	51	20	4	23	1.66
762371--762406	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
763191--763217	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
763848--763882	3	11.7	3	100	0	70	68	0	0	31	0.90
765319--765357	17	2.2	17	86	13	53	48	0	10	41	1.37
767526--767567	18	2.3	18	91	0	66	47	4	7	40	1.52
768821--768881	21	3.1	21	80	13	60	45	0	0	54	1.00
768841--768922	31	2.6	32	75	11	98	45	0	0	54	0.99
768861--768916	10	5.4	10	80	16	60	44	0	0	55	0.99
768818--768916	20	4.8	20	66	20	62	45	0	0	54	0.99
769055--769112	21	2.8	20	76	10	53	48	0	0	51	1.00
769674--769776	27	3.9	27	87	3	131	25	5	19	49	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
774058--774151	27	3.6	26	77	9	95	25	7	20	46	1.76
774866--774913	18	2.6	19	77	9	55	43	2	0	54	1.12
775149--775197	18	2.7	18	96	0	89	28	16	26	28	1.97
776125--776187	29	2.2	29	83	10	78	39	0	1	58	1.07
776149--776193	18	2.6	16	83	13	54	44	0	2	53	1.13
778318--778361	21	2.2	20	79	4	52	36	2	0	61	1.09
778512--778537	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
778972--779008	4	9.2	4	100	0	74	0	27	0	72	0.84
781076--781115	21	2.0	21	85	5	55	25	0	0	75	0.81
781131--781193	14	4.7	13	75	13	56	55	4	0	39	1.21
781130--781193	26	2.3	29	82	12	82	54	6	0	39	1.26
781275--781348	21	3.7	20	74	12	62	50	0	0	50	1.00
781259--781308	25	2.0	24	84	3	64	48	4	0	48	1.20
782708--782794	27	3.2	26	70	12	68	10	12	25	51	1.71
782722--782800	28	2.9	27	67	10	70	12	12	22	51	1.73
790230--790259	15	2.0	15	100	0	60	73	0	6	20	1.05
791826--791868	22	2.0	22	90	0	68	48	13	13	23	1.79
798150--798176	13	2.1	13	100	0	54	51	14	7	25	1.68
801696--801721	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
801721--801755	2	17.5	2	93	0	61	0	2	48	48	1.16
801960--801995	17	2.0	19	89	10	58	47	0	0	52	1.00
801957--801993	20	2.0	20	84	10	51	45	0	0	54	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
803795--803847	25	2.1	26	86	6	74	43	0	0	56	0.99
804255--804293	2	20.0	2	84	5	53	46	5	0	48	1.24
804813--804867	20	2.7	20	72	27	53	50	1	0	47	1.11
804813--804872	21	2.9	21	76	20	63	50	1	0	48	1.11
804832--804872	22	2.0	22	86	13	61	51	2	0	46	1.14
807763--807828	33	2.0	33	84	0	87	21	15	18	45	1.85
811069--812003	475	2.0	475	100	0	1870	26	16	23	33	1.95
812275--812348	34	2.2	34	87	0	103	21	21	8	48	1.76
813046--813095	25	2.0	24	92	3	82	42	4	8	46	1.52
813164--813224	22	2.8	21	87	5	77	59	0	0	40	0.98
813164--813224	11	5.5	11	75	14	63	59	0	0	40	0.98
813948--813983	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
814480--814560	27	2.9	29	79	7	103	44	1	2	51	1.22
816943--816988	3	15.3	3	100	0	92	67	0	0	32	0.91
818889--818933	16	3.1	16	78	15	53	42	0	0	57	0.98
819135--819160	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
821071--821121	8	6.5	8	77	4	59	60	0	0	39	0.97
821092--821133	17	2.4	18	84	11	61	66	2	0	30	1.04
822063--822146	29	2.9	29	83	5	80	63	3	4	28	1.32
823803--823842	21	1.9	21	90	10	64	60	0	0	40	0.97
823891--823948	24	2.4	24	85	5	73	55	0	8	36	1.31
824291--824491	104	1.9	104	100	0	402	39	16	18	25	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
827222--827252	10	3.2	10	95	4	55	70	0	29	0	0.87
827222--827259	18	2.1	19	90	5	60	71	0	28	0	0.87
828447--828490	23	1.9	23	86	9	63	34	2	2	61	1.21
833824--833892	16	4.0	16	71	23	50	59	0	0	40	0.97
834341--834391	25	2.0	25	92	0	84	27	0	0	72	0.85
834347--834384	18	2.1	19	95	5	69	26	0	0	73	0.83
834336--834391	7	8.4	7	78	11	64	28	0	0	71	0.86
842036--842060	4	6.2	4	100	0	50	24	0	0	76	0.80
848064--848126	3	21.0	3	93	0	108	65	1	1	31	1.12
849519--849551	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
849741--849780	20	2.0	20	90	9	64	47	0	0	52	1.00
849745--849788	21	2.1	21	87	8	63	50	2	0	47	1.13
851128--851166	16	2.4	17	87	8	55	58	0	0	41	0.98
851926--851964	19	2.0	21	85	10	55	48	0	5	46	1.24
851948--851981	16	2.1	16	88	0	50	44	0	0	55	0.99
851975--852021	22	2.2	22	81	11	53	48	2	0	48	1.13
854266--854323	26	2.3	25	91	5	91	34	22	15	27	1.94
854313--854378	27	2.4	27	89	0	96	24	10	19	45	1.82
854340--854409	24	2.8	24	77	14	70	21	10	22	45	1.81
854456--854496	20	2.0	20	95	0	73	17	51	4	26	1.65
858875--858932	26	2.3	25	94	5	100	34	24	15	25	1.95
858922--858987	27	2.4	27	89	0	96	24	10	19	45	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
858949--859018	24	2.8	24	77	14	70	21	10	22	45	1.81
859065--859105	20	2.0	20	95	0	73	17	51	4	26	1.65
861171--861220	23	2.2	23	89	7	75	52	6	4	38	1.45
862055--862090	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
868419--868450	2	16.0	2	100	0	64	0	50	0	50	1.00
880599--880646	19	2.4	21	75	6	55	31	0	2	66	1.03
880674--880708	7	5.0	7	89	10	54	45	0	0	54	0.99
880659--880708	14	3.5	13	84	13	55	48	0	0	52	1.00
881420--881473	13	4.2	14	77	15	55	53	0	3	42	1.18
881449--881484	18	1.9	19	88	5	56	66	0	0	33	0.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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