genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.16.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold8
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  6381039

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   

This is table  16  of  33  ( 3942 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2224310--2224399	26	3.7	26	71	19	95	53	1	0	45	1.07
2224311--2224391	19	4.3	18	75	12	65	54	1	0	44	1.08
2224599--2224689	44	2.1	43	91	2	146	34	13	17	35	1.89
2224722--2224757	2	18.0	2	94	0	63	52	0	0	47	1.00
2224922--2224948	12	2.2	12	100	0	54	40	0	0	59	0.98
2224920--2224953	16	2.1	16	94	0	59	38	0	0	61	0.96
2225719--2225756	15	2.6	15	84	16	53	60	0	0	39	0.97
2225699--2225765	20	3.2	21	69	24	52	58	0	1	40	1.07
2226177--2226249	23	3.1	23	78	5	76	47	0	0	52	1.00
2226770--2226813	20	2.1	21	83	4	54	56	0	2	40	1.11
2227501--2227586	34	2.5	34	78	10	95	40	1	0	58	1.06
2227907--2227944	12	3.2	12	88	0	58	42	0	7	50	1.31
2228961--2229052	35	2.7	34	78	15	84	40	1	3	55	1.23
2228996--2229109	18	6.8	17	66	22	55	36	0	2	59	1.17
2229057--2229113	8	6.4	8	77	20	51	28	0	1	70	0.98
2229074--2229139	11	5.9	11	70	22	57	27	3	1	68	1.13
2229057--2229114	19	3.2	18	78	9	64	27	0	1	70	0.97
2229059--2229138	30	2.7	28	75	12	70	28	2	2	66	1.18
2239118--2239181	24	2.7	23	73	17	60	62	3	0	34	1.11
2239164--2239208	17	2.6	18	82	6	58	60	0	0	40	0.97
2239135--2239235	41	2.4	41	80	14	109	61	1	0	36	1.07
2239226--2239279	24	2.2	25	86	3	74	46	1	0	51	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2239643--2239684	22	1.9	22	85	9	59	57	0	0	42	0.99
2239648--2239691	23	1.9	23	86	9	63	56	0	0	43	0.99
2240185--2240221	19	2.0	19	89	5	58	51	2	0	45	1.15
2240283--2240372	26	3.6	25	74	18	80	33	1	0	65	1.00
2240292--2240351	22	2.7	23	80	14	72	33	1	0	65	1.03
2240298--2240355	23	2.6	24	82	15	72	34	1	0	63	1.04
2240283--2240355	23	3.0	23	72	24	60	34	1	0	64	1.02
2240316--2240367	16	3.3	15	76	13	52	30	0	0	69	0.89
2240947--2241047	54	1.9	52	83	15	129	43	0	0	56	0.99
2240977--2241060	30	2.8	29	79	12	89	42	0	0	57	0.99
2241018--2241096	18	4.1	18	76	15	70	31	0	0	68	0.90
2241028--2241096	8	8.5	8	71	15	52	30	0	0	69	0.89
2241034--2241073	11	3.7	11	83	3	55	32	0	0	67	0.91
2241155--2241198	16	2.9	15	79	3	52	38	4	0	56	1.20
2242236--2242294	28	2.0	30	83	6	77	37	0	3	59	1.14
2242286--2242327	17	2.3	20	80	19	56	69	0	0	30	0.89
2242300--2242353	19	2.6	21	80	16	60	59	1	0	38	1.08
2242296--2242336	18	2.3	19	79	8	50	63	0	0	36	0.95
2242368--2242395	7	4.0	7	100	0	56	71	0	0	28	0.86
2242428--2242474	18	2.6	19	73	10	53	34	0	0	65	0.93
2242492--2242544	22	2.4	23	75	9	58	52	0	0	47	1.00
2243214--2243267	10	5.2	11	78	10	51	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2243219--2243269	20	2.5	20	80	3	66	50	0	0	49	1.00
2243209--2243273	16	4.2	16	78	20	75	50	0	0	49	1.00
2244711--2244753	2	22.0	2	90	4	70	46	2	0	51	1.13
2245545--2245624	21	3.5	21	68	21	61	41	0	0	58	0.98
2245556--2245637	15	5.2	15	68	21	51	43	0	0	56	0.99
2245566--2245652	28	3.4	28	68	21	89	48	0	0	51	1.00
2245540--2245676	49	2.8	49	96	3	249	43	0	0	56	0.99
2247267--2247371	28	3.5	30	87	6	142	64	0	0	33	1.06
2247267--2247371	10	10.5	10	74	14	92	64	0	0	33	1.06
2252935--2252961	12	2.2	12	100	0	54	29	25	25	18	1.98
2254952--2254976	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
2255590--2255635	2	23.0	2	90	0	74	52	2	0	45	1.13
2255684--2255727	2	22.0	2	90	0	70	45	0	4	50	1.22
2256250--2256290	2	20.5	2	89	0	64	48	2	0	48	1.14
2260843--2260891	3	16.3	3	100	0	98	32	0	0	67	0.91
2261711--2261744	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
2262980--2263035	29	1.9	29	82	7	69	64	1	30	3	1.21
2266655--2266694	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
2268232--2268268	18	2.1	18	94	0	65	8	40	10	40	1.70
2272479--2272527	26	1.9	26	83	4	64	32	2	8	57	1.40
2272809--2272834	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2274859--2274900	14	2.9	15	79	13	52	52	2	0	45	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2276976--2277023	24	2.0	25	83	4	62	31	0	4	64	1.12
2277091--2277153	20	3.2	21	84	8	71	60	0	1	38	1.07
2277381--2277424	2	22.0	2	95	0	79	47	0	2	50	1.13
2280412--2280441	14	2.1	15	93	6	53	33	0	3	63	1.11
2282444--2282483	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
2285323--2285364	22	1.9	22	90	0	66	30	2	0	66	1.04
2285367--2285448	19	4.7	18	71	24	68	43	2	0	53	1.13
2285361--2285412	27	1.9	27	84	7	70	46	0	0	53	1.00
2285380--2285450	32	2.1	35	87	7	103	43	2	0	53	1.15
2286468--2286513	2	23.0	2	95	0	83	47	0	52	0	1.00
2288543--2288579	3	12.3	3	100	0	74	32	0	0	67	0.91
2288905--2288978	32	2.3	33	82	15	84	56	0	0	43	0.99
2289593--2289684	5	19.4	5	72	24	58	60	0	0	39	0.97
2289616--2289683	11	6.0	11	76	11	57	64	0	0	35	0.94
2289619--2289681	17	3.6	17	78	6	65	65	0	0	34	0.93
2289593--2289672	17	4.5	17	79	7	63	61	0	0	38	0.96
2289624--2289699	28	2.9	27	83	11	86	60	0	0	39	0.97
2289939--2290018	27	2.7	29	67	18	67	45	0	0	55	0.99
2289984--2290031	21	2.2	21	80	20	55	43	0	0	56	0.99
2290030--2290096	16	4.1	16	78	3	62	34	1	5	58	1.32
2290064--2290120	20	2.7	21	81	8	62	43	1	1	52	1.21
2290063--2290122	16	3.9	15	82	4	66	41	1	1	55	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2290424--2290460	14	2.6	14	86	0	56	51	0	5	43	1.24
2290404--2290458	22	2.6	21	80	11	58	49	0	3	47	1.19
2292341--2292377	2	19.5	2	89	10	60	45	0	0	54	1.00
2293604--2293749	80	1.9	76	85	8	204	53	6	0	40	1.26
2303582--2303608	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
2303607--2303638	3	10.7	3	100	0	64	0	0	31	68	0.90
2304768--2304796	14	2.1	14	100	0	58	82	0	17	0	0.66
2308488--2308522	17	1.9	19	88	11	56	42	0	0	57	0.99
2309381--2309421	3	13.7	3	100	0	82	68	0	0	31	0.90
2310069--2310134	18	3.6	18	68	22	55	34	4	3	57	1.34
2314670--2314698	12	2.3	13	94	5	51	48	0	0	51	1.00
2322127--2322170	22	2.0	22	82	8	54	65	2	25	6	1.28
2323275--2323329	27	2.1	25	86	6	74	63	0	0	36	0.95
2323289--2323336	17	2.7	18	83	6	62	62	0	0	37	0.95
2323270--2323336	27	2.5	26	80	9	71	62	0	0	37	0.95
2323289--2323341	18	3.0	18	83	5	63	60	0	0	39	0.97
2323970--2324019	24	2.2	23	85	7	66	40	0	0	60	0.97
2324835--2324862	3	9.3	3	100	0	56	32	0	0	67	0.91
2325101--2325184	30	2.7	30	77	17	82	55	0	0	44	0.99
2325118--2325161	15	2.9	15	86	0	61	59	0	0	40	0.98
2325145--2325232	26	3.2	27	74	18	74	51	0	0	48	1.00
2325177--2325232	27	2.1	27	87	9	80	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2327479--2327527	18	2.7	18	81	15	64	40	2	4	53	1.32
2327771--2327806	12	2.8	13	87	8	56	80	0	19	0	0.71
2327769--2327827	20	2.9	21	77	7	59	76	0	23	0	0.79
2327770--2327826	29	2.0	28	83	13	71	75	0	24	0	0.80
2327836--2327906	27	2.7	26	76	17	65	32	0	2	64	1.08
2328070--2328094	11	2.3	11	100	0	50	36	0	0	64	0.94
2329014--2329075	14	4.4	14	76	15	56	46	0	0	53	1.00
2329015--2329070	28	2.1	26	83	9	69	46	0	0	53	1.00
2329209--2329268	17	3.6	16	77	18	59	78	0	15	6	0.95
2329211--2329251	13	3.2	13	93	3	66	78	0	17	4	0.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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