genome.fa.s290.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168115.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_36, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  443530

Tables:   1   2   3   4   5   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
423--472	9	5.1	10	77	22	61	48	2	0	50	1.12
1357--1389	18	1.9	17	88	11	50	48	6	9	36	1.60
1315--1753	180	2.5	177	84	3	531	42	9	9	39	1.69
2132--2566	173	2.5	176	77	7	427	39	12	8	40	1.72
4102--4143	17	2.4	18	84	8	59	61	2	0	35	1.09
4215--4252	18	2.1	18	90	5	58	63	2	0	34	1.09
4401--4450	14	3.2	16	81	18	61	46	2	0	52	1.12
5337--5369	18	1.9	17	88	11	50	48	6	9	36	1.60
5295--5733	180	2.5	177	84	3	531	42	9	9	39	1.69
5794--5835	22	1.9	22	85	9	59	54	0	2	42	1.13
6113--6547	173	2.5	176	77	7	427	39	12	8	40	1.72
7152--7193	17	2.4	18	84	8	59	61	2	0	35	1.09
8083--8124	17	2.4	18	84	8	59	61	2	0	35	1.09
8363--8412	14	3.2	16	81	18	61	46	2	0	52	1.12
9299--9331	18	1.9	17	88	11	50	48	6	9	36	1.60
9203--9690	177	2.8	174	81	6	518	41	9	9	39	1.69
9879--9928	14	3.2	16	81	18	61	46	2	0	52	1.12
10782--10814	18	1.9	17	88	11	50	48	6	9	36	1.60
10760--11182	181	2.3	181	81	6	464	41	9	9	39	1.70
11243--11284	22	1.9	22	85	9	59	57	0	0	42	0.99
11531--12037	183	2.8	182	75	8	455	40	10	8	39	1.71
12881--12922	19	2.2	19	87	8	59	54	2	0	42	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12895--12927	11	3.0	11	91	8	50	57	0	0	42	0.98
13137--13186	14	3.2	16	81	18	61	46	2	0	52	1.12
14032--14474	181	2.5	180	82	4	509	41	9	9	39	1.70
17380--17412	18	1.9	17	88	11	50	48	6	9	36	1.60
17321--17780	181	2.5	180	82	5	509	41	9	10	38	1.72
17841--17882	22	1.9	22	85	9	59	57	0	0	42	0.99
19658--19699	3	14.3	3	80	14	52	61	2	0	35	1.09
19739--19782	14	2.9	15	78	21	56	45	2	2	50	1.27
20663--20695	18	1.9	17	88	11	50	48	3	9	39	1.50
20621--21067	180	2.5	180	83	6	555	42	8	9	39	1.69
21123--21164	22	1.9	22	85	9	59	57	0	0	42	0.99
21207--21625	181	2.3	179	81	7	449	41	9	7	42	1.66
22152--33795	181	64.2	181	70	12	4512	40	8	9	41	1.68
22617--22668	24	2.2	24	92	0	86	57	7	7	26	1.54
25425--25466	20	2.2	20	82	4	50	40	4	2	52	1.35
25772--25826	23	2.4	24	72	9	60	41	1	1	54	1.21
25792--26109	168	1.9	168	81	3	390	40	7	10	41	1.68
28930--35597	362	18.7	358	73	10	3997	40	8	9	41	1.68
28992--35518	716	9.2	721	71	12	1974	40	8	9	41	1.68
31641--35597	181	22.4	174	70	14	998	39	8	9	42	1.68
32750--33049	165	1.8	165	83	8	405	41	10	9	40	1.70
32890--33741	183	4.7	179	76	7	632	41	8	8	41	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33635--33952	154	2.0	158	81	5	371	42	8	10	38	1.70
33786--35655	176	10.5	180	74	9	1192	39	7	10	42	1.67
36389--36436	20	2.4	20	96	0	87	37	18	20	22	1.94
41231--42262	357	2.9	355	78	5	873	38	7	10	43	1.68
41231--42262	181	5.8	180	77	5	811	38	7	10	43	1.68
42328--42771	184	2.4	181	81	6	502	41	9	8	40	1.67
42672--42965	156	1.9	156	83	7	382	40	6	10	42	1.65
42951--43213	143	1.8	143	81	3	332	37	9	6	46	1.62
44216--46119	176	10.7	175	74	11	883	40	8	10	41	1.69
43850--57747	181	77.5	180	72	10	7201	39	8	10	41	1.69
43850--46422	180	14.5	177	75	10	1866	39	8	10	41	1.69
46056--46385	167	2.0	167	82	9	406	40	7	10	41	1.67
43850--67777	539	44.4	539	74	10	13284	39	8	10	41	1.69
51413--51445	13	2.5	13	95	0	57	63	15	12	9	1.51
53243--53309	34	2.0	34	90	0	107	46	5	11	35	1.65
55751--57747	358	5.6	354	76	9	1642	39	8	10	41	1.70
57591--57894	145	2.1	143	78	10	316	41	9	7	41	1.65
57733--59721	181	11.1	181	76	7	1560	40	8	9	41	1.68
58448--58783	166	2.0	165	80	7	369	42	8	10	38	1.69
58741--59508	358	2.1	358	79	5	843	41	9	8	40	1.68
59007--59508	179	2.8	178	80	4	460	41	8	8	41	1.66
58614--59727	360	3.1	357	76	7	991	40	9	9	40	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60025--60349	182	1.8	178	82	5	422	40	8	8	41	1.67
59783--67746	181	43.9	181	72	10	4170	39	8	10	41	1.69
60926--67777	363	19.0	360	74	9	4378	39	8	10	41	1.69
60937--67777	540	12.7	538	78	7	4773	39	8	10	41	1.69
60937--67621	721	9.3	716	74	10	2039	39	8	10	41	1.69
65633--65687	18	3.1	18	74	12	60	47	7	9	36	1.63
66361--66396	16	2.1	17	90	10	56	44	8	5	41	1.58
68649--71367	540	5.1	535	76	9	2155	40	8	9	41	1.68
68658--71367	180	15.2	180	75	8	1935	40	8	9	41	1.68
69318--70068	173	4.3	173	74	12	444	40	7	9	42	1.65
70371--71025	350	1.9	349	82	4	829	40	7	9	42	1.65
71353--72439	181	6.0	180	76	8	858	40	8	9	41	1.67
72391--72476	35	2.4	35	88	7	129	56	8	5	29	1.51
72930--75407	361	6.9	361	76	8	1982	39	8	9	41	1.68
72930--74985	721	2.9	711	79	7	2041	39	8	10	41	1.69
72930--75005	180	11.5	179	78	7	1748	39	8	10	41	1.69
75745--81607	181	32.5	177	69	13	2256	41	10	8	39	1.69
76587--76622	16	2.1	17	90	10	56	41	5	8	44	1.58
75744--76789	178	5.9	179	75	9	716	42	10	7	40	1.66
78171--78602	209	2.1	211	98	1	832	46	10	7	35	1.67
79856--81617	179	9.8	181	75	8	1258	41	10	8	39	1.71
81620--81975	181	2.0	180	80	5	405	43	9	7	39	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81816--82094	143	1.9	146	82	6	345	44	10	7	37	1.67
81962--84348	180	13.5	178	70	13	969	41	10	8	39	1.70
83011--83043	17	2.0	17	88	5	50	39	12	0	48	1.40
81962--84348	356	6.8	356	75	10	1646	41	10	8	39	1.70
83360--83412	17	3.0	18	71	15	56	33	7	11	47	1.68
83926--84343	182	2.3	181	81	8	437	42	11	8	36	1.73
84903--85107	108	1.9	109	85	5	290	39	12	5	42	1.66
85000--91145	181	34.3	181	73	10	1873	42	9	8	40	1.67
85689--97681	181	66.7	180	73	9	6779	41	9	7	40	1.67
86711--86744	16	2.1	16	88	5	50	61	5	0	32	1.20
85689--114506	360	80.7	357	69	12	8172	41	9	8	40	1.68
85689--105854	357	56.2	359	69	13	4694	41	9	8	40	1.67
89852--90349	169	2.9	168	74	13	393	42	9	7	40	1.65
84996--108569	538	43.9	540	71	12	9801	41	9	8	40	1.68
92940--93450	169	2.9	167	79	7	443	44	9	6	39	1.64
85004--114506	718	41.3	714	69	14	7228	41	9	8	40	1.68
98132--101551	181	19.2	174	72	12	1163	41	9	8	40	1.68
98204--101544	540	6.3	524	73	12	1341	41	9	8	40	1.68
97703--99799	181	11.6	181	74	8	1435	41	9	8	40	1.68
99805--101586	181	9.9	181	76	8	1361	41	9	8	40	1.68
99954--101544	355	4.4	350	75	9	1043	42	9	7	40	1.67
101628--102442	181	4.5	180	75	7	701	41	10	8	40	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
102598--102630	17	2.0	17	88	5	50	39	9	3	48	1.50
102446--105854	182	19.2	178	71	12	1432	41	9	7	40	1.67
101934--102934	521	1.9	519	82	5	1261	40	10	7	40	1.69
103606--103665	30	2.0	30	100	0	120	40	13	3	43	1.60
103670--105868	535	4.1	531	77	9	1771	41	10	7	40	1.67
103838--105854	180	11.3	178	74	9	1499	41	10	7	40	1.67
105892--106318	182	2.3	181	79	5	450	41	8	8	41	1.66
106478--106810	174	1.9	174	84	3	447	42	10	7	39	1.68
106474--108201	180	9.8	178	72	11	758	40	10	8	40	1.70
107577--108198	181	3.4	180	81	5	668	41	10	8	40	1.69

Tables:   1   2   3   4   5