genome.fa.s290.2.7.7.80.10.50.1000.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168115.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_36, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  443530

Tables:   1   2   3   4   5   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
163353--164616	664	1.9	663	85	2	1752	40	9	8	41	1.67
165428--165522	21	4.6	21	85	5	113	30	28	26	14	1.95
165428--165522	41	2.3	42	85	5	122	30	28	26	14	1.95
171744--171779	10	3.6	10	88	0	54	52	11	27	8	1.65
172623--172655	18	1.9	17	88	11	50	33	6	12	48	1.65
172384--175040	181	14.7	181	76	6	1890	40	9	8	40	1.70
172440--174880	718	3.4	717	78	7	1988	40	10	8	40	1.70
174786--175324	286	1.9	286	81	5	651	38	10	8	42	1.70
175551--178277	177	15.3	177	72	10	1492	41	9	8	39	1.69
176608--178238	181	9.1	179	74	8	910	41	9	8	40	1.68
178516--179452	181	5.2	181	78	4	809	41	10	8	39	1.71
179488--180885	180	7.9	181	71	12	696	41	10	7	40	1.68
179885--180170	156	1.8	155	84	2	394	42	9	6	41	1.63
180754--181042	146	2.0	145	90	0	452	35	12	11	40	1.80
180912--183000	181	11.6	178	74	9	1430	42	10	9	38	1.71
180930--182973	535	3.8	537	77	9	1382	42	10	9	38	1.71
181235--183000	360	4.9	358	77	7	1291	42	10	8	38	1.70
181060--183004	896	2.2	901	86	2	2641	42	10	8	38	1.70
183312--186091	181	15.6	178	74	9	1696	40	10	8	40	1.70
183327--188027	542	8.8	538	72	11	1743	40	10	8	40	1.70
184182--188037	361	10.9	356	73	10	2390	40	9	8	40	1.70
185538--185951	174	2.4	176	79	6	430	40	9	9	40	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
184192--188031	896	4.3	889	72	11	1929	40	9	8	40	1.70
186468--186826	177	2.0	177	79	2	389	39	7	9	43	1.65
186328--188031	181	9.4	179	75	8	957	40	9	8	41	1.68
187767--187818	17	2.9	19	72	16	65	36	9	9	44	1.70
187883--188177	146	2.0	146	80	2	333	39	9	8	42	1.69
188967--189367	176	2.2	178	81	3	448	42	10	6	40	1.65
189378--189624	127	2.0	126	80	8	288	44	7	7	40	1.61
189553--190769	181	6.8	180	76	7	915	41	9	8	40	1.68
189813--189861	17	2.8	18	81	12	66	46	6	2	44	1.39
190767--192212	181	8.0	180	77	6	1069	40	8	9	41	1.69
190767--194964	362	11.5	357	69	12	1234	40	8	10	41	1.68
192269--192301	18	1.9	17	88	11	50	48	3	6	42	1.43
192155--192303	78	1.9	78	83	2	192	46	7	10	35	1.65
192226--194958	181	15.3	178	75	7	1869	40	7	10	41	1.68
194408--194440	18	1.9	17	88	11	50	48	3	6	42	1.43
195064--195096	18	1.9	17	88	11	50	39	6	6	48	1.53
195161--195409	133	1.9	133	85	0	345	43	7	8	40	1.63
195462--195700	125	1.9	123	80	6	277	47	7	8	36	1.62
195593--198056	181	13.7	180	74	6	1307	41	10	8	39	1.69
195667--197991	363	6.4	358	74	8	1009	41	10	8	39	1.70
204125--212085	181	44.4	180	76	6	5805	40	9	8	40	1.68
209206--209244	18	2.2	18	86	9	53	56	2	7	33	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
212122--216450	180	24.3	180	73	10	2312	42	9	8	39	1.68
213111--214103	539	1.9	531	80	5	1183	42	9	8	40	1.66
213652--216445	361	7.8	358	74	10	1758	42	10	8	39	1.68
216362--216652	145	2.0	144	97	0	546	34	9	16	39	1.81
218900--220697	181	10.0	177	74	11	725	39	8	10	42	1.69
219935--220465	178	3.0	177	82	7	520	37	8	11	42	1.72
218935--220791	358	5.2	357	75	9	989	39	8	10	41	1.69
218900--220825	719	2.7	706	75	8	1707	39	8	10	42	1.69
221512--224018	181	14.0	181	76	6	1900	40	9	8	41	1.68
221512--225067	181	19.9	176	71	11	1399	40	10	8	40	1.69
221491--225821	538	8.0	537	74	10	2919	40	9	8	40	1.69
221512--225025	358	9.9	353	73	11	1587	40	10	8	40	1.69
223866--224161	156	1.9	157	83	3	391	41	8	8	41	1.67
224027--225815	360	4.9	358	74	12	1449	40	10	8	40	1.69
225113--225821	181	4.0	180	79	4	691	40	9	8	42	1.67
224355--225853	754	2.0	751	87	3	2151	40	10	8	40	1.70
225712--226009	157	1.9	157	82	5	370	43	10	9	36	1.71
227821--229658	180	10.3	178	75	8	1276	41	9	7	41	1.66
232055--232089	16	2.2	16	89	0	52	40	11	14	34	1.82
238044--239406	181	7.6	176	74	9	626	43	9	7	39	1.67
238048--239061	182	5.6	181	76	8	603	43	9	8	38	1.67
238039--239468	358	4.0	360	74	8	1114	43	9	7	39	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
240684--242069	181	7.7	179	77	7	1172	40	8	9	40	1.69
240685--242069	356	3.9	354	77	8	1280	40	8	9	41	1.69
240678--242054	537	2.6	528	79	6	1357	40	8	9	41	1.69
241990--242166	97	1.8	98	83	1	239	47	7	11	33	1.67
241609--242514	459	2.0	459	81	2	1066	40	9	11	38	1.74
241429--242712	640	2.0	634	81	4	1501	41	8	11	38	1.72
242064--242715	180	3.6	179	79	4	691	40	8	11	39	1.73
242673--242705	18	1.9	17	88	11	50	48	6	6	39	1.53
242662--242714	19	3.0	18	81	10	65	45	3	11	39	1.58
242731--245308	181	14.3	181	78	5	2249	41	10	8	40	1.69
245168--245442	138	2.0	138	83	2	347	40	10	9	40	1.72
246657--250573	181	21.6	182	73	10	1735	41	10	8	40	1.69
246672--250597	361	10.8	361	75	8	2937	41	10	8	40	1.69
247480--247888	207	2.0	206	81	4	475	40	8	7	43	1.63
247686--250627	181	16.3	180	78	5	2451	41	10	8	40	1.69
250761--252112	181	7.5	181	74	7	845	40	9	8	40	1.68
249831--251378	788	2.0	788	78	5	1656	42	9	8	39	1.68
250761--251749	363	2.7	362	79	5	1063	42	9	7	40	1.64
252004--252238	120	2.0	119	85	2	319	34	11	8	45	1.72
251843--252412	301	1.9	301	80	2	678	38	10	8	42	1.69
252139--254365	181	12.3	181	74	11	1353	42	10	8	39	1.69
252765--252817	26	2.0	26	100	0	106	41	15	7	35	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
253791--254119	179	1.8	180	81	6	416	40	10	9	39	1.72
254833--259056	180	23.2	180	70	12	1847	41	9	8	40	1.68
257336--257418	35	2.3	35	80	12	96	30	3	12	54	1.54
257458--259056	181	8.9	179	75	10	1170	42	9	8	39	1.68
258820--259259	238	1.8	240	82	3	564	40	11	7	40	1.70
259065--260196	181	6.3	178	73	10	741	41	10	7	40	1.68
260257--263277	181	17.0	180	71	12	1345	41	9	8	39	1.68
259392--261062	864	1.9	860	79	8	1825	42	9	8	39	1.68
260262--263277	358	8.5	361	72	11	1068	41	9	8	40	1.68
261429--263299	180	10.5	180	76	9	1395	42	10	7	39	1.68
260461--262912	539	4.6	529	76	8	1446	42	9	8	40	1.67
262096--263299	531	2.3	532	80	6	1361	42	10	8	39	1.69
263301--263987	181	3.8	179	80	6	712	40	8	10	41	1.70
264011--264792	179	4.4	180	75	8	588	42	11	7	38	1.69
264042--264724	359	1.9	360	80	6	801	43	10	7	38	1.68
264896--265013	16	7.2	17	67	25	76	31	0	5	63	1.16
264893--265012	3	38.3	3	70	22	54	31	0	5	63	1.16
264891--265008	41	2.9	42	78	13	131	31	0	5	62	1.19
265974--266008	12	2.9	12	100	0	70	17	42	34	5	1.73
266029--266169	10	13.8	10	69	19	69	18	4	2	73	1.13
266031--266156	47	2.7	47	80	11	125	19	3	3	73	1.12
266137--266180	23	1.9	23	86	9	63	15	9	0	75	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
266207--266714	59	8.7	57	87	6	723	45	7	12	34	1.70
271807--271895	41	2.2	40	90	8	135	23	17	23	34	1.96
271881--271910	15	2.0	15	100	0	60	26	13	33	26	1.93
271840--271951	56	2.0	55	93	6	190	23	17	25	33	1.96
271896--272033	41	3.3	41	89	4	206	23	18	22	35	1.95
272253--272296	9	4.7	10	86	13	51	27	0	6	65	1.17
272258--272319	16	4.0	16	76	15	60	30	0	3	66	1.08
272253--272359	36	2.9	38	74	17	100	31	0	6	61	1.21
273363--273503	10	13.8	10	69	19	69	18	4	2	73	1.13
273365--273490	47	2.7	47	80	11	125	19	3	3	73	1.12

Tables:   1   2   3   4   5