genome.fa.s368.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168193.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_43, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  234249

Tables:   1   2   3   4   5   6   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
581--876	158	1.9	158	80	8	354	44	9	7	38	1.64
728--1424	180	3.8	181	78	6	662	42	9	7	40	1.66
737--1423	181	3.8	179	77	7	597	42	9	8	40	1.66
1945--1989	23	2.0	23	86	0	63	57	2	0	40	1.11
2465--2533	16	4.1	16	71	14	57	50	1	1	46	1.19
2598--2698	42	2.4	42	76	18	95	42	2	4	49	1.39
2633--2692	21	2.7	23	73	19	65	41	1	6	50	1.39
3721--4609	353	2.5	350	78	9	831	40	8	9	41	1.68
3429--5069	176	9.2	175	72	11	1013	40	8	9	41	1.68
4941--5209	146	1.8	147	87	2	398	38	6	10	44	1.65
5107--5609	180	2.8	179	77	7	484	39	7	11	41	1.70
4654--5569	507	1.8	501	80	5	1112	40	7	10	41	1.68
5526--5752	120	1.9	120	82	1	285	45	8	11	33	1.72
5878--5910	18	1.9	17	88	11	50	42	6	12	39	1.67
5636--6051	181	2.3	181	81	4	457	41	9	11	37	1.73
6226--6258	18	1.9	17	88	11	50	48	6	6	39	1.53
6221--6267	19	2.7	18	80	12	62	44	4	10	40	1.59
6393--6700	171	1.8	170	80	11	378	40	11	10	37	1.75
6293--7131	180	4.7	177	75	8	668	41	9	8	40	1.67
6564--7131	179	3.2	181	80	5	510	42	9	7	40	1.66
7100--7160	29	2.1	30	93	3	106	50	13	4	31	1.62
6936--7323	210	1.8	210	82	4	496	42	10	8	39	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7457--8255	362	2.2	359	81	3	935	40	10	8	41	1.69
7459--8591	181	6.3	179	73	8	595	40	10	8	41	1.69
8353--8385	18	1.9	17	88	11	50	39	6	6	48	1.53
8700--8756	13	4.5	13	73	4	53	47	0	8	43	1.34
9340--9389	14	3.2	16	81	18	61	46	2	0	52	1.12
10049--10427	176	2.1	175	82	6	453	40	8	10	41	1.68
10289--10583	156	1.9	157	92	0	493	39	6	11	42	1.67
10654--10688	7	4.9	7	93	6	61	45	0	0	54	0.99
10654--10703	14	3.5	15	84	13	70	44	0	0	56	0.99
10655--10713	14	4.3	14	82	8	59	40	0	0	59	0.97
11431--11560	65	2.0	67	89	8	205	36	15	4	43	1.67
13050--13962	180	5.1	179	75	8	533	42	8	8	41	1.64
13542--13598	18	3.2	18	75	12	64	36	8	7	47	1.62
13050--14763	357	4.7	357	74	10	1118	42	9	8	40	1.66
13813--14164	191	1.8	193	80	7	419	41	8	9	40	1.68
14010--14750	182	4.1	179	75	6	615	42	10	7	38	1.68
14793--14841	10	4.8	10	80	9	55	55	0	2	42	1.11
14958--15012	22	2.5	22	85	8	67	43	1	0	54	1.10
16514--17002	267	1.8	267	94	0	863	30	14	11	44	1.80
17102--17145	22	2.0	22	90	0	70	43	11	11	34	1.77
17105--17157	22	2.4	22	81	6	54	49	7	11	32	1.67
17515--17579	31	2.1	31	85	5	87	52	4	0	43	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18404--18468	22	3.1	21	72	10	53	44	4	0	50	1.22
18463--18541	31	2.5	33	78	15	87	48	1	0	50	1.08
18551--18603	17	3.1	17	78	8	54	52	3	0	43	1.19
18454--18608	22	7.4	22	68	21	77	50	1	0	47	1.12
19278--19307	14	2.1	14	93	0	51	50	0	3	46	1.18
19652--19689	18	2.1	18	85	9	51	50	0	0	50	1.00
19800--19864	23	2.5	28	69	30	70	52	4	0	43	1.22
19809--19884	23	3.3	23	72	18	70	52	2	0	44	1.14
19946--19999	22	2.5	21	79	8	63	48	0	3	48	1.19
20003--20077	39	1.9	39	83	5	98	45	9	0	45	1.35
20058--20119	22	2.8	22	69	13	56	46	3	1	48	1.28
20869--20921	17	3.1	16	78	10	52	54	0	1	43	1.11
22202--22243	14	2.9	15	86	6	61	35	0	4	59	1.19
22738--23375	181	3.5	179	77	4	552	40	9	8	41	1.67
23462--24017	180	3.1	173	76	7	447	42	9	7	40	1.66
24207--24265	25	2.3	26	82	11	77	54	0	3	42	1.17
24228--24274	22	2.1	22	92	0	76	53	0	2	44	1.12
24361--24404	10	3.8	11	78	21	54	47	0	0	52	1.00
24358--24406	24	2.3	20	78	21	55	46	0	0	53	1.00
24561--25749	181	6.6	181	74	8	818	40	7	9	41	1.67
24796--25713	368	2.5	370	77	9	820	40	7	10	41	1.68
25767--26829	182	6.0	179	72	11	601	40	8	10	40	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25764--26853	181	6.1	181	73	9	653	40	8	10	40	1.70
27071--27106	18	2.0	18	88	0	54	50	0	0	50	1.00
27567--27623	7	8.3	7	90	1	89	42	0	0	57	0.98
28025--28085	27	2.3	27	83	8	72	49	4	0	45	1.23
28273--28341	19	3.5	20	74	16	56	43	0	4	52	1.21
28363--28410	13	3.5	14	75	13	55	47	0	0	52	1.00
28361--28409	22	2.2	22	78	7	55	48	0	0	51	1.00
28969--29035	34	2.0	34	83	13	86	50	2	1	44	1.26
29174--29973	181	4.4	181	76	8	644	42	10	7	39	1.67
30453--30830	177	2.1	177	82	6	442	40	10	8	40	1.69
30958--31006	23	2.1	24	85	11	66	51	0	2	46	1.12
31060--31101	17	2.5	17	92	3	68	57	0	0	42	0.99
32131--32162	9	3.8	9	84	16	50	40	0	0	59	0.97
32130--32188	21	2.9	19	76	14	64	44	0	0	55	0.99
32437--32480	17	2.6	18	78	10	56	52	0	0	47	1.00
32460--32505	15	3.1	15	84	6	58	43	0	0	56	0.99
32759--32820	8	7.2	8	75	20	54	45	1	4	48	1.33
32964--33019	14	3.8	15	77	17	55	44	0	3	51	1.18
32990--33030	18	2.3	18	86	0	55	41	0	0	58	0.98
33157--33198	18	2.6	16	81	11	50	50	4	0	45	1.23
33538--33646	35	3.2	34	79	14	100	46	0	1	50	1.18
33563--33667	33	3.0	32	79	18	88	50	0	1	46	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33563--33667	36	3.0	35	78	15	96	50	0	1	46	1.18
33606--33656	27	2.0	26	84	7	68	49	0	3	47	1.20
34377--34409	11	2.8	12	82	17	50	48	6	0	45	1.27
34377--34411	13	2.8	13	87	12	56	48	5	0	45	1.26
34984--35026	19	2.3	19	87	0	59	46	9	2	41	1.48
35069--35115	16	3.1	17	82	17	59	48	4	0	46	1.21
35213--35265	28	1.9	27	88	3	79	43	7	3	45	1.50
35459--35544	20	4.3	19	72	17	75	51	0	2	46	1.13
35570--35612	23	1.9	22	90	4	68	48	0	0	51	1.00
35827--36238	179	2.3	180	80	9	459	43	9	8	38	1.67
36111--36411	145	2.1	145	84	5	385	41	9	9	39	1.69
37411--37490	20	4.0	19	71	18	56	43	2	7	46	1.45
37814--37909	18	5.4	18	73	17	53	50	3	1	45	1.24
37815--37887	28	2.7	28	79	12	73	49	2	1	46	1.24
37862--37911	18	2.7	19	84	12	68	50	2	0	48	1.12
37951--37989	20	2.0	20	85	14	55	35	5	2	56	1.35
38586--38618	9	3.8	9	88	4	50	57	0	0	42	0.98
38582--38626	20	2.2	20	84	7	56	55	0	2	42	1.12
38821--38964	18	7.7	18	65	23	50	49	1	0	48	1.14
38823--38872	22	2.2	23	86	10	68	50	2	0	48	1.12
38832--38904	30	2.5	28	80	13	67	50	1	0	47	1.09
38825--38963	42	3.3	42	71	15	99	49	1	0	48	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38905--38942	14	2.7	15	80	16	53	55	0	0	44	0.99
38989--39039	27	1.9	26	92	4	84	49	3	0	47	1.20
39123--39191	13	5.6	12	73	13	59	47	1	1	49	1.19
39140--39188	16	3.1	17	82	11	59	51	0	0	48	1.00
39128--39202	37	2.0	38	87	7	109	46	1	0	52	1.09
39344--39383	19	2.0	21	90	9	66	45	0	0	55	0.99
40852--41007	18	8.5	18	63	25	60	44	3	2	49	1.34
41028--41060	13	2.5	13	85	14	50	42	0	6	51	1.26
41028--41087	25	2.4	25	83	8	68	43	0	3	53	1.17
41055--41089	18	1.9	18	94	0	61	45	0	0	54	0.99

Tables:   1   2   3   4   5   6