genome.fa.s368.2.7.7.80.10.50.1000.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168193.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_43, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  234249

Tables:   1   2   3   4   5   6   

This is table  3  of  6  ( 659 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83261--83303	16	2.6	17	82	7	54	62	2	4	30	1.28
83417--83467	21	2.7	18	77	14	57	41	1	1	54	1.22
83518--83567	9	5.7	9	76	4	57	48	4	0	48	1.20
83508--83568	26	2.3	25	81	10	68	50	3	0	45	1.17
83817--83936	6	19.0	6	66	20	50	49	0	1	48	1.17
83817--83933	27	4.3	28	74	14	72	49	0	1	47	1.17
84040--84090	16	3.5	15	79	15	54	49	0	0	50	1.00
84051--84090	13	3.0	13	85	3	53	52	0	0	47	1.00
84042--84110	22	3.1	23	74	16	65	47	0	0	52	1.00
84040--84108	26	2.5	28	77	11	72	47	0	0	52	1.00
84539--84572	16	2.1	16	94	0	59	47	0	0	52	1.00
84593--84646	26	2.1	26	85	0	72	57	1	0	40	1.09
84757--84789	17	2.0	17	88	5	50	39	12	0	48	1.40
84894--88332	354	9.7	354	73	10	933	41	10	8	39	1.70
84710--86097	178	7.8	178	74	8	763	42	10	7	38	1.69
85963--86250	158	1.9	155	81	6	359	42	9	9	38	1.70
86103--88368	181	12.7	180	77	6	1970	40	10	8	40	1.70
86103--88368	714	3.2	707	79	6	2267	40	10	8	40	1.70
88683--88719	12	3.1	12	92	0	56	45	0	0	54	1.00
88683--88723	9	4.2	9	82	17	55	46	0	0	53	1.00
88673--88733	21	2.9	21	88	9	72	47	0	1	50	1.10
88977--89029	18	2.8	20	75	16	58	56	0	3	39	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89142--89171	14	2.1	14	93	0	51	53	0	0	46	1.00
89160--89239	23	3.4	23	72	10	72	37	2	2	57	1.26
89341--89408	16	4.1	16	71	17	57	51	1	1	45	1.19
89369--89461	42	2.2	41	77	9	98	41	3	1	53	1.24
90340--91013	181	3.8	175	76	7	508	42	8	8	40	1.67
90688--91013	171	1.9	171	83	3	424	39	9	10	40	1.72
90221--91014	357	2.2	354	79	5	825	42	9	9	39	1.69
90405--91087	352	1.9	354	79	6	756	42	8	8	40	1.67
91050--91123	36	2.1	36	94	0	130	39	4	6	50	1.48
90874--91303	217	2.0	215	81	7	496	39	7	10	43	1.67
91091--92480	181	7.7	181	79	5	1270	39	7	11	41	1.69
91107--92480	543	2.6	532	80	4	1469	39	7	11	41	1.69
92387--92623	120	2.0	120	79	1	260	44	8	13	34	1.72
92749--92781	18	1.9	17	88	11	50	42	6	12	39	1.67
92510--93153	181	3.6	180	79	5	674	42	9	10	37	1.71
92019--92936	482	1.9	482	82	2	1164	40	8	11	38	1.73
92615--93139	182	2.9	182	79	5	564	42	9	9	37	1.71
93112--93144	18	1.9	17	88	11	50	48	6	6	39	1.53
93107--93153	19	2.7	18	80	12	62	44	4	10	40	1.59
93173--95904	181	15.1	179	75	8	1957	41	10	8	40	1.69
95517--95565	19	2.5	19	86	3	71	34	16	6	42	1.73
95662--95694	18	1.9	17	88	11	50	39	6	6	48	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96297--96352	18	3.2	18	79	5	60	60	3	0	35	1.14
96628--96677	14	3.2	16	81	18	61	46	2	0	52	1.12
96802--96868	26	2.5	26	76	9	73	35	1	4	58	1.28
96803--96870	27	2.4	29	73	11	70	35	1	4	58	1.27
97218--97988	181	4.2	180	79	8	683	38	7	10	42	1.69
97993--98043	7	7.1	7	80	4	57	49	0	0	50	1.00
97973--98043	36	1.9	37	83	8	92	46	0	2	50	1.16
98312--98909	181	3.3	180	79	6	519	42	10	7	40	1.67
98285--98817	181	3.0	182	77	8	549	43	9	7	39	1.66
98875--99004	65	2.0	67	89	3	201	37	15	4	42	1.68
99068--99104	19	1.9	19	88	0	56	43	16	8	32	1.77
100231--100267	20	2.0	19	85	15	51	21	21	21	35	1.96
102452--102485	16	2.1	17	88	5	52	61	0	0	38	0.96
102486--102779	157	1.9	156	81	6	364	41	9	7	41	1.66
102826--102881	18	3.2	18	75	12	62	37	8	7	46	1.63
102643--104063	181	7.9	175	70	15	613	42	9	7	39	1.67
104063--104112	10	4.9	10	80	9	57	56	0	2	42	1.11
104393--104461	18	3.7	18	72	14	59	49	4	0	46	1.21
105788--106333	279	2.0	279	91	0	885	29	15	11	43	1.81
107798--107965	85	2.0	84	79	10	182	48	2	0	48	1.21
107897--107930	18	1.9	18	88	5	52	52	0	0	47	1.00
107917--107969	17	3.1	17	79	12	56	54	1	0	43	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
107919--107974	22	2.6	23	86	8	73	55	1	0	42	1.10
107969--108010	20	2.1	20	86	8	59	54	0	0	45	0.99
107973--108010	13	2.8	13	88	4	58	52	0	0	47	1.00
107979--108016	19	2.0	19	85	10	51	50	2	0	47	1.15
108567--108656	44	2.1	44	80	14	98	55	4	2	37	1.32
109178--109245	27	2.4	29	83	11	81	48	0	2	48	1.16
109416--109490	39	1.9	39	86	5	107	45	6	1	46	1.37
109976--110025	25	2.0	25	84	7	66	56	2	0	42	1.11
110269--110308	10	3.9	11	87	12	50	52	2	0	45	1.14
112195--112893	181	3.9	180	77	2	634	41	9	8	41	1.67
112932--113424	181	2.7	180	77	6	471	41	9	7	40	1.68
113697--113788	22	3.7	25	72	22	77	48	1	4	45	1.29
114096--114767	181	3.7	181	81	7	731	40	7	9	42	1.66
114096--114767	362	1.9	361	82	4	845	40	7	9	42	1.66
114646--114970	157	2.1	156	80	5	368	40	7	10	41	1.67
117238--117276	12	3.3	12	85	3	53	48	2	0	48	1.15
117239--117296	24	2.4	23	81	13	64	48	1	1	48	1.22
117290--117333	23	2.0	22	90	4	70	45	0	2	52	1.13
118222--118443	120	1.9	120	88	3	340	34	12	8	44	1.72
118342--118872	180	2.9	175	79	6	571	43	8	7	40	1.63
119815--119887	32	2.3	31	79	13	76	42	2	2	52	1.30
120112--120144	18	1.9	17	88	11	50	48	6	6	39	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
120217--120354	67	2.1	67	85	0	186	44	8	9	36	1.68
120285--120920	175	3.6	174	73	10	488	41	9	8	40	1.69
120284--121522	176	7.0	174	72	10	718	39	8	9	42	1.69
121244--121830	319	1.9	314	78	6	648	41	8	10	40	1.68
121804--121847	19	2.3	20	84	11	65	50	0	2	47	1.13
121817--121850	13	2.7	13	90	4	52	50	0	0	50	1.00
121839--121878	21	1.9	21	89	0	62	50	5	0	45	1.23
121983--122839	285	3.0	285	98	0	1669	38	5	11	44	1.62
122606--124611	181	11.2	180	76	8	1572	40	8	9	41	1.68
124493--124757	146	1.8	145	79	10	308	39	12	9	38	1.75
124632--124967	182	1.9	181	82	4	426	42	10	8	39	1.68
125465--125497	17	2.0	17	88	5	50	39	12	0	48	1.40
133024--133715	352	2.0	352	78	5	738	42	7	8	40	1.64
133900--134280	176	2.1	179	79	8	402	41	8	10	39	1.70
134769--134801	18	1.9	17	88	11	50	48	6	6	39	1.53
134510--135391	181	4.9	182	79	3	850	39	9	10	41	1.71
135177--135620	229	1.9	228	80	4	500	39	9	9	41	1.70
135406--135845	180	2.4	179	80	5	440	40	8	7	43	1.65
134845--135938	590	1.9	591	80	4	1294	39	8	10	41	1.69
135594--136023	181	2.4	178	78	6	418	40	7	9	43	1.65
134616--136066	771	1.9	771	81	3	1747	40	8	9	41	1.68
136343--137345	362	2.8	360	80	3	1004	39	7	9	42	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
136341--137363	181	5.7	178	77	6	880	39	7	9	42	1.66
136419--137415	543	1.8	543	80	4	1204	40	7	9	42	1.67
138211--138246	5	7.8	5	82	17	51	55	0	0	44	0.99
138210--138244	18	2.0	17	94	5	61	54	0	0	45	0.99
138206--138303	41	2.4	41	80	10	103	46	0	0	53	1.00
138213--138285	24	3.1	23	77	13	69	50	0	0	49	1.00
138208--138278	27	2.7	25	76	8	61	49	0	0	50	1.00
138795--138873	24	3.2	23	76	16	70	46	0	3	49	1.19
138898--138994	37	2.7	35	74	16	90	46	0	1	52	1.07
138933--138957	7	3.6	7	100	0	50	56	0	0	44	0.99

Tables:   1   2   3   4   5   6