genome.fa.s434.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168259.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_49, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  171922

Tables:   1   2   3   4   5   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
122--456	176	1.9	176	81	5	406	40	6	10	42	1.65
639--696	14	4.0	14	76	13	55	48	1	0	50	1.11
695--746	17	3.3	16	80	17	56	44	0	0	55	0.99
780--813	18	2.0	16	88	11	50	50	0	5	44	1.26
959--1002	17	2.6	17	82	10	56	50	0	0	50	1.00
966--1004	19	2.1	19	85	9	53	51	0	0	48	1.00
1078--1509	179	2.4	181	83	1	526	40	9	8	41	1.68
2038--2077	21	1.9	21	85	10	55	47	0	0	52	1.00
2197--2230	15	2.3	15	89	0	50	38	5	0	55	1.24
2391--2472	23	3.6	23	71	14	62	42	1	3	52	1.26
2441--2525	10	8.6	10	71	21	56	49	0	1	49	1.08
2455--2519	17	3.7	18	78	15	55	50	0	1	47	1.10
2446--2578	55	2.4	57	76	16	129	50	0	3	46	1.16
2510--2576	27	2.5	28	76	11	68	52	0	4	43	1.21
2811--3161	182	1.9	179	80	7	397	41	7	9	41	1.67
3398--3440	12	3.5	12	84	6	59	37	0	2	60	1.10
4313--4347	13	2.8	12	87	8	52	42	0	8	48	1.33
4665--4720	13	4.5	13	78	10	55	44	0	0	55	0.99
4680--4729	19	2.6	19	84	12	66	48	0	0	52	1.00
4663--4719	17	3.7	15	76	15	62	43	0	0	56	0.99
5180--5248	34	2.0	34	86	5	95	53	1	2	42	1.24
5526--5597	17	4.1	17	77	13	67	52	5	1	40	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5603--5703	15	7.2	14	67	17	50	45	4	2	46	1.40
5763--5802	17	2.4	17	87	8	55	55	0	2	42	1.13
5721--5783	26	2.4	28	86	7	87	46	0	3	50	1.17
5837--5926	24	3.9	25	69	24	72	46	0	1	52	1.07
5840--5885	20	2.2	20	85	11	58	50	0	2	47	1.13
5879--5927	24	2.0	24	88	7	73	46	0	0	53	1.00
5836--5936	21	4.5	23	71	23	81	45	0	0	53	1.07
6025--6075	22	2.3	22	80	6	59	41	1	3	52	1.31
6545--6580	18	1.9	19	88	5	56	52	2	2	41	1.30
7014--7060	20	2.3	21	85	10	71	59	0	0	40	0.97
7336--7376	17	2.4	17	88	8	57	39	7	0	53	1.29
7600--7632	16	2.1	16	94	0	57	42	3	6	48	1.43
7907--7948	23	1.9	21	85	9	57	38	7	2	52	1.42
8083--8133	23	2.2	23	82	6	59	41	1	0	56	1.10
8093--8137	11	3.9	11	82	8	54	40	0	0	60	0.97
8422--8465	19	2.1	22	88	12	67	40	0	2	56	1.11
8424--8488	34	1.9	34	84	6	87	44	1	3	50	1.26
8552--8600	16	3.0	16	82	11	64	53	2	0	44	1.12
8571--8614	11	3.7	11	77	16	52	47	0	0	52	1.00
8508--8619	52	2.0	57	83	10	144	50	1	2	45	1.26
8921--8946	12	2.2	12	100	0	52	50	0	0	50	1.00
9852--9895	18	2.4	18	85	11	63	47	0	2	50	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9890--9935	22	2.1	22	84	8	58	47	0	4	47	1.21
9894--9941	22	2.2	21	79	13	53	45	0	6	47	1.27
10300--10398	14	7.8	13	70	20	50	50	2	0	47	1.12
10301--10393	25	3.8	23	73	16	62	50	2	0	47	1.13
10304--10406	10	10.0	10	67	24	54	50	1	0	47	1.12
10346--10426	34	2.4	33	80	12	83	46	2	1	49	1.23
10811--10871	23	2.7	23	82	14	74	47	0	4	47	1.23
10836--10885	17	2.9	17	79	8	66	48	0	2	50	1.12
10859--10909	14	3.9	14	82	12	63	43	0	0	56	0.99
10816--10909	39	2.5	37	83	10	102	44	0	3	52	1.17
10862--10926	22	2.6	25	71	26	50	41	1	0	56	1.08
11279--11369	18	5.1	17	72	18	62	47	4	1	47	1.29
11338--11364	13	2.1	13	100	0	54	51	0	0	48	1.00
11489--11548	28	2.1	28	84	0	75	50	1	0	48	1.11
11496--11562	36	1.9	36	85	11	95	49	0	1	49	1.10
11574--11654	24	3.3	24	79	6	74	45	1	1	51	1.16
11767--11810	21	2.1	21	83	8	54	54	2	0	43	1.12
11817--11899	19	4.2	20	73	16	66	45	1	2	50	1.22
11864--11953	36	2.4	37	80	12	96	47	4	1	46	1.29
11896--11971	30	2.6	28	75	17	66	44	6	1	47	1.37
12156--12200	22	2.0	22	82	0	54	42	2	6	48	1.41
12180--12213	18	1.9	18	88	5	52	44	0	2	52	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12377--12488	12	10.4	12	66	28	65	55	0	1	41	1.16
12571--12630	14	4.4	14	74	19	56	46	3	1	48	1.28
12742--12791	14	3.4	14	81	10	55	44	0	0	56	0.99
13026--13079	19	2.8	20	80	11	67	51	0	1	46	1.11
13407--13981	181	3.2	177	81	6	628	41	7	8	42	1.64
14739--14968	120	1.9	120	88	0	343	34	12	8	44	1.73
14852--15338	238	2.0	239	83	0	616	40	9	8	40	1.69
15587--15641	24	2.3	25	75	12	62	56	3	1	38	1.28
15097--16095	181	5.6	180	78	5	918	41	9	8	40	1.68
16195--16275	32	2.5	33	74	13	78	46	2	6	44	1.41
17406--17445	15	2.7	15	88	3	55	55	2	0	42	1.13
17488--17568	25	3.4	24	76	19	80	56	2	0	40	1.12
17980--18024	12	3.8	12	85	5	56	40	0	0	60	0.97
18581--18615	13	2.8	13	91	4	54	34	2	0	62	1.10
18633--18681	21	2.6	18	81	12	53	44	2	4	48	1.33
18607--18700	18	5.1	18	73	15	59	40	2	3	54	1.28
19190--19325	41	3.4	41	88	4	204	21	10	21	47	1.80
19190--19358	41	4.2	39	78	14	130	21	11	19	46	1.82
19786--19868	20	4.1	20	68	17	53	48	2	2	46	1.28
19825--19960	61	2.2	64	76	11	147	47	4	1	47	1.31
20607--20664	30	2.0	29	83	10	73	46	1	1	50	1.22
20945--20996	21	2.4	23	81	12	65	46	1	0	51	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21741--21809	33	2.1	32	84	7	86	49	4	0	46	1.21
21836--21984	15	9.9	15	67	25	61	44	4	0	50	1.25
21963--22013	17	2.9	17	75	18	50	50	1	0	47	1.12
22069--22108	15	2.5	16	88	8	55	47	2	0	50	1.14
22075--22142	28	2.5	28	77	18	72	50	1	0	48	1.10
22102--22169	13	5.6	12	71	13	50	52	0	0	47	1.00
22364--22423	16	3.5	17	75	20	63	46	1	0	51	1.10
22362--22418	29	2.0	29	82	6	71	47	1	0	50	1.11
22427--22486	23	2.5	24	81	15	70	43	1	5	50	1.34
22442--22492	23	2.4	21	81	15	61	37	0	5	56	1.23
22442--22502	20	3.0	21	86	11	74	40	0	4	54	1.22
23482--23553	9	8.9	9	72	25	63	50	0	0	50	1.00
23485--23566	22	3.7	22	83	15	98	51	0	0	48	1.00
23746--23779	17	1.9	17	88	5	50	58	2	0	38	1.13
23756--23820	23	2.8	22	77	9	67	49	1	3	46	1.27
24156--24210	25	2.2	26	86	3	76	47	0	1	50	1.11
24203--24257	22	2.6	21	76	18	60	54	1	0	43	1.10
24227--24271	16	3.1	15	75	24	51	53	0	0	46	1.00
24501--24542	15	2.9	14	86	13	50	45	2	2	50	1.27
24627--24697	20	3.7	19	77	14	67	50	1	0	47	1.09
24640--24730	16	5.8	16	71	22	59	47	1	0	51	1.07
25023--25066	20	2.2	20	88	8	63	45	0	2	52	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25308--25351	14	3.4	14	76	23	51	54	0	0	45	0.99
25308--25351	20	2.3	19	88	11	63	54	0	0	45	0.99
26567--26638	29	2.5	29	77	8	76	52	1	1	44	1.18
29434--29476	20	2.1	21	91	4	70	51	0	18	30	1.47
30156--30478	141	2.3	141	92	3	535	29	10	13	47	1.75
31521--32465	175	5.3	176	73	9	695	42	8	7	41	1.64
32486--32537	16	3.1	16	81	13	61	53	1	1	42	1.23
33187--33246	21	2.9	21	69	16	52	35	1	6	56	1.35
34445--34485	21	2.0	21	90	0	64	53	0	2	43	1.13
34455--34488	10	3.3	10	84	8	50	58	0	2	38	1.13

Tables:   1   2   3   4   5