genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_018397265.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_146.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  8065533

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2005643--2005711	25	2.9	25	76	14	67	43	2	0	53	1.15
2005683--2005760	7	11.6	7	71	17	51	48	0	1	50	1.09
2005690--2005738	25	1.9	26	88	12	75	51	0	2	46	1.12
2005685--2005742	15	4.3	14	70	24	52	50	0	1	48	1.11
2005471--2005799	152	2.1	154	84	5	434	39	1	2	56	1.22
2005781--2005823	5	8.6	5	89	0	68	16	2	2	79	0.95
2005888--2005939	23	2.3	23	78	15	56	44	0	3	51	1.19
2006032--2006136	42	2.5	42	92	3	167	40	3	3	51	1.38
2005880--2006332	237	1.9	237	87	2	664	44	2	2	50	1.29
2006201--2006332	42	3.2	41	76	12	119	43	1	1	53	1.19
2007413--2007486	35	2.1	36	92	5	123	16	25	5	52	1.64
2007422--2007498	35	2.2	35	74	2	84	11	24	3	59	1.49
2009436--2009538	38	2.7	36	77	18	111	29	8	15	46	1.76
2019425--2019569	29	5.0	29	80	9	161	37	13	9	39	1.77
2021471--2021515	21	2.2	20	88	4	63	64	6	0	28	1.19
2034806--2035062	80	3.2	80	80	1	282	31	10	22	32	1.87
2038857--2038924	34	2.0	34	91	0	109	50	13	11	25	1.75
2043758--2043797	17	2.4	17	83	12	55	55	7	0	37	1.29
2046303--2046359	28	2.0	29	82	3	71	22	0	14	63	1.30
2062263--2062313	21	2.4	21	81	12	52	29	15	25	29	1.96
2068756--2068797	21	2.0	21	81	9	50	16	2	4	76	1.07
2089453--2089481	3	9.7	3	100	0	58	31	0	0	68	0.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2092572--2092641	36	1.9	36	85	5	97	35	20	8	35	1.83
2102513--2102656	29	5.0	28	78	9	137	38	13	7	40	1.73
2109601--2109663	30	2.1	30	84	0	81	17	26	6	49	1.71
2116035--2116060	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2116779--2116807	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
2117824--2117862	21	2.0	20	85	14	55	46	0	5	48	1.24
2118309--2118340	2	16.5	2	93	6	57	46	0	0	53	1.00
2118309--2118346	13	3.0	13	92	3	60	44	2	0	52	1.14
2118309--2118340	15	2.2	15	94	5	57	46	0	0	53	1.00
2127715--2127748	8	4.4	8	92	3	52	0	38	0	61	0.96
2130660--2130707	19	2.5	19	83	9	62	4	25	4	66	1.27
2130816--2130885	28	2.5	28	83	4	88	5	24	2	67	1.26
2132392--2132498	50	2.1	50	83	6	128	34	15	20	28	1.94
2132464--2132532	36	1.9	36	87	0	102	37	15	17	28	1.91
2136282--2136319	14	2.8	14	92	4	60	52	5	18	23	1.65
2138801--2138834	17	2.0	17	88	11	52	47	14	0	38	1.45
2138998--2139146	29	5.1	29	78	8	131	37	12	7	42	1.70
2139703--2139754	2	26.5	2	80	3	61	44	1	5	48	1.38
2147881--2147925	9	5.3	9	76	15	51	77	2	0	20	0.87
2151435--2151503	36	1.9	36	84	0	93	39	18	14	27	1.90
2153185--2153272	36	2.4	36	84	0	104	35	26	11	27	1.90
2167735--2167892	30	5.5	29	71	19	125	32	0	0	66	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2167705--2167864	66	2.4	67	76	15	161	33	0	0	65	0.97
2167739--2167950	60	3.6	58	75	16	206	33	1	0	64	1.08
2167762--2167955	54	3.5	54	70	17	164	32	2	0	64	1.09
2167691--2167875	80	2.2	82	79	15	195	33	0	0	65	1.01
2167732--2167978	114	2.2	113	93	2	422	32	1	0	65	1.06
2167926--2168058	5	25.4	5	71	14	58	30	0	0	69	0.94
2167809--2168016	8	24.2	9	62	25	60	32	1	0	65	1.05
2167717--2167891	33	5.3	34	68	22	92	33	0	0	66	0.96
2167932--2168058	33	3.7	34	74	15	95	30	0	0	68	0.95
2167941--2168044	24	4.2	25	73	15	83	31	0	0	67	0.97
2167975--2168072	26	3.7	27	71	15	80	33	0	1	65	1.00
2171441--2171763	68	4.8	69	83	3	365	35	19	10	34	1.86
2176674--2176767	30	3.1	30	85	1	125	26	22	30	20	1.98
2177196--2177227	17	1.9	16	93	6	55	43	0	25	31	1.55
2177836--2177869	17	1.9	18	88	5	52	32	8	14	44	1.76
2184322--2184516	91	2.2	90	95	0	345	30	12	14	42	1.84
2187617--2187740	39	3.2	38	73	4	122	45	18	4	30	1.70
2191208--2191247	18	2.3	17	86	4	53	57	2	5	35	1.34
2191216--2191268	17	3.1	17	84	13	65	60	1	1	35	1.19
2194711--2194824	39	2.9	39	80	6	140	15	18	22	42	1.88
2194711--2194812	41	2.5	40	87	3	134	16	20	22	40	1.91
2196743--2196828	36	2.4	36	90	0	127	32	6	15	45	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2196853--2196988	71	1.9	71	83	3	175	36	7	11	44	1.69
2196743--2197002	35	7.3	35	73	6	166	35	6	12	42	1.68
2203625--2203872	35	6.9	36	75	3	214	32	6	14	43	1.69
2203684--2203886	106	2.0	96	82	9	235	34	4	11	43	1.63
2203625--2203872	71	3.5	71	73	2	237	32	6	14	43	1.69
2205970--2206017	25	1.9	24	84	16	62	43	0	2	54	1.12
2206377--2206448	33	2.2	33	80	12	85	59	0	0	40	0.97
2213490--2213605	44	2.7	43	85	8	123	33	12	12	40	1.82
2213507--2213605	44	2.3	42	89	6	162	33	11	13	42	1.79
2216711--2216907	53	3.7	53	84	1	243	37	17	11	33	1.86
2217861--2217916	21	2.7	21	97	0	103	30	21	14	33	1.93
2217881--2217958	21	3.7	21	82	3	86	32	19	11	37	1.87
2218139--2218176	20	1.9	20	94	0	67	34	34	5	26	1.79
2222580--2224178	549	2.9	549	88	1	2255	39	13	11	35	1.82
2229203--2229268	32	2.1	32	94	0	114	34	10	18	36	1.85
2230968--2231119	53	2.9	53	76	7	157	34	17	14	32	1.90
2232073--2232148	21	3.6	21	82	3	100	34	15	11	38	1.84
2232984--2233011	10	2.8	10	100	0	56	75	0	0	25	0.81
2233006--2233038	8	3.7	9	88	12	50	66	12	0	21	1.23
2235476--2235582	28	3.8	28	73	2	81	27	15	21	35	1.94
2235481--2235603	56	2.2	56	82	5	142	28	17	20	34	1.95
2241666--2241752	42	2.1	42	97	0	165	37	11	21	28	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2262161--2262185	10	2.5	10	100	0	50	0	28	0	72	0.86
2265066--2265122	28	2.1	27	80	6	62	28	1	8	61	1.36
2274743--2274944	90	2.2	90	97	0	377	28	8	23	39	1.84
2300203--2300240	19	2.0	19	85	10	51	52	0	0	47	1.00
2301513--2301566	22	2.5	20	82	8	63	79	5	9	5	1.04
2301516--2301568	17	3.1	17	79	17	56	79	3	9	7	1.05
2310797--2310875	33	2.3	34	80	4	88	20	12	25	41	1.87
2310795--2310893	35	2.9	33	73	16	87	20	13	27	39	1.89
2328395--2328686	71	4.2	71	82	5	362	44	11	8	35	1.71
2328395--2328686	107	2.8	104	84	7	358	44	11	8	35	1.71
2328395--2328686	35	8.3	35	81	7	319	44	11	8	35	1.71
2333000--2333064	21	3.0	21	76	14	71	0	35	0	64	0.94
2332977--2333064	42	2.1	43	85	10	119	0	35	0	64	0.94
2333246--2333287	22	1.9	22	95	0	75	11	40	26	21	1.88
2338975--2339212	28	8.2	29	81	5	232	39	13	10	37	1.78
2338975--2339212	57	4.1	57	80	3	253	39	13	10	37	1.78
2339021--2339213	85	2.2	88	84	5	250	38	13	8	39	1.76
2341052--2341094	19	2.3	19	87	0	59	60	0	0	39	0.97
2345105--2345207	30	3.5	30	77	13	90	34	9	27	28	1.88
2345969--2346009	19	2.2	19	86	8	57	48	4	24	21	1.69
2351191--2351383	74	2.6	74	85	3	271	22	21	16	39	1.92
2359370--2359399	11	2.7	11	100	0	60	26	43	10	20	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2359883--2360079	74	2.7	73	78	4	182	24	19	14	42	1.88
2365723--2365748	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2369717--2369763	23	2.0	23	87	0	67	38	4	6	51	1.47
2369914--2370145	112	2.1	112	84	4	297	54	6	7	30	1.55
2369942--2370145	112	1.8	114	87	4	306	56	6	7	29	1.53
2371040--2371103	18	3.5	19	74	20	64	56	0	0	43	0.99
2385080--2385132	24	2.2	24	90	6	81	73	5	7	13	1.23
2388597--2388634	2	19.5	2	94	5	69	47	52	0	0	1.00
2393230--2393290	32	1.9	32	93	3	106	31	26	9	32	1.89
2395101--2395130	1	30.0	1	100	0	60	0	0	100	0	0.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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