genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_018397265.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_146.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  8065533

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2396846--2396879	17	2.0	17	88	11	52	23	8	14	52	1.69
2398948--2398989	19	2.2	20	82	4	50	42	2	19	35	1.64
2400853--2400937	31	2.8	30	78	16	95	55	3	20	21	1.58
2401732--2401872	22	6.4	22	69	5	79	31	7	23	36	1.83
2402753--2402811	25	2.4	25	97	0	109	35	11	23	28	1.91
2420109--2420147	19	2.1	19	100	0	78	43	10	25	20	1.83
2428651--2428777	36	3.6	35	76	3	110	27	13	36	22	1.92
2428652--2428746	35	2.7	36	80	3	111	25	13	36	24	1.92
2433177--2433230	2	26.5	2	85	10	74	48	0	3	48	1.19
2433186--2433240	27	2.0	27	100	0	110	49	0	7	43	1.30
2436266--2436306	21	2.1	19	86	9	55	60	9	0	29	1.28
2445429--2445461	2	16.0	2	93	6	57	48	3	0	48	1.17
2445623--2445666	21	2.0	22	91	4	72	43	4	6	45	1.51
2453071--2453101	16	1.9	16	100	0	62	29	12	19	38	1.89
2454315--2454440	62	2.0	62	100	0	252	32	15	12	39	1.85
2469734--2469773	20	2.0	20	85	9	55	52	0	2	45	1.14
2469931--2469969	15	2.6	15	87	0	60	38	33	0	28	1.57
2473158--2473220	31	2.0	31	87	0	90	47	7	20	23	1.76
2475668--2475712	21	2.1	21	100	0	90	62	0	0	37	0.96
2479134--2479344	72	3.0	68	77	8	201	28	7	27	36	1.83
2488543--2488580	2	19.5	2	94	5	69	50	0	0	50	1.00
2496975--2497112	63	2.2	63	89	0	204	44	11	16	27	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2500133--2500236	51	2.0	51	100	0	208	35	9	11	43	1.74
2500261--2500320	21	2.9	21	87	0	84	21	6	23	48	1.74
2500423--2500510	21	4.1	22	79	4	99	30	3	13	52	1.57
2500427--2500510	43	2.0	43	83	4	107	30	3	14	51	1.59
2501270--2501338	36	1.9	36	87	0	102	28	8	24	37	1.85
2506440--2506466	2	13.5	2	100	0	54	51	48	0	0	1.00
2508458--2508520	26	2.5	26	89	7	94	46	0	1	52	1.10
2508469--2508566	26	3.7	27	82	6	112	43	1	2	53	1.19
2508510--2508609	42	2.4	41	85	6	112	44	2	2	52	1.24
2508476--2508579	26	4.0	26	81	7	79	43	0	1	53	1.18
2510146--2510182	19	1.9	20	88	5	58	18	29	21	29	1.97
2515699--2515744	16	2.8	16	83	3	56	21	0	8	69	1.15
2517203--2517356	64	2.4	63	89	6	231	31	16	22	29	1.96
2519390--2519445	25	2.2	25	90	0	85	25	26	17	30	1.97
2520836--2520889	15	4.1	14	75	22	55	0	33	0	66	0.92
2531481--2531617	73	1.9	73	84	0	184	37	16	21	24	1.94
2540124--2540246	35	3.6	33	80	8	131	49	13	5	31	1.65
2542169--2542293	62	2.0	62	95	0	223	25	8	33	32	1.85
2548729--2548810	40	2.0	40	95	0	146	46	7	12	34	1.69
2552973--2553481	253	2.0	254	97	0	957	32	20	14	32	1.93
2557041--2557065	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
2557723--2557762	18	2.3	18	86	4	55	5	20	0	75	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2567775--2567838	33	1.9	33	84	6	85	45	3	0	51	1.17
2567790--2567836	19	2.6	19	86	6	62	44	2	0	53	1.12
2572902--2573046	28	5.0	28	82	6	164	41	10	12	35	1.77
2572908--2573062	59	2.7	57	84	5	193	40	9	10	38	1.73
2578788--2578854	35	1.9	35	90	0	107	43	16	5	34	1.72
2583425--2583510	41	2.1	41	82	0	100	39	13	15	31	1.86
2584164--2584317	80	1.9	80	84	5	204	35	21	11	31	1.88
2586446--2586697	71	3.5	71	74	11	212	35	18	18	26	1.94
2589072--2589127	21	2.7	21	97	0	103	30	19	8	41	1.82
2598904--2599161	68	3.8	67	75	6	171	34	16	11	37	1.84
2598904--2599161	136	1.9	136	79	3	295	34	16	11	37	1.84
2600148--2600178	16	1.9	16	93	0	53	67	16	3	12	1.35
2606614--2606916	68	4.5	68	82	2	313	33	20	9	36	1.85
2608104--2608134	16	1.9	16	93	0	53	67	16	3	12	1.35
2621277--2621322	19	2.3	20	82	14	60	28	30	0	41	1.56
2621777--2622011	68	3.5	67	80	4	222	36	14	17	31	1.90
2621777--2622029	102	2.5	102	82	4	291	35	14	16	32	1.90
2621803--2622011	34	6.1	34	86	3	217	35	14	19	30	1.92
2621944--2622030	34	2.7	31	84	8	95	33	12	17	36	1.87
2622087--2622178	43	2.1	43	83	0	112	33	16	14	35	1.88
2622188--2622289	43	2.4	43	80	6	125	29	12	21	36	1.91
2622727--2622781	24	2.3	24	78	9	60	67	3	20	9	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2629932--2630312	28	13.3	28	80	7	363	39	9	12	39	1.75
2629932--2630265	57	5.9	55	81	8	240	39	9	13	38	1.76
2629921--2630286	85	4.3	84	82	6	371	39	9	12	38	1.76
2639914--2639955	15	2.6	16	88	7	59	19	9	4	66	1.38
2643222--2643281	20	3.1	20	90	4	97	43	15	10	31	1.79
2644505--2644609	35	3.0	35	87	2	149	45	12	6	35	1.68
2654287--2654318	15	2.1	16	88	11	50	40	21	9	28	1.84
2657881--2657911	2	15.0	2	93	6	53	48	3	0	48	1.17
2662149--2662192	21	2.0	22	91	4	72	31	0	6	61	1.22
2671827--2672019	64	3.0	63	96	2	350	26	6	24	41	1.80
2675768--2675803	19	1.9	19	88	5	56	58	22	0	19	1.40
2678515--2678562	15	3.1	15	87	3	69	35	10	20	33	1.87
2678777--2678860	33	2.6	33	88	1	116	28	4	0	66	1.12
2678750--2678869	33	3.2	37	73	13	104	30	7	0	61	1.23
2682590--2682623	4	8.5	4	86	0	50	47	29	0	23	1.52
2707264--2707322	25	2.4	25	85	0	73	28	32	13	25	1.94
2717418--2717583	29	5.7	28	81	14	176	39	12	10	37	1.78
2717404--2717583	61	3.0	61	81	13	205	40	11	10	38	1.74
2720546--2720583	20	1.9	20	100	0	76	36	21	10	31	1.87
2721533--2721580	9	5.2	9	78	12	53	64	0	0	35	0.94
2721533--2721580	18	2.6	19	83	12	64	64	0	0	35	0.94
2728199--2729206	501	2.0	504	95	0	1799	32	18	15	33	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2747197--2747250	20	2.7	20	97	0	99	35	16	14	33	1.90
2771921--2771960	19	2.2	18	90	4	62	55	0	0	45	0.99
2773102--2773157	12	4.7	12	76	12	53	64	1	33	0	1.04
2773116--2773157	4	11.0	4	80	10	52	69	0	30	0	0.89
2773102--2773169	8	8.6	8	75	15	54	63	2	33	0	1.10
2773116--2773157	16	2.8	16	92	7	70	69	0	30	0	0.89
2777425--2777463	20	2.0	20	100	0	78	38	5	20	35	1.75
2781177--2781247	27	2.6	27	79	0	88	30	14	18	36	1.90
2781352--2781440	34	2.6	34	80	3	99	19	15	28	37	1.92
2789247--2789285	18	2.2	18	86	9	53	56	0	0	43	0.99
2792184--2792214	4	7.8	4	92	0	53	70	0	29	0	0.87
2792177--2792215	8	4.9	8	90	0	51	64	0	35	0	0.94
2814116--2814153	14	2.7	14	100	0	76	26	0	28	44	1.54
2814720--2814914	74	2.6	74	89	1	284	42	15	18	23	1.88
2816364--2816397	15	2.3	15	100	0	68	61	0	0	38	0.96
2816406--2816790	190	2.0	193	95	2	695	41	12	12	33	1.81
2817790--2817841	14	3.7	14	76	0	50	57	32	3	5	1.40
2817934--2817973	17	2.4	16	81	18	55	40	2	0	57	1.12
2817931--2817973	18	2.4	17	85	11	59	39	2	0	58	1.11
2820179--2820288	54	2.0	54	96	0	202	35	12	16	35	1.87
2821643--2821719	28	2.8	28	78	7	93	32	18	11	37	1.87
2824484--2824527	19	2.3	19	96	0	79	38	15	27	18	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2826369--2826449	23	3.5	23	72	0	72	34	6	33	25	1.81
2826671--2826784	47	2.4	47	80	2	140	28	16	28	27	1.97
2827431--2827602	31	5.6	31	85	1	220	31	14	17	36	1.90
2827436--2827602	61	2.7	62	82	1	210	32	14	16	36	1.89
2831132--2831576	31	14.3	31	69	6	121	28	30	12	28	1.93
2831172--2831515	62	5.5	61	72	7	199	29	29	11	28	1.92
2831136--2831515	124	3.1	123	82	2	438	29	30	12	28	1.93
2831323--2831558	62	3.8	62	76	6	201	30	31	10	27	1.90
2833963--2834007	21	2.1	21	91	0	72	22	22	2	53	1.57
2839495--2839616	23	5.4	23	70	15	85	37	18	12	31	1.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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