genome.fa.s22.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_018397275.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_34.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2955990

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2063186--2063348	14	11.2	14	67	17	57	29	1	1	67	1.09
2062769--2063229	112	4.1	112	93	5	774	33	2	0	63	1.12
2063146--2063315	68	2.5	68	79	11	156	31	2	1	65	1.13
2063285--2063351	17	4.0	17	75	21	70	25	1	0	73	0.92
2063287--2063357	33	2.2	33	85	14	94	28	1	0	70	0.96
2063177--2063347	29	5.9	29	68	19	99	29	1	1	67	1.08
2063290--2063353	12	5.8	12	75	17	50	26	1	0	71	0.94
2063293--2063362	34	2.1	34	82	15	83	28	1	0	70	0.96
2073638--2073980	168	2.0	167	86	3	474	45	11	19	22	1.83
2074423--2074506	25	3.4	25	63	14	66	19	40	5	34	1.76
2074420--2074515	48	2.0	48	100	0	192	20	39	8	31	1.82
2083853--2083889	19	1.9	19	89	10	58	59	0	10	29	1.31
2086215--2086248	4	8.2	4	96	3	59	73	0	0	26	0.83
2091740--2091802	31	2.1	30	84	3	81	41	7	4	46	1.54
2097216--2097255	16	2.5	16	84	8	55	60	0	0	40	0.97
2108828--2108874	20	2.3	21	75	14	53	8	12	4	74	1.19
2109509--2109539	13	2.4	13	100	0	62	64	6	16	12	1.47
2115676--2115710	18	1.9	18	88	0	52	57	2	0	40	1.14
2122523--2122563	19	2.2	19	100	0	82	31	4	14	48	1.65
2127125--2127153	15	2.0	15	93	6	51	24	20	13	41	1.89
2133287--2133383	36	2.7	36	81	0	113	36	13	17	32	1.89
2133925--2133971	24	2.0	24	83	4	60	53	17	12	17	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2147983--2148064	35	2.3	35	81	8	103	18	9	30	41	1.82
2149622--2149667	19	2.6	17	86	6	56	67	4	0	28	1.10
2149640--2149677	16	2.3	17	81	4	51	71	5	0	23	1.07
2150868--2150914	20	2.4	19	79	10	51	74	0	19	6	1.03
2151054--2151094	21	1.9	22	85	5	57	39	2	2	56	1.26
2151075--2151125	16	3.3	16	72	10	61	49	3	0	47	1.20
2157180--2157313	36	3.7	36	90	0	205	35	22	11	30	1.89
2158617--2158655	11	3.5	11	83	16	53	79	2	17	0	0.84
2161018--2161099	42	2.0	42	82	0	101	45	12	13	29	1.80
2163660--2163735	28	2.6	30	83	4	93	34	0	3	61	1.14
2164805--2164845	21	1.9	22	90	5	66	48	4	0	46	1.23
2172462--2172511	25	2.1	22	89	10	73	46	0	0	54	1.00
2172676--2172726	25	2.0	25	100	0	102	37	7	19	35	1.81
2172709--2172754	15	3.1	15	83	0	65	32	8	28	30	1.87
2172903--2172999	25	3.8	25	73	21	76	36	2	0	61	1.07
2172955--2173040	33	2.6	33	83	5	102	29	2	0	68	1.02
2173091--2173143	26	2.0	27	85	3	72	33	1	0	64	1.05
2175106--2175156	21	2.5	20	83	6	57	76	5	13	3	1.11
2176920--2177193	96	3.0	88	83	8	329	59	10	19	10	1.59
2177374--2177456	2	44.0	2	86	11	113	49	0	0	50	1.00
2182020--2182062	22	2.0	22	81	9	52	72	9	9	9	1.30
2192647--2192685	20	1.9	21	89	5	62	23	2	10	64	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2195443--2195485	21	2.0	21	86	8	61	27	25	20	25	1.99
2196997--2197154	83	1.9	83	81	8	191	60	16	4	18	1.52
2197342--2197383	22	1.9	22	90	0	66	19	11	23	45	1.83
2197422--2197495	30	2.5	30	81	0	94	22	16	17	43	1.88
2200376--2200434	21	2.8	20	80	7	57	66	3	3	27	1.24
2200408--2200450	19	2.4	18	84	7	52	69	4	0	25	1.07
2203231--2203275	21	2.2	20	88	4	63	64	4	2	28	1.25
2209249--2209319	31	2.3	31	100	0	142	38	5	19	36	1.76
2210941--2211077	37	3.7	36	79	4	141	35	26	10	27	1.89
2210941--2211079	74	1.9	74	83	5	183	35	26	10	28	1.89
2211080--2211163	31	2.7	30	77	3	87	27	19	15	38	1.91
2214369--2214412	20	2.1	21	87	4	63	0	20	0	79	0.73
2222869--2222900	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
2232087--2232117	6	5.2	6	100	0	62	0	0	48	51	1.00
2235240--2235267	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
2236080--2236121	21	2.0	21	95	0	75	35	4	2	57	1.33
2236148--2236265	20	6.1	19	71	14	64	30	2	0	66	1.04
2236145--2236265	13	8.8	13	65	23	52	30	2	0	66	1.04
2236206--2236268	33	1.9	33	90	0	99	31	0	0	68	0.90
2239179--2239218	12	3.4	12	82	6	55	30	12	27	30	1.93
2239163--2239263	23	4.3	23	82	2	121	30	8	20	39	1.83
2239157--2239263	46	2.3	48	85	3	137	30	9	21	38	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2245543--2245842	76	4.0	76	81	2	334	23	16	25	34	1.95
2245851--2246176	76	4.3	76	81	0	373	25	17	24	32	1.97
2245689--2246034	192	1.8	192	87	1	514	23	18	25	32	1.97
2245849--2246174	152	2.1	153	84	2	433	25	17	24	32	1.97
2245543--2246176	344	1.8	343	85	0	899	24	17	25	33	1.96
2247461--2247620	35	4.7	35	76	4	148	46	13	6	33	1.69
2249381--2249441	23	2.7	23	84	0	68	52	11	9	26	1.68
2255154--2255226	37	2.0	37	91	0	119	30	10	17	41	1.84
2255609--2255658	15	3.3	15	69	20	50	42	2	4	52	1.31
2259787--2259844	27	2.2	27	90	3	91	50	6	0	43	1.29
2259878--2259940	21	3.0	20	73	17	56	52	3	3	41	1.33
2259877--2259970	42	2.2	42	80	10	104	51	3	2	43	1.29
2259931--2259995	26	2.7	23	78	15	69	49	3	0	47	1.17
2259760--2260260	147	3.3	147	84	4	628	53	3	1	40	1.30
2260305--2260548	42	5.9	42	79	13	249	54	2	1	41	1.23
2260305--2260575	22	13.1	20	68	19	105	52	2	1	43	1.24
2260142--2260489	123	2.8	122	84	7	454	53	4	2	39	1.33
2260432--2260574	15	10.1	14	68	26	72	50	1	2	45	1.25
2260533--2260598	7	9.4	7	75	21	59	43	0	3	53	1.16
2260533--2260598	15	4.7	14	72	23	59	43	0	3	53	1.16
2260555--2260609	27	2.1	27	83	12	71	49	0	1	49	1.11
2271706--2271755	15	3.3	15	69	20	50	36	2	8	54	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2273721--2273781	24	2.2	28	72	27	76	40	9	4	44	1.59
2273733--2273781	24	2.0	24	100	0	98	40	12	4	42	1.61
2275312--2275362	21	2.4	21	80	0	66	25	23	9	41	1.85
2290292--2290316	7	3.6	7	100	0	50	32	40	0	28	1.57
2291606--2291643	19	2.0	20	84	5	51	42	15	10	31	1.81
2296181--2296683	253	2.0	253	95	0	898	36	13	10	40	1.78
2297078--2297135	8	7.4	8	74	18	59	46	1	1	50	1.22
2297420--2297462	19	2.2	20	84	12	54	30	2	6	60	1.35
2297429--2297467	20	2.0	19	90	5	60	28	0	7	64	1.21
2298741--2298782	21	2.0	22	85	4	59	40	0	0	59	0.97
2298891--2298948	11	5.3	11	69	22	50	63	0	0	36	0.94
2299211--2299264	21	2.5	23	76	11	60	42	9	5	42	1.60
2299840--2299877	19	2.0	20	89	5	60	23	13	0	63	1.30
2303058--2303118	30	2.0	30	93	0	104	37	13	16	32	1.87
2303327--2303368	22	1.9	22	90	0	66	23	19	2	54	1.55
2303355--2303456	42	2.5	40	79	9	107	35	7	4	51	1.52
2303495--2303713	110	2.0	108	85	5	291	29	8	6	55	1.54
2303695--2303729	16	2.2	16	100	0	70	37	5	0	57	1.23
2304587--2304730	60	2.6	54	78	12	162	54	9	4	31	1.51
2304595--2304717	60	2.0	60	87	0	174	56	9	3	30	1.48
2304901--2305010	54	2.0	55	91	3	177	52	9	4	33	1.53
2305282--2305385	44	2.3	45	93	3	174	41	13	7	37	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2305417--2305531	32	3.6	32	67	17	78	53	9	4	32	1.53
2305817--2306010	95	2.0	96	93	1	336	42	6	6	43	1.57
2305837--2305987	50	3.1	49	64	19	118	43	7	6	43	1.58
2309303--2309356	28	2.0	28	88	3	83	46	14	5	33	1.68
2309442--2309514	27	2.6	28	80	8	76	45	9	6	38	1.64
2309435--2309528	29	3.3	29	73	11	95	43	11	5	39	1.64
2309580--2309658	30	2.7	29	80	3	86	44	8	11	35	1.72
2309812--2309915	29	3.7	28	83	7	122	42	11	8	37	1.72
2309673--2309861	102	1.9	102	81	2	236	43	11	14	30	1.81
2310103--2310169	28	2.3	29	84	5	91	44	10	8	35	1.70

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8