genome.fa.s1279.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01001279.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00002511_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  6984689

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   

This is table  1  of  29  ( 3433 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
782--831	20	2.5	20	83	0	64	38	28	16	18	1.91
1468--1634	20	8.3	20	84	1	226	22	19	18	40	1.92
1631--1676	21	2.2	21	92	0	74	39	17	26	17	1.91
2224--2396	57	3.1	55	77	10	165	50	14	2	32	1.55
2236--2397	53	2.9	56	80	10	170	51	13	1	32	1.52
2236--2390	82	1.9	83	83	4	206	50	14	1	33	1.54
2236--2399	29	5.9	29	79	7	151	51	14	1	32	1.53
2404--2460	18	3.2	18	74	0	60	17	17	45	19	1.86
10475--10527	22	2.3	23	83	3	72	32	20	22	24	1.98
18659--18746	3	30.0	3	95	4	162	34	0	0	65	0.93
23464--23500	9	3.9	10	82	13	51	24	0	8	67	1.17
28131--28204	36	2.1	36	87	5	105	47	1	18	32	1.58
28140--28222	18	4.7	18	83	2	89	45	3	19	31	1.67
28133--28222	36	2.6	35	84	7	103	44	3	20	32	1.67
28794--28856	27	2.3	26	92	7	108	41	33	9	15	1.80
28792--28862	27	2.4	30	81	18	103	40	35	9	14	1.79
28819--29282	218	2.2	214	87	7	662	38	26	10	23	1.88
29026--29509	245	1.9	250	87	8	709	37	28	10	22	1.88
29246--29319	38	2.0	38	94	2	132	41	36	8	13	1.74
30422--30743	161	2.0	163	87	2	470	41	12	15	29	1.84
30585--31170	181	3.2	181	87	4	844	42	13	16	27	1.86
37597--37688	18	5.2	18	69	16	59	17	43	19	19	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37601--37682	32	2.6	31	80	3	92	17	42	20	19	1.89
37669--37723	8	6.5	8	81	12	58	12	34	27	25	1.92
37672--37705	15	2.3	15	94	0	59	8	35	29	26	1.87
44963--44995	16	2.1	16	88	11	50	30	27	6	36	1.81
49202--49235	14	2.3	15	90	5	52	52	11	5	29	1.61
51672--51707	15	2.4	15	100	0	72	66	0	5	27	1.13
51968--52661	54	12.9	54	83	4	724	34	17	18	29	1.94
51968--52661	162	4.3	162	85	1	856	34	17	18	29	1.94
58260--58914	54	12.2	54	86	2	750	34	17	18	29	1.94
60236--60516	46	6.1	46	88	0	409	20	21	12	44	1.85
60259--60516	20	11.1	25	66	22	152	20	21	12	44	1.85
67130--67405	46	6.0	46	90	0	426	19	22	12	45	1.84
67329--67421	20	4.3	20	82	15	123	18	27	10	43	1.83
67189--67471	66	4.2	66	72	15	254	19	22	13	44	1.85
67398--67492	46	2.1	46	86	7	131	22	16	12	48	1.80
74964--75004	18	2.3	18	100	0	82	31	9	9	48	1.69
75821--75890	30	2.4	30	81	6	83	37	10	8	44	1.69
76132--76192	21	3.2	21	60	26	53	26	11	16	45	1.81
76116--76209	36	2.6	36	94	0	161	26	13	15	43	1.85
76833--76866	3	11.3	3	93	0	59	35	0	0	64	0.94
77417--77441	3	8.3	3	100	0	50	68	0	32	0	0.90
78402--78470	30	2.3	30	87	0	93	23	14	10	52	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82068--82190	31	4.0	31	95	2	212	38	22	19	19	1.94
83829--84013	31	6.0	31	96	1	318	39	22	18	19	1.93
87811--87873	20	3.2	20	81	0	72	38	20	6	34	1.78
87952--88006	27	2.0	27	92	0	92	38	20	7	34	1.80
88656--88698	14	3.2	13	77	9	50	46	32	0	20	1.51
103346--103400	21	2.6	21	97	0	101	20	40	18	21	1.92
103444--103556	20	5.7	20	96	0	199	17	29	23	29	1.97
106885--106983	21	4.7	21	78	5	110	22	34	20	23	1.97
107012--107069	12	5.5	12	68	29	51	17	27	24	31	1.97
107003--107079	20	3.8	20	98	0	145	18	27	24	29	1.98
110857--110889	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
112769--112912	36	4.0	36	91	0	207	25	18	13	43	1.86
112769--112897	36	3.6	36	94	1	213	24	17	13	43	1.86
112940--113133	83	2.3	83	84	0	262	28	30	16	24	1.97
113023--113542	138	3.8	137	80	3	523	28	28	15	26	1.96
113806--113839	3	11.3	3	100	0	68	32	0	0	67	0.91
116892--116943	19	2.7	19	96	0	95	23	26	25	25	2.00
128084--128128	19	2.4	19	88	3	65	37	15	6	40	1.74
130133--130170	20	2.0	20	89	5	60	39	5	2	52	1.38
137432--137488	21	2.8	21	86	2	80	40	17	15	26	1.90
137516--137653	20	6.9	20	67	14	70	28	23	11	36	1.90
137495--137584	40	2.2	40	84	7	110	27	24	11	36	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
137516--137671	60	2.5	60	79	5	152	28	23	14	33	1.93
137517--137603	40	2.2	40	85	8	115	28	24	10	36	1.88
137794--137914	22	5.5	22	95	0	215	15	47	18	18	1.82
138259--138312	28	1.9	28	88	0	81	51	25	11	11	1.70
138259--138304	14	3.3	14	96	0	83	50	28	13	8	1.70
138293--138394	20	5.4	20	75	13	99	47	21	15	15	1.83
138277--138358	34	2.4	34	89	0	128	47	25	14	12	1.79
141345--141511	52	3.2	53	92	1	275	31	16	18	32	1.94
146089--146141	16	3.3	16	97	0	97	35	24	13	26	1.92
148537--148624	30	3.2	30	60	21	73	31	14	19	34	1.92
148518--148792	53	5.2	53	91	0	415	31	17	18	33	1.94
150091--150155	13	5.0	13	84	0	76	27	21	18	32	1.97
150127--150294	85	2.0	85	83	2	212	30	19	20	29	1.97
150388--150420	2	16.5	2	87	12	50	48	3	0	48	1.17
151983--152025	19	2.3	19	100	0	86	30	13	30	25	1.94
164750--164788	20	1.9	21	84	5	53	30	0	41	28	1.57
165126--165176	19	2.6	20	90	3	77	43	5	15	35	1.71
166072--166131	30	2.0	31	83	3	77	55	10	8	26	1.61
168321--168386	21	3.2	20	82	8	78	19	31	21	27	1.97
168904--168976	34	2.1	34	97	0	137	50	6	5	36	1.52
169177--169933	138	5.5	138	86	1	930	32	23	20	23	1.98
183332--183455	57	2.2	57	97	0	230	20	11	29	38	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
183525--183595	30	2.4	30	92	0	115	19	16	33	29	1.94
183544--183610	30	2.2	30	86	0	89	22	13	29	34	1.92
183775--183814	16	2.5	16	83	0	53	12	15	22	50	1.77
183858--183903	21	2.2	21	84	0	56	23	8	19	47	1.77
187151--187191	20	2.0	20	95	0	73	19	26	14	39	1.90
188133--188598	134	3.5	134	86	1	603	31	17	19	31	1.95
189199--189314	51	2.3	51	89	0	169	37	16	23	23	1.94
189317--189745	44	9.7	45	81	3	392	42	17	14	25	1.87
189317--189737	89	4.8	88	77	6	372	43	16	14	25	1.86
190059--190138	42	1.9	42	89	2	126	35	21	21	22	1.96
189907--190661	258	2.9	257	82	5	893	33	16	15	33	1.91
192729--192915	74	2.5	75	88	4	270	28	27	20	23	1.99
198604--198682	21	3.7	23	78	9	69	22	26	18	31	1.97
200914--200975	12	4.7	14	78	15	78	41	8	6	43	1.60
200914--200975	26	2.4	26	100	0	124	41	8	6	43	1.60
201273--201480	75	2.8	75	88	0	319	33	25	17	23	1.96
201757--201856	50	2.0	50	96	0	182	30	16	10	44	1.80
210646--210715	23	3.1	23	83	4	97	15	21	25	37	1.93
210679--210747	23	3.0	23	81	12	79	18	21	21	37	1.94
210706--210760	24	2.3	23	87	3	74	20	18	20	41	1.90
216760--216895	72	1.9	72	85	3	191	23	22	11	42	1.86
216760--216899	37	3.8	36	80	7	149	22	22	11	42	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
217434--217573	73	1.9	73	94	0	244	41	12	17	29	1.85
217435--217615	73	2.5	72	82	8	204	40	12	17	29	1.86
217615--217809	102	1.9	100	85	3	266	38	13	17	29	1.88
217685--217771	36	2.4	36	86	0	111	40	13	18	27	1.88
217814--218130	40	7.9	40	92	2	487	41	11	16	30	1.84
217938--218006	23	3.3	23	61	23	60	39	14	14	31	1.86
217814--218173	40	9.0	39	87	5	424	41	12	16	30	1.84
219382--219497	53	2.2	52	96	1	214	20	25	16	37	1.93
227555--227591	19	2.0	19	89	5	58	43	0	0	56	0.99
230574--230630	30	1.9	30	92	0	96	36	24	21	17	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29