genome.fa.s1279.2.7.7.80.10.50.1000.12.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01001279.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00002511_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  6984689

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2687651--2687726	28	2.8	27	80	6	91	44	2	11	40	1.55
2687652--2687736	28	3.1	28	75	18	74	42	5	12	38	1.68
2687779--2687891	13	8.6	14	71	17	59	57	3	2	36	1.30
2688219--2688471	117	2.2	117	82	2	294	27	21	12	37	1.90
2690601--2690778	90	2.0	90	94	0	311	44	6	10	37	1.66
2696344--2696518	90	2.0	89	91	1	287	45	6	10	37	1.64
2701547--2701579	14	2.4	14	90	10	50	3	12	0	84	0.72
2702236--2702272	17	2.2	17	90	4	58	16	2	0	81	0.81
2707899--2707935	19	2.1	17	90	10	56	16	10	5	67	1.38
2711560--2711614	13	4.2	13	85	0	74	25	18	18	38	1.93
2711586--2711751	85	2.0	84	82	7	201	30	21	18	29	1.97
2721227--2721265	19	2.1	19	100	0	78	48	15	25	10	1.76
2732142--2732296	61	2.5	61	83	2	195	26	20	27	25	1.99
2736732--2736769	19	2.1	17	90	9	58	2	39	0	57	1.12
2743298--2743494	21	9.3	22	72	21	81	54	5	1	38	1.33
2743298--2743364	20	3.5	20	75	18	63	56	2	2	37	1.30
2743304--2743608	47	6.1	47	72	23	157	53	5	1	40	1.33
2743338--2743671	2	172.0	2	68	24	175	52	6	1	40	1.36
2743338--2743610	13	20.1	14	72	23	151	53	5	0	40	1.31
2743304--2743608	12	24.0	12	72	21	166	53	5	1	40	1.33
2743304--2743603	77	3.9	77	73	20	211	53	5	1	40	1.33
2743343--2743610	77	3.5	75	76	21	236	52	5	0	40	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2755503--2755556	22	2.6	20	83	13	65	33	16	20	29	1.95
2763084--2763283	2	100.5	2	69	17	78	48	1	6	44	1.36
2763242--2763339	30	3.3	30	77	13	80	40	2	1	56	1.18
2769824--2769874	22	2.3	22	96	0	93	25	9	19	45	1.81
2776655--2776688	13	2.6	13	90	0	50	38	11	5	44	1.65
2778412--2778445	12	2.7	13	86	9	52	44	8	5	41	1.60
2779734--2779793	30	1.9	32	87	12	90	58	15	6	20	1.59
2781732--2781782	18	2.9	17	81	16	52	58	0	5	35	1.22
2781732--2781784	11	4.6	11	79	13	54	58	0	5	35	1.22
2781854--2781910	25	2.3	23	85	8	69	45	7	5	42	1.53
2781934--2781972	18	2.1	19	86	13	55	53	5	2	38	1.37
2783749--2783818	37	1.9	36	85	2	95	57	11	5	25	1.56
2797027--2797107	23	3.8	21	82	9	94	24	30	24	19	1.98
2797070--2797111	19	2.3	19	87	4	59	21	30	33	14	1.93
2853349--2853379	16	1.9	16	100	0	62	58	22	12	6	1.58
2853448--2853508	16	3.8	16	95	0	113	55	22	13	8	1.64
2854254--2854309	14	4.3	14	76	17	66	53	23	12	10	1.69
2854234--2854308	24	3.1	24	86	3	98	56	20	10	13	1.66
2854632--2854676	18	2.5	18	92	0	72	28	35	13	22	1.92
2855448--2855557	39	2.8	39	88	0	166	18	23	26	31	1.97
2857920--2857963	18	2.4	18	92	0	70	43	13	6	36	1.71
2861316--2861426	57	1.9	57	90	0	177	35	19	20	24	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2868063--2868095	3	11.0	3	100	0	66	33	0	0	66	0.92
2868484--2868529	24	1.9	24	86	8	67	45	0	0	54	0.99
2869616--2869651	7	4.9	7	87	12	54	72	0	0	27	0.85
2870137--2870203	33	2.0	33	91	0	107	29	10	17	41	1.83
2870257--2870297	3	13.7	3	80	19	50	68	0	0	31	0.90
2870962--2871220	110	2.4	108	86	5	362	23	19	23	33	1.97
2875234--2875283	10	5.4	10	73	26	56	72	0	0	28	0.86
2875755--2875836	33	2.5	33	92	4	130	28	14	20	36	1.92
2875888--2875947	8	7.8	8	72	20	56	71	0	0	28	0.86
2875890--2875947	3	19.3	3	80	19	52	70	0	0	29	0.87
2875888--2875947	27	2.2	29	80	19	76	71	0	0	28	0.86
2876253--2876285	16	2.1	16	100	0	66	54	27	0	18	1.44
2876446--2876481	17	2.1	18	89	5	56	47	0	0	52	1.00
2878547--2879218	101	6.3	103	74	13	499	31	3	12	53	1.54
2878632--2879218	326	1.8	326	89	3	923	31	3	11	54	1.52
2878759--2879158	217	1.8	223	84	6	566	31	3	11	53	1.55
2883635--2883800	85	2.0	85	85	4	228	30	17	19	32	1.95
2883779--2883823	13	3.5	13	90	0	72	31	15	22	31	1.95
2883772--2883823	26	2.0	26	88	0	77	34	13	21	30	1.92
2884420--2884474	18	3.4	18	64	35	52	25	27	12	34	1.92
2884419--2884475	30	1.9	30	100	0	114	24	26	12	36	1.91
2896065--2896094	12	2.5	12	88	0	51	66	3	23	6	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2896266--2896294	12	2.3	13	94	5	51	58	3	0	37	1.15
2896181--2896352	85	2.0	85	85	8	235	56	9	2	31	1.45
2897659--2897695	17	2.1	17	90	5	56	32	2	0	64	1.07
2902440--2902502	5	12.0	5	78	9	63	17	4	0	77	0.93
2902446--2902501	16	3.5	16	87	4	78	16	3	0	80	0.85
2902440--2902495	26	2.2	26	93	0	94	17	5	0	76	0.96
2913845--2913904	26	2.4	25	81	10	68	65	3	1	30	1.19
2915061--2915148	3	29.3	3	86	4	124	60	0	1	38	1.04
2915365--2915512	79	1.9	78	88	8	228	54	11	2	31	1.50
2916604--2916641	18	2.1	18	90	0	58	65	0	0	34	0.93
2918309--2918548	42	5.6	42	78	2	210	33	18	22	25	1.97
2918656--2918704	22	2.2	21	79	10	53	61	8	0	30	1.25
2922391--2922437	19	2.5	19	100	0	94	19	17	0	63	1.30
2923873--2923909	16	2.3	16	100	0	74	59	16	13	10	1.61
2929094--2930177	546	2.0	543	99	0	2132	37	16	10	36	1.83
2931245--2931286	21	1.9	23	85	9	61	38	4	9	47	1.57
2931439--2931646	65	3.2	63	79	12	217	31	23	17	27	1.97
2936997--2937078	23	3.6	22	78	8	94	24	26	24	24	2.00
2939751--2939905	64	2.5	59	77	17	154	30	22	18	29	1.97
2941261--2941301	21	2.0	21	85	0	55	41	19	4	34	1.73
2942078--2942164	35	2.5	35	94	0	147	42	6	12	37	1.70
2942382--2942415	6	5.5	6	89	6	50	76	0	0	23	0.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2942413--2942451	6	6.5	6	96	0	69	51	2	0	46	1.14
2943992--2944056	29	2.2	30	81	8	80	61	1	3	33	1.21
2945409--2945440	3	10.7	3	100	0	64	65	0	0	34	0.93
2945763--2946322	113	5.0	113	94	2	954	25	20	16	36	1.94
2945763--2946322	223	2.5	226	93	3	954	25	20	16	36	1.94
2947465--2947511	15	2.8	17	81	15	62	55	4	8	31	1.49
2947468--2947519	15	3.1	17	75	13	54	57	3	11	26	1.51
2947864--2947910	10	4.7	10	87	7	51	6	6	0	87	0.68
2947873--2947910	16	2.5	15	87	8	58	2	7	0	89	0.57
2947873--2947913	10	4.0	10	90	6	64	2	9	0	87	0.62
2951439--2951469	9	3.6	9	91	8	55	54	0	22	22	1.44
2961979--2962366	5	79.4	5	93	5	688	60	20	0	19	1.37
2971633--2971662	14	2.1	14	93	0	51	33	10	0	56	1.32
2971859--2971883	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
2972677--2972742	28	2.4	28	85	9	84	34	4	0	60	1.17
2974323--2974382	26	2.3	26	94	0	102	15	13	16	55	1.70
2974336--2974397	12	4.8	12	82	11	52	16	14	12	56	1.68
2974336--2974387	6	8.3	6	83	8	68	17	13	15	53	1.72
2977651--2977689	19	2.1	19	86	13	55	82	0	15	2	0.79
2980802--2981001	75	2.7	74	81	8	210	35	15	20	29	1.93
2982364--2982439	22	3.5	22	87	0	116	36	14	13	35	1.85
2983443--2983608	29	5.7	29	84	2	206	22	7	22	46	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2983443--2983608	60	2.8	60	86	1	210	22	7	22	46	1.78
2990857--2990890	13	2.6	13	100	0	68	17	47	23	11	1.81
2990839--2990880	18	2.3	18	95	0	75	16	50	21	11	1.77
2990838--2990903	31	2.2	30	88	2	96	16	43	21	18	1.87
2990911--2991022	29	3.8	29	90	1	161	23	9	20	46	1.80
2991000--2991066	29	2.3	29	84	0	80	34	7	16	41	1.76
2990911--2991046	59	2.3	58	82	1	155	25	8	20	44	1.80
2993185--2993324	37	3.8	36	77	4	131	32	17	12	37	1.87
2993152--2993324	36	4.7	37	75	2	152	32	16	11	39	1.85
2993152--2993370	73	3.0	73	89	0	330	32	17	11	37	1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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