genome.fa.s1279.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01001279.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00002511_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  6984689

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
739825--739869	11	4.1	11	85	5	56	11	13	6	68	1.37
739828--739869	23	1.9	21	85	9	57	11	14	7	66	1.43
741469--741512	20	2.2	20	84	4	63	20	13	0	65	1.26
744797--744846	24	2.1	24	85	7	66	26	2	12	60	1.43
750277--750307	8	3.9	8	91	0	53	61	0	25	12	1.32
757819--757875	16	3.8	15	78	19	57	26	1	0	71	0.95
757819--757866	7	6.4	8	79	15	50	25	2	0	72	0.95
759146--759234	28	3.1	29	82	6	117	19	10	12	58	1.62
759150--759318	30	5.7	30	74	10	116	18	14	13	53	1.72
759259--759315	29	1.9	30	89	3	89	19	15	15	49	1.80
763761--763803	20	2.2	20	86	0	59	37	18	11	32	1.87
766021--766064	22	2.0	23	82	13	56	18	13	29	38	1.89
766044--766086	13	3.0	14	75	18	52	16	13	25	44	1.85
768900--768986	43	2.0	43	100	0	174	34	33	22	9	1.86
775429--775479	20	2.7	19	76	8	59	58	3	9	27	1.47
777450--777554	36	2.9	36	92	2	176	33	7	39	20	1.81
780324--780529	104	2.0	104	97	0	385	24	9	20	45	1.81
781127--781164	19	2.0	20	94	5	69	15	5	21	57	1.57
787564--787632	15	4.3	16	78	10	70	17	27	33	21	1.96
787576--787632	15	3.7	15	81	9	78	15	28	35	21	1.94
787564--787632	32	2.2	32	94	0	120	17	27	33	21	1.96
789197--789238	3	14.3	3	85	5	50	59	0	0	40	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
789201--789235	17	2.1	17	89	10	54	57	0	0	42	0.99
789198--789240	20	2.2	20	87	8	61	58	0	0	41	0.98
789360--789812	140	3.2	140	83	4	547	28	20	15	35	1.93
791756--791865	40	2.8	40	91	2	177	22	15	27	34	1.94
792475--792602	54	2.4	54	98	0	247	28	28	16	26	1.97
796134--796208	32	2.4	32	84	4	91	40	9	17	33	1.81
796156--796224	30	2.3	31	80	7	79	40	7	20	31	1.80
797665--797774	40	2.8	40	95	0	202	21	14	29	34	1.93
799414--799448	18	1.9	18	88	11	54	0	20	0	80	0.72
802454--802497	7	6.3	7	100	0	88	70	0	13	15	1.17
802760--802784	12	2.1	12	100	0	50	28	48	0	24	1.52
811013--811088	31	2.5	31	97	0	143	15	25	31	27	1.96
813549--813573	11	2.3	11	100	0	50	84	0	0	16	0.63
814953--815002	23	2.2	23	78	3	57	8	14	46	32	1.73
821373--821414	15	2.7	15	88	3	57	57	11	21	9	1.63
825252--825320	25	2.7	26	68	4	68	50	10	37	1	1.45
825289--825405	39	3.0	39	80	15	127	52	9	37	0	1.40
825898--825928	12	2.6	12	94	0	53	12	6	9	70	1.31
827409--827478	2	35.0	2	100	0	140	50	0	0	50	1.00
827526--827833	85	3.6	84	87	3	413	32	15	21	30	1.95
827812--827869	13	4.5	13	88	0	89	31	22	20	25	1.98
828180--828229	14	3.6	14	80	0	64	26	28	20	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
833324--833357	17	2.1	16	88	5	50	79	5	0	14	0.91
834819--834869	24	2.1	24	88	3	75	23	3	11	60	1.47
841886--841933	20	2.4	20	82	6	62	39	6	12	41	1.68
843395--843437	20	2.2	19	83	4	50	48	4	9	37	1.56
845786--845823	20	1.9	20	100	0	76	60	2	5	31	1.33
847380--847424	20	2.2	20	88	7	65	40	20	6	33	1.78
849586--849775	27	6.7	27	73	10	137	41	4	13	41	1.64
849587--849813	54	4.1	54	72	12	174	41	3	14	40	1.62
849685--849813	27	4.9	27	79	6	122	44	2	13	40	1.56
857957--857996	14	2.8	15	81	11	57	32	15	25	27	1.95
866453--866499	21	2.2	21	100	0	94	23	21	17	38	1.93
868103--868192	38	2.4	40	85	12	136	44	4	7	43	1.53
868154--868215	25	2.5	25	94	0	106	46	4	6	41	1.51
868116--868253	63	2.2	63	96	0	249	46	5	5	42	1.49
868179--868317	38	3.7	38	89	4	203	46	3	5	45	1.42
868319--868343	3	8.3	3	100	0	50	32	0	0	68	0.90
869747--869788	22	2.0	22	81	13	52	19	4	2	73	1.12
869807--869942	41	3.4	38	72	23	102	15	4	5	74	1.17
869786--869894	36	3.1	35	82	16	111	13	6	5	74	1.20
870787--870850	24	2.7	24	95	0	110	10	14	15	59	1.61
870835--870864	14	2.1	14	93	0	51	10	13	16	60	1.59
871047--871090	10	4.4	10	79	0	52	20	9	9	61	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
871053--871094	20	2.1	20	90	0	66	16	11	11	59	1.61
871240--871276	6	6.0	6	96	3	65	32	64	0	2	1.07
871443--871528	17	5.1	17	88	0	109	41	6	38	12	1.70
874931--874996	24	2.8	23	86	2	78	30	28	24	16	1.97
874946--875019	23	3.2	23	86	1	85	32	27	24	16	1.96
875805--875900	21	4.7	21	92	2	142	31	18	29	20	1.97
875805--875900	41	2.3	41	89	3	140	31	18	29	20	1.97
875965--876041	21	3.7	21	96	3	138	23	19	36	20	1.95
877452--877491	19	2.2	18	90	4	62	32	17	2	47	1.61
879235--879274	21	1.9	22	90	10	66	12	5	40	42	1.64
879375--879449	20	3.7	21	89	3	100	32	17	29	21	1.96
879512--879569	21	2.7	22	94	5	102	24	18	36	20	1.95
879651--879710	30	2.0	30	90	6	95	43	18	5	33	1.72
880111--880140	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
880561--880599	21	1.9	20	85	15	53	35	17	7	38	1.79
883852--883900	22	2.2	22	96	0	89	46	10	12	30	1.74
885971--886361	43	9.1	43	76	5	299	27	19	18	33	1.96
885971--886312	129	2.7	129	80	5	372	28	19	18	33	1.96
890076--890120	21	2.1	21	100	0	90	33	22	4	40	1.74
891880--891905	11	2.4	11	100	0	52	15	0	0	84	0.62
893107--893145	15	2.5	15	83	4	51	64	7	15	12	1.49
898087--898161	30	2.5	30	88	0	105	26	24	26	22	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
898087--898161	15	5.0	15	68	0	51	26	24	26	22	2.00
898088--898183	30	3.2	30	84	0	93	27	25	26	21	2.00
921436--921809	45	8.3	45	85	2	473	40	16	18	25	1.90
921486--921560	25	3.2	25	65	18	70	40	17	18	24	1.91
922054--922079	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
924907--924943	15	2.5	15	86	0	56	59	0	29	10	1.31
933331--933362	12	2.8	12	95	4	57	78	0	15	6	0.95
934672--935019	116	3.0	115	79	5	346	38	17	18	25	1.93
936317--936354	19	2.0	20	89	5	60	44	21	18	15	1.86
936361--936411	26	2.0	26	88	0	75	33	17	29	19	1.95
939294--939337	20	2.3	19	84	11	54	43	11	2	43	1.53
940172--940345	59	3.0	59	76	9	169	36	10	22	31	1.88
940379--940490	59	1.9	59	83	3	145	37	10	18	33	1.86
941072--941114	23	1.9	23	90	4	70	20	25	18	34	1.96
945626--945678	11	4.8	11	85	0	70	26	13	24	35	1.92
951922--951956	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
956226--956272	18	2.7	17	74	6	58	38	10	8	42	1.70
959311--959364	17	3.1	17	76	5	63	40	11	7	40	1.69
959385--959411	5	5.4	5	100	0	54	18	0	0	81	0.69
960528--960557	12	2.5	12	100	0	60	86	6	6	0	0.70
961876--961922	18	2.7	17	74	6	58	38	10	10	40	1.75
961949--961980	5	6.4	5	100	0	64	18	0	0	81	0.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
963254--963283	12	2.5	12	100	0	60	86	6	6	0	0.70
964603--964649	18	2.7	17	74	6	58	40	10	8	40	1.70
967323--967369	18	2.7	17	74	6	58	40	10	8	40	1.70
967396--967427	5	6.4	5	100	0	64	18	0	0	81	0.70
968484--968534	20	2.5	20	100	0	102	33	0	43	23	1.54
972242--972480	110	2.2	110	77	11	238	27	13	13	45	1.82
975049--975100	13	4.0	13	87	0	68	34	15	23	26	1.94
975049--975100	26	2.0	26	88	0	77	34	15	23	26	1.94
976575--976621	18	2.7	18	71	15	53	42	10	6	40	1.65
978272--978302	15	2.0	16	93	6	55	9	0	25	64	1.24

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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