genome.fa.s1279.2.7.7.80.10.50.1000.10.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01001279.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00002511_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  6984689

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2161125--2161187	29	2.1	30	85	2	83	49	4	3	42	1.39
2161037--2161318	46	6.1	48	72	17	165	49	3	1	45	1.29
2161080--2161318	2	123.5	2	77	15	200	48	2	2	46	1.29
2168471--2168514	19	2.3	19	81	14	54	0	11	11	77	1.00
2171537--2171578	17	2.4	18	80	11	52	16	11	0	71	1.14
2173140--2173203	3	21.7	3	90	9	105	32	0	0	67	0.91
2174565--2174608	21	2.1	21	87	4	63	25	0	0	75	0.81
2181747--2182107	112	3.2	113	95	1	636	35	16	17	30	1.92
2181747--2182149	112	3.6	113	93	2	634	36	16	17	30	1.91
2182164--2182369	104	2.0	103	83	6	256	40	16	16	25	1.90
2182516--2182579	3	21.7	3	87	9	96	34	0	0	65	0.93
2184043--2184076	17	2.1	17	88	5	52	58	0	0	41	0.98
2184125--2184177	21	2.5	20	79	11	61	47	0	0	52	1.00
2184137--2184188	26	2.0	26	88	3	79	48	0	0	51	1.00
2196890--2196939	24	2.1	24	92	0	82	22	16	26	36	1.94
2197353--2197505	81	1.9	78	81	9	184	41	8	5	45	1.57
2201224--2201257	16	2.2	16	89	5	52	64	0	5	29	1.17
2202650--2202702	22	2.5	21	82	8	72	39	5	3	50	1.44
2202738--2202795	21	3.0	21	85	9	70	44	6	1	46	1.40
2202741--2202796	17	3.1	17	82	14	67	46	7	1	44	1.41
2202765--2202805	17	2.4	17	91	0	64	46	9	0	43	1.36
2207624--2207658	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2209549--2209641	42	2.2	42	84	3	116	26	19	23	30	1.98
2218018--2218075	20	2.9	20	94	0	98	17	25	29	27	1.97
2218018--2218119	20	4.9	21	79	12	95	19	24	28	27	1.99
2225112--2225188	31	2.5	31	80	2	91	27	31	27	14	1.95
2225067--2225188	63	1.9	63	81	6	149	25	28	28	17	1.97
2226062--2226251	29	6.6	29	87	0	274	38	21	4	35	1.74
2233307--2233346	21	1.9	21	89	0	62	25	40	25	10	1.86
2235584--2235661	39	2.0	39	100	0	156	43	0	30	25	1.55
2238119--2238192	20	3.7	19	66	26	55	37	13	24	24	1.91
2238122--2238212	40	2.3	40	82	0	119	36	13	26	24	1.92
2239483--2239646	36	4.6	36	82	4	190	36	13	13	36	1.84
2239483--2239646	69	2.3	71	85	3	215	36	13	13	36	1.84
2239413--2239661	72	3.5	69	77	4	158	36	14	14	33	1.87
2239739--2239884	38	3.9	37	77	9	134	33	19	8	38	1.83
2239739--2239880	19	7.5	19	72	11	96	33	19	9	38	1.83
2240762--2241105	46	7.5	46	87	3	498	20	20	15	43	1.87
2240777--2240815	20	1.9	21	89	5	62	15	28	15	41	1.87
2240762--2241105	135	2.5	137	87	4	489	20	20	15	43	1.87
2240749--2241105	181	2.0	184	86	4	508	21	20	14	43	1.87
2244073--2244404	72	4.6	72	76	4	283	39	17	11	31	1.85
2244073--2244191	36	3.3	36	83	4	125	38	20	10	30	1.87
2244107--2244380	36	7.6	36	79	2	201	39	17	11	32	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2244178--2244380	108	1.9	109	82	5	259	38	15	11	33	1.84
2245178--2245382	57	3.6	57	79	5	218	33	20	10	35	1.87
2245178--2245364	19	9.9	19	76	5	182	32	21	10	35	1.88
2251288--2251329	15	2.6	16	85	7	50	2	11	11	73	1.18
2252600--2252633	17	2.0	17	88	11	52	41	17	5	35	1.74
2253859--2253904	18	2.7	17	93	6	76	32	6	32	28	1.83
2256728--2256768	20	2.0	21	86	13	59	12	0	14	73	1.11
2257056--2257085	13	2.3	13	94	0	51	70	0	0	30	0.88
2257153--2257213	7	8.4	7	72	13	52	75	3	1	19	1.03
2258669--2258838	85	2.0	86	86	3	236	22	19	24	32	1.97
2258664--2258842	86	2.1	87	84	5	238	21	18	24	35	1.96
2259308--2260830	106	14.4	106	93	0	2503	22	18	24	33	1.96
2264393--2264422	13	2.3	13	94	0	51	70	0	0	30	0.88
2264535--2264575	20	2.0	20	85	0	55	63	2	7	26	1.33
2266006--2266175	85	2.0	86	83	3	218	23	20	24	32	1.98
2266001--2266179	86	2.1	87	82	5	220	22	18	24	34	1.96
2266644--2267942	106	12.4	106	89	4	1931	22	18	24	34	1.96
2269830--2269884	21	2.5	22	80	14	60	16	14	9	60	1.59
2272372--2272668	165	1.8	165	87	1	443	38	13	21	26	1.91
2272862--2272904	17	2.4	17	88	7	59	83	2	13	0	0.74
2277548--2277595	22	2.2	22	96	0	87	31	8	16	43	1.78
2278109--2278433	166	2.0	165	90	3	510	36	14	11	37	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2278436--2279071	76	8.4	76	93	0	1069	24	19	22	33	1.97
2278436--2279071	151	4.2	152	93	1	1053	24	19	22	33	1.97
2278436--2279071	227	2.8	227	92	0	1085	24	19	22	33	1.97
2279196--2279259	3	21.7	3	80	15	71	34	1	0	64	1.03
2279208--2279258	27	1.9	26	92	4	84	35	1	0	62	1.06
2279217--2279275	27	2.2	27	84	6	75	44	1	0	54	1.10
2280655--2280923	151	1.8	150	81	6	341	37	7	8	47	1.62
2284667--2284697	3	10.0	3	93	6	53	32	3	0	64	1.09
2285066--2285110	21	2.2	21	84	7	58	53	33	4	8	1.52
2285151--2285208	25	2.3	25	88	5	82	43	17	12	27	1.84
2287627--2287683	29	2.0	29	92	0	96	56	7	3	33	1.43
2289918--2289986	3	23.0	3	100	0	138	33	0	0	66	0.92
2290650--2290699	16	3.1	16	94	2	82	34	10	24	32	1.88
2291452--2291484	15	2.1	16	94	5	59	51	18	24	6	1.68
2299065--2299628	197	3.0	184	83	6	643	48	9	5	36	1.59
2299333--2299458	65	1.9	65	82	6	157	49	10	4	35	1.58
2299527--2299622	32	2.9	32	73	13	88	46	10	5	37	1.60
2301138--2301186	20	2.5	20	83	3	55	32	12	4	51	1.58
2302870--2303010	66	2.1	66	81	10	155	42	2	5	49	1.38
2302921--2303057	42	3.3	42	79	12	140	40	2	6	50	1.40
2302984--2303031	18	2.7	17	73	20	53	41	2	8	47	1.45
2304534--2304590	17	3.4	16	75	17	53	21	7	0	71	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2304556--2304615	19	3.0	21	76	13	65	16	8	0	75	1.04
2311275--2312024	200	3.8	201	79	3	744	34	20	17	26	1.95
2312510--2312563	2	28.0	2	87	7	76	44	0	1	53	1.11
2312493--2312553	24	2.5	25	81	5	70	42	0	6	50	1.28
2313024--2313050	14	1.9	14	100	0	54	29	0	0	70	0.88
2314715--2314789	25	3.0	24	94	5	132	50	20	12	17	1.77
2318809--2318849	8	5.2	8	82	5	57	34	0	29	36	1.58
2318930--2319535	128	4.7	128	94	0	1079	20	23	21	33	1.97
2319931--2320037	34	3.1	34	84	0	142	37	4	3	54	1.39
2320557--2320608	21	2.5	21	84	12	79	21	25	34	19	1.96
2320612--2320659	21	2.3	21	88	0	69	20	12	41	25	1.87
2322165--2322229	27	2.4	27	82	5	69	58	4	0	36	1.19
2322181--2322234	17	3.2	17	78	2	56	59	3	0	37	1.15
2322379--2322454	31	2.4	32	82	10	86	59	1	0	39	1.06
2335916--2335954	20	2.0	20	84	0	51	33	23	12	30	1.92
2337373--2337447	35	2.1	35	100	0	150	46	5	18	29	1.71
2347634--2347664	15	2.1	15	93	0	53	29	6	0	64	1.18
2351406--2351444	16	2.5	15	88	12	60	43	0	2	53	1.14
2351821--2351883	31	2.0	31	87	0	90	49	7	4	38	1.53
2361117--2361169	23	2.3	23	86	3	70	5	1	16	75	1.08
2369168--2369206	20	2.0	20	84	0	51	35	23	7	33	1.83
2372287--2372321	10	3.5	10	96	0	61	34	8	0	57	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2372287--2372333	20	2.3	20	85	0	58	36	6	2	55	1.37
2372765--2372836	31	2.3	31	92	2	117	38	4	25	31	1.75
2380623--2380670	2	24.0	2	100	0	96	50	0	0	50	1.00
2381370--2381399	12	2.4	12	94	5	51	40	0	10	50	1.36
2381730--2381823	31	3.0	30	90	6	143	52	9	5	32	1.57
2399114--2399185	29	2.4	31	83	4	94	50	8	15	26	1.72
2401167--2401209	21	2.0	21	100	0	86	20	9	23	46	1.79
2402553--2402591	8	4.8	8	83	3	51	0	20	0	79	0.73
2402553--2402592	17	2.4	17	91	0	62	0	20	0	80	0.72
2406845--2406919	31	2.6	28	76	19	75	61	0	8	30	1.25

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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