genome.fa.s1279.2.7.7.80.10.50.1000.11.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01001279.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00002511_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  6984689

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2407805--2407854	15	3.2	16	77	11	50	66	2	8	24	1.29
2407830--2407864	16	2.1	17	89	5	54	62	0	2	34	1.10
2409169--2409254	3	28.0	3	83	4	109	60	0	1	38	1.04
2420901--2420999	10	10.3	9	77	12	81	16	27	27	29	1.97
2420902--2420999	19	5.1	19	78	14	78	15	27	27	29	1.96
2420900--2420999	29	3.4	30	83	9	118	17	27	27	29	1.97
2420996--2421080	5	15.8	5	76	13	80	18	50	22	8	1.73
2421013--2421087	22	3.0	27	77	18	106	18	49	22	9	1.76
2420996--2421075	22	3.6	22	96	0	151	18	50	22	8	1.74
2421077--2421114	7	5.4	7	96	0	67	18	28	26	26	1.98
2424265--2424301	16	2.3	16	90	0	56	21	18	45	13	1.84
2430640--2431233	45	13.4	44	73	8	386	21	15	20	41	1.89
2430618--2431250	132	4.8	132	81	3	709	21	15	20	42	1.89
2430578--2431235	87	7.5	86	73	9	344	22	15	20	41	1.90
2430578--2431250	45	15.3	43	71	10	249	22	15	20	41	1.90
2432026--2432805	132	5.9	134	77	5	620	29	18	19	32	1.95
2442500--2442567	3	22.7	3	100	0	136	33	0	0	66	0.92
2445304--2445593	45	6.5	45	77	9	256	23	16	17	42	1.88
2445301--2445593	132	2.2	134	83	6	346	23	16	17	43	1.88
2445597--2446185	45	13.2	45	72	11	203	23	13	19	43	1.87
2445733--2446150	177	2.4	177	86	0	541	22	13	21	43	1.87
2445725--2445983	132	2.0	132	85	3	351	22	12	22	43	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2445596--2446185	87	6.6	87	72	11	336	23	13	19	43	1.87
2446907--2447554	133	4.9	131	75	8	523	32	17	17	32	1.94
2447037--2447507	262	1.8	261	80	5	583	32	17	17	32	1.93
2459006--2459105	52	1.9	52	83	4	130	45	17	11	27	1.81
2461098--2461153	24	2.3	25	81	9	62	73	3	8	14	1.21
2461146--2461176	12	2.6	12	100	0	62	83	6	9	0	0.79
2461179--2461206	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
2465424--2465476	23	2.4	22	82	14	65	16	7	13	62	1.53
2466346--2466370	12	2.1	12	100	0	50	32	0	0	68	0.90
2469624--2469657	3	11.3	3	100	0	68	35	32	0	32	1.58
2469656--2469762	3	36.0	3	73	19	91	65	0	0	32	1.05
2469656--2469762	17	6.0	17	73	20	85	65	0	0	32	1.05
2469656--2469762	20	5.4	20	74	18	91	65	0	0	32	1.05
2473440--2473489	18	2.8	17	82	11	55	72	0	8	20	1.10
2473458--2473498	19	2.2	19	86	8	57	78	2	7	12	1.06
2473583--2473639	27	2.2	26	84	9	71	73	7	5	14	1.21
2475647--2476127	84	5.8	83	77	3	470	24	21	24	29	1.99
2475643--2476147	165	3.1	165	88	2	701	25	20	24	29	1.99
2476021--2476271	130	1.9	130	90	1	396	23	21	25	29	1.99
2476351--2477270	106	8.7	106	93	0	1498	23	17	24	34	1.96
2480006--2480038	17	1.9	17	93	0	57	72	9	12	6	1.26
2481096--2481149	19	2.9	18	78	13	56	81	5	1	11	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2481203--2481244	22	1.9	22	85	0	57	76	0	9	14	1.02
2481225--2481299	28	2.7	28	82	10	75	72	5	5	17	1.23
2482768--2482837	2	35.0	2	100	0	140	50	0	0	50	1.00
2483737--2483795	27	2.2	27	90	0	91	40	5	11	42	1.64
2486070--2486131	3	20.7	3	100	0	124	67	0	0	32	0.91
2493283--2493369	31	2.8	31	77	5	77	16	27	26	29	1.96
2496877--2496969	31	3.0	31	92	3	152	39	23	18	18	1.92
2497626--2497802	64	2.8	63	84	3	203	25	20	20	32	1.97
2497689--2497850	64	2.5	63	84	4	191	25	22	19	31	1.98
2499687--2499841	31	5.0	31	93	2	260	39	23	18	19	1.92
2500498--2500722	64	3.5	63	80	6	211	27	20	20	32	1.97
2503812--2503866	23	2.6	20	78	15	65	38	0	3	58	1.16
2519012--2519051	16	2.5	16	95	0	71	37	37	0	25	1.56
2524809--2524861	26	2.0	26	96	0	97	47	20	7	24	1.76
2533055--2533090	18	1.9	19	88	5	56	47	8	11	33	1.69
2539989--2540066	20	3.6	20	75	18	84	23	23	11	42	1.86
2539982--2540087	46	2.3	46	93	0	185	23	17	13	45	1.84
2540007--2540087	26	3.3	26	72	22	86	22	18	13	45	1.84
2546356--2546390	14	2.5	14	100	0	70	40	11	8	40	1.72
2547908--2547949	3	14.3	3	95	5	77	66	0	0	33	0.92
2555404--2555479	5	15.2	5	74	10	66	5	19	51	23	1.67
2555394--2555440	22	2.1	22	92	7	78	12	21	48	17	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2555425--2555478	19	2.8	19	80	8	74	1	16	53	27	1.53
2555478--2555535	19	3.1	19	82	9	57	29	25	24	20	1.99
2562672--2562732	5	12.2	5	80	13	63	6	16	55	21	1.63
2562666--2562709	22	2.0	22	90	0	70	11	20	50	18	1.77
2562666--2562703	12	3.3	12	82	14	53	13	21	47	18	1.82
2562672--2562730	14	4.3	14	75	16	52	6	16	54	22	1.66
2562738--2562798	19	3.2	18	93	4	86	34	31	22	11	1.90
2562738--2562795	10	6.0	10	80	15	77	36	29	22	12	1.90
2562738--2562795	29	2.0	29	86	6	82	36	29	22	12	1.90
2581513--2581960	54	8.2	54	84	2	524	31	15	16	36	1.90
2583613--2583679	30	2.2	30	97	0	125	40	14	26	17	1.89
2584398--2584541	77	1.9	78	81	7	177	40	8	7	43	1.63
2590177--2590618	53	8.3	54	79	6	436	32	14	16	36	1.89
2592841--2592875	18	1.9	18	88	0	52	31	5	22	40	1.78
2595645--2595703	21	2.7	21	84	7	64	11	8	18	61	1.55
2597638--2597742	23	4.7	23	79	13	123	27	8	25	38	1.85
2597642--2597740	44	2.2	44	92	0	162	26	9	26	38	1.86
2602458--2602508	21	2.5	21	78	6	52	33	21	17	27	1.96
2616247--2616302	29	1.9	29	81	0	67	42	7	17	32	1.77
2617992--2618037	15	3.1	15	80	0	65	39	4	0	56	1.19
2620383--2620689	89	3.5	87	86	4	409	28	19	16	35	1.93
2620355--2620684	46	7.4	46	66	12	175	26	19	16	36	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2629770--2629823	26	2.0	28	82	13	69	53	5	11	29	1.59
2629850--2629878	3	9.7	3	100	0	58	68	0	0	31	0.89
2635035--2635066	13	2.5	13	100	0	64	0	28	21	50	1.49
2635074--2635555	243	2.0	242	98	1	939	33	21	19	25	1.97
2636745--2636915	85	2.0	84	94	3	299	29	18	14	37	1.91
2648194--2648232	16	2.4	16	91	0	60	23	12	17	46	1.83
2659268--2659764	192	2.6	191	80	6	542	42	12	15	30	1.83
2660592--2660634	18	2.4	18	88	7	61	27	30	6	34	1.83
2663172--2663207	18	2.0	18	88	0	54	33	11	8	47	1.69
2663511--2663676	81	2.0	81	89	2	253	31	24	11	33	1.91
2664026--2664072	20	2.3	20	96	0	85	21	29	8	40	1.83
2664043--2664146	46	2.3	44	81	5	127	21	22	11	45	1.83
2664116--2664539	45	9.3	45	90	1	650	25	21	10	41	1.86
2665580--2665734	64	2.4	63	86	5	204	29	17	23	29	1.97
2670615--2670690	33	2.3	33	95	0	134	26	26	11	35	1.91
2673434--2673591	64	2.5	63	81	6	185	28	18	22	31	1.97
2677136--2677301	81	2.0	81	82	2	199	32	21	10	35	1.88
2677536--2677933	45	8.9	45	84	4	513	24	22	10	42	1.85
2680450--2680489	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
2680768--2680802	16	2.1	17	89	5	54	74	0	25	0	0.82
2680793--2680859	11	5.7	12	78	16	61	77	1	14	5	1.03
2682291--2682401	36	3.1	36	72	2	114	34	19	8	37	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2682291--2682753	73	6.3	72	82	6	396	30	19	11	37	1.88
2683027--2683418	117	3.3	118	86	1	536	38	14	21	25	1.92
2683922--2683947	3	8.7	3	100	0	52	30	0	0	69	0.89
2683922--2683977	21	2.7	20	78	8	58	21	1	1	75	0.99
2684973--2685012	15	2.7	15	92	3	64	22	5	5	67	1.30
2684961--2685010	20	2.5	20	75	21	50	22	2	4	72	1.12
2687328--2687370	16	2.7	16	82	10	61	55	6	2	34	1.39
2687658--2687698	7	5.9	7	85	0	55	43	2	12	41	1.55
2687665--2687704	14	2.9	14	80	0	53	42	5	15	37	1.68
2687653--2687693	21	2.0	21	90	0	64	43	2	14	39	1.59

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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