genome.fa.s1444.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01001444.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00002793_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2564052

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31692--31761	36	1.9	36	88	5	106	47	2	0	50	1.16
33215--33245	16	1.9	16	93	0	53	48	19	9	22	1.78
33632--33672	22	1.9	21	90	5	64	26	0	2	70	0.99
34324--34399	41	2.0	39	85	12	104	67	7	2	22	1.30
34439--34496	27	2.2	27	85	11	77	32	3	0	63	1.11
36121--36148	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
38564--38595	11	2.8	11	95	4	55	43	0	0	56	0.99
38591--38667	3	25.7	3	97	0	145	64	1	0	33	1.01
38978--39535	113	5.0	113	95	1	971	30	20	12	36	1.90
40253--40280	14	2.0	14	100	0	56	35	35	0	28	1.58
40276--40420	52	2.8	52	97	0	272	38	22	15	22	1.92
40368--40703	83	4.0	83	93	3	595	34	20	14	29	1.93
54608--54684	3	25.7	3	94	0	136	63	1	1	33	1.11
57204--57275	23	3.2	22	74	18	67	68	8	1	22	1.24
62529--62559	16	1.9	16	93	0	53	61	0	32	6	1.21
65609--65643	15	2.2	16	90	10	54	48	14	0	37	1.44
65640--65718	38	2.1	37	92	2	131	53	12	0	34	1.39
66105--66191	42	2.1	42	86	0	120	44	12	8	34	1.72
68362--68408	16	2.7	19	69	30	50	53	12	6	27	1.63
70488--70551	31	2.1	31	85	2	85	42	7	7	42	1.63
79003--79060	21	2.8	20	69	7	53	67	5	5	22	1.31
85634--85692	29	2.0	30	90	3	93	33	15	8	42	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95491--95518	13	2.2	13	100	0	56	21	0	0	78	0.75
95910--95969	24	2.4	25	75	2	59	50	1	15	33	1.54
95957--96012	22	2.6	22	71	18	55	71	0	0	28	0.86
95971--96011	17	2.5	16	85	14	57	75	0	0	24	0.80
96888--96933	24	2.0	24	82	4	58	50	15	8	26	1.73
97405--97503	32	3.2	32	82	12	93	37	16	24	22	1.93
98379--98429	24	2.2	23	82	6	66	29	23	25	21	1.99
98393--98440	24	2.0	24	100	0	96	29	20	25	25	1.99
98741--98779	18	2.2	18	85	0	51	56	5	10	28	1.54
99224--99269	23	2.0	24	82	4	58	28	10	21	39	1.87
107661--107782	63	1.9	63	83	3	156	18	30	12	38	1.88
116377--116407	16	1.9	16	93	0	53	38	0	3	58	1.15
116378--116423	20	2.3	20	82	17	60	39	0	2	58	1.10
123110--123163	21	2.5	21	93	3	90	20	24	35	20	1.96
134835--134870	19	1.9	18	88	5	54	38	2	0	58	1.13
136187--136235	25	1.9	26	84	12	66	48	2	2	46	1.25
138830--139216	184	2.1	185	91	3	633	42	3	8	45	1.49
139309--139380	27	2.5	30	84	8	87	36	22	15	26	1.93
142258--142361	31	3.4	31	93	0	163	27	8	8	54	1.60
142929--142977	17	2.8	18	87	3	73	48	0	0	51	1.00
144290--144314	7	3.6	7	100	0	50	76	12	0	12	1.04
147443--147858	74	5.7	73	84	6	486	33	12	12	41	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
147439--147858	149	2.9	144	84	6	526	33	12	12	41	1.80
147443--147855	223	1.9	218	88	5	625	33	12	12	42	1.80
149473--149517	17	2.7	16	86	13	56	48	2	2	46	1.26
151225--151302	39	2.0	38	85	2	102	33	11	11	43	1.77
151015--151346	167	2.0	167	98	0	646	32	12	10	44	1.77
151336--151431	32	3.0	32	92	0	156	21	17	11	48	1.78
152920--153149	33	7.0	33	87	2	327	11	36	20	31	1.88
155990--156394	203	2.0	203	97	0	765	44	9	8	36	1.68
159147--159198	24	2.2	24	92	0	86	59	19	11	9	1.59
159387--159443	27	2.1	27	84	15	75	42	3	0	54	1.17
159436--159478	20	2.2	20	91	8	70	55	34	0	9	1.32
159898--159929	3	10.7	3	100	0	64	68	0	31	0	0.90
164554--164688	56	2.4	57	81	3	157	31	5	8	54	1.54
168157--168193	18	2.1	18	90	10	58	18	8	16	56	1.64
178464--178545	13	5.9	14	77	16	73	40	4	7	47	1.53
178464--178534	30	2.4	29	86	4	90	40	4	7	47	1.50
178512--178558	13	3.8	13	83	8	53	44	4	4	46	1.42
178472--178541	28	2.5	26	76	13	68	41	4	7	47	1.50
178569--178601	9	3.8	9	88	8	50	36	6	3	54	1.41
178688--178746	15	4.1	15	72	14	52	49	6	0	44	1.29
180433--180479	2	24.0	2	87	12	71	48	2	0	48	1.13
180433--180480	19	2.6	19	90	9	73	50	2	0	47	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
180579--180628	16	3.2	16	77	11	59	26	10	0	64	1.25
182602--182644	16	2.6	16	85	7	52	58	4	4	32	1.39
184974--185047	25	3.0	25	94	2	123	27	13	20	39	1.90
185162--185199	3	13.0	3	84	15	53	68	0	0	31	0.90
185156--185209	16	3.7	15	81	16	69	70	0	0	29	0.88
185156--185214	18	3.3	16	80	17	55	71	0	0	28	0.87
185163--185214	13	4.0	12	82	9	50	73	0	0	26	0.84
197563--197602	16	2.4	17	87	8	55	60	5	5	30	1.40
200140--200214	25	3.0	25	96	0	132	26	14	20	38	1.91
200332--200364	3	11.0	3	87	12	50	66	0	0	33	0.92
200329--200364	13	2.9	13	92	8	58	66	0	0	33	0.92
200333--200378	16	2.6	18	83	13	51	71	0	0	28	0.86
200333--200372	11	3.5	11	89	6	53	72	0	0	27	0.85
208957--209007	24	2.1	24	100	0	102	50	7	3	37	1.50
210491--210529	4	10.0	4	83	5	53	69	2	2	25	1.14
210757--210858	19	5.4	18	70	13	55	61	0	17	19	1.40
210884--210945	20	3.1	19	75	13	54	64	1	6	27	1.27
210903--210951	26	1.9	25	84	12	64	67	0	8	24	1.18
211051--211083	12	2.8	12	86	13	50	66	6	0	27	1.15
212811--213793	84	11.8	84	79	5	1046	25	19	25	30	1.98
212811--213721	249	3.7	247	84	6	1063	25	19	25	29	1.98
212814--213792	418	2.4	416	89	1	1516	25	19	25	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
214886--215148	95	2.7	95	86	3	348	31	18	15	34	1.92
216855--216899	21	2.1	21	87	0	63	31	28	24	15	1.96
217427--217473	23	2.0	23	87	4	67	46	0	19	34	1.50
217689--217829	31	4.5	31	89	1	203	20	20	20	38	1.94
220800--220844	21	2.1	21	87	0	63	31	28	24	15	1.96
221371--221417	23	2.0	24	91	4	78	44	0	21	34	1.52
221633--221788	31	5.0	31	89	1	224	20	19	21	37	1.94
224674--224823	65	2.3	65	92	0	246	41	18	18	22	1.90
225301--225329	12	2.3	13	94	5	51	68	0	0	31	0.89
225418--225459	14	2.9	15	78	7	59	76	0	7	16	1.00
225515--225569	24	2.2	25	75	15	60	70	5	1	21	1.16
225522--225567	24	2.0	23	86	4	65	69	4	0	26	1.07
225530--225612	26	3.2	26	75	13	71	75	3	1	19	1.01
225557--225610	16	3.2	16	78	14	56	75	3	1	18	1.03
225532--225610	23	3.6	22	70	17	65	74	3	1	20	1.04
225532--225613	43	1.9	42	85	7	112	74	3	1	20	1.04
225892--225943	9	5.7	9	79	4	50	69	1	1	26	1.10
233746--233773	13	2.2	13	100	0	56	14	21	0	64	1.29
241150--241297	21	6.9	20	71	13	91	24	13	23	38	1.91
241150--241287	42	3.2	42	81	6	136	24	13	23	39	1.90
241234--241322	23	4.0	23	75	11	94	21	17	25	34	1.96
241217--241319	44	2.3	44	85	3	127	22	17	26	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
248603--249001	197	2.0	198	93	0	674	28	22	17	30	1.97
252817--252870	25	2.1	27	83	10	69	59	1	1	37	1.19
252990--253023	13	2.6	13	85	0	50	44	20	5	29	1.75
260787--260836	15	3.3	15	77	5	55	24	0	6	70	1.10
261759--261783	6	4.2	6	100	0	50	0	20	64	16	1.30
282788--282848	21	3.2	21	65	29	64	31	4	21	42	1.74
282780--282888	35	3.0	36	93	5	184	29	5	20	44	1.73
283907--283937	15	2.1	15	100	0	62	29	25	19	25	1.99
287439--287499	21	3.2	21	63	29	55	32	4	19	42	1.73
287431--287539	35	3.0	36	90	5	175	30	5	19	44	1.73

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12