genome.fa.s1444.2.7.7.80.10.50.1000.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01001444.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00002793_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2564052

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
605226--605280	17	3.2	17	78	14	51	23	3	0	72	1.00
605275--605359	36	2.3	37	84	9	104	22	4	5	67	1.32
605385--605432	18	2.7	17	78	15	53	14	12	0	72	1.11
608582--608618	13	2.9	13	88	11	51	81	2	16	0	0.81
608582--608608	12	2.2	12	100	0	54	85	0	14	0	0.61
608691--608828	69	2.0	69	88	0	204	38	20	14	26	1.91
609749--609866	32	3.7	32	85	4	132	28	13	20	37	1.91
609760--609848	32	2.8	31	91	5	142	30	11	20	38	1.87
611063--611167	36	2.9	36	92	0	165	25	17	14	42	1.86
611106--611188	21	4.2	21	70	17	79	26	19	12	42	1.86
614693--614729	19	1.9	19	94	0	65	16	27	32	24	1.96
615060--615088	14	2.1	14	100	0	58	13	37	13	34	1.85
618585--618624	21	1.9	21	85	10	55	35	10	2	52	1.48
620475--620528	20	2.8	20	94	2	92	20	24	33	22	1.97
620925--621118	65	3.0	64	76	7	232	33	18	10	37	1.85
621067--621221	36	4.4	36	80	8	174	21	20	15	42	1.89
621208--621327	33	3.7	30	80	15	100	37	21	8	32	1.83
621225--621321	35	2.9	34	93	3	160	40	18	8	32	1.80
621333--621573	84	2.9	82	78	5	270	31	24	18	24	1.97
621329--621551	81	2.7	84	80	6	265	30	25	18	25	1.98
622164--622206	17	2.5	17	96	0	77	25	11	25	37	1.90
622672--622711	14	2.7	14	84	7	53	32	2	0	65	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
622637--622704	23	2.8	23	76	12	64	25	5	0	69	1.11
622770--622848	37	2.2	37	86	8	112	26	3	2	67	1.21
622854--622896	16	2.7	16	82	7	52	20	4	0	74	1.00
622825--622937	56	2.0	56	82	6	138	23	5	1	69	1.18
627688--627743	22	2.7	21	83	10	62	57	0	3	39	1.16
627902--627952	24	2.2	23	82	6	68	56	0	0	43	0.99
638908--638969	30	2.0	31	96	3	117	43	11	0	45	1.40
643676--643731	18	3.1	18	92	7	87	32	7	48	12	1.68
643896--644262	101	3.7	99	73	5	308	36	13	13	36	1.84
643896--644356	101	4.6	97	74	6	280	37	13	13	35	1.85
648628--648674	16	2.9	17	78	6	53	46	2	0	51	1.13
648772--648961	51	3.8	51	83	2	226	25	14	15	44	1.85
648775--648961	102	1.9	98	85	4	257	25	14	15	44	1.84
653131--653163	17	2.0	17	88	5	50	33	42	3	21	1.68
653328--653633	153	2.0	153	98	1	596	31	25	14	29	1.94
656022--656100	39	2.0	39	100	0	158	32	2	15	49	1.58
659600--659758	39	4.1	40	77	13	136	45	1	7	45	1.42
659637--659755	36	3.2	36	80	7	139	47	1	7	43	1.41
659726--659817	29	3.2	29	80	14	109	44	5	6	43	1.53
661406--661479	4	18.8	4	74	13	64	20	2	2	74	1.07
662633--662671	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
665410--665439	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
668785--669739	486	2.0	480	95	4	1734	38	8	13	39	1.76
672579--672637	24	2.5	23	83	8	73	62	1	8	27	1.33
672639--672676	10	3.9	10	86	6	60	78	7	0	13	0.94
672634--672686	19	2.8	19	86	8	65	75	7	0	16	1.02
672646--672686	19	2.1	20	90	4	66	73	7	0	19	1.07
674520--674916	104	3.8	104	94	2	683	22	18	25	33	1.97
674520--674913	209	1.9	206	93	2	682	22	18	25	33	1.97
675108--675147	1	40.0	1	89	0	62	0	5	0	95	0.29
675157--675202	23	2.0	23	100	0	92	26	39	13	21	1.90
675743--675808	1	66.0	1	72	0	51	1	0	12	86	0.64
675744--675808	5	13.8	5	80	16	61	1	0	12	86	0.65
675744--675808	27	2.5	27	85	11	84	1	0	12	86	0.65
675743--675808	8	7.6	9	80	9	75	1	0	12	86	0.64
682351--682399	21	2.3	22	79	10	57	14	20	6	59	1.56
682894--682923	13	2.3	13	100	0	60	73	6	13	6	1.24
686237--686300	24	2.5	26	78	14	71	64	1	7	26	1.30
686493--686729	132	1.8	132	82	8	313	57	5	9	28	1.51
689582--689695	55	2.1	54	98	1	219	40	25	14	19	1.90
701291--701331	18	2.3	18	100	0	82	17	48	21	12	1.79
701270--701325	23	2.4	23	93	0	94	19	51	19	8	1.73
703762--703877	24	4.8	24	84	6	146	26	16	18	38	1.91
703762--703877	48	2.4	48	88	5	164	26	16	18	38	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
709601--709740	21	6.8	20	68	14	70	72	5	4	18	1.20
710936--710993	27	2.1	27	84	12	75	68	0	3	27	1.05
710956--711011	7	8.1	7	80	11	53	60	1	1	35	1.17
712509--712541	16	2.0	17	94	5	59	78	0	18	3	0.87
713615--713656	5	8.4	5	82	10	50	80	2	0	16	0.81
713628--713683	7	7.6	7	75	16	51	78	0	1	19	0.84
713623--713788	21	8.1	20	66	18	81	74	3	4	17	1.12
713844--713900	3	19.7	3	75	13	57	68	1	0	29	1.00
713827--713900	26	2.8	25	78	11	78	67	2	1	28	1.12
714567--714654	41	2.1	41	93	0	149	12	10	27	50	1.72
714574--714642	21	3.3	20	68	22	54	11	8	26	53	1.65
715065--715099	3	11.3	3	87	6	52	65	2	0	31	1.07
715061--715097	16	2.3	16	95	0	65	67	2	0	29	1.04
715067--715106	19	2.1	19	95	0	71	60	5	0	35	1.19
715137--715396	37	7.1	37	78	12	243	45	7	2	45	1.44
718127--718276	35	4.5	35	64	20	95	46	7	4	42	1.52
718568--718612	21	2.3	19	84	7	54	44	8	4	42	1.56
718569--718612	19	2.2	21	84	8	56	45	9	4	40	1.56
719204--719248	16	2.8	16	87	12	74	26	13	31	28	1.94
724385--724789	200	2.0	200	94	1	715	42	22	11	23	1.85
736135--736165	6	5.0	6	92	7	53	83	0	0	16	0.64
736128--736164	7	5.6	7	90	6	51	86	2	0	10	0.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
736135--736165	13	2.5	12	94	5	53	83	0	0	16	0.64
736128--736165	19	2.0	19	94	0	67	84	2	0	13	0.73
740089--740141	21	2.5	21	100	0	106	18	28	33	18	1.95
742455--742539	23	3.7	23	74	11	77	20	21	34	24	1.97
749768--749796	3	9.7	3	100	0	58	0	0	31	68	0.89
751307--751347	20	2.0	20	100	0	82	19	9	29	41	1.83
764758--764917	77	2.0	77	84	10	207	33	5	3	56	1.40
765162--765246	25	3.3	26	83	9	97	57	1	4	36	1.27
785738--785769	16	1.9	17	93	6	57	34	21	6	37	1.79
792522--792627	36	3.0	36	90	1	151	38	16	26	17	1.92
793032--793114	37	2.2	37	87	4	114	34	4	18	42	1.71
793005--793116	37	3.2	36	80	10	108	34	6	18	40	1.76
798049--798085	14	2.6	14	91	0	65	48	37	0	13	1.43
799204--799302	33	2.9	34	93	3	182	30	17	6	46	1.72
800222--800279	28	2.1	28	83	0	71	43	12	15	29	1.83
800459--800503	22	2.0	22	86	4	63	31	15	8	44	1.77
800574--800612	17	2.4	17	95	4	71	51	5	0	43	1.24
809088--809123	19	1.9	18	88	5	54	44	11	2	41	1.54
814477--814528	21	2.6	20	90	6	79	36	13	5	44	1.68
818615--818657	20	2.2	20	95	4	79	37	11	4	46	1.61
819161--819208	15	3.1	14	83	13	60	16	22	0	60	1.36
825862--825900	12	3.2	12	77	0	51	76	2	7	12	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
825892--825930	20	2.0	20	100	0	78	69	5	15	10	1.34
828391--828422	2	16.5	2	93	6	57	50	0	50	0	1.00
833290--833349	29	2.1	28	90	3	93	46	13	13	26	1.80
837975--838032	28	2.1	27	96	3	107	48	8	13	29	1.73
839010--839141	42	3.2	42	81	2	133	36	25	18	19	1.94
839011--839139	21	6.2	21	77	10	113	37	24	17	20	1.94
839805--839832	7	4.0	7	100	0	56	42	0	14	42	1.45
840103--840129	12	2.2	12	100	0	54	18	25	29	25	1.98
840115--840191	20	3.9	19	75	14	75	23	16	28	31	1.96
841316--841839	140	3.8	139	81	8	597	42	12	14	30	1.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12