genome.fa.s1444.2.7.7.80.10.50.1000.11.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01001444.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00002793_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2564052

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2282217--2282305	24	3.7	24	80	3	99	49	17	11	21	1.78
2282210--2282318	48	2.3	48	82	3	130	51	15	12	20	1.76
2282210--2282318	24	4.5	24	74	4	94	51	15	12	20	1.76
2287036--2287069	17	2.1	16	94	5	59	32	0	0	67	0.91
2287050--2287107	28	2.2	26	87	6	80	36	5	1	56	1.32
2291343--2291415	34	2.1	34	92	0	119	39	24	15	20	1.91
2300159--2300211	21	2.5	21	81	6	72	20	26	18	33	1.96
2300220--2300334	20	5.7	20	82	6	124	33	26	17	22	1.96
2300218--2300354	41	3.4	41	81	6	170	35	25	16	22	1.95
2300521--2300564	22	2.0	22	90	0	70	22	43	15	18	1.88
2300813--2300871	20	3.0	20	84	0	64	16	18	20	44	1.87
2301008--2301062	25	2.2	24	78	15	58	20	9	18	52	1.71
2302190--2302237	18	2.7	18	93	0	87	27	45	12	14	1.81
2302782--2302826	20	2.3	20	84	3	65	37	20	24	17	1.93
2302810--2302892	19	4.6	19	75	14	95	46	19	19	14	1.83
2302930--2303005	20	3.8	20	96	0	134	14	27	25	32	1.94
2302976--2303031	20	2.8	20	88	0	76	23	16	28	32	1.96
2302931--2303025	40	2.4	40	85	3	120	16	23	26	33	1.96
2303369--2303451	42	2.0	41	88	2	121	24	42	13	20	1.87
2303369--2303433	21	3.1	21	73	8	69	24	41	12	21	1.87
2305002--2305040	20	2.0	20	94	0	69	46	30	10	12	1.75
2305046--2305091	19	2.4	19	92	0	74	52	17	15	15	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2305058--2305098	19	2.2	19	86	0	55	56	14	17	12	1.68
2305129--2305184	20	2.8	20	97	0	103	14	23	23	39	1.91
2305169--2305198	14	2.1	14	93	0	51	10	23	23	43	1.83
2305730--2305883	20	7.7	20	85	4	166	25	19	27	27	1.99
2305771--2305904	41	3.3	41	82	5	130	23	20	26	29	1.99
2305873--2305924	20	2.5	21	87	3	70	21	23	17	38	1.93
2305914--2305966	21	2.5	22	81	6	74	33	18	26	20	1.96
2309784--2309815	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
2310631--2310687	23	2.5	23	85	0	78	47	7	10	35	1.65
2310753--2311252	198	2.5	199	85	4	656	31	15	14	39	1.87
2313982--2314025	19	2.3	19	88	0	61	56	6	4	31	1.46
2315549--2317333	198	9.0	198	87	2	2363	30	16	14	38	1.88
2318584--2318647	24	2.7	24	78	4	76	46	12	4	35	1.62
2318592--2318628	18	2.1	18	89	0	56	51	10	5	32	1.60
2321188--2321237	15	3.1	15	81	13	55	26	6	38	30	1.80
2321854--2321905	20	2.6	20	90	0	86	17	17	30	34	1.93
2322523--2323157	182	3.5	182	89	2	893	26	17	14	42	1.87
2323757--2323935	58	3.1	59	78	11	163	31	10	3	54	1.50
2329882--2329907	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2334926--2335501	143	4.0	143	80	5	668	36	17	11	35	1.85
2334926--2335488	283	2.0	284	86	3	794	36	17	11	35	1.85
2337860--2337900	20	2.0	20	85	0	55	46	0	4	48	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2345783--2345830	14	3.4	14	82	0	60	20	25	20	33	1.97
2345837--2345862	13	2.0	13	100	0	52	23	23	15	38	1.92
2347876--2347979	31	3.4	30	81	10	129	12	24	31	31	1.92
2349794--2349852	30	2.0	30	81	15	70	45	1	18	33	1.60
2356257--2356911	105	6.2	105	91	1	940	21	17	26	34	1.95
2357672--2357696	12	2.1	12	100	0	50	0	16	0	84	0.63
2357742--2357787	1	46.0	1	82	0	56	0	0	8	91	0.43
2357742--2357787	8	5.6	8	87	12	67	0	0	8	91	0.43
2357742--2357787	18	2.6	18	96	3	85	0	0	8	91	0.43
2368479--2368534	10	5.5	10	73	12	51	71	0	3	25	1.02
2368476--2368542	25	2.5	27	79	13	84	71	0	2	25	1.00
2370837--2370920	23	3.6	24	80	10	86	33	7	33	26	1.83
2373984--2374054	23	3.0	24	91	8	119	29	8	36	25	1.85
2377257--2377300	16	2.7	17	83	16	58	47	4	4	43	1.44
2383151--2383198	16	3.1	16	94	5	82	22	18	14	43	1.87
2383250--2383291	2	22.0	2	90	9	70	47	0	0	52	1.00
2383371--2383462	43	2.1	43	95	0	166	32	34	9	22	1.87
2387920--2388190	137	2.0	137	86	4	386	37	15	19	27	1.92
2391129--2391292	62	2.6	62	85	5	233	28	20	15	35	1.94
2391324--2391624	90	3.4	90	87	1	426	30	14	23	30	1.95
2391336--2391486	43	3.4	43	68	10	133	30	15	26	27	1.96
2391602--2391694	36	2.6	36	86	3	125	43	15	21	20	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2391825--2392253	137	3.1	136	85	2	538	35	25	14	24	1.93
2399066--2399545	216	2.3	209	94	2	834	50	8	12	28	1.69
2399628--2399936	2	153.5	2	62	23	62	46	4	4	44	1.44
2399629--2399943	22	14.6	22	67	20	109	45	4	5	45	1.44
2399664--2399725	29	2.1	29	82	5	72	45	3	6	45	1.45
2399797--2399915	11	10.6	11	66	16	66	47	2	2	47	1.29
2399840--2399893	17	3.1	17	81	2	63	48	0	1	50	1.11
2399647--2399899	138	1.8	137	81	9	318	45	4	5	44	1.48
2399961--2399997	6	6.2	6	93	0	56	37	0	0	62	0.96
2400007--2400071	22	3.0	21	72	14	60	40	7	3	49	1.47
2400030--2400092	31	2.0	31	84	6	83	39	4	4	50	1.44
2400007--2400151	44	3.1	44	77	14	123	41	7	5	45	1.56
2400038--2400184	33	4.6	32	75	9	122	41	8	6	44	1.59
2400168--2400291	2	57.0	2	68	20	54	40	6	5	47	1.53
2400169--2400278	20	5.9	19	67	21	63	40	6	5	48	1.52
2400038--2400206	66	2.6	64	73	17	161	40	7	6	44	1.59
2400111--2400206	33	2.8	34	72	20	92	40	8	7	43	1.62
2400172--2400214	22	2.0	22	86	9	61	37	4	6	51	1.50
2400136--2400291	53	2.9	54	89	4	219	41	7	5	45	1.57
2400375--2400583	51	4.3	50	70	16	161	43	8	6	42	1.60
2400355--2400540	33	5.9	32	75	12	170	43	7	6	42	1.58
2400422--2400613	58	3.4	57	77	14	202	43	7	6	42	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2400987--2401312	112	2.9	113	91	4	536	28	27	7	36	1.84
2401468--2401603	12	11.3	12	75	9	89	44	37	0	17	1.55
2401473--2401598	6	21.0	6	75	9	78	44	38	0	16	1.54
2401473--2401579	36	3.0	35	82	9	117	45	40	0	14	1.44
2401852--2402355	31	16.0	30	85	4	515	25	4	22	48	1.69
2401852--2402355	62	8.0	62	86	4	625	25	4	22	48	1.69
2401852--2402343	93	5.2	93	84	5	617	25	4	22	48	1.69
2402112--2402188	40	1.9	40	89	0	118	23	2	22	51	1.60
2402318--2402464	63	2.3	64	91	3	242	27	6	22	43	1.77
2402194--2402418	93	2.4	93	83	5	260	27	4	22	45	1.72
2404593--2404619	13	2.1	13	100	0	54	29	11	29	29	1.91
2404773--2404836	20	3.2	20	90	0	101	10	12	14	62	1.55
2404782--2404846	20	3.2	20	88	0	94	15	12	13	58	1.64
2404933--2404995	23	2.8	23	82	2	83	25	12	25	36	1.91
2405658--2405754	51	1.9	51	89	0	149	49	3	3	44	1.33
2405731--2405764	17	2.0	17	100	0	68	47	5	0	47	1.26
2405879--2405914	16	2.2	16	90	0	54	36	16	27	19	1.93
2408200--2408279	32	2.5	31	78	6	88	42	7	20	30	1.79
2408354--2408418	31	2.1	32	88	2	96	46	4	16	32	1.68
2412169--2412218	21	2.4	21	86	0	64	16	24	22	38	1.93
2416894--2416941	24	2.0	23	84	15	62	56	8	8	27	1.57
2418346--2418375	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2423851--2423946	2	48.0	2	97	0	183	48	0	1	50	1.07
2427588--2427664	2	38.5	2	97	0	145	49	0	1	49	1.09
2434662--2434706	20	2.3	19	92	3	72	37	22	0	40	1.54
2435869--2435930	29	2.1	31	87	6	92	32	17	6	43	1.75
2441220--2441272	18	2.9	18	81	8	63	26	30	18	24	1.98
2442624--2442691	30	2.3	30	85	10	95	33	16	8	41	1.79
2447912--2447945	10	3.3	10	87	4	50	0	0	14	85	0.60
2447912--2447945	11	3.2	11	83	8	52	0	0	14	85	0.60
2447898--2447945	21	2.3	21	85	3	62	6	0	12	81	0.87
2449208--2449267	31	2.0	30	83	3	75	36	15	6	41	1.73

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12