genome.fa.s1444.2.7.7.80.10.50.1000.12.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01001444.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00002793_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2564052

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   

This is table  12  of  12  ( 1400 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2453368--2453425	21	2.8	20	80	17	64	25	0	1	72	0.94
2455618--2456130	169	3.0	167	83	2	668	36	15	17	30	1.92
2458141--2458177	18	2.1	18	94	0	65	18	21	24	35	1.96
2462199--2462233	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
2462465--2462507	10	4.1	10	79	8	50	69	0	2	27	1.00
2462498--2462551	25	2.3	23	74	6	54	59	1	7	31	1.36
2462697--2462721	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
2462779--2462814	18	2.1	18	89	5	56	66	2	5	25	1.27
2465957--2466055	38	2.6	39	96	3	191	47	2	23	27	1.62
2469359--2469778	210	2.0	209	88	3	621	43	6	14	35	1.72
2470964--2471302	41	8.3	41	85	2	407	28	18	18	34	1.94
2470954--2471297	123	2.8	121	85	4	449	29	18	18	33	1.95
2471540--2471580	21	1.9	22	85	5	57	43	4	0	51	1.23
2471586--2471631	23	2.2	20	84	11	56	47	0	2	50	1.13
2471531--2471649	62	1.9	62	81	6	143	46	4	1	47	1.31
2471943--2472196	21	12.3	19	73	15	157	21	19	24	35	1.96
2471943--2472195	61	4.1	61	79	11	307	21	19	24	35	1.96
2472004--2472192	42	4.5	42	95	0	342	20	18	25	35	1.95
2471935--2472125	103	1.9	102	91	4	312	20	19	25	35	1.96
2473080--2473128	19	2.4	21	80	13	66	30	32	20	16	1.94
2473354--2473485	66	2.0	66	95	0	237	33	25	17	23	1.96
2476681--2476855	43	4.1	43	81	0	197	39	16	17	26	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2476826--2476886	31	2.0	31	93	0	104	31	22	21	24	1.98
2476825--2476892	31	2.3	29	81	13	86	33	20	19	26	1.96
2483856--2483895	19	2.1	19	100	0	80	20	30	17	32	1.95
2483855--2483912	19	2.8	20	84	15	73	20	27	20	31	1.98
2487307--2487351	23	2.0	23	95	0	81	28	22	28	20	1.98
2489822--2489955	65	2.1	65	90	2	207	32	18	22	26	1.97
2500102--2500258	65	2.4	65	82	4	174	31	17	21	29	1.96
2502854--2502896	22	1.9	23	90	4	70	16	4	9	69	1.31
2504134--2504172	20	1.9	21	89	5	62	51	10	7	30	1.64
2506892--2506932	20	2.0	20	90	9	66	19	9	9	60	1.55
2506890--2506936	24	2.0	24	82	0	58	19	8	8	63	1.48
2509305--2509355	19	2.6	20	90	3	77	43	23	17	15	1.88
2509305--2509602	20	14.6	20	74	7	134	41	19	21	17	1.91
2509409--2509583	83	2.1	83	91	0	278	37	18	25	19	1.94
2509430--2509580	63	2.5	60	84	6	203	37	17	25	19	1.93
2509569--2509612	20	2.2	20	91	0	70	54	18	18	9	1.69
2509689--2509791	6	17.7	6	96	1	176	31	50	17	0	1.53
2510229--2510287	6	9.8	6	98	0	91	0	27	50	22	1.49
2510367--2510406	20	2.0	20	90	0	62	12	17	17	52	1.74
2510399--2510549	20	7.4	20	83	4	185	21	24	16	37	1.94
2510379--2510562	40	4.5	42	81	10	204	21	23	15	39	1.91
2510397--2510570	83	2.1	83	95	0	312	21	24	17	36	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2510399--2510570	63	2.8	59	78	11	182	21	24	16	37	1.94
2510590--2510637	20	2.4	20	92	0	78	12	16	16	54	1.72
2510624--2510674	19	2.6	20	90	3	77	15	17	23	43	1.88
2511457--2511497	21	2.1	19	86	9	55	65	0	7	26	1.18
2512064--2512129	34	1.9	34	90	0	105	31	13	13	40	1.84
2512678--2512989	98	3.0	98	81	8	304	21	21	24	33	1.97
2513680--2513807	31	3.9	31	72	17	82	33	12	21	32	1.90
2513582--2513774	67	2.8	67	83	3	233	37	12	21	28	1.90
2513729--2513843	33	3.5	33	89	5	162	32	11	19	37	1.87
2513885--2514407	37	15.4	36	67	20	188	37	12	19	30	1.88
2514013--2514071	30	2.0	30	86	6	84	32	10	16	40	1.82
2514026--2514305	100	2.8	101	93	2	465	36	12	19	31	1.89
2514090--2514473	166	2.3	165	90	4	594	35	12	20	31	1.90
2514192--2514371	66	2.8	65	90	5	276	35	12	21	31	1.90
2514255--2514494	102	2.3	103	88	4	344	35	13	20	30	1.91
2515392--2515440	22	2.2	22	92	0	80	28	14	24	32	1.94
2515404--2515447	22	2.0	22	86	0	61	31	13	22	31	1.93
2516089--2516166	16	4.9	16	75	12	61	0	14	8	76	1.00
2519375--2519422	18	2.6	19	73	3	53	66	2	6	25	1.26
2519954--2520022	34	2.0	34	97	0	129	33	13	11	42	1.80
2528749--2528821	21	3.5	21	70	18	55	31	24	15	28	1.95
2528658--2528872	92	2.3	92	84	5	274	31	20	16	30	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2530667--2530732	16	4.1	17	74	14	59	51	24	1	22	1.57
2532608--2532674	21	3.0	22	75	12	66	20	25	28	25	1.99
2537571--2538182	304	2.0	304	95	0	1107	32	16	24	27	1.96
2538999--2539041	21	2.0	21	81	0	50	30	30	25	13	1.94
2539579--2539879	149	2.0	146	96	1	557	26	15	20	36	1.93
2540876--2540923	20	2.4	20	89	0	69	22	27	29	20	1.99
2540888--2540930	20	2.2	20	100	0	86	13	34	27	23	1.93
2543100--2543142	22	1.9	23	85	4	61	39	23	16	20	1.92
2548091--2548124	18	1.9	18	88	5	52	26	29	26	17	1.98
2550498--2550533	16	2.2	16	90	0	54	55	11	8	25	1.62
2557141--2557169	12	2.4	12	100	0	58	0	17	6	75	1.01
2558019--2558043	13	1.9	13	100	0	50	40	8	16	36	1.77
2562433--2562472	21	1.9	21	85	10	55	52	0	15	32	1.43
2563543--2563593	22	2.3	22	84	15	70	68	9	0	21	1.18

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12

The End!