genome.fa.s1444.2.7.7.80.10.50.1000.10.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01001444.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00002793_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2564052

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2125263--2125321	4	15.5	4	78	19	56	77	3	0	18	0.90
2125260--2125303	15	2.7	15	86	10	52	77	0	0	22	0.77
2125263--2125348	45	1.9	45	85	4	120	76	3	2	17	1.03
2125266--2125420	20	8.0	18	70	19	82	76	2	5	16	1.08
2125263--2125424	45	3.4	45	73	19	118	75	2	4	16	1.08
2125444--2125567	3	40.0	3	71	16	67	64	0	4	29	1.20
2125519--2125568	13	3.9	12	80	19	57	74	2	0	24	0.93
2125519--2125568	26	1.9	26	88	8	75	74	2	0	24	0.93
2130287--2130329	21	2.0	21	81	0	50	30	30	25	13	1.94
2131112--2131156	23	2.0	23	86	0	63	20	26	26	26	1.99
2137787--2138102	150	2.1	150	94	2	548	26	17	21	34	1.95
2138070--2138114	23	2.0	23	86	0	63	20	26	26	26	1.99
2140719--2140757	18	2.2	18	85	0	51	15	35	17	30	1.91
2140721--2140760	21	1.9	21	94	0	71	15	37	17	30	1.90
2142631--2142852	111	2.0	111	96	0	408	45	11	8	35	1.70
2142974--2143015	10	4.0	11	87	12	54	42	0	26	30	1.55
2143137--2143234	50	2.0	50	83	0	124	21	28	33	16	1.95
2149957--2150193	117	2.0	117	99	0	465	23	17	26	32	1.96
2153699--2153729	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
2153852--2153919	30	2.3	30	89	2	111	48	22	11	17	1.79
2154043--2154078	19	1.9	18	94	5	63	50	5	13	30	1.65
2157120--2157177	26	2.2	27	79	14	68	62	0	6	31	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2158003--2158031	15	1.9	15	100	0	58	31	48	13	6	1.69
2158917--2159038	49	2.5	49	80	5	131	15	34	27	22	1.94
2161931--2162152	111	2.0	111	92	0	372	44	9	8	36	1.68
2162276--2162316	10	4.1	10	84	12	57	39	0	29	31	1.57
2162438--2162563	50	2.5	49	79	5	144	19	26	37	15	1.93
2163096--2163135	21	1.9	21	84	0	53	42	5	15	37	1.68
2167419--2167515	40	2.4	40	89	0	140	38	14	17	29	1.89
2178164--2178207	22	2.0	22	81	4	52	43	0	6	50	1.29
2180618--2180665	15	3.2	14	76	23	53	45	2	14	37	1.57
2182654--2182731	22	3.5	22	83	13	97	44	1	6	47	1.36
2182654--2182745	22	4.0	22	76	12	87	43	1	6	48	1.35
2183070--2183136	28	2.4	28	85	5	82	50	2	2	43	1.32
2183103--2183180	22	3.5	22	83	13	97	44	1	6	47	1.36
2183103--2183194	22	4.0	22	76	12	87	43	1	6	48	1.35
2183149--2183214	28	2.3	29	85	10	84	40	1	6	51	1.36
2184423--2184489	21	3.1	21	67	12	55	23	7	1	67	1.25
2184423--2184490	22	3.1	22	69	12	59	23	7	1	67	1.24
2190132--2190184	21	2.5	21	81	6	72	20	26	18	33	1.96
2190174--2190246	21	3.5	21	90	1	103	38	17	23	20	1.93
2190350--2190392	21	2.0	21	86	8	61	20	41	13	23	1.88
2190654--2190712	20	3.0	20	87	0	73	15	18	22	44	1.87
2190849--2190903	25	2.2	24	78	15	58	20	9	18	52	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2192032--2192079	18	2.7	18	93	0	87	27	45	12	14	1.81
2192618--2192663	20	2.3	20	84	0	56	36	23	21	17	1.94
2192629--2192666	20	1.9	20	94	0	67	34	21	23	21	1.97
2192637--2192735	19	5.4	19	76	12	100	44	20	20	15	1.86
2192789--2192851	20	3.2	20	88	0	90	17	25	23	33	1.96
2192822--2192877	20	2.8	20	88	0	76	23	16	28	32	1.96
2193219--2193279	21	3.0	20	73	7	68	22	42	13	21	1.87
2193215--2193310	45	2.2	42	83	5	120	19	44	15	19	1.86
2194948--2195008	20	3.0	20	95	0	104	16	21	22	39	1.92
2195212--2195308	20	4.8	20	94	0	158	27	20	27	23	1.99
2195380--2195432	21	2.5	22	78	6	65	33	18	24	22	1.97
2195863--2195911	19	2.6	19	96	0	89	63	24	4	8	1.40
2196758--2196800	20	2.2	20	86	0	59	30	11	20	37	1.89
2197025--2197076	27	1.9	27	100	0	104	30	19	23	26	1.98
2202023--2202065	20	2.2	20	83	8	52	30	9	20	39	1.84
2207323--2207365	20	2.2	20	86	0	59	30	11	20	37	1.89
2207595--2207649	27	2.0	27	100	0	110	29	21	23	25	1.99
2217556--2217634	22	3.7	22	86	5	99	34	15	20	30	1.93
2236189--2236265	39	2.0	38	89	2	118	31	29	19	19	1.96
2236189--2236246	18	3.0	20	85	14	93	29	31	20	18	1.97
2243021--2243086	18	3.2	21	73	22	68	31	28	16	22	1.96
2243031--2243090	21	3.0	21	77	18	74	31	28	20	20	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2248611--2248780	87	1.9	88	86	4	245	39	10	7	42	1.67
2255138--2255188	23	2.4	21	75	15	52	50	3	1	43	1.31
2255586--2255690	15	7.0	15	93	4	176	52	0	0	46	1.07
2255722--2255764	22	2.0	22	95	0	77	37	0	11	51	1.39
2255744--2255850	32	3.7	32	75	23	135	35	0	12	52	1.39
2255678--2256720	54	19.8	54	69	18	530	34	0	13	51	1.42
2255776--2255818	22	2.0	22	100	0	86	34	0	13	51	1.42
2255906--2255944	20	2.0	20	100	0	78	33	0	15	51	1.44
2255744--2255977	126	1.8	127	93	4	400	34	0	14	51	1.42
2255925--2256008	31	2.7	31	90	1	132	36	0	13	50	1.41
2255798--2256451	237	2.7	238	86	8	804	34	0	13	51	1.43
2255875--2256571	53	13.3	54	72	17	451	34	0	13	51	1.43
2256068--2256213	73	2.0	73	93	5	251	34	0	11	53	1.37
2256120--2256183	21	3.1	21	84	10	96	35	0	12	51	1.40
2256226--2256343	22	5.0	22	70	18	94	34	0	15	50	1.44
2256302--2256345	21	2.1	21	95	0	79	36	0	13	50	1.42
2256315--2256374	32	1.9	31	83	6	77	38	0	10	51	1.35
2255744--2256651	128	6.9	128	76	14	772	34	0	13	51	1.43
2256323--2256466	79	1.9	75	91	5	234	32	0	15	52	1.43
2255925--2256688	235	3.1	240	83	12	885	34	0	13	51	1.43
2256581--2256688	32	3.7	32	76	23	146	34	0	13	51	1.42
2256614--2256656	22	2.0	22	100	0	86	34	0	13	51	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2256668--2256710	22	2.0	22	100	0	86	34	0	13	51	1.42
2256735--2256793	31	1.9	31	89	6	93	42	8	6	42	1.61
2258037--2258272	22	10.7	22	86	3	332	41	0	10	48	1.37
2258293--2258351	31	1.9	31	89	0	91	45	5	5	44	1.47
2259982--2260237	36	7.2	35	80	10	238	45	4	6	43	1.49
2259982--2260237	73	3.6	70	79	10	279	45	4	6	43	1.49
2259982--2260181	109	1.8	109	87	8	300	45	5	6	43	1.50
2260171--2260243	31	2.4	31	90	2	112	38	1	9	50	1.44
2260171--2260251	30	2.6	30	90	3	117	41	1	8	48	1.42
2260230--2260339	41	2.7	38	79	18	123	45	3	5	45	1.44
2260230--2260340	39	2.7	39	78	15	118	45	3	5	45	1.43
2260351--2260401	5	9.6	5	84	14	59	21	1	0	76	0.88
2261352--2261398	4	11.2	4	82	13	51	21	0	2	76	0.89
2261351--2261398	17	2.9	17	88	11	73	20	0	2	77	0.88
2261478--2261521	22	2.0	22	86	8	63	22	2	0	75	0.92
2261485--2261544	22	2.6	22	82	12	59	18	6	1	73	1.14
2261489--2261544	25	2.3	23	82	11	60	17	7	1	73	1.15
2266398--2266834	110	4.0	110	90	1	648	34	23	18	24	1.96
2266949--2267994	80	12.8	80	81	5	1029	30	24	19	24	1.98
2266949--2267939	165	6.1	161	82	4	1072	30	24	19	25	1.98
2266940--2267998	245	4.3	245	87	1	1376	30	25	19	24	1.98
2268555--2268821	37	7.2	35	83	9	257	43	4	6	44	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2268596--2268821	73	3.1	70	84	8	290	44	4	6	45	1.49
2268596--2268814	110	2.0	110	87	6	318	44	4	6	44	1.50
2268805--2268890	34	2.5	34	90	5	129	40	3	5	50	1.44
2268848--2268961	40	2.8	42	76	10	119	42	3	5	48	1.42
2268956--2269011	16	3.3	16	74	18	51	25	1	0	73	0.93
2270046--2270087	17	2.5	17	100	0	84	16	0	4	78	0.91
2271813--2271881	31	2.2	31	97	0	129	43	11	17	27	1.83
2272276--2272344	33	2.1	34	83	2	86	28	0	23	47	1.52
2281213--2281323	32	3.5	32	94	0	186	24	27	31	17	1.97
2282213--2282273	12	5.1	12	70	7	52	55	18	11	14	1.68

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12