genome.fa.s1444.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01001444.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00002793_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2564052

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   

This is table  6  of  12  ( 1400 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1328009--1328089	27	2.8	28	81	9	83	53	2	0	44	1.14
1327999--1328089	32	2.6	34	80	10	87	51	2	0	46	1.13
1328180--1328250	19	3.6	18	72	20	54	49	1	1	47	1.18
1328245--1328289	23	2.0	23	86	0	63	53	2	2	42	1.25
1328558--1328587	14	2.1	14	93	0	51	36	20	6	36	1.79
1334730--1334787	20	2.6	22	84	10	75	32	20	20	25	1.97
1335994--1336092	52	1.9	52	95	0	180	20	23	15	41	1.89
1336317--1336363	15	3.1	15	81	9	51	19	6	2	72	1.17
1336567--1336627	2	30.5	2	100	0	122	49	0	0	50	1.00
1336684--1336725	3	14.0	3	100	0	84	66	0	33	0	0.92
1341142--1341177	15	2.4	15	100	0	72	5	30	11	52	1.59
1346730--1346782	18	2.9	18	100	0	106	54	0	0	45	0.99
1348728--1348803	33	2.3	34	74	2	82	21	5	11	61	1.49
1348806--1348849	22	2.0	22	81	0	52	27	13	18	40	1.88
1354425--1354519	40	2.3	41	78	8	97	33	27	11	27	1.91
1354425--1354577	20	7.6	20	72	5	85	31	24	12	31	1.92
1354487--1354596	20	5.6	20	74	12	77	30	20	13	35	1.91
1354563--1354597	18	1.9	18	94	0	61	31	17	11	40	1.85
1354734--1354771	15	2.4	16	86	4	51	28	7	0	63	1.23
1355366--1355399	12	2.8	12	90	0	50	55	29	0	14	1.40
1355525--1355578	24	2.2	24	93	0	90	20	18	20	40	1.91
1355753--1355780	3	9.3	3	100	0	56	64	0	35	0	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1355878--1355924	18	2.6	18	83	10	60	38	4	19	38	1.71
1357842--1357877	18	2.0	18	88	0	54	55	22	2	19	1.56
1358259--1358393	37	3.5	37	70	21	116	48	17	1	31	1.56
1358312--1358348	14	2.6	14	100	0	74	48	21	0	29	1.50
1358248--1358412	78	2.1	78	96	0	303	49	18	1	30	1.56
1359760--1359851	21	4.4	21	84	0	121	18	15	42	23	1.88
1360454--1360550	42	2.3	42	89	0	140	17	15	37	29	1.91
1362036--1362117	19	4.2	20	90	4	116	46	23	17	13	1.83
1362025--1362117	38	2.4	39	82	10	127	47	21	16	15	1.82
1362692--1362740	20	2.5	20	96	0	89	18	10	24	46	1.79
1362731--1362822	20	4.6	20	84	10	98	28	15	21	34	1.94
1368209--1368235	13	2.1	13	100	0	54	14	0	0	85	0.61
1368274--1368593	74	4.3	72	82	11	371	45	3	5	45	1.40
1368274--1368593	112	2.9	110	83	7	387	45	3	5	45	1.40
1368601--1368689	4	23.5	4	72	24	52	22	2	2	73	1.06
1368596--1368659	22	3.0	22	78	17	71	23	1	3	71	1.08
1368599--1368695	49	2.0	49	82	11	119	20	3	2	74	1.06
1372949--1373004	19	3.1	18	80	10	60	80	3	12	3	0.97
1373877--1373940	24	2.7	23	77	15	67	29	14	7	48	1.71
1374079--1374148	32	2.2	32	82	5	79	30	14	25	30	1.95
1374411--1375144	110	6.9	110	86	5	984	33	23	18	24	1.97
1374411--1375085	103	6.4	103	86	5	857	33	23	18	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1374411--1375144	316	2.3	320	85	4	1020	33	23	18	24	1.97
1375363--1375817	84	5.5	82	76	8	375	31	24	19	24	1.98
1375363--1375780	165	2.5	164	83	2	523	30	24	20	24	1.98
1376409--1376730	38	8.6	37	85	9	370	45	4	4	45	1.43
1376738--1376831	3	30.7	3	73	18	61	24	4	1	70	1.12
1376738--1376800	25	2.5	25	82	10	67	25	3	0	71	1.01
1378043--1378079	19	1.9	19	100	0	74	18	0	5	75	0.99
1378040--1378082	19	2.5	16	80	20	59	18	0	4	76	0.95
1383405--1383525	3	40.0	3	81	4	145	58	0	0	41	0.98
1383690--1384214	76	6.9	76	97	0	987	33	22	20	23	1.97
1384849--1384903	22	2.5	23	91	8	96	41	14	9	34	1.77
1387205--1387545	114	3.0	114	96	1	603	29	20	16	33	1.94
1394836--1394874	20	2.0	20	85	10	53	71	2	2	23	1.10
1394828--1394914	21	3.6	25	73	17	69	64	2	4	28	1.26
1394859--1394930	29	2.6	28	79	12	71	61	1	4	33	1.24
1397106--1397187	3	27.0	3	78	7	85	57	0	0	42	0.98
1397095--1397187	18	5.3	18	75	18	90	55	0	0	44	0.99
1397095--1397187	15	5.6	16	75	16	82	55	0	0	44	0.99
1404776--1404851	22	3.5	22	92	1	127	32	27	19	19	1.96
1411495--1411538	23	1.9	23	100	0	88	38	22	4	34	1.75
1412632--1413223	132	4.3	135	83	4	640	22	20	22	34	1.97
1412632--1413223	139	4.4	135	82	5	619	22	20	22	34	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1413294--1413332	18	2.1	18	85	9	51	43	0	2	53	1.14
1414409--1414449	21	2.0	21	85	0	55	17	21	36	24	1.94
1414428--1414532	42	2.5	42	74	9	106	23	19	34	22	1.96
1415088--1415123	17	2.1	17	90	10	56	52	5	0	41	1.24
1416236--1416298	30	2.2	28	83	11	74	57	0	1	41	1.08
1416275--1416313	21	1.9	20	89	5	60	58	0	2	38	1.12
1416301--1416330	14	2.2	13	94	5	51	60	0	0	40	0.97
1420383--1420417	17	2.1	17	94	0	61	22	28	5	42	1.76
1434553--1434976	85	5.0	86	78	7	350	35	17	17	30	1.93
1434595--1434982	170	2.3	171	78	7	407	36	17	17	29	1.93
1437456--1437664	106	2.0	106	100	0	418	42	12	20	25	1.87
1438181--1438252	26	2.7	25	77	10	72	59	2	2	34	1.26
1437814--1438646	458	1.8	458	89	2	1316	42	8	18	29	1.81
1438744--1438775	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
1439262--1439305	22	2.0	23	86	4	63	45	13	20	20	1.85
1439239--1439318	42	1.9	42	84	5	108	42	15	17	25	1.88
1440672--1440879	65	3.2	64	79	9	226	31	21	18	28	1.97
1446671--1446765	23	4.4	21	77	9	86	27	26	22	24	2.00
1446690--1446768	23	3.6	23	77	8	92	25	25	25	24	2.00
1446671--1446765	44	2.2	42	87	7	129	27	26	22	24	2.00
1448296--1448324	14	2.0	15	93	6	51	6	3	27	62	1.37
1448991--1449191	65	3.1	63	82	11	237	31	23	18	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1450669--1450749	25	3.1	25	80	8	65	54	1	7	37	1.37
1450707--1450785	29	2.8	29	76	16	92	50	1	8	39	1.42
1456345--1456429	23	3.7	23	79	4	91	30	23	22	23	1.99
1464776--1464802	14	1.9	14	100	0	54	66	11	0	22	1.22
1467843--1468093	130	1.9	131	85	5	348	41	20	12	25	1.88
1468692--1469067	174	2.2	170	79	5	398	33	17	19	29	1.95
1469084--1469291	45	4.9	44	71	12	137	37	17	16	28	1.92
1469080--1469362	85	3.3	85	81	2	264	35	18	17	28	1.93
1469188--1469338	40	3.7	40	71	9	115	35	17	18	29	1.94
1469730--1469908	91	2.0	91	100	0	358	37	10	23	27	1.88
1475199--1475243	22	2.0	22	100	0	90	31	8	17	42	1.80
1481065--1481135	9	7.9	9	74	16	67	43	0	0	56	0.99
1481061--1481135	18	4.4	17	83	11	91	42	0	0	57	0.98
1481061--1481124	3	22.0	3	78	12	71	40	0	0	59	0.97
1482817--1482875	31	1.9	31	86	6	84	47	1	0	50	1.11
1483345--1483398	27	2.0	27	85	7	74	35	5	1	57	1.33
1488694--1488786	17	5.5	16	80	10	89	75	0	19	5	0.99
1488694--1488787	34	2.8	33	88	1	134	74	0	19	6	1.03
1488758--1488786	9	3.3	9	90	9	51	79	0	20	0	0.74
1491036--1491254	114	1.9	114	89	0	339	34	14	20	31	1.92
1494418--1495144	76	9.6	76	94	0	1253	24	18	21	35	1.96
1495078--1495179	45	2.3	45	92	0	168	23	20	19	36	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1495316--1495386	9	7.9	9	74	16	67	43	0	0	56	0.99
1495312--1495386	18	4.4	17	83	11	91	42	0	0	57	0.98
1495312--1495375	3	22.0	3	78	12	71	40	0	0	59	0.97
1497059--1497115	29	2.0	29	86	6	80	47	1	0	50	1.11
1498409--1498457	14	3.5	14	94	0	80	26	32	2	38	1.68
1507611--1507680	34	2.1	32	89	5	104	31	15	31	21	1.95
1509864--1509921	29	2.0	29	82	3	71	36	5	12	46	1.63
1510045--1510135	20	4.9	19	70	15	57	30	27	16	25	1.97
1510245--1510284	20	1.9	22	90	10	66	37	40	10	12	1.77
1510499--1510568	34	2.1	32	92	5	113	31	17	31	20	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12