genome.fa.s1700.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01001700.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00003398_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2632955

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18978--19198	72	3.0	74	81	10	281	26	27	11	34	1.91
27398--27447	21	2.4	21	96	0	91	20	36	24	20	1.95
35033--35145	26	3.9	26	73	24	109	45	1	31	21	1.62
35027--35159	64	2.1	64	97	0	248	45	1	31	21	1.61
36475--36524	21	2.4	21	83	6	57	32	12	18	38	1.87
45940--45972	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
53184--53225	21	2.0	20	82	13	50	71	2	7	19	1.20
58288--58330	19	2.4	18	80	7	52	39	0	18	41	1.51
59799--59851	19	2.8	19	94	0	88	26	22	30	20	1.98
59818--60503	362	1.9	366	89	3	1076	38	21	16	22	1.93
60629--60692	33	1.9	33	83	0	83	32	15	28	23	1.95
62220--62254	13	2.6	14	86	13	56	40	5	8	45	1.58
64353--64456	44	2.4	44	86	3	147	28	20	21	29	1.98
71385--71560	60	2.9	60	75	10	146	34	21	5	38	1.77
78218--78271	26	2.1	26	86	13	76	38	5	7	48	1.55
78690--78749	31	1.9	31	93	0	102	40	6	10	43	1.64
78773--78815	22	2.0	22	100	0	86	51	13	0	34	1.42
78778--79575	80	9.9	79	83	10	585	52	13	0	33	1.41
78763--79325	134	4.2	134	91	3	827	52	13	0	34	1.40
78907--78949	22	2.0	22	95	0	77	51	11	0	37	1.39
78909--78957	22	2.2	22	85	3	62	55	12	0	32	1.37
79043--79091	22	2.2	22	85	3	62	55	12	0	32	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78778--79700	214	4.3	216	90	4	1342	52	13	0	33	1.41
79173--79239	26	2.8	23	75	14	73	52	16	0	31	1.44
79255--79297	22	2.0	22	100	0	86	51	13	0	34	1.42
79257--79305	22	2.2	22	88	3	71	55	14	0	30	1.40
79300--79352	14	3.5	14	72	18	52	56	5	0	37	1.23
79343--79391	22	2.2	22	85	3	62	55	12	0	32	1.37
79397--79471	22	3.2	23	71	17	73	54	16	0	29	1.42
79309--79700	134	2.9	134	89	6	548	52	13	0	33	1.41
79555--79597	22	2.0	22	100	0	86	51	13	0	34	1.42
79557--79605	22	2.2	22	88	3	71	55	14	0	30	1.40
79640--79737	22	4.3	22	68	7	79	53	10	0	36	1.35
79680--79782	15	6.5	15	78	15	109	53	2	0	43	1.15
79640--79786	69	2.2	67	85	6	190	52	7	0	40	1.30
79723--79805	30	2.9	30	91	5	127	49	1	0	49	1.08
81520--81634	57	2.0	57	87	0	167	35	28	20	15	1.93
81693--81803	24	4.7	24	83	4	127	40	18	15	26	1.89
81693--81803	47	2.3	48	84	1	143	40	18	15	26	1.89
85970--86028	30	2.0	30	86	0	82	45	13	1	38	1.54
87750--87842	3	30.7	3	86	4	125	38	0	0	61	0.96
92120--92206	43	2.0	44	84	2	113	28	10	25	35	1.89
94470--94510	15	2.9	15	89	10	68	82	0	17	0	0.66
94469--94509	21	2.0	21	90	0	64	82	0	17	0	0.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94470--94510	7	5.9	7	86	11	57	82	0	17	0	0.66
94683--94767	3	28.3	3	97	0	161	34	1	0	64	1.01
95255--95279	13	1.9	13	100	0	50	88	4	8	0	0.64
107550--107585	1	36.0	1	88	0	54	94	0	5	0	0.31
107547--107582	11	3.2	11	92	7	63	91	0	8	0	0.41
107550--107583	12	2.8	12	100	0	68	94	0	5	0	0.32
107909--107951	18	2.3	18	92	4	68	30	4	6	58	1.45
108671--109290	84	7.5	84	88	4	928	28	14	21	35	1.92
110014--110710	114	6.1	114	87	7	902	35	12	20	30	1.90
110905--110979	3	25.3	3	84	8	100	36	2	1	60	1.20
111710--111769	29	2.0	30	96	3	113	11	30	40	18	1.86
112616--112652	18	2.1	18	90	10	58	51	0	0	48	1.00
117544--117601	22	2.6	22	97	0	107	32	17	13	36	1.89
118375--118482	45	2.4	45	85	3	135	25	23	20	31	1.98
118271--118790	121	4.3	121	93	0	842	26	21	19	32	1.97
118496--118593	45	2.2	45	86	0	133	27	21	19	31	1.97
118617--118714	45	2.2	45	86	0	133	27	24	18	29	1.98
118535--118902	197	1.9	197	90	0	592	27	21	19	31	1.97
118656--118866	76	2.8	76	89	0	305	27	20	18	32	1.96
118808--118897	45	2.0	45	95	0	162	26	23	17	32	1.97
119057--119114	3	18.7	3	78	7	62	41	0	0	58	0.98
120555--120607	27	2.0	27	82	14	65	37	7	3	50	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
124131--124177	24	2.0	23	91	4	76	44	4	17	34	1.68
125902--125935	17	2.0	17	88	11	52	41	14	0	44	1.45
136706--136744	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
141471--141528	23	2.5	23	74	2	62	31	20	10	37	1.86
146413--146505	47	2.0	47	97	0	177	36	10	16	36	1.83
146643--146681	19	2.1	19	85	0	51	35	7	23	33	1.83
146859--146983	32	4.0	31	83	3	117	26	19	22	32	1.97
146877--146986	32	3.5	31	82	3	130	26	18	23	31	1.97
146945--147011	30	2.2	31	83	2	82	19	19	26	34	1.96
151144--151202	30	1.9	31	86	3	84	23	20	20	35	1.96
154600--154958	179	2.0	180	98	1	695	37	27	16	19	1.93
158973--159013	21	1.9	22	95	5	75	21	17	19	41	1.90
160140--160233	31	3.0	31	85	3	127	38	23	18	20	1.93
172532--172564	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
174523--174577	28	2.0	28	81	0	65	30	25	16	27	1.96
178192--178220	14	2.0	15	93	6	51	20	10	6	62	1.50
180835--180876	21	2.0	21	100	0	84	47	4	0	47	1.23
180835--180878	22	2.0	21	91	4	70	47	4	0	47	1.22
181360--181394	17	2.0	17	88	5	52	65	14	0	20	1.26
184883--184915	17	1.9	17	100	0	66	18	9	18	54	1.69
185103--185140	10	3.6	11	82	10	53	2	15	18	63	1.43
186834--186920	26	3.4	25	73	9	68	36	33	0	29	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
202461--202599	18	7.8	18	71	23	75	73	0	20	5	1.07
202466--202597	27	4.9	25	71	23	90	73	0	20	5	1.07
202478--202597	54	2.2	55	83	14	144	74	0	20	5	1.06
202478--202597	19	6.6	19	69	15	76	74	0	20	5	1.06
202464--202607	9	16.4	8	69	22	60	73	0	20	5	1.07
203920--204341	51	7.8	55	83	8	321	28	16	24	30	1.97
203923--204286	51	6.8	53	85	7	359	28	17	25	28	1.97
203921--204341	111	3.9	102	81	11	386	28	16	24	29	1.97
203984--204341	165	2.2	162	84	4	461	28	17	24	29	1.97
203933--204341	56	7.6	56	83	8	363	28	17	24	29	1.97
203985--204374	55	7.1	54	76	13	198	28	17	23	31	1.97
211773--211819	22	2.1	22	100	0	94	36	17	17	29	1.92
213845--213935	21	4.4	21	80	4	105	40	16	25	17	1.90
213860--213935	21	3.7	21	82	3	109	40	17	25	17	1.90
213845--213935	41	2.2	41	98	0	173	40	16	25	17	1.90
213862--213996	41	3.3	41	83	4	139	37	20	20	20	1.94
213924--214017	20	4.7	20	80	7	91	32	25	17	24	1.96
214532--214598	19	3.5	19	81	2	71	50	25	13	10	1.73
214594--214776	19	10.1	19	75	16	156	12	21	22	43	1.85
214664--214751	33	2.6	33	90	1	131	11	23	25	39	1.88
214719--214776	20	2.9	20	80	10	64	13	24	18	43	1.87
216770--216892	42	2.9	42	80	2	122	22	36	17	22	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
216826--216892	21	3.2	21	66	6	55	23	35	20	19	1.95
218244--218279	14	2.6	13	87	12	54	36	0	19	44	1.51
218461--218578	19	6.7	19	66	19	76	13	23	20	42	1.88
218465--218558	33	2.8	33	98	0	179	12	24	19	43	1.85
220847--220871	12	2.1	12	100	0	50	0	28	0	72	0.86
221046--221099	24	2.2	24	90	0	81	38	20	16	24	1.92
222159--222216	20	2.9	20	89	0	89	39	22	20	17	1.92
224266--224317	20	2.7	19	88	5	77	34	25	25	15	1.95
224321--224378	14	3.9	14	77	16	62	50	25	15	8	1.73
224305--224383	32	2.4	33	91	2	124	46	24	18	10	1.80

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11