genome.fa.s1700.2.7.7.80.10.50.1000.7.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01001700.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00003398_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2632955

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   

This is table  7  of  11  ( 1314 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1301867--1301904	19	2.0	19	89	0	58	31	0	13	55	1.38
1301880--1301941	32	1.9	32	83	6	81	25	0	11	62	1.28
1301825--1302053	76	3.1	74	81	5	264	31	0	10	58	1.37
1302636--1302678	14	3.1	14	86	6	52	23	0	2	74	0.93
1305574--1305661	5	17.8	5	70	13	58	22	2	3	71	1.12
1305615--1305664	15	3.5	15	89	7	70	24	0	0	76	0.80
1306145--1306548	201	2.0	202	99	0	792	30	17	17	35	1.93
1307566--1307797	76	3.1	72	81	9	270	31	0	11	56	1.38
1310838--1310960	48	2.6	48	88	0	156	28	32	21	17	1.96
1310838--1310939	24	4.2	24	93	0	168	30	32	19	17	1.95
1312732--1312785	23	2.3	24	83	3	65	22	38	27	11	1.88
1316456--1316515	30	2.0	30	96	0	111	41	16	8	33	1.78
1316549--1316661	59	1.9	59	90	3	183	24	26	17	30	1.97
1316687--1316781	39	2.5	39	91	1	156	32	17	13	35	1.89
1316807--1316891	43	2.0	43	88	4	127	24	18	17	38	1.92
1316919--1317171	39	6.5	39	88	5	332	30	16	16	36	1.91
1333232--1333367	65	2.1	66	83	4	168	31	16	22	30	1.95
1337061--1337140	23	3.6	22	74	6	72	27	23	23	25	2.00
1337092--1337159	23	3.2	21	69	20	52	22	23	25	29	1.99
1337059--1337159	44	2.3	43	83	8	125	26	22	23	26	2.00
1341793--1341831	11	3.5	11	83	10	53	2	15	0	82	0.79
1348608--1348744	65	2.1	65	82	5	161	32	21	20	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1349505--1349578	31	2.4	31	86	2	105	37	12	22	27	1.90
1351349--1351414	31	2.2	31	88	2	98	30	18	10	40	1.84
1354641--1354684	21	2.1	21	95	0	79	36	4	31	27	1.77
1355184--1355212	12	2.5	12	94	5	51	27	0	10	62	1.28
1355156--1355329	75	2.3	75	82	5	201	27	6	14	51	1.67
1356584--1356638	27	2.0	28	85	3	76	47	16	7	29	1.73
1356936--1357051	38	3.1	38	82	0	133	25	18	19	37	1.94
1358101--1358196	51	1.9	50	82	2	120	44	7	6	41	1.57
1358731--1358799	30	2.3	29	78	9	68	28	11	28	30	1.92
1358745--1358868	50	2.5	50	91	0	194	26	10	33	29	1.90
1358775--1358879	50	2.1	50	83	3	131	28	8	33	29	1.87
1360592--1360892	148	2.0	150	97	2	570	32	21	24	21	1.98
1362388--1362486	50	2.0	50	85	0	135	30	9	29	31	1.88
1362388--1362506	50	2.4	51	80	5	127	31	9	29	30	1.88
1362535--1362570	19	1.9	18	94	0	54	25	11	30	33	1.90
1370225--1370409	83	2.2	83	95	0	334	29	22	22	25	1.99
1370225--1370409	42	4.5	41	75	2	190	29	22	22	25	1.99
1370042--1370622	296	2.0	297	90	1	923	32	20	16	30	1.95
1370515--1370621	42	2.6	41	80	2	124	29	23	22	24	1.99
1370302--1370739	213	2.1	214	93	0	743	31	20	15	32	1.94
1370739--1371610	34	23.9	35	75	15	511	22	19	23	34	1.97
1370739--1371616	70	12.0	73	75	11	316	22	19	23	34	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1370739--1371190	227	2.0	224	89	3	694	23	19	22	34	1.96
1370777--1371267	116	4.3	116	82	6	658	23	19	22	34	1.97
1370743--1371610	116	8.0	104	78	11	551	22	19	23	34	1.97
1371237--1371610	138	2.7	137	89	4	547	21	20	23	34	1.97
1372898--1373158	125	2.1	125	90	1	407	24	27	16	31	1.96
1374409--1374443	2	18.0	2	94	5	63	48	0	0	51	1.00
1376240--1376291	27	1.9	27	96	0	95	13	23	7	55	1.63
1376578--1376620	6	7.2	6	87	7	61	46	18	18	16	1.84
1376582--1376617	13	2.8	13	91	4	56	44	19	19	16	1.87
1381734--1382053	80	4.0	80	90	2	464	21	20	25	32	1.98
1381721--1382057	160	2.1	161	89	2	525	21	20	25	32	1.98
1387042--1387355	82	4.0	80	80	12	357	21	20	25	31	1.98
1387181--1387312	68	1.9	68	89	3	203	26	19	25	28	1.99
1394852--1394913	29	2.1	29	93	0	106	38	3	16	41	1.64
1395176--1395240	30	2.2	30	97	0	121	38	3	15	43	1.62
1397441--1397466	7	3.7	7	100	0	52	26	0	0	73	0.84
1399555--1399690	65	2.1	66	83	4	168	30	22	16	31	1.95
1405830--1405869	21	1.9	21	84	0	53	30	0	12	57	1.36
1405908--1405942	12	2.8	12	91	4	52	37	8	5	48	1.58
1407997--1408136	65	2.1	66	81	6	160	29	20	17	32	1.95
1411152--1411225	30	2.5	30	97	0	139	37	6	24	31	1.81
1418368--1418397	13	2.3	13	100	0	60	86	0	13	0	0.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1422697--1422826	44	3.0	44	87	0	179	16	26	24	32	1.96
1426132--1426172	21	1.9	22	90	5	66	56	0	7	36	1.27
1429968--1430046	21	3.6	21	71	17	63	30	22	20	26	1.98
1429982--1430111	23	5.8	22	73	14	106	26	23	23	26	2.00
1429968--1430108	44	3.2	44	89	7	198	27	23	21	26	1.99
1430012--1430085	21	3.4	21	73	14	78	29	22	21	25	1.99
1441816--1441878	33	1.9	33	96	0	117	25	22	23	28	1.99
1448223--1448300	29	2.7	29	76	13	79	37	2	21	38	1.68
1448616--1448698	38	2.2	37	91	2	130	40	9	21	27	1.84
1449024--1449086	33	1.9	33	93	0	108	25	19	26	28	1.98
1454560--1454674	60	1.9	60	82	3	142	40	19	11	28	1.86
1457883--1457931	25	2.0	25	84	8	64	61	2	8	28	1.36
1469304--1469366	3	21.0	3	100	0	126	33	0	0	66	0.92
1474665--1474759	27	3.6	27	97	2	176	41	15	12	30	1.85
1478338--1478405	27	2.6	27	95	4	122	41	16	11	30	1.84
1480350--1480412	26	2.4	26	84	5	74	66	1	4	26	1.20
1481439--1481618	5	37.2	5	68	26	72	57	2	2	37	1.23
1481508--1481646	7	19.7	7	81	15	146	56	2	0	39	1.19
1481446--1481646	57	3.7	55	80	13	159	56	2	1	38	1.26
1481446--1481644	24	8.1	24	73	21	157	56	3	2	38	1.26
1481439--1481644	97	2.2	96	81	15	241	56	2	1	38	1.25
1481698--1481940	39	6.2	38	75	14	169	41	2	11	43	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1481681--1481937	120	2.1	119	82	7	297	42	2	11	42	1.55
1481912--1481963	23	2.2	24	93	3	88	44	1	11	42	1.51
1481920--1481968	23	2.2	22	92	3	80	53	2	6	38	1.38
1481937--1482102	36	4.4	36	77	12	165	42	3	9	43	1.54
1481937--1482104	75	2.2	75	83	7	198	42	3	10	44	1.55
1482125--1482201	8	10.1	7	72	19	57	19	2	1	76	0.97
1482122--1482192	5	14.4	5	73	18	51	21	1	1	76	0.95
1482122--1482201	6	13.3	6	72	21	53	20	2	1	76	0.97
1482150--1482201	8	6.2	8	78	8	59	17	1	1	78	0.93
1485893--1485968	24	3.2	24	86	3	82	44	19	13	22	1.85
1485910--1486021	24	4.7	24	88	4	163	39	19	16	25	1.91
1485941--1486043	48	2.1	48	85	3	136	42	18	13	25	1.87
1488482--1488530	18	2.7	18	83	0	71	20	14	46	18	1.83
1488489--1488547	31	1.9	31	85	0	82	16	13	49	20	1.80
1489772--1489847	14	5.3	13	74	22	55	77	0	2	19	0.88
1489775--1489829	7	7.6	7	82	13	67	81	0	1	16	0.77
1490997--1491126	20	6.4	19	70	24	79	55	3	0	41	1.15
1490993--1491135	13	10.9	13	69	22	79	54	2	0	42	1.15
1490993--1491127	33	4.0	36	75	17	98	54	2	0	42	1.15
1490990--1491135	43	3.4	43	76	15	117	55	2	0	41	1.14
1491096--1491153	24	2.4	24	81	18	59	50	5	0	44	1.24
1491208--1491285	38	2.1	36	88	7	111	42	3	11	42	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1491313--1491349	2	18.5	2	94	0	65	48	0	2	48	1.15
1491369--1491663	37	7.9	37	75	12	201	44	4	9	42	1.56
1491720--1491774	14	4.1	14	70	13	53	27	1	0	70	0.97
1492648--1492675	11	2.5	11	100	0	56	39	0	39	21	1.54
1494035--1494071	13	2.8	13	87	0	56	27	0	0	72	0.84
1499997--1500363	201	1.8	201	83	2	495	32	15	21	30	1.94
1501150--1501568	37	11.3	37	73	13	285	43	2	10	44	1.50
1501144--1501455	114	2.7	113	80	10	284	43	2	10	42	1.53
1501156--1501568	110	3.7	109	76	12	324	43	2	9	44	1.50
1501318--1501597	110	2.5	110	76	10	270	44	2	8	44	1.48

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11