genome.fa.s1700.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01001700.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00003398_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2632955

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
690520--690589	10	7.6	9	78	12	79	75	1	22	0	0.88
690522--690588	4	16.8	4	74	22	61	76	1	22	0	0.87
690522--690589	14	4.9	13	84	12	91	76	1	22	0	0.87
690532--690589	22	2.6	22	83	8	73	77	0	22	0	0.77
701468--701682	118	1.8	118	85	0	304	39	14	21	24	1.91
701751--701969	117	1.9	117	89	3	343	39	14	21	24	1.90
701751--702002	117	2.2	117	86	5	341	38	15	21	25	1.92
701987--702222	40	5.8	40	75	3	177	30	23	16	29	1.96
702268--702428	76	2.1	76	87	0	223	39	18	15	26	1.90
703726--703769	20	2.2	20	83	0	52	22	9	6	61	1.50
704821--704855	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
706972--707032	25	2.5	24	82	15	81	6	18	0	75	1.01
707005--707041	7	5.3	7	87	12	58	13	13	0	72	1.11
706987--707054	32	2.1	32	86	0	91	11	14	0	73	1.10
706958--707054	8	11.9	8	74	21	69	11	14	0	74	1.08
707022--707055	18	1.9	18	94	5	61	14	14	0	70	1.17
709112--709156	23	2.0	23	95	0	81	17	24	22	35	1.95
709826--709932	50	2.3	46	83	13	132	53	12	1	32	1.49
713788--713892	45	2.2	47	82	14	119	52	13	1	32	1.51
714712--714791	41	2.1	38	84	11	101	27	21	13	37	1.91
718895--718937	18	2.3	19	84	4	52	51	4	18	25	1.66
729682--729727	20	2.4	19	82	7	65	21	15	17	45	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
729812--729854	20	2.2	20	82	0	50	11	18	20	48	1.79
729764--729942	76	2.4	76	92	0	295	24	18	15	41	1.89
729888--729932	20	2.2	20	84	0	54	13	17	22	46	1.83
729919--729962	20	2.2	20	95	0	79	27	22	6	43	1.78
729843--730038	96	2.0	96	92	0	320	25	19	13	41	1.88
729908--730180	76	3.6	76	89	1	395	23	19	15	41	1.90
729988--730028	20	2.0	20	85	0	55	12	21	21	43	1.85
729756--730114	172	2.1	172	95	0	646	24	19	15	40	1.90
730060--730104	20	2.2	20	88	0	63	13	20	22	44	1.85
730136--730192	20	2.8	20	91	0	87	14	15	24	45	1.83
729778--730187	172	2.4	171	88	3	547	24	18	16	40	1.90
735694--735856	80	2.0	80	97	0	308	25	15	19	40	1.90
739126--739200	20	3.7	20	71	16	64	34	25	20	20	1.96
739229--739504	20	13.6	20	72	9	166	38	24	18	18	1.92
739290--739501	41	5.2	41	90	1	320	38	24	17	18	1.93
740057--740136	20	4.0	20	83	6	92	53	17	16	12	1.72
740117--740181	14	4.3	14	73	17	58	49	20	20	10	1.78
740112--740192	33	2.5	33	89	0	117	49	20	18	11	1.78
740188--740238	19	2.7	19	90	0	75	13	17	21	47	1.82
740187--740270	19	4.7	19	70	14	61	15	19	19	46	1.84
742059--742093	12	2.9	12	100	0	70	0	8	17	74	1.06
742652--742770	42	2.8	41	81	5	105	22	35	18	23	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
744120--744155	14	2.6	14	95	0	63	33	0	22	44	1.53
744278--744317	14	2.9	14	100	0	80	50	27	15	7	1.70
744332--744512	33	5.3	33	80	9	200	14	23	17	44	1.86
744457--744484	14	2.0	14	100	0	56	14	21	21	42	1.88
744332--744500	73	2.5	66	80	8	194	14	23	17	44	1.86
744405--744470	20	3.3	20	76	2	71	18	21	16	43	1.87
744332--744539	106	2.0	106	86	1	292	16	23	17	42	1.88
747911--747982	20	3.6	20	98	0	135	16	19	25	38	1.92
747974--748020	21	2.2	21	85	7	60	36	14	25	23	1.93
757212--757238	14	1.9	14	100	0	54	14	14	14	55	1.70
758608--758669	27	2.3	27	88	0	88	50	24	4	20	1.68
759685--759805	39	3.1	39	80	5	120	18	21	23	37	1.94
759788--759887	40	2.6	39	78	7	107	24	19	23	34	1.97
768238--768345	32	3.4	32	81	2	110	20	21	26	31	1.98
769267--769446	97	1.8	97	89	1	279	36	11	16	36	1.84
770483--770519	14	2.6	14	86	0	56	32	16	24	27	1.96
772394--772474	30	2.9	29	70	17	71	37	2	2	58	1.25
776356--776413	2	29.5	2	96	3	109	50	0	0	50	1.00
777461--777498	17	2.2	18	86	13	53	42	0	0	57	0.98
777754--777856	22	4.9	20	73	14	75	9	3	6	79	1.03
777769--777831	32	1.9	33	93	3	110	12	3	6	77	1.07
777734--777828	5	18.0	5	77	14	57	11	4	5	78	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
777816--777868	22	2.5	22	79	14	65	11	3	5	79	1.03
779887--780147	94	2.7	94	86	6	337	32	16	18	32	1.93
781017--781690	124	5.4	124	86	1	868	32	23	16	26	1.96
781746--782106	84	4.3	84	84	0	463	32	24	20	22	1.98
782641--782705	2	35.5	2	74	22	54	50	3	0	46	1.17
782641--782704	14	4.2	16	74	18	66	51	3	0	45	1.17
784015--784041	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
784079--784160	19	4.3	19	74	13	62	10	6	1	81	0.91
784092--784160	29	2.4	29	84	15	90	13	2	1	82	0.85
784095--784195	39	2.8	36	79	11	107	12	2	3	80	0.97
784092--784174	19	4.4	19	78	13	73	12	3	2	81	0.91
784092--784193	33	3.3	30	74	18	93	12	2	3	80	0.96
784547--784585	17	2.3	17	100	0	78	46	0	17	35	1.49
787528--787610	13	6.7	13	85	6	93	1	16	0	81	0.75
787528--787617	25	4.0	22	77	22	82	1	16	0	82	0.74
787529--787605	33	2.3	33	93	0	127	1	16	0	81	0.75
796698--796724	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
798235--798272	14	2.5	16	83	8	53	44	0	0	55	0.99
802654--802726	3	23.7	3	72	10	58	41	0	2	56	1.14
802663--802715	6	9.2	6	79	8	65	41	0	1	56	1.10
802654--802726	13	5.6	13	78	10	69	41	0	2	56	1.14
809093--809132	17	2.4	17	91	0	62	45	7	10	37	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
818137--818224	36	2.4	37	79	5	108	34	10	34	21	1.87
826625--826650	12	2.2	12	100	0	52	7	23	23	46	1.78
829178--829206	14	2.1	14	100	0	58	34	0	0	65	0.93
829178--829221	14	3.4	13	81	18	56	36	0	2	61	1.09
835425--835532	15	6.9	15	69	19	60	72	0	21	6	1.07
835445--835518	22	3.2	22	81	7	85	71	0	21	6	1.09
835488--835542	19	2.8	19	83	8	58	74	0	18	7	1.04
835435--835530	17	5.9	16	68	15	63	72	0	20	6	1.05
837363--838134	38	19.2	40	75	9	532	26	17	16	40	1.90
837363--838001	80	8.1	77	79	9	490	26	17	15	40	1.90
837449--838049	42	14.9	42	76	7	366	25	17	15	40	1.90
837732--838047	80	3.9	78	76	11	264	26	17	15	40	1.89
838789--839391	134	4.5	132	83	3	615	31	16	19	32	1.94
838866--839391	265	2.0	265	84	3	698	30	16	19	33	1.94
849856--849937	41	2.0	41	85	4	112	45	17	14	23	1.85
860450--860506	11	5.1	10	78	18	51	80	0	14	5	0.87
860446--860536	38	2.4	37	85	7	121	78	0	14	7	0.97
860464--860506	21	2.0	21	86	0	59	81	0	11	6	0.87
860446--860549	37	2.7	38	80	14	108	77	0	13	8	0.98
871154--871189	18	2.0	18	89	10	56	22	25	2	50	1.63
875060--875130	18	3.9	18	96	0	124	28	32	21	18	1.96
883801--883847	23	2.0	24	95	4	87	17	46	23	12	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
883857--883896	15	2.7	15	92	0	62	22	30	25	22	1.99
890386--890434	20	2.4	22	80	13	59	16	18	8	57	1.63
891817--891906	23	3.9	23	74	18	71	76	1	22	0	0.85
891809--891906	36	2.8	36	84	9	114	77	1	20	1	0.89
891829--891901	18	4.0	19	81	16	91	79	1	19	0	0.81
891834--891906	12	6.2	12	82	17	75	80	0	19	0	0.71
895087--895112	13	2.0	13	100	0	52	15	23	15	46	1.83
902806--902832	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
904865--904897	17	1.9	17	100	0	66	6	15	0	78	0.93
904868--904938	37	1.9	37	83	11	92	7	14	0	78	0.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11