genome.fa.s1700.2.7.7.80.10.50.1000.11.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01001700.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00003398_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2632955

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2378197--2378251	23	2.3	23	84	6	65	43	3	1	50	1.30
2381310--2381376	29	2.3	29	86	0	98	50	2	5	40	1.42
2381388--2381440	27	2.0	27	88	0	79	43	1	9	45	1.47
2381591--2381655	22	3.0	22	88	0	85	29	18	36	15	1.91
2382268--2382328	30	2.0	30	93	0	104	9	9	13	67	1.43
2387147--2387180	17	2.0	17	94	0	59	44	5	11	38	1.65
2390470--2390507	14	2.7	14	88	8	51	44	2	5	47	1.39
2391542--2391584	2	21.5	2	100	0	86	51	0	0	48	1.00
2392574--2392624	13	3.8	13	89	2	75	19	21	17	41	1.91
2393506--2393571	27	2.4	28	79	5	89	46	22	7	22	1.77
2395456--2395769	157	2.0	157	98	1	612	24	20	22	31	1.98
2408731--2408769	17	2.3	17	90	0	69	28	23	12	35	1.91
2409529--2409621	3	32.3	3	71	23	60	67	2	1	29	1.09
2409531--2409644	22	5.1	22	74	19	87	66	2	0	29	1.11
2409529--2409652	25	4.7	26	69	21	80	66	2	1	29	1.13
2409576--2409629	5	10.0	5	77	15	54	70	1	0	27	0.98
2409576--2409676	31	3.2	30	78	12	87	67	2	1	27	1.16
2409607--2409701	32	3.1	32	78	14	85	64	4	2	29	1.24
2409663--2409701	8	4.9	8	87	9	53	64	5	0	30	1.15
2409563--2409706	16	8.8	16	74	16	77	65	3	1	29	1.17
2409634--2409707	24	3.1	24	71	19	66	63	2	2	31	1.22
2410144--2410179	13	2.8	13	95	0	63	11	47	27	13	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2410789--2410852	3	21.3	3	78	12	69	67	0	1	31	1.00
2410794--2410852	31	1.9	31	85	0	82	66	0	1	32	1.02
2410979--2411125	45	3.3	45	96	0	258	35	19	23	21	1.96
2411059--2411277	76	2.9	76	95	1	388	34	20	21	23	1.96
2410979--2411392	121	3.4	121	79	5	471	35	20	21	22	1.96
2411209--2411322	45	2.5	45	92	2	183	33	20	22	23	1.97
2411256--2411460	76	2.7	76	95	1	369	34	20	21	22	1.97
2411014--2411460	197	2.3	197	96	1	819	34	20	21	23	1.97
2417365--2417413	22	2.3	22	79	13	57	61	12	10	16	1.57
2417373--2417411	7	5.4	7	90	6	60	58	12	12	15	1.62
2417550--2417579	15	1.9	16	93	6	53	56	13	16	13	1.67
2420506--2420567	11	5.5	11	77	19	56	66	1	3	29	1.17
2421833--2421899	3	22.3	3	82	11	84	65	0	1	32	1.02
2423569--2423664	39	2.5	39	89	1	158	26	5	27	41	1.76
2426101--2426212	40	2.8	39	78	5	127	32	22	23	22	1.98
2426180--2426301	39	3.1	39	77	4	104	35	25	20	18	1.95
2427016--2427093	27	2.9	27	83	5	79	25	8	20	44	1.80
2427041--2427093	27	2.0	27	92	0	88	26	9	20	43	1.82
2430699--2430765	24	2.8	24	86	0	98	26	11	19	41	1.86
2430692--2430771	24	3.3	24	82	0	97	30	10	17	42	1.82
2435615--2435733	24	5.0	24	89	4	168	26	13	19	40	1.89
2435631--2435669	12	3.2	12	79	13	53	28	12	23	35	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2439048--2439293	123	2.0	123	99	0	483	31	26	12	28	1.93
2444281--2444343	25	2.8	22	71	21	58	33	3	1	61	1.21
2448892--2449198	157	2.0	156	88	2	456	36	29	12	21	1.90
2454890--2454959	30	2.3	30	82	4	79	44	10	7	38	1.65
2457496--2457561	16	3.9	16	75	14	53	22	13	15	48	1.80
2457648--2457762	23	5.0	23	80	0	95	18	23	22	35	1.95
2457648--2457762	46	2.5	46	82	0	131	18	23	22	35	1.95
2458025--2458078	27	2.0	27	96	0	99	29	20	22	27	1.98
2470297--2470389	23	4.0	23	72	10	82	19	20	24	35	1.96
2471106--2471147	3	14.0	3	100	0	84	66	0	0	33	0.92
2471652--2471735	43	1.9	43	87	2	123	29	9	15	45	1.78
2475968--2475998	15	2.1	15	93	0	53	45	9	12	32	1.75
2483164--2483218	21	2.6	21	94	0	92	45	12	21	20	1.84
2483164--2483225	21	3.0	20	88	9	88	48	11	19	20	1.79
2483774--2483889	59	2.0	59	91	0	187	34	5	16	43	1.70
2483889--2484145	29	9.0	28	88	4	379	32	3	21	42	1.71
2483889--2484141	87	2.9	86	91	1	418	32	3	20	42	1.71
2487631--2487764	59	2.3	59	88	2	189	38	4	14	42	1.67
2487749--2488010	29	9.1	28	87	4	371	33	4	20	40	1.74
2496680--2496760	14	5.7	15	70	18	59	50	1	1	46	1.17
2499967--2500071	19	5.2	19	80	13	111	34	4	28	32	1.78
2500404--2500457	20	2.7	20	91	0	81	24	20	25	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2513205--2513250	15	3.0	15	83	3	56	10	4	2	82	0.89
2513205--2513252	21	2.3	20	85	3	69	10	6	2	81	0.95
2522391--2522434	14	3.1	14	80	6	52	50	4	0	45	1.22
2522424--2522484	23	2.9	20	75	7	59	45	1	1	50	1.21
2522410--2522506	43	2.3	42	84	5	117	47	4	1	47	1.28
2522372--2522480	57	1.9	59	87	9	163	49	2	1	45	1.27
2522480--2522520	21	2.0	21	85	9	57	51	4	0	43	1.23
2524420--2524453	16	2.2	16	89	5	52	29	0	0	70	0.87
2528722--2528765	21	2.1	22	87	8	65	50	9	0	40	1.34
2530773--2531108	167	2.0	169	98	1	649	35	11	11	41	1.77
2531552--2531600	26	1.9	26	84	12	66	51	8	10	30	1.65
2532223--2532320	24	4.1	24	82	5	72	39	21	14	24	1.90
2556109--2556148	2	20.5	2	94	5	73	50	0	0	50	1.00
2559423--2559590	44	3.8	44	86	6	232	29	19	9	41	1.83
2559423--2559590	45	3.8	44	89	4	241	29	19	9	41	1.83
2559520--2559589	21	3.2	21	63	21	54	27	21	11	40	1.87
2559423--2559590	89	1.9	89	88	2	257	29	19	9	41	1.83
2559695--2559816	40	3.1	39	87	2	172	33	23	15	27	1.95
2572994--2573313	162	2.0	162	100	0	640	33	15	16	34	1.91
2577206--2577268	3	21.7	3	80	9	69	33	3	0	63	1.10
2577512--2577558	18	2.6	18	86	0	67	19	51	23	6	1.70
2584393--2584514	23	5.3	23	90	0	190	26	18	24	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2584393--2584536	46	3.2	46	86	2	193	27	18	24	29	1.98
2584393--2584536	23	6.3	23	86	1	175	27	18	24	29	1.98
2584393--2584536	69	2.1	68	88	2	209	27	18	24	29	1.98
2587928--2587966	19	2.0	20	85	5	53	28	7	7	56	1.55
2588061--2588158	23	4.2	24	84	3	110	35	21	20	22	1.96
2588075--2588181	23	4.6	23	83	1	124	35	23	21	19	1.96
2588071--2588182	46	2.4	47	80	3	145	36	24	20	18	1.95
2599640--2599674	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
2601392--2601836	230	1.9	229	83	4	567	31	15	16	35	1.90
2602215--2602573	132	2.7	133	84	3	451	31	22	15	31	1.94
2602253--2602611	134	2.7	132	83	3	434	31	22	16	29	1.95
2602774--2602850	3	25.7	3	84	5	102	32	5	0	62	1.17
2604548--2604577	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
2606577--2606633	29	2.0	29	82	6	71	43	12	7	36	1.69
2608169--2608226	23	2.4	23	80	5	62	48	3	0	48	1.18
2608208--2608254	22	2.1	22	84	7	60	51	2	2	44	1.25
2608345--2608429	27	3.1	27	77	5	91	49	1	2	47	1.22
2608526--2608607	28	2.7	30	81	9	87	51	3	0	45	1.19
2608575--2608633	21	2.9	21	80	12	68	59	0	0	40	0.97
2608680--2608714	14	2.5	14	90	0	52	40	11	14	34	1.82
2625437--2625490	8	7.1	7	79	10	54	77	0	12	9	0.98
2625448--2625476	9	3.3	9	90	9	51	79	0	10	10	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2627107--2627253	3	45.7	3	70	15	80	30	3	6	59	1.38
2627110--2627253	10	13.8	10	76	13	60	30	3	6	59	1.39
2627107--2627185	29	2.8	28	82	3	86	32	0	6	60	1.22
2627585--2627626	17	2.5	17	80	7	50	50	26	4	19	1.67

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11

The End!