genome.fa.s1700.2.7.7.80.10.50.1000.10.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01001700.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00003398_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2632955

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2086178--2086242	7	9.3	7	75	17	55	80	4	15	0	0.88
2086216--2086277	19	3.1	19	81	13	54	75	8	12	3	1.14
2087318--2087353	18	2.0	18	88	0	54	16	5	33	44	1.71
2088566--2088777	106	2.0	106	87	3	311	36	24	17	21	1.95
2090830--2090862	4	8.2	4	87	12	50	30	0	0	69	0.88
2090830--2090862	11	2.8	12	86	13	50	30	0	0	69	0.88
2090820--2090864	19	2.3	20	84	3	65	31	2	0	66	1.04
2091747--2091772	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2094198--2094455	46	5.6	46	88	0	336	43	12	19	24	1.86
2094198--2094455	138	1.9	138	88	1	392	43	12	19	24	1.86
2096018--2096091	8	9.7	7	75	17	60	2	18	1	77	0.97
2096014--2096075	21	2.8	22	83	13	74	3	19	1	75	1.02
2102718--2102874	40	3.9	40	83	5	145	34	16	19	29	1.94
2102734--2102915	40	4.5	40	80	2	148	30	18	21	29	1.97
2102907--2103126	117	1.9	117	86	1	316	27	19	15	37	1.91
2102909--2103152	117	2.1	117	84	1	310	27	21	14	36	1.92
2103375--2103420	22	2.2	20	85	14	58	17	21	10	50	1.77
2104059--2104106	25	1.9	25	100	0	96	41	12	8	37	1.73
2106981--2107042	12	5.1	12	88	7	81	54	0	0	45	0.99
2107215--2107352	35	3.9	36	90	6	221	18	18	20	42	1.89
2107215--2107352	69	2.0	71	92	2	235	18	18	20	42	1.89
2122321--2122352	11	2.9	11	95	0	55	62	9	9	18	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2130788--2131040	138	1.8	137	82	7	325	33	18	12	34	1.89
2131451--2131512	29	2.1	29	84	6	79	29	12	12	45	1.80
2134533--2134643	40	2.8	40	88	1	159	36	26	15	22	1.94
2141249--2141296	24	2.0	24	91	0	78	39	14	12	33	1.84
2154384--2154425	15	2.8	15	75	13	50	19	23	38	19	1.93
2158714--2158786	30	2.4	30	80	8	87	38	9	17	34	1.83
2166006--2166063	27	2.1	28	84	9	75	44	15	17	22	1.86
2168415--2168454	21	1.9	21	94	0	71	30	15	7	47	1.72
2168449--2168547	33	3.0	33	94	1	164	32	7	15	45	1.73
2168533--2168587	13	4.2	13	75	13	58	34	3	12	49	1.59
2168981--2169036	15	3.6	15	79	9	67	32	12	12	42	1.80
2169000--2169033	18	1.9	18	94	5	61	38	11	11	38	1.79
2169127--2169158	16	2.0	17	88	11	50	43	15	21	18	1.87
2170612--2170652	20	2.0	20	90	0	64	31	19	21	26	1.97
2171290--2171322	18	1.9	17	88	11	50	27	21	24	27	1.99
2172652--2172770	39	3.1	39	81	0	139	19	21	21	37	1.94
2179999--2180048	20	2.5	20	100	0	100	42	20	10	28	1.84
2181299--2181444	74	2.0	73	94	1	256	32	15	23	28	1.95
2191353--2191402	3	16.7	3	100	0	100	34	0	0	66	0.92
2192523--2192601	31	2.5	31	78	11	81	34	8	17	39	1.81
2193616--2193724	49	2.2	49	83	1	146	55	12	12	18	1.68
2196424--2197082	331	2.0	330	94	0	1165	35	8	21	34	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2213023--2213236	45	4.8	45	93	1	333	39	7	22	30	1.81
2226973--2226997	12	2.1	12	100	0	50	36	8	24	32	1.84
2232571--2232705	3	45.0	3	93	0	234	31	0	2	65	1.08
2232870--2232934	30	2.2	30	97	0	121	30	35	21	12	1.90
2234088--2234125	14	2.7	14	100	0	76	28	21	0	50	1.49
2238190--2238251	28	2.3	26	91	5	97	77	8	14	0	0.98
2238194--2238247	15	3.7	15	79	18	69	75	7	16	0	1.01
2239673--2239866	66	2.9	66	82	8	234	23	23	14	38	1.92
2239900--2240170	131	2.1	131	85	1	373	29	30	17	22	1.97
2240101--2240218	48	2.5	48	100	0	236	28	31	14	25	1.95
2240537--2240564	3	9.3	3	100	0	56	32	0	0	67	0.91
2240563--2240600	3	12.7	3	94	0	67	0	0	28	71	0.87
2249501--2249552	21	2.5	21	100	0	104	19	23	42	15	1.89
2252829--2252917	44	2.0	44	100	0	178	40	29	14	15	1.87
2255057--2255081	13	1.9	13	100	0	50	40	20	0	40	1.52
2264830--2264881	25	2.1	25	85	7	70	5	11	7	75	1.19
2267916--2268013	44	2.2	45	85	3	128	37	17	16	28	1.91
2268362--2268398	19	1.9	19	94	0	65	51	5	8	35	1.55
2268793--2268834	16	2.5	17	81	14	52	54	23	0	21	1.44
2270278--2270312	18	1.9	18	94	0	61	65	14	2	17	1.38
2270702--2270752	20	2.5	20	87	6	66	31	15	19	33	1.93
2270742--2270795	20	2.6	21	76	8	56	31	22	24	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2275384--2275409	11	2.4	11	100	0	52	15	30	7	46	1.74
2276371--2276469	44	2.2	45	83	3	121	34	20	16	29	1.94
2276817--2276858	19	2.2	19	83	8	50	54	7	4	33	1.49
2282586--2282643	19	3.1	19	90	5	73	18	27	29	24	1.98
2282586--2282643	9	6.1	10	82	13	61	18	27	29	24	1.98
2282606--2282645	9	4.3	9	90	6	62	15	32	30	22	1.94
2282659--2282720	5	11.8	5	77	16	63	19	51	22	6	1.69
2282642--2282727	22	4.0	22	95	3	156	19	48	22	9	1.77
2282664--2282715	21	2.8	17	79	20	68	19	50	23	7	1.73
2282717--2282747	7	4.4	7	100	0	62	16	29	29	25	1.96
2289895--2289948	9	5.8	9	76	8	54	18	25	29	25	1.98
2289895--2289952	19	3.0	20	92	5	86	18	25	29	25	1.98
2289915--2289954	9	4.3	9	84	6	53	15	30	30	25	1.95
2289968--2290030	5	11.8	5	80	12	72	19	52	22	6	1.68
2289951--2290037	22	4.0	22	98	0	165	19	49	21	9	1.76
2290027--2290057	7	4.4	7	100	0	62	16	29	29	25	1.96
2294257--2294328	3	23.7	3	85	2	72	56	0	0	43	0.99
2294568--2294627	17	3.4	17	68	17	50	15	23	10	51	1.72
2294586--2294626	16	2.5	17	84	8	57	12	26	12	48	1.75
2294568--2294660	40	2.4	39	85	7	129	17	23	10	48	1.78
2294603--2295712	113	9.8	113	97	0	2046	30	19	15	34	1.92
2294603--2295712	564	2.0	565	97	0	2116	30	19	15	34	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2296407--2296797	83	4.7	83	96	0	683	37	23	11	27	1.90
2297945--2298013	1	69.0	1	73	0	57	1	11	0	86	0.62
2297936--2298012	8	9.0	8	81	13	82	1	14	0	84	0.69
2297937--2298016	9	8.8	9	82	12	101	1	13	0	85	0.67
2297946--2298016	17	4.1	16	87	7	79	1	12	0	85	0.65
2310484--2310540	15	3.9	15	78	13	50	54	0	0	45	0.99
2310490--2310559	3	23.7	3	80	8	63	57	0	0	42	0.99
2310502--2310557	29	1.9	29	85	0	76	55	0	0	44	0.99
2310482--2310559	18	4.3	19	73	13	76	56	0	0	43	0.99
2312397--2312474	40	2.0	40	84	0	102	39	6	15	38	1.73
2313198--2313248	12	4.8	10	88	11	59	54	0	0	45	0.99
2313213--2313246	2	17.5	2	93	6	61	52	0	0	47	1.00
2313301--2313365	29	2.2	31	82	17	84	72	0	6	21	1.06
2313495--2313531	15	2.4	16	90	4	58	70	2	0	27	1.01
2314268--2314305	20	1.9	20	88	0	58	13	15	23	47	1.81
2316660--2316710	18	2.7	19	87	6	86	11	11	0	76	1.02
2321869--2321909	13	3.2	13	80	13	50	78	4	2	14	1.03
2335771--2335834	3	21.0	3	80	12	51	64	0	4	31	1.14
2335838--2335878	13	3.2	13	80	13	50	78	4	2	14	1.03
2340968--2341132	55	3.0	55	94	0	285	38	9	18	33	1.83
2344363--2344427	22	3.1	20	80	8	67	67	3	6	23	1.27
2349405--2349451	20	2.3	20	78	7	51	40	2	6	51	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2354762--2354853	20	4.7	20	97	1	152	32	30	18	18	1.95
2360691--2360772	23	3.6	22	78	8	94	24	26	24	24	2.00
2363472--2363563	45	2.0	46	89	2	141	31	27	15	26	1.95
2367638--2367964	134	2.5	131	82	3	379	25	34	17	22	1.96
2368141--2368179	3	13.0	3	83	0	51	30	0	2	66	1.05
2369890--2369948	25	2.5	22	76	23	75	22	8	25	44	1.81
2372187--2372229	13	3.3	13	93	0	77	18	46	20	13	1.83
2374961--2375080	37	3.2	38	74	15	106	32	15	12	40	1.84
2375054--2375226	66	2.6	66	79	5	188	28	16	12	41	1.85
2375263--2375748	131	3.7	132	83	5	558	26	33	17	23	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11