genome.fa.s1736.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01001736.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00003507_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1778036

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1--2353	3	797.3	3	82	12	2819	0	36	0	63	0.97
4166--4285	42	2.9	42	97	0	222	16	20	18	44	1.87
4474--4534	22	2.8	23	82	7	65	47	0	0	52	1.00
4587--4648	28	2.4	25	75	19	63	46	1	1	50	1.20
4547--4640	28	3.3	28	83	10	102	42	0	2	55	1.12
4816--4885	20	3.5	20	96	0	131	35	14	10	40	1.79
4816--4894	40	2.0	40	89	0	122	35	15	8	40	1.78
4868--4934	15	4.5	15	81	3	82	34	17	7	40	1.78
4868--4939	30	2.4	29	93	2	126	31	18	6	43	1.76
4868--4952	29	2.9	30	84	3	84	34	17	8	40	1.80
5331--5389	4	15.2	4	76	13	61	72	1	0	25	0.93
5331--5389	15	3.8	16	76	14	61	72	1	0	25	0.93
5331--5390	32	1.9	31	83	10	77	71	1	0	26	0.95
6528--6556	2	15.0	2	92	7	51	48	0	0	51	1.00
6749--6823	27	2.8	26	78	11	73	28	4	4	64	1.30
6703--6825	59	2.1	57	82	11	142	28	5	2	63	1.30
6855--6917	19	3.2	20	86	8	76	17	3	4	74	1.12
11342--11393	21	2.5	21	81	3	61	38	19	25	17	1.93
11379--11456	41	1.9	41	94	0	138	37	25	17	19	1.94
11382--11476	20	4.7	20	83	7	111	33	26	18	21	1.96
11382--11496	20	5.7	20	79	9	99	34	25	18	21	1.96
11972--12028	20	2.8	20	81	0	51	21	17	17	43	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12165--12219	25	2.2	24	78	15	58	20	9	18	52	1.71
13348--13392	18	2.5	18	88	0	72	26	44	15	13	1.83
13885--13929	20	2.3	20	88	3	74	37	17	24	20	1.93
13987--14077	14	5.9	14	72	20	65	12	16	20	50	1.77
13982--14093	33	3.4	33	90	1	181	12	17	20	49	1.79
14003--14093	18	5.4	18	68	24	81	14	17	18	49	1.80
14497--14584	41	2.1	42	85	2	124	21	43	14	20	1.88
15997--16032	14	2.6	14	90	0	54	30	0	22	47	1.52
16211--16298	20	4.4	20	75	5	97	17	20	22	39	1.92
16512--16603	20	4.6	20	73	2	76	20	18	21	39	1.93
16588--16639	20	2.5	21	81	3	61	23	23	15	38	1.92
16836--16869	12	2.9	12	86	4	52	17	41	5	35	1.74
17424--17477	24	2.2	24	86	0	72	24	16	18	40	1.90
17652--17688	12	3.1	12	92	0	65	70	0	29	0	0.88
19980--20038	19	3.4	19	73	22	74	45	18	22	13	1.84
19980--20106	33	3.8	33	82	4	166	43	18	22	15	1.88
19985--20113	66	2.0	66	92	0	213	43	17	21	17	1.88
20121--20177	14	3.7	14	75	20	60	8	24	22	43	1.81
20106--20195	33	2.7	33	94	0	153	13	22	21	43	1.87
20135--20195	19	3.5	19	72	21	69	11	22	21	44	1.84
20302--20338	14	2.6	14	91	0	65	45	24	0	29	1.53
21736--21844	21	5.2	21	61	12	53	21	18	38	22	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21733--21896	42	3.9	42	81	0	202	22	17	38	21	1.93
21725--21899	84	2.1	84	98	1	343	22	17	38	21	1.93
22118--22302	91	2.0	91	90	6	293	48	17	12	21	1.80
24036--24090	14	3.6	14	76	21	56	41	25	21	10	1.86
24012--24110	33	3.0	33	92	1	153	42	23	23	11	1.86
23987--24132	19	8.1	18	74	18	110	44	20	22	12	1.85
24679--24751	20	3.7	20	96	0	128	27	20	28	23	1.99
24760--24813	20	2.7	20	97	0	99	25	18	24	31	1.97
24700--24816	61	1.9	61	85	0	162	23	17	24	33	1.97
24680--24812	40	3.3	40	80	6	142	25	18	26	29	1.98
24700--24834	61	2.2	61	81	2	155	22	20	24	32	1.98
29853--29886	14	2.4	14	90	0	50	70	2	5	20	1.21
36534--36588	28	1.9	28	85	3	74	40	1	0	58	1.09
36739--36811	31	2.4	31	88	0	110	49	13	9	27	1.73
39630--39655	13	2.0	13	100	0	52	38	15	7	38	1.76
46567--46621	22	2.4	23	90	3	85	38	16	25	20	1.92
47273--47394	40	3.0	40	95	0	217	34	26	15	23	1.95
61447--61537	15	6.1	15	70	8	69	47	0	0	52	1.00
61479--61576	42	2.4	41	85	8	128	45	0	1	53	1.07
61438--61586	59	2.4	59	79	7	147	47	0	1	50	1.14
73317--73368	26	1.9	28	84	7	72	38	0	1	59	1.08
75488--75518	2	16.0	2	93	6	55	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76396--76532	43	3.2	43	76	7	109	29	19	25	24	1.98
76457--76592	43	3.2	41	75	13	107	26	21	22	30	1.99
76933--76994	21	3.0	21	82	0	70	0	37	20	41	1.53
76931--77023	21	4.4	21	74	5	64	2	37	19	40	1.64
76962--77031	21	3.3	21	79	0	77	2	38	18	40	1.66
84509--84622	41	2.7	41	80	6	122	34	19	18	28	1.95
84606--84687	41	2.0	41	80	4	94	36	17	18	28	1.93
85037--85108	37	1.9	37	88	2	108	31	20	15	31	1.94
91698--91741	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
92199--92239	20	2.0	20	95	0	73	17	26	7	48	1.73
94160--94218	29	2.0	29	86	0	82	27	22	13	37	1.91
94201--94287	12	7.2	12	80	7	79	36	25	8	29	1.85
94201--94287	24	3.6	24	83	6	104	36	25	8	29	1.85
102754--102788	12	2.9	12	95	0	61	25	22	0	51	1.48
104172--104202	6	5.2	6	100	0	62	0	48	0	51	1.00
106340--106379	20	2.0	20	85	0	53	37	0	7	55	1.29
106614--106661	22	2.2	22	92	0	78	4	18	29	47	1.67
111499--111536	20	1.9	20	89	10	60	44	26	5	23	1.74
113369--113437	21	3.5	20	71	15	54	26	23	24	26	2.00
113350--113445	38	2.5	38	91	0	147	27	26	20	26	1.99
120075--120123	20	2.5	20	83	3	55	32	12	4	51	1.58
125221--125339	44	2.7	43	80	13	134	40	14	17	27	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
129102--129150	10	4.8	10	82	5	62	71	4	2	22	1.13
129102--129150	20	2.4	21	86	3	73	71	4	2	22	1.13
130026--130084	21	2.8	21	85	7	75	22	1	3	72	1.08
130026--130084	10	5.7	10	80	7	73	22	1	3	72	1.08
131095--131168	37	2.0	36	84	2	94	48	6	0	44	1.29
144015--144218	76	2.7	77	86	3	261	20	24	31	23	1.98
146831--146870	21	1.9	21	89	0	62	10	25	40	25	1.86
150705--150744	21	1.9	21	85	10	55	35	10	2	52	1.48
152663--152863	75	2.7	76	86	3	264	19	24	31	23	1.98
160642--160698	2	28.5	2	100	0	114	50	0	0	49	1.00
166207--166260	2	27.0	2	100	0	108	50	0	0	50	1.00
166584--166653	27	2.6	27	90	0	104	42	17	17	22	1.88
166627--166671	22	2.0	22	86	0	63	33	17	24	24	1.96
167207--167254	21	2.2	22	92	3	80	25	22	29	22	1.99
170176--170207	17	2.0	17	88	11	50	65	0	28	6	1.16
174116--174159	3	14.7	3	100	0	88	34	0	0	65	0.93
175699--175915	30	7.2	30	80	3	222	36	17	23	23	1.94
176755--176794	15	2.7	15	84	7	55	72	0	20	7	1.08
178408--178459	19	2.5	20	84	9	70	32	15	32	19	1.93
178443--178481	20	2.0	19	85	5	51	23	12	41	23	1.88
178916--178944	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
187037--187134	32	3.1	32	96	0	187	47	9	14	28	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
187061--187116	18	3.3	18	71	19	66	48	10	12	28	1.74
205779--205829	23	2.2	23	86	6	68	27	21	11	39	1.88
206788--206822	17	2.2	16	90	10	54	37	0	17	45	1.48
214365--214411	23	2.0	24	87	4	69	36	0	8	55	1.31
215085--215117	14	2.4	14	90	10	50	63	12	3	21	1.41
221731--221776	7	6.9	7	85	9	60	45	15	28	10	1.79
226804--226872	32	2.2	32	100	0	138	47	21	5	24	1.72
238495--238550	15	3.6	15	79	9	67	42	12	12	32	1.80
238498--238548	17	3.1	17	77	11	61	43	11	9	35	1.75
238946--239000	13	4.2	13	75	13	58	49	12	3	34	1.59

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9