genome.fa.s1840.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01001840.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00003725_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2412736

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
176--551	51	7.4	53	77	15	245	27	26	15	30	1.96
177--622	48	8.9	51	78	13	364	28	26	15	30	1.96
249--619	149	2.5	149	82	12	414	28	26	15	30	1.96
1873--2017	1	145.0	1	70	0	83	5	9	0	84	0.82
1873--2017	49	2.9	49	77	17	147	5	9	0	84	0.82
1875--2005	35	3.6	36	81	13	144	6	9	0	83	0.85
13440--13702	130	2.0	130	100	0	526	52	15	10	20	1.72
16483--16529	20	2.3	21	85	7	62	23	25	21	29	1.99
17228--17262	18	1.9	18	94	0	61	28	31	22	17	1.96
30169--30239	3	23.7	3	88	0	106	30	38	1	29	1.66
32898--32973	4	19.0	4	88	0	116	44	25	5	25	1.74
40642--40674	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
41818--41854	6	6.3	6	87	12	51	81	0	2	16	0.81
41796--41876	29	2.9	28	80	7	67	75	4	6	13	1.16
41965--42006	20	2.1	20	86	8	59	69	2	4	23	1.20
42060--42099	21	1.9	21	85	10	55	75	2	0	22	0.93
44024--44196	65	2.8	63	85	6	219	26	15	20	37	1.92
44948--44990	20	2.2	20	88	12	54	0	18	2	79	0.85
55542--55583	10	3.7	11	84	15	59	85	0	2	11	0.68
55612--55669	26	2.2	26	84	3	71	72	12	5	10	1.26
55758--55790	5	7.0	5	90	10	52	84	0	0	15	0.61
55759--55790	14	2.3	14	100	0	64	87	0	0	12	0.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
55866--55901	15	2.5	14	86	8	54	77	2	0	19	0.88
56602--56633	14	2.1	16	88	11	50	25	6	31	37	1.81
57028--57097	21	3.3	21	70	21	65	18	18	28	34	1.95
57028--57238	42	5.1	42	89	1	309	20	18	23	37	1.94
57047--57238	21	9.2	21	75	15	184	20	18	22	38	1.94
57942--57999	21	2.8	21	78	14	66	32	18	22	25	1.97
58062--58136	21	3.6	21	90	0	123	29	26	20	24	1.99
59589--59637	25	2.0	25	88	8	73	46	0	2	51	1.12
68551--68575	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
69142--69227	31	2.8	32	80	5	104	48	8	4	38	1.54
70098--70172	29	2.5	30	82	8	89	46	8	14	30	1.73
78341--78388	17	2.8	17	100	0	96	25	33	25	16	1.96
78341--78387	6	8.3	6	77	13	55	25	34	23	17	1.96
78341--78387	11	4.2	11	79	15	60	25	34	23	17	1.96
79575--79608	7	4.9	7	100	0	68	29	55	0	14	1.40
79721--79767	7	6.7	7	95	0	76	44	36	0	19	1.51
79721--79809	28	3.2	27	84	9	117	47	30	0	22	1.52
80564--80608	3	15.0	3	100	0	90	33	0	0	66	0.92
87906--88034	59	2.2	59	87	8	190	25	19	20	34	1.96
88367--88402	18	1.9	19	88	5	56	55	8	0	36	1.30
93316--93361	21	2.2	21	84	3	58	45	30	10	13	1.77
95182--95211	11	2.7	11	94	0	51	50	3	0	46	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97808--97854	21	2.3	20	85	10	60	44	27	12	14	1.82
106341--106467	60	2.1	60	86	0	182	25	39	14	20	1.91
114422--114485	31	2.0	32	93	3	112	43	15	17	23	1.87
121360--121397	20	1.9	20	88	0	58	26	34	26	13	1.93
123395--123441	16	3.0	15	81	9	58	14	2	27	55	1.51
129805--129833	13	2.2	13	100	0	58	13	17	17	51	1.76
134631--134671	13	3.2	13	92	0	64	29	24	14	31	1.95
134636--134684	13	3.7	13	91	2	71	28	20	14	36	1.92
134636--134692	13	4.3	13	86	4	69	28	21	14	36	1.92
134636--134692	27	2.2	26	83	3	69	28	21	14	36	1.92
138374--138410	18	2.1	18	100	0	74	16	5	16	62	1.51
138995--139062	29	2.3	31	79	5	77	17	4	16	61	1.49
140637--140684	2	24.0	2	100	0	96	50	0	0	50	1.00
148003--148080	21	3.7	21	71	0	66	25	15	19	39	1.91
148090--148145	23	2.6	21	85	5	67	19	26	25	28	1.99
151458--151511	22	2.6	20	77	13	56	37	12	24	25	1.91
151761--151813	26	2.0	26	100	0	106	30	11	11	47	1.74
152186--152281	21	4.6	21	72	0	75	22	14	21	40	1.90
152186--152273	42	2.1	42	84	0	113	23	13	22	39	1.90
157429--157472	3	14.7	3	95	0	52	22	0	9	68	1.18
160067--160128	28	2.2	28	94	0	106	37	12	11	38	1.80
163119--163146	14	2.0	14	100	0	56	42	0	21	35	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
163680--163735	12	4.5	12	72	16	51	75	0	14	10	1.06
163685--163728	21	2.1	21	87	8	63	75	0	13	11	1.06
163689--163734	6	8.3	6	77	18	55	71	0	15	13	1.14
165252--165988	45	16.3	45	82	3	656	24	16	18	40	1.90
165311--165943	225	2.8	224	82	3	754	24	17	18	39	1.91
166924--167278	131	2.7	129	79	6	394	32	17	16	33	1.93
167458--167503	3	16.7	3	78	17	55	28	0	0	71	0.86
167463--167504	16	2.6	16	88	7	59	28	0	0	71	0.86
167461--167504	5	8.2	5	87	7	52	27	0	0	72	0.85
171258--171754	44	11.2	44	94	1	789	31	24	6	37	1.81
171258--171754	89	5.6	89	94	0	829	31	24	6	37	1.81
171887--171998	59	1.9	59	81	3	136	33	17	12	35	1.88
171915--172646	59	12.7	57	69	16	253	31	21	10	37	1.87
171902--172646	117	6.5	117	85	6	514	30	21	10	37	1.87
171991--172646	58	11.4	58	72	11	474	30	22	10	37	1.87
171992--172643	234	2.9	223	87	6	975	30	22	10	37	1.87
172188--172646	117	3.9	117	92	0	783	30	22	10	36	1.87
173222--173287	29	2.2	30	83	2	80	36	18	9	36	1.82
186958--187041	43	2.0	42	81	6	98	54	3	2	39	1.31
187035--187076	17	2.6	16	78	14	50	61	0	2	35	1.09
194470--194498	15	2.0	15	93	6	51	62	0	0	37	0.96
196620--197062	162	2.7	162	87	2	595	28	17	20	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
196620--197070	54	8.4	54	89	2	504	28	17	20	33	1.96
198746--198792	18	2.6	18	93	0	76	29	29	10	29	1.91
202331--202830	54	9.3	54	86	2	569	27	17	20	35	1.95
203268--203335	20	3.4	20	100	0	136	20	29	10	39	1.86
209571--209624	21	2.6	21	88	8	83	27	27	22	22	1.99
209820--209874	13	4.2	13	75	13	58	49	12	3	34	1.59
209860--209955	33	2.9	33	93	1	158	44	15	7	32	1.74
212371--212395	13	1.9	13	100	0	50	40	16	16	28	1.89
212704--212738	17	2.1	17	100	0	70	28	31	17	22	1.96
221823--221907	42	2.0	43	93	2	145	57	20	1	21	1.47
224838--224903	30	2.2	30	97	0	123	40	12	12	34	1.80
230767--230807	21	1.9	21	85	14	57	46	0	14	39	1.45
231922--231988	18	3.8	18	68	9	57	34	8	10	46	1.70
234673--234709	19	1.9	19	88	0	56	32	27	16	24	1.96
234795--234847	20	2.7	20	96	0	97	39	18	20	20	1.92
234836--234911	21	3.6	21	100	0	152	32	28	23	14	1.94
234899--234963	20	3.2	20	91	0	103	26	26	20	27	1.99
235133--235205	22	3.3	22	92	0	128	20	43	15	20	1.87
235544--235618	20	3.8	20	82	1	80	20	20	25	34	1.96
235586--235641	20	2.8	20	91	0	85	12	16	21	50	1.78
235605--235648	20	2.2	20	91	0	70	11	13	20	54	1.69
243278--244188	301	3.0	301	99	0	1795	35	25	13	24	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
244165--244299	69	2.0	69	100	0	270	45	14	14	25	1.83
244887--245052	66	2.5	66	82	3	199	35	9	9	45	1.70
259025--259498	182	2.6	182	89	1	700	43	13	16	26	1.85
259419--259465	20	2.4	19	82	10	67	53	10	17	19	1.72
259428--259470	20	2.3	19	88	11	63	51	11	16	20	1.75
261601--261633	15	2.2	15	94	0	57	18	9	63	9	1.49
261715--261755	21	2.0	21	90	0	64	41	12	26	19	1.87
261792--261857	33	2.0	33	91	5	107	30	0	45	24	1.53
262044--262131	33	2.7	33	92	3	142	51	0	44	4	1.22
263944--265529	200	7.9	200	96	0	2890	36	14	18	30	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12