genome.fa.s1840.2.7.7.80.10.50.1000.9.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01001840.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00003725_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2412736

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   

This is table  9  of  12  ( 1360 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1678273--1678377	41	2.6	40	77	7	97	30	19	17	33	1.94
1678409--1678445	18	2.0	19	89	5	58	72	2	10	13	1.21
1678883--1678917	17	2.1	17	88	0	52	40	0	2	57	1.14
1679934--1680181	109	2.3	110	76	15	257	18	14	15	51	1.77
1684751--1684783	17	1.9	17	93	0	57	33	6	3	57	1.38
1684891--1684929	17	2.3	17	81	0	51	43	0	2	53	1.14
1689527--1689719	65	3.0	64	88	1	271	29	13	25	32	1.94
1689547--1689731	63	2.9	64	86	4	248	29	12	25	31	1.93
1689941--1690023	34	2.4	34	76	6	87	51	4	24	19	1.65
1693655--1693705	3	17.0	3	92	8	86	33	0	1	64	1.05
1694790--1694819	15	2.0	15	100	0	60	33	6	13	46	1.69
1695422--1695622	72	2.8	70	80	9	194	46	4	6	42	1.51
1695493--1695624	36	3.6	36	87	2	183	47	5	5	41	1.48
1695646--1695709	27	2.5	25	80	11	85	43	3	10	42	1.55
1695673--1695797	39	3.2	39	85	7	164	46	3	5	44	1.42
1695621--1695748	65	2.0	65	83	9	163	44	3	8	42	1.53
1695824--1695874	26	1.9	27	88	4	77	13	1	3	80	0.94
1695916--1695969	27	2.0	27	89	7	83	27	37	24	11	1.89
1699176--1699443	131	2.0	135	96	3	499	47	10	9	33	1.70
1709710--1710058	124	2.8	123	91	1	563	23	15	26	34	1.94
1710020--1710300	60	4.7	60	82	5	298	26	12	21	39	1.89
1712291--1712366	7	10.9	7	72	10	57	2	14	3	78	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1712292--1712353	10	5.7	11	79	7	56	3	12	4	79	1.02
1712864--1712891	14	2.0	14	100	0	56	35	7	28	28	1.84
1714358--1714402	15	3.0	15	87	6	56	75	0	13	11	1.05
1714366--1714402	16	2.3	16	90	9	58	78	0	13	8	0.96
1718601--1718632	14	2.4	14	90	10	50	46	9	0	43	1.35
1719959--1720019	26	2.2	28	82	8	81	59	1	6	32	1.33
1725915--1726148	115	2.0	114	95	0	423	39	14	12	33	1.84
1726637--1726673	2	18.5	2	94	0	65	51	2	0	45	1.15
1732076--1732140	23	2.8	22	81	4	76	26	24	26	23	2.00
1732155--1732475	103	3.1	103	97	0	615	36	24	13	25	1.92
1732955--1732992	20	1.9	20	88	0	58	10	31	34	23	1.89
1739045--1739108	23	2.8	22	74	9	65	28	25	25	21	1.99
1739124--1739444	103	3.1	103	94	0	570	37	23	13	25	1.91
1739925--1739962	20	1.9	20	88	0	58	10	31	34	23	1.89
1741461--1741584	25	5.0	24	67	15	63	60	12	2	25	1.44
1741397--1741589	76	2.6	75	87	6	266	58	10	1	29	1.41
1741522--1741559	19	2.0	19	89	0	58	55	13	0	31	1.38
1747208--1747247	21	1.9	21	94	0	71	20	37	32	10	1.85
1747208--1747253	21	2.2	21	88	0	65	23	36	28	10	1.89
1749148--1749224	8	9.5	8	71	21	54	70	2	1	25	1.08
1749150--1749215	17	3.8	17	72	22	57	69	3	1	25	1.11
1752619--1752677	29	2.0	29	96	0	109	49	13	11	25	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1757279--1757337	29	2.0	29	96	0	109	49	11	13	25	1.76
1761603--1761647	24	2.0	22	86	8	63	75	2	2	20	1.01
1761669--1761726	29	1.9	31	83	13	77	70	3	3	22	1.17
1762842--1762866	6	4.2	6	100	0	50	84	0	0	16	0.63
1762850--1762884	15	2.3	15	90	0	52	74	0	2	22	0.95
1762910--1763198	36	7.9	38	76	14	222	45	6	3	44	1.46
1763029--1763246	41	5.6	40	72	21	162	47	6	2	43	1.42
1762893--1763200	34	8.5	35	76	15	199	46	6	3	43	1.46
1762903--1763244	38	9.2	37	73	18	209	45	6	3	44	1.45
1763227--1763262	2	18.5	2	94	5	65	50	0	0	50	1.00
1763895--1764691	84	9.5	84	83	2	929	24	18	24	32	1.97
1765879--1766064	95	2.0	94	87	3	266	30	18	18	32	1.95
1771378--1771431	21	2.6	21	93	0	90	38	3	0	57	1.17
1771452--1771603	40	3.9	39	77	7	150	44	4	3	47	1.42
1771473--1771603	39	3.2	40	78	5	140	43	4	3	48	1.41
1771590--1771620	2	15.5	2	93	0	53	48	3	0	48	1.17
1771602--1771758	36	4.5	34	76	13	133	45	7	4	42	1.52
1771604--1771754	35	4.4	33	74	16	121	46	7	4	41	1.54
1780604--1780769	84	2.0	85	97	2	318	17	26	25	30	1.97
1782784--1782893	39	2.8	40	81	8	138	44	3	9	42	1.53
1782743--1783000	38	6.9	36	73	14	186	47	4	8	39	1.54
1783018--1783089	36	2.0	35	84	7	92	38	1	8	51	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1782931--1783105	39	4.6	37	75	11	142	42	4	8	45	1.54
1782931--1783104	75	2.3	76	84	9	223	42	4	8	44	1.54
1783095--1783149	22	2.6	21	82	2	65	43	1	3	50	1.30
1783185--1783233	4	11.8	4	87	8	71	22	2	2	73	1.04
1783185--1783233	25	2.0	25	91	0	80	22	2	2	73	1.04
1785202--1785255	28	2.0	27	85	3	72	29	20	20	29	1.98
1785889--1785962	29	2.5	29	84	2	103	43	6	8	41	1.61
1786041--1786083	21	2.0	21	82	8	52	65	2	4	27	1.25
1789687--1789717	6	5.2	6	92	0	53	48	12	3	35	1.58
1789689--1789726	12	3.2	12	85	7	51	52	10	5	31	1.58
1790659--1790700	21	2.0	21	85	0	57	28	28	26	16	1.97
1791904--1792031	31	4.1	31	78	9	143	26	17	21	34	1.96
1791990--1792086	30	3.2	30	88	1	113	22	20	24	31	1.98
1792017--1792089	30	2.4	30	95	0	128	24	20	24	30	1.99
1793097--1793128	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
1793277--1793577	85	3.5	85	84	2	347	37	8	20	33	1.84
1793591--1793919	77	3.9	84	83	7	366	37	9	15	37	1.80
1797236--1797275	13	3.0	14	85	10	57	55	0	0	45	0.99
1797234--1797272	11	3.2	12	86	13	53	53	0	0	46	1.00
1797476--1797544	15	4.3	16	75	12	61	17	28	31	21	1.96
1797488--1797544	15	3.7	15	79	9	69	15	29	33	21	1.94
1797476--1797544	32	2.2	32	91	0	111	17	28	31	21	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1804611--1804670	31	2.0	30	81	15	70	50	0	6	43	1.28
1811084--1811140	29	2.0	29	86	6	80	43	0	8	47	1.34
1812134--1812176	2	22.0	2	95	4	79	48	0	0	51	1.00
1815779--1815863	35	2.5	33	78	14	91	27	8	10	54	1.63
1820851--1820936	39	2.2	39	82	0	100	32	19	25	22	1.97
1824618--1824663	21	2.1	23	88	8	69	43	4	2	50	1.34
1824629--1824693	28	2.3	28	92	5	105	41	3	4	50	1.38
1825788--1825830	15	2.8	16	85	7	61	37	0	0	62	0.95
1828591--1828616	7	3.7	7	100	0	52	61	15	11	11	1.57
1828602--1828777	95	1.9	95	90	0	280	56	15	6	21	1.62
1832048--1832085	19	2.0	19	85	10	51	63	21	13	2	1.42
1835617--1835665	20	2.4	21	86	6	66	34	14	20	30	1.92
1835690--1835729	20	2.0	20	85	0	53	42	7	17	32	1.77
1836013--1836195	92	2.0	91	96	3	341	34	13	24	27	1.93
1839717--1839920	103	2.0	105	97	1	385	30	6	30	31	1.84
1846816--1846886	18	3.9	18	92	0	79	18	22	32	26	1.97
1851450--1851486	20	1.9	20	88	5	58	43	5	8	43	1.57
1852281--1852333	18	2.9	18	91	0	79	20	20	28	30	1.98
1858471--1858533	21	3.0	21	90	4	99	28	22	25	23	1.99
1858475--1858533	22	2.8	21	89	5	91	28	22	27	22	1.99
1858966--1858991	12	2.2	12	100	0	52	42	7	15	34	1.75
1864648--1864770	65	1.9	66	86	5	178	34	23	22	19	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1864648--1864791	65	2.2	65	82	8	168	31	24	23	20	1.98
1865339--1865378	21	1.9	21	94	0	71	25	25	25	25	2.00
1870914--1872037	144	7.8	144	85	2	1276	36	15	10	36	1.82
1871978--1872021	19	2.2	21	88	8	65	29	9	13	47	1.74
1870914--1872299	144	9.6	144	81	6	1239	37	14	11	36	1.82
1873469--1873594	43	2.9	43	89	0	189	30	10	9	49	1.69
1873628--1873879	102	2.5	98	85	6	326	31	11	13	43	1.79
1874461--1874514	25	2.2	25	100	0	108	35	7	12	44	1.71
1875212--1875258	6	7.8	6	92	0	76	34	14	0	51	1.43
1875364--1875437	33	2.2	33	88	4	114	45	27	8	18	1.77

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12