genome.fa.s1840.2.7.7.80.10.50.1000.10.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01001840.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00003725_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2412736

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   

This is table  10  of  12  ( 1360 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1876602--1876641	21	1.9	21	94	0	71	40	22	7	30	1.81
1877253--1878150	100	9.1	100	84	5	1081	43	11	11	33	1.78
1877255--1878146	198	4.5	196	84	5	1079	43	11	11	33	1.77
1877256--1878146	298	3.0	298	87	4	1237	43	11	11	33	1.77
1878864--1879236	107	3.5	107	87	4	479	35	11	12	40	1.80
1880902--1880987	23	3.7	22	80	9	84	22	23	1	53	1.53
1883831--1883892	28	2.2	28	100	0	124	30	16	9	43	1.80
1892650--1892676	13	2.1	13	100	0	54	33	22	22	22	1.97
1905964--1906134	90	1.9	90	85	4	238	33	11	11	43	1.78
1908474--1908502	13	2.2	13	100	0	58	44	34	0	20	1.52
1913336--1913580	126	1.9	126	98	1	474	41	21	8	27	1.83
1919325--1919364	17	2.4	17	86	0	53	32	15	12	40	1.84
1919371--1919429	17	3.5	17	68	13	50	28	15	8	47	1.74
1919420--1919465	18	2.6	18	92	0	74	32	6	13	47	1.68
1920461--1920500	17	2.4	17	86	0	53	32	15	12	40	1.84
1920507--1920565	17	3.5	17	68	13	50	28	15	8	47	1.74
1920556--1920601	18	2.6	18	92	0	74	32	6	13	47	1.68
1923007--1923063	21	2.9	19	79	18	64	50	3	28	17	1.62
1924540--1924585	18	2.6	18	92	0	74	47	13	6	32	1.68
1924641--1924692	17	3.1	17	77	2	61	44	13	11	30	1.79
1930494--1930533	21	1.9	21	90	10	64	47	5	27	20	1.70
1931529--1931568	17	2.4	17	86	0	53	32	15	12	40	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1931575--1931633	17	3.5	17	68	13	50	28	15	8	47	1.74
1934567--1934611	18	2.5	18	96	0	81	44	17	6	31	1.75
1949244--1949296	23	2.4	22	78	12	54	5	20	0	73	1.03
1949436--1949473	16	2.4	16	91	8	60	55	7	5	31	1.51
1954562--1954620	21	2.8	20	85	7	82	27	25	20	27	1.99
1961845--1961948	30	3.5	30	84	7	106	13	23	30	32	1.93
1961874--1961948	10	7.7	10	77	14	77	13	24	33	29	1.93
1961874--1961967	19	4.8	19	79	10	93	14	22	32	29	1.94
1968413--1968451	21	1.9	21	89	5	62	15	20	28	35	1.93
1973097--1973168	24	3.0	24	75	13	76	52	11	1	34	1.45
1978720--1978771	27	1.9	27	84	0	68	59	11	0	28	1.32
1990014--1990055	19	2.2	20	86	4	59	57	0	2	40	1.12
1990168--1990277	53	2.1	53	94	0	193	31	10	16	41	1.81
1997798--1997867	28	2.4	27	80	15	70	52	0	2	44	1.15
2001445--2001541	2	49.0	2	95	2	178	49	0	1	49	1.07
2002829--2002881	21	2.5	21	81	6	72	20	26	18	33	1.96
2002871--2002944	20	3.7	20	85	3	103	39	17	22	20	1.92
2003563--2003659	33	2.9	33	90	1	149	11	23	21	43	1.85
2003627--2003684	20	2.9	20	80	10	64	13	24	18	43	1.87
2005928--2005971	20	2.2	20	95	0	79	27	25	20	27	1.99
2005934--2005980	20	2.3	20	85	0	67	34	23	19	23	1.97
2006194--2006275	20	4.1	20	78	6	103	39	21	21	17	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2007883--2007973	40	2.2	42	84	3	123	23	15	39	21	1.91
2008311--2008363	20	2.7	20	87	0	70	33	28	13	24	1.93
2008317--2008403	20	4.4	20	82	1	86	36	25	20	17	1.94
2008429--2008525	19	5.6	19	71	22	97	12	19	21	46	1.83
2008451--2008509	14	3.9	14	76	20	64	10	16	23	49	1.77
2008434--2008525	33	2.8	33	98	0	175	11	18	21	47	1.80
2008510--2008564	20	2.8	19	83	8	65	16	23	23	36	1.94
2009098--2009145	18	2.7	18	93	0	87	14	12	45	27	1.81
2010469--2010511	20	2.2	20	95	0	77	53	18	18	9	1.70
2010782--2010831	22	2.4	21	83	9	66	22	10	38	30	1.86
2010790--2010833	22	2.0	22	95	0	79	18	11	40	29	1.85
2011026--2011090	20	3.2	20	86	0	94	27	13	29	29	1.95
2011000--2011137	41	3.4	41	75	6	136	23	15	24	35	1.94
2011067--2011155	41	2.2	41	81	4	99	21	20	23	34	1.96
2011128--2011174	20	2.3	20	85	3	58	21	21	17	40	1.91
2011400--2012938	771	2.0	773	94	0	2699	39	14	14	31	1.86
2013678--2013703	4	6.5	4	100	0	52	76	0	0	23	0.78
2016038--2016108	35	2.0	35	100	0	142	36	8	11	43	1.71
2016626--2016776	29	5.3	29	81	6	164	32	7	10	49	1.65
2016665--2016791	58	2.2	58	87	5	177	29	9	10	50	1.68
2017951--2017978	14	2.0	14	100	0	56	35	7	35	21	1.81
2018443--2018474	16	2.0	16	100	0	64	37	0	18	43	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2019221--2019259	15	2.6	15	95	0	69	46	20	25	7	1.77
2019221--2019267	15	3.1	14	88	11	67	46	19	27	6	1.74
2023361--2023417	26	2.2	27	82	17	68	35	3	3	57	1.33
2024552--2024597	25	1.9	23	82	8	56	26	13	2	58	1.46
2025928--2025969	20	2.1	20	100	0	84	30	19	14	35	1.91
2026335--2026368	16	2.1	17	94	5	61	35	5	23	35	1.79
2031810--2031892	31	2.9	28	74	13	78	43	9	24	22	1.83
2036188--2036244	29	1.9	30	92	3	98	36	10	28	24	1.88
2040906--2040944	17	2.3	19	79	20	50	51	5	5	38	1.46
2054881--2055390	254	2.0	254	100	0	1020	29	17	17	35	1.93
2070254--2070283	15	2.0	15	93	0	51	6	10	20	63	1.47
2071721--2072134	20	20.2	20	81	11	389	38	25	18	16	1.92
2071721--2072134	62	6.8	62	84	7	517	38	25	18	16	1.92
2071780--2072134	82	4.3	81	84	9	418	37	26	18	17	1.93
2072227--2072364	6	23.5	6	99	0	255	31	51	16	0	1.45
2072836--2072917	6	14.3	6	93	6	136	0	15	52	31	1.44
2072836--2072913	23	3.4	23	91	8	133	0	16	52	30	1.44
2072837--2072917	29	2.8	29	92	7	123	0	16	51	32	1.44
2073020--2073395	20	18.7	20	81	14	429	15	19	27	36	1.92
2073012--2073395	40	9.6	40	91	6	600	15	19	27	37	1.92
2078961--2079097	36	3.9	34	85	7	159	31	20	27	20	1.97
2078961--2079094	71	1.9	70	84	7	182	32	20	26	20	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2084146--2084194	13	3.8	13	83	5	64	26	30	16	26	1.97
2084142--2084193	26	2.0	26	92	7	88	26	30	15	26	1.96
2088899--2088940	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
2089111--2089137	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
2089649--2089698	25	2.0	26	88	4	75	38	10	10	42	1.72
2090254--2090365	59	1.9	58	88	5	163	36	12	16	34	1.86
2095488--2095553	32	2.1	32	85	0	87	42	1	10	45	1.48
2102407--2102454	21	2.3	21	96	0	87	27	18	12	41	1.86
2107073--2107120	21	2.3	21	96	0	87	27	18	12	41	1.86
2110134--2110208	3	24.7	3	80	2	87	32	4	2	61	1.28
2110932--2110977	18	2.6	18	96	0	83	34	19	45	0	1.51
2113848--2113911	23	2.9	22	86	6	85	39	25	17	18	1.92
2114202--2114262	23	2.7	23	94	0	113	37	24	8	29	1.84
2117425--2117465	19	2.2	19	91	4	66	63	9	0	26	1.25
2119027--2119089	3	21.0	3	90	0	63	7	34	0	57	1.28
2119132--2119716	3	196.0	3	78	12	593	0	36	0	62	0.97
2118986--2119191	105	2.0	105	88	0	304	15	27	6	50	1.69
2119824--2119858	3	11.7	3	100	0	70	0	31	0	68	0.90
2119870--2120045	83	2.1	85	96	2	329	28	9	27	34	1.88
2119914--2120036	41	3.0	41	63	25	96	29	8	28	33	1.87
2120150--2120874	250	2.9	250	97	1	1359	21	13	21	44	1.86
2120626--2120670	3	15.0	3	100	0	90	0	33	0	66	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2123508--2123649	72	2.0	72	87	5	207	27	26	10	35	1.89
2124365--2124393	15	1.9	15	100	0	58	55	0	3	41	1.17
2124813--2125018	98	2.1	98	89	0	322	26	17	22	33	1.96
2126465--2126585	37	3.2	37	83	4	145	26	27	14	32	1.94
2134759--2134783	8	3.1	8	100	0	50	0	24	12	64	1.27
2135165--2135219	21	2.6	22	85	8	78	12	21	23	41	1.88
2135346--2135382	3	12.7	3	88	5	58	64	0	2	32	1.07
2135581--2135622	2	21.5	2	95	4	77	50	0	0	50	1.00
2140868--2140930	29	2.2	29	100	0	126	20	6	6	66	1.36
2154010--2154062	23	2.2	23	83	6	61	20	15	22	41	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12