genome.fa.s1840.2.7.7.80.10.50.1000.11.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01001840.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00003725_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2412736

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2167495--2167554	17	3.6	17	79	2	68	38	11	3	46	1.57
2169327--2169361	18	1.9	18	94	0	61	28	34	20	17	1.95
2169347--2169423	22	3.5	22	89	0	109	32	29	22	15	1.95
2169327--2169423	44	2.3	40	78	7	104	30	29	22	16	1.96
2174021--2174071	24	2.1	24	100	0	102	50	19	13	15	1.77
2175768--2175856	46	2.0	44	93	4	151	30	3	10	56	1.49
2176622--2176655	2	17.0	2	100	0	68	0	50	0	50	1.00
2176963--2176991	11	2.6	11	100	0	58	37	24	20	17	1.93
2177028--2177201	60	2.9	60	92	5	289	35	21	32	11	1.89
2177021--2177182	28	5.6	28	74	16	143	34	19	33	11	1.88
2177043--2177201	28	5.2	32	73	16	158	34	22	32	11	1.89
2177223--2177328	29	3.7	29	94	2	178	15	31	31	22	1.95
2177379--2177450	37	2.0	37	97	2	137	15	47	13	23	1.81
2177573--2177618	23	2.0	23	100	0	92	47	4	39	8	1.54
2177635--2177676	20	2.0	21	90	4	68	59	0	38	2	1.10
2178668--2178738	29	2.4	29	100	0	142	16	28	33	21	1.95
2179080--2179129	25	2.1	22	89	10	73	36	0	10	54	1.34
2179916--2179974	26	2.3	25	75	18	66	47	8	3	40	1.51
2182771--2182962	26	7.7	25	81	12	184	44	2	10	42	1.52
2182797--2183022	97	2.4	97	94	4	399	42	2	11	43	1.52
2182810--2182968	37	4.4	36	76	12	130	45	2	9	42	1.50
2182716--2182962	123	2.0	123	96	3	453	44	2	10	43	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2182888--2183002	11	10.6	11	69	25	52	40	1	12	45	1.52
2182949--2183022	11	7.6	10	74	20	52	40	1	12	45	1.50
2185257--2185320	34	1.9	33	84	9	85	50	12	0	37	1.41
2185378--2185468	46	1.9	48	86	8	134	46	12	0	41	1.41
2185378--2185481	46	2.2	48	84	8	133	47	12	0	40	1.41
2185450--2185537	41	2.2	39	78	10	88	46	10	1	42	1.45
2185670--2185728	21	2.9	21	92	2	93	1	37	0	61	1.07
2185731--2185776	23	2.0	23	100	0	92	8	39	4	47	1.54
2185865--2185899	18	1.9	18	100	0	70	28	25	17	28	1.97
2185904--2185977	37	2.0	37	97	2	141	24	13	45	16	1.83
2186027--2186135	29	3.8	29	95	2	184	22	32	31	14	1.94
2186178--2186343	28	5.6	28	78	13	188	10	35	19	33	1.87
2186292--2186371	22	3.4	22	73	18	79	8	38	18	33	1.82
2186134--2186349	61	3.5	61	94	1	371	10	34	20	33	1.87
2186371--2186404	11	3.1	11	95	0	59	20	17	23	38	1.93
2186398--2186424	13	2.1	13	100	0	54	14	40	14	29	1.86
2187966--2188118	7	21.9	7	100	0	306	14	28	0	57	1.38
2189870--2189914	16	2.8	17	83	6	58	24	0	0	75	0.80
2189988--2190024	17	2.2	17	90	4	58	18	8	0	72	1.08
2190070--2190100	3	10.7	3	93	6	55	32	0	0	67	0.91
2190070--2190100	11	2.7	11	95	5	53	32	0	0	67	0.91
2194204--2194454	95	2.6	95	84	3	306	34	17	17	30	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2195736--2195852	36	3.2	36	91	1	180	29	20	11	37	1.89
2195767--2195835	21	3.6	21	67	28	62	27	21	10	40	1.85
2195920--2195968	21	2.3	22	89	3	73	26	20	14	38	1.91
2197594--2197630	17	2.2	17	90	4	58	21	5	0	72	1.04
2198793--2198876	2	42.0	2	100	0	168	50	0	0	50	1.00
2199650--2199683	16	2.1	16	88	0	50	44	8	11	35	1.72
2203072--2203127	11	5.2	11	73	4	60	57	17	3	21	1.55
2211695--2211771	40	1.9	40	84	7	102	62	10	2	24	1.40
2212846--2213438	298	2.0	296	97	2	1113	32	18	14	34	1.91
2227984--2228067	44	1.9	44	92	0	141	63	9	2	25	1.37
2239911--2239994	44	1.9	44	95	0	150	64	9	2	23	1.35
2239919--2239989	22	3.2	22	62	15	56	63	11	2	22	1.40
2245603--2245636	11	3.1	11	95	0	59	79	17	2	0	0.86
2247579--2247666	41	2.2	41	83	2	115	63	9	3	23	1.39
2249907--2249939	14	2.4	14	90	5	50	75	0	3	21	0.93
2250800--2250830	16	1.9	16	100	0	62	51	19	9	19	1.74
2251172--2251216	9	5.0	9	80	20	58	11	33	40	15	1.83
2251161--2251207	18	2.3	21	75	24	64	8	36	34	21	1.84
2251171--2251216	18	2.6	18	100	0	92	10	34	39	15	1.82
2252667--2252762	47	2.0	47	90	6	149	20	15	38	25	1.92
2253077--2253128	21	2.5	21	81	3	61	38	19	25	17	1.93
2253117--2253251	20	6.7	20	79	7	121	33	22	17	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2253114--2253245	61	2.2	61	87	2	167	35	22	16	25	1.95
2253419--2253462	22	2.0	22	95	0	79	20	45	15	18	1.85
2253725--2253783	20	3.0	20	87	0	73	16	18	22	42	1.89
2255102--2255146	18	2.5	18	88	0	72	26	44	15	13	1.83
2255528--2255573	17	2.7	17	86	6	58	4	2	21	71	1.14
2255669--2255755	32	2.7	33	92	3	149	48	20	18	12	1.80
2255681--2255738	14	3.9	14	77	16	62	48	22	17	12	1.80
2255792--2255848	14	3.7	14	70	20	51	10	15	21	52	1.72
2255772--2255864	33	2.8	33	95	1	170	12	19	20	47	1.82
2255767--2255907	20	7.9	19	72	16	88	12	20	21	45	1.84
2256266--2256356	42	2.2	40	86	3	128	21	42	14	20	1.88
2257770--2257805	14	2.6	14	90	0	54	30	0	22	47	1.52
2257942--2258009	19	3.8	19	85	14	101	47	17	22	13	1.82
2258028--2258103	20	3.8	20	72	6	73	17	19	21	42	1.90
2258016--2258119	40	2.9	34	76	15	109	15	22	22	40	1.91
2258316--2258387	20	3.5	20	75	3	72	18	18	20	43	1.89
2258372--2258423	20	2.5	21	87	3	70	21	23	17	38	1.93
2258619--2258652	12	2.9	12	86	4	52	17	41	5	35	1.74
2259379--2259408	12	2.5	12	100	0	60	73	0	26	0	0.84
2261693--2261806	33	3.7	32	77	17	134	41	21	23	14	1.89
2261741--2261797	13	4.4	13	71	8	53	38	22	24	14	1.91
2261710--2261797	27	3.1	27	75	20	99	40	21	23	13	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2261834--2261880	19	2.5	19	96	0	85	12	21	21	44	1.85
2261986--2262019	14	2.4	14	90	0	50	47	20	0	32	1.51
2261995--2262021	14	1.9	14	100	0	54	37	25	0	37	1.57
2263373--2263577	42	4.9	41	75	9	164	22	18	36	22	1.95
2263415--2263523	21	5.2	21	61	12	53	21	18	38	22	1.93
2263404--2263577	84	2.1	83	98	1	339	23	17	37	21	1.93
2263793--2263974	91	2.0	90	89	6	276	47	18	12	21	1.80
2265614--2265754	19	7.8	19	72	17	104	43	19	24	12	1.85
2265639--2265737	33	3.0	33	86	1	135	40	21	26	12	1.88
2265755--2265821	19	3.5	19	85	2	89	10	16	25	47	1.78
2266337--2266389	20	2.7	20	93	0	88	26	20	28	24	1.99
2266398--2266451	20	2.7	20	97	0	99	25	18	24	31	1.97
2266338--2266454	61	1.9	61	85	0	162	23	17	24	33	1.97
2266336--2266472	61	2.2	60	79	3	157	24	19	24	31	1.98
2266698--2266739	19	2.3	19	88	8	61	26	2	2	69	1.13
2266711--2266748	19	2.0	19	85	10	51	36	0	2	60	1.11
2267466--2267498	3	11.0	3	87	12	50	30	3	0	66	1.06
2267467--2267509	18	2.4	18	84	7	61	32	4	0	62	1.15
2273310--2273343	10	3.4	10	95	0	59	44	20	14	20	1.87
2278406--2278551	80	1.8	78	84	8	197	46	2	7	43	1.46
2285302--2285600	147	2.0	149	95	4	543	36	10	12	40	1.77
2293137--2293168	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2294627--2294699	37	2.0	37	86	2	103	31	19	8	41	1.81
2294629--2294710	37	2.2	37	82	6	96	30	20	8	40	1.82
2294663--2294797	64	2.1	67	80	9	154	31	19	11	37	1.87
2294927--2295153	36	6.4	36	71	9	153	29	18	12	40	1.87
2294928--2295089	73	2.2	72	77	6	166	30	18	11	40	1.85
2295036--2295216	65	2.7	66	83	3	213	27	17	13	41	1.86
2295160--2295273	36	3.2	36	87	0	156	21	16	15	45	1.85
2295170--2295288	36	3.3	35	80	4	130	23	19	14	42	1.87
2295314--2295699	138	2.8	138	87	1	551	29	29	15	25	1.96
2295290--2295699	137	3.0	137	86	1	570	29	29	15	25	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12