genome.fa.s1978.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01001978.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00004013_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2594977

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
870--935	29	2.2	30	94	2	116	28	27	24	19	1.99
1989--2047	2	29.5	2	100	0	118	50	0	0	49	1.00
2242--2267	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
3081--3127	19	2.5	19	100	0	94	36	10	42	10	1.74
14622--14931	53	5.8	53	90	0	467	30	19	29	20	1.97
16206--16255	19	2.6	19	93	0	91	10	8	18	64	1.48
16206--16261	19	2.9	21	89	10	84	8	8	17	64	1.48
17657--17754	40	2.3	43	84	5	139	28	15	33	22	1.94
17688--18148	130	3.5	131	84	4	518	24	18	32	24	1.97
18239--18344	34	3.2	34	93	5	173	33	10	24	32	1.89
18356--18555	67	3.1	66	81	12	238	42	12	14	31	1.83
18626--18694	32	2.2	32	84	5	86	34	23	13	28	1.92
24310--24434	59	2.1	59	80	16	136	59	10	12	18	1.60
24431--24514	30	2.8	30	81	12	102	57	9	15	17	1.64
26729--26853	59	2.1	59	81	14	143	59	11	11	18	1.60
26850--26933	30	2.8	30	81	12	102	57	9	15	17	1.64
29154--29278	59	2.1	59	81	14	143	59	11	11	18	1.60
29275--29358	30	2.8	30	81	12	102	57	9	15	17	1.64
38154--38208	27	2.0	27	92	0	92	34	20	9	36	1.84
44153--44329	90	2.0	89	93	1	300	44	6	11	37	1.65
44916--44960	23	2.0	23	90	0	72	26	15	6	51	1.68
54191--54247	27	2.2	25	81	9	62	38	35	12	14	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60025--60056	14	2.3	14	94	0	55	62	9	0	28	1.26
66976--67025	20	2.5	19	93	6	82	36	14	30	20	1.91
67052--67105	19	2.6	22	80	8	69	35	18	20	25	1.95
67446--67760	55	5.9	55	82	6	351	32	18	19	29	1.96
67528--67623	48	2.0	48	87	4	140	32	17	18	31	1.95
67472--67760	103	2.7	105	84	6	343	32	18	19	29	1.95
72341--72744	165	2.4	165	85	3	528	32	18	20	29	1.96
72348--72745	55	7.2	56	84	4	440	31	18	20	29	1.96
75326--75357	16	2.0	16	100	0	64	37	18	6	37	1.76
76904--77030	32	4.0	32	76	4	112	38	16	17	27	1.91
80182--80258	30	2.7	30	84	6	97	48	9	1	41	1.43
80293--80371	29	2.7	29	82	9	90	41	16	2	39	1.62
80356--80406	24	2.2	23	82	10	59	41	11	1	45	1.52
81068--81128	22	2.8	22	87	0	86	72	0	22	4	1.04
81281--81338	30	1.9	30	89	6	91	32	13	8	44	1.75
81683--81713	2	15.5	2	93	0	53	45	0	0	54	0.99
84099--84160	17	3.6	17	76	8	54	27	16	9	46	1.78
84085--84162	34	2.3	34	86	4	104	29	14	11	44	1.80
87403--87444	7	5.9	7	81	15	50	19	0	0	80	0.70
89488--89524	20	1.9	19	89	10	58	45	10	24	18	1.81
90613--90692	34	2.4	34	83	10	101	28	18	6	46	1.73
96003--96061	17	3.5	17	75	9	66	27	15	8	49	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95981--96063	34	2.4	34	85	0	112	28	13	10	46	1.76
97844--97888	18	2.5	18	96	0	81	33	6	15	44	1.73
98628--98819	54	3.6	54	83	2	233	31	19	18	30	1.96
99331--99380	19	2.6	19	90	0	73	32	26	16	26	1.96
110791--110824	18	1.9	17	94	5	59	20	29	0	50	1.49
111897--112173	54	5.1	54	84	0	347	34	20	17	27	1.95
112505--112556	22	2.5	20	81	12	52	30	23	11	34	1.90
112519--112728	95	2.2	95	85	3	280	26	27	14	30	1.95
118446--118504	17	3.5	17	75	9	57	27	18	8	45	1.78
118440--118521	34	2.4	34	87	4	112	30	18	9	41	1.82
119343--119394	24	2.2	24	86	6	70	23	15	13	48	1.80
121004--121065	32	1.9	32	86	0	88	35	12	16	35	1.87
123395--123435	15	2.6	16	82	14	50	31	0	2	65	1.05
123758--123836	34	2.3	34	82	6	88	34	21	20	24	1.97
123783--123882	34	3.0	32	80	10	96	35	25	17	23	1.95
123790--123883	31	2.9	31	84	4	107	34	24	17	24	1.96
124726--124772	24	2.0	23	83	4	58	14	2	31	51	1.55
125021--125062	17	2.5	17	96	0	75	59	9	9	21	1.57
129190--129248	17	3.5	17	75	9	66	27	15	8	49	1.73
129168--129265	34	2.9	34	84	3	117	29	15	10	44	1.79
130991--131036	18	2.6	18	96	0	83	32	6	15	45	1.71
131776--131967	54	3.6	54	80	4	235	32	20	18	28	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
132305--132511	95	2.2	91	81	11	224	26	26	14	32	1.95
133016--133040	11	2.3	11	100	0	50	76	0	24	0	0.80
136067--136113	22	2.2	21	81	7	51	12	14	8	63	1.50
145491--145775	54	5.3	54	90	0	435	32	22	17	27	1.96
146099--146150	22	2.5	20	81	12	52	30	23	11	34	1.90
146112--146321	94	2.2	95	82	2	253	27	27	13	30	1.94
151980--152038	17	3.5	17	75	9	66	28	18	6	45	1.75
151974--152055	34	2.4	34	89	4	121	31	18	8	41	1.80
152876--152921	24	1.9	24	82	8	58	23	17	13	45	1.83
154558--154648	32	2.9	32	79	6	89	36	16	13	34	1.87
157160--157248	34	2.6	34	82	3	99	32	23	20	23	1.98
157222--157285	31	2.1	31	93	0	110	34	25	15	25	1.95
158126--158172	24	2.0	24	83	8	60	19	2	25	53	1.56
168828--168887	29	2.0	30	81	9	70	50	0	0	50	1.00
168807--168926	62	1.9	64	89	3	190	47	1	0	50	1.17
168936--168983	24	2.0	23	84	11	62	58	0	4	37	1.18
171111--171141	16	1.9	16	100	0	62	32	25	9	32	1.88
176254--176624	54	6.9	54	91	1	609	33	11	16	38	1.85
177807--177849	18	2.5	17	85	7	61	25	4	2	67	1.22
178234--178312	42	1.9	40	85	10	106	15	27	7	49	1.71
178328--178407	40	2.0	40	86	9	112	31	5	7	56	1.49
178477--178515	14	2.8	14	88	0	51	12	15	0	71	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
184220--184255	18	2.0	18	94	0	63	16	8	33	41	1.78
185258--186082	426	1.9	424	88	1	1249	36	23	17	22	1.95
185254--186082	106	7.8	106	88	2	1196	36	23	17	22	1.95
190420--190466	23	2.0	23	95	0	85	17	27	17	38	1.91
199121--199192	34	2.2	32	85	7	90	31	15	30	22	1.94
202564--202633	34	2.1	32	86	5	95	31	15	30	22	1.95
207924--208258	49	6.8	49	88	0	472	39	14	20	26	1.90
214885--215227	49	7.0	49	88	0	488	38	13	21	26	1.91
219727--219825	51	1.9	51	89	0	153	40	3	4	52	1.36
219926--219980	25	2.2	25	83	3	65	29	16	5	49	1.68
220257--220293	17	2.1	18	90	5	58	62	0	0	37	0.96
221473--221536	2	31.5	2	96	3	119	50	0	1	48	1.10
222924--222959	15	2.3	16	90	4	56	36	2	0	61	1.11
225019--225064	3	15.3	3	82	8	58	34	2	30	32	1.70
225232--225301	26	2.7	26	76	8	72	17	2	8	71	1.23
227570--227686	60	2.0	60	81	3	137	26	21	23	28	1.99
229794--229881	45	1.9	46	90	2	142	28	18	23	29	1.98
245722--245769	25	1.9	25	91	0	78	43	18	22	14	1.87
246112--246146	18	1.9	18	88	0	52	48	0	0	51	1.00
246267--246360	42	2.3	41	94	3	163	38	36	12	12	1.82
246692--246740	15	3.3	15	75	13	57	46	0	0	53	1.00
247442--247586	59	2.4	60	93	3	238	39	9	15	35	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
249951--249979	2	15.0	2	92	7	51	48	0	0	51	1.00
254405--254435	2	15.5	2	93	0	53	45	0	3	51	1.17
256168--256255	46	1.9	46	92	0	149	19	21	12	46	1.82
256476--256802	55	6.0	55	84	3	212	36	17	11	35	1.85
256547--256820	55	5.0	55	87	3	381	35	17	11	35	1.86
256475--256820	110	3.2	110	83	5	310	35	17	11	35	1.87
274962--275032	18	4.1	17	80	8	72	38	14	18	29	1.90
276332--276428	50	1.9	50	89	0	149	21	6	39	32	1.78
284746--284793	19	2.7	18	81	9	53	54	4	12	29	1.56
284755--284793	19	2.1	19	90	0	60	53	5	10	30	1.56

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10