genome.fa.s1978.2.7.7.80.10.50.1000.8.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01001978.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00004013_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2594977

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1957285--1957497	81	2.6	80	86	1	282	32	21	12	34	1.90
1957448--1957635	68	2.8	68	89	0	250	29	25	14	29	1.95
1957816--1958577	55	13.9	55	91	0	1191	34	18	11	35	1.87
1966473--1966642	90	1.9	88	92	2	286	43	5	11	38	1.66
1967322--1967387	20	3.3	20	89	6	91	21	28	16	33	1.95
1967338--1967393	20	2.8	20	89	2	69	21	30	14	33	1.93
1973968--1973994	14	1.9	14	100	0	54	40	7	7	44	1.60
1976744--1976774	16	1.9	16	100	0	62	54	0	6	38	1.26
1978180--1978299	40	3.1	40	73	20	126	38	4	15	41	1.67
1978098--1978447	77	4.6	75	79	7	312	38	8	16	37	1.78
1978190--1978313	40	3.2	39	68	21	98	38	5	16	39	1.72
1978098--1978447	154	2.3	155	83	2	420	38	8	16	37	1.78
1978608--1978719	53	2.2	50	80	4	116	46	8	16	29	1.75
1978819--1979002	99	1.9	100	87	5	275	40	11	13	35	1.80
1978659--1979351	344	2.0	344	92	2	1142	38	11	12	36	1.81
1979163--1979455	99	2.9	101	85	2	392	37	12	13	36	1.83
1979163--1979468	101	3.0	101	84	1	400	36	12	14	36	1.84
1981537--1981706	29	5.9	29	95	1	263	17	38	26	17	1.91
1981939--1982054	29	3.9	29	78	8	133	18	25	37	17	1.93
1982034--1982060	13	2.1	13	100	0	54	22	18	37	22	1.95
1982572--1982620	21	2.3	21	82	3	62	28	0	18	53	1.45
1983118--1983183	18	3.6	18	69	15	53	36	0	12	51	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1983411--1983475	26	2.6	25	79	13	62	50	6	1	41	1.36
1986285--1987269	60	17.3	60	82	11	1125	41	0	12	45	1.44
1986618--1987220	21	29.6	20	63	21	91	41	0	13	45	1.45
1986692--1987183	35	15.2	34	61	24	122	41	0	13	45	1.45
1986681--1987207	170	3.2	161	81	13	630	41	0	13	45	1.45
1986809--1987207	99	3.7	99	80	16	465	41	0	13	45	1.45
1986285--1987265	389	2.5	393	93	2	1679	41	0	12	45	1.44
1987236--1987276	12	3.1	14	83	16	61	36	0	19	43	1.51
1989415--1989448	15	2.2	16	94	5	61	55	5	0	38	1.24
1989501--1989607	30	3.5	30	85	6	135	46	14	0	39	1.44
1989505--1989559	15	3.6	16	70	20	55	43	14	0	41	1.45
1989737--1989772	17	2.1	17	100	0	72	41	41	0	16	1.48
1989962--1990016	27	2.0	27	100	0	110	40	25	16	18	1.91
1991730--1991767	19	2.1	19	85	5	51	52	15	0	31	1.43
1995295--1995457	76	2.1	75	86	6	229	40	17	8	33	1.80
1996262--1996313	18	2.8	18	82	5	50	28	0	5	65	1.16
1996542--1996612	31	2.3	32	85	4	92	26	7	1	64	1.27
1996594--1996682	31	2.9	30	80	8	90	46	0	2	51	1.13
1996739--1996822	30	2.8	30	87	0	123	60	4	4	29	1.38
2005240--2005321	40	2.0	40	95	0	146	32	24	17	25	1.96
2008719--2008769	22	2.3	22	96	0	93	23	5	27	43	1.77
2010873--2011116	45	5.9	44	74	18	213	33	11	26	28	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2011043--2011107	34	1.9	34	87	0	94	35	12	24	27	1.91
2010919--2011142	79	2.8	79	86	1	304	36	11	24	28	1.90
2011099--2011151	26	2.0	26	92	7	90	49	7	20	22	1.74
2013521--2013620	13	7.7	13	88	0	146	25	20	19	36	1.95
2016225--2016249	12	2.1	12	100	0	50	16	24	16	44	1.86
2027590--2027628	21	1.9	20	85	15	53	38	2	2	56	1.27
2052870--2052926	29	2.0	29	100	0	114	38	10	3	47	1.55
2053558--2053978	211	2.0	210	89	2	648	30	14	10	45	1.78
2054696--2054728	15	2.1	16	88	5	50	15	27	0	57	1.38
2066360--2066386	14	1.9	14	100	0	54	7	25	7	59	1.51
2068453--2068487	17	2.0	18	88	5	54	2	34	0	62	1.10
2068453--2068514	24	2.7	23	78	14	65	6	33	0	59	1.23
2068679--2068748	33	2.1	33	86	0	95	25	10	10	54	1.65
2068833--2068879	24	2.0	24	100	0	94	36	4	12	46	1.62
2069022--2069100	39	2.0	39	87	0	113	34	8	13	43	1.76
2069506--2069591	41	2.1	41	95	0	154	30	23	16	30	1.96
2072513--2072547	17	2.1	17	94	0	61	5	11	25	57	1.56
2073843--2073913	29	2.4	29	97	0	133	30	4	18	46	1.68
2074457--2074509	14	3.7	14	78	14	54	47	0	0	52	1.00
2074450--2074585	29	4.8	29	68	13	77	47	3	0	48	1.19
2074466--2074653	84	2.2	85	82	5	227	50	5	0	43	1.30
2078159--2079180	182	5.6	181	89	2	1491	41	13	17	27	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2080140--2080207	23	3.0	23	75	0	82	33	22	23	20	1.97
2086941--2087006	31	2.2	30	86	10	91	37	18	7	36	1.79
2091039--2091152	40	2.8	40	87	0	165	22	15	27	34	1.95
2108496--2109829	199	6.7	199	88	0	1751	40	13	14	30	1.85
2110504--2110539	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
2112747--2112791	24	1.9	23	90	4	72	31	2	15	51	1.56
2112759--2112796	19	2.1	19	85	5	51	31	5	10	52	1.58
2114241--2115079	197	4.2	199	87	2	1199	39	14	13	32	1.86
2114240--2115079	395	2.1	395	88	3	1231	39	14	13	32	1.86
2115278--2115328	23	2.2	23	85	0	66	29	19	9	41	1.84
2115288--2115337	23	2.2	23	88	0	73	30	16	12	42	1.84
2115366--2115414	20	2.6	18	78	12	62	38	18	4	38	1.70
2115367--2115442	22	3.5	22	72	13	68	36	18	5	39	1.73
2115376--2115433	20	2.8	20	86	5	80	37	22	6	32	1.81
2120069--2120155	19	4.6	19	91	0	138	35	16	20	27	1.94
2120659--2121352	81	8.6	81	91	0	1057	36	10	20	32	1.87
2124009--2124426	81	5.2	81	88	2	563	35	11	22	30	1.90
2127854--2127979	20	5.7	20	71	20	99	19	26	9	44	1.81
2127842--2127990	46	3.2	46	94	0	262	20	23	8	46	1.78
2128415--2128485	22	3.3	21	69	21	58	28	21	14	36	1.92
2132665--2133143	117	4.1	116	83	2	586	40	15	18	26	1.90
2132669--2133143	233	2.0	233	86	1	657	40	15	18	26	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2139556--2139640	3	29.0	3	77	13	79	42	0	0	57	0.98
2139555--2139640	25	3.4	25	80	15	88	43	0	0	56	0.99
2140512--2140572	20	2.8	22	85	11	74	29	1	1	67	1.10
2141527--2141561	15	2.3	15	90	5	52	20	5	0	74	1.02
2147655--2147994	114	3.0	114	92	0	563	32	15	19	31	1.93
2149911--2150046	54	2.6	54	88	6	192	38	16	23	21	1.92
2149911--2150064	54	3.0	50	83	7	141	38	16	21	23	1.93
2151019--2151387	186	2.0	185	95	1	659	32	14	14	39	1.86
2151331--2151733	75	5.3	75	94	1	700	23	20	21	34	1.97
2151891--2151975	3	28.0	3	79	9	75	43	0	0	56	0.99
2151891--2151975	22	4.0	22	75	21	92	43	0	0	56	0.99
2151890--2151975	25	3.4	25	83	13	106	44	0	0	55	0.99
2152736--2152813	35	2.2	35	97	0	147	33	12	30	23	1.92
2152736--2152823	35	2.5	35	90	3	113	35	13	30	20	1.91
2153220--2153278	20	2.7	22	85	12	70	28	1	1	67	1.10
2157389--2157418	2	15.5	2	93	6	53	50	0	0	50	1.00
2157390--2157449	18	3.3	18	75	13	52	41	3	5	50	1.41
2157720--2157745	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2162194--2162235	15	2.8	15	92	0	75	7	35	28	28	1.84
2166466--2166526	19	3.3	19	73	17	74	3	14	31	50	1.59
2166470--2166533	18	3.6	18	75	23	71	4	14	29	51	1.62
2168811--2168853	12	3.5	13	87	12	72	16	53	16	13	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2168887--2168947	24	2.5	26	77	17	69	55	0	0	44	0.99
2168905--2168944	19	2.1	19	85	0	53	55	0	0	45	0.99
2168965--2169010	12	3.9	12	88	2	67	30	47	10	10	1.73
2168965--2169010	24	2.0	24	91	4	76	30	47	10	10	1.73
2175393--2175451	29	2.0	31	86	6	86	25	0	15	59	1.36
2183347--2183407	28	2.2	28	93	0	113	45	18	6	29	1.74
2186600--2186674	20	3.6	19	73	19	69	25	21	22	30	1.99
2186617--2186697	24	3.5	24	73	19	82	29	18	20	30	1.97
2186600--2186699	44	2.3	44	89	3	148	28	20	22	30	1.98
2187047--2187099	18	2.9	18	91	0	79	54	7	5	32	1.52

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10