genome.fa.s1978.2.7.7.80.10.50.1000.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01001978.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00004013_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2594977

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   

This is table  3  of  10  ( 1125 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
620498--620873	40	9.1	40	68	12	179	17	18	31	32	1.94
620463--620873	83	5.0	83	84	2	529	18	17	31	32	1.95
620556--620853	43	7.1	43	69	14	167	17	17	32	32	1.94
620839--621264	139	3.1	139	86	2	579	25	15	28	29	1.96
627779--627862	20	3.9	21	73	17	73	16	26	32	25	1.96
629998--630043	19	2.5	19	83	13	60	15	10	0	73	1.08
636888--637194	162	1.9	162	89	0	479	34	20	19	26	1.96
636873--637199	54	6.1	54	85	0	429	34	21	18	25	1.96
642574--643062	54	9.1	54	85	1	586	32	19	19	28	1.96
644401--644529	55	2.3	55	81	9	138	31	20	19	28	1.97
645305--645353	21	2.3	21	92	0	80	20	18	28	32	1.96
650945--650992	21	2.3	21	85	0	60	25	16	25	33	1.96
650961--651065	21	4.9	21	72	15	63	26	22	20	29	1.99
653391--653442	24	2.2	23	86	3	68	32	21	25	21	1.98
658069--658106	20	1.9	20	100	0	76	36	10	28	23	1.88
658303--658329	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
662494--662872	139	2.7	138	90	1	587	20	20	26	32	1.97
662813--662933	61	2.0	61	88	0	179	25	22	19	33	1.97
662675--663056	200	1.9	200	90	2	615	23	19	24	32	1.98
663201--663255	23	2.4	23	78	9	58	41	0	23	34	1.55
663486--663554	34	2.0	34	94	0	120	34	2	7	55	1.43
664084--664141	21	2.8	21	75	0	62	27	18	32	20	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
665963--666030	31	2.2	31	84	7	84	55	0	0	44	0.99
665960--666009	17	2.9	17	74	11	57	56	0	0	44	0.99
668213--668324	3	37.0	3	90	5	172	31	1	0	66	1.08
668624--668752	52	2.5	51	87	2	170	16	34	31	17	1.92
674718--674771	16	3.4	16	74	23	60	59	0	5	35	1.21
674787--674827	10	4.1	10	84	12	57	39	0	29	31	1.57
674938--675064	51	2.5	51	85	1	166	18	30	35	15	1.92
682009--682329	106	3.0	106	76	10	370	31	15	11	40	1.83
682311--682415	36	2.9	35	78	7	111	35	17	12	35	1.87
682576--682761	64	2.9	63	82	6	185	30	11	13	44	1.80
682780--682842	33	1.9	33	93	0	108	30	14	12	42	1.82
682826--682900	29	2.6	29	81	8	80	32	13	13	41	1.83
682775--682897	30	4.0	30	75	11	106	29	14	13	42	1.84
683201--683433	43	5.4	42	71	18	124	23	32	19	24	1.97
683185--683542	132	2.7	133	90	3	542	25	31	18	24	1.98
683465--683581	43	2.8	40	74	7	119	23	32	18	24	1.97
683738--683801	3	21.0	3	85	9	85	31	1	1	65	1.11
683745--683798	28	1.9	28	88	7	83	31	0	1	66	1.02
683740--683803	31	2.1	31	88	5	94	32	1	1	64	1.13
686408--686437	14	2.1	14	93	0	51	73	0	3	23	0.98
687003--687060	23	2.7	21	73	21	57	53	12	1	32	1.48
687023--687082	28	2.1	28	84	0	75	53	6	1	38	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
687609--687649	19	2.2	19	95	0	73	31	7	12	48	1.68
691395--691543	77	1.9	79	82	5	187	44	5	9	40	1.59
695423--695465	17	2.6	17	85	3	52	32	16	18	32	1.93
700805--700866	32	1.9	32	93	0	106	22	27	27	22	1.99
703430--705379	4	492.0	4	94	2	3208	25	1	24	47	1.62
722330--722389	27	2.2	28	87	3	86	50	13	5	31	1.63
728540--728602	29	2.2	30	86	11	87	33	7	0	58	1.27
728621--728717	29	3.3	28	78	5	86	37	10	1	51	1.43
728866--728937	2	36.5	2	78	13	78	51	1	1	45	1.18
728928--728971	17	2.9	15	78	15	54	50	0	0	50	1.00
728930--728974	14	2.9	16	83	12	58	51	0	0	48	1.00
729015--729071	29	2.0	29	85	0	78	56	3	5	35	1.39
730997--731028	16	2.0	16	100	0	64	43	25	6	25	1.77
734415--734445	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
734638--734675	20	1.9	20	94	0	67	23	26	10	39	1.87
734790--734850	3	20.3	3	86	0	86	63	0	34	1	1.04
748258--748417	65	2.5	64	89	5	234	30	22	19	27	1.98
748258--748442	65	2.9	65	83	6	180	30	22	20	27	1.98
753790--753884	23	4.4	21	75	9	77	28	26	20	25	1.99
753812--753888	23	3.5	23	77	8	97	25	27	22	24	2.00
753790--753884	44	2.2	42	87	7	129	28	26	20	25	1.99
753812--753910	44	2.3	42	83	8	128	27	26	22	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
756483--756642	65	2.5	64	87	5	216	30	23	18	28	1.98
762333--762388	21	2.6	21	74	2	58	44	17	14	23	1.85
762391--762444	21	2.6	21	90	0	90	24	29	12	33	1.92
765269--765324	23	2.4	23	83	16	80	23	28	19	28	1.98
773189--773237	20	2.5	20	86	3	64	30	10	4	55	1.52
779117--779147	15	2.1	15	100	0	62	38	19	0	41	1.51
780063--780120	22	2.6	22	97	0	107	29	3	3	63	1.27
793359--793392	17	2.1	16	88	5	50	76	0	8	14	1.01
797203--797277	23	3.1	23	73	16	71	68	1	20	10	1.27
805027--805260	111	2.1	111	88	4	339	31	16	21	30	1.96
814829--814860	12	2.7	12	95	0	55	71	0	28	0	0.86
815546--815609	32	2.0	32	96	0	119	39	12	7	40	1.72
818906--819009	40	2.7	39	82	11	135	39	7	3	49	1.50
818868--819004	38	3.6	37	78	14	129	40	8	5	45	1.57
818973--819038	24	2.9	22	80	12	80	39	9	3	48	1.50
818973--819029	24	2.4	24	88	8	82	42	7	3	47	1.47
818931--819072	60	2.3	62	86	6	209	42	9	2	45	1.50
818996--819068	38	1.9	37	86	8	103	46	9	1	42	1.45
820441--820495	20	2.8	20	94	0	92	36	12	16	34	1.87
821305--821425	23	5.6	21	71	13	86	25	12	23	38	1.90
821320--821458	44	3.1	44	79	9	140	23	14	25	36	1.93
821295--821437	21	6.7	21	70	10	101	23	16	25	34	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
821388--821463	23	3.4	23	73	10	77	22	17	26	34	1.96
821594--821618	5	5.0	5	100	0	50	20	0	40	40	1.52
827020--827082	28	2.2	28	83	8	83	38	26	17	17	1.92
827292--827335	21	2.0	23	82	8	56	31	15	4	47	1.66
835704--835871	36	4.6	37	75	14	150	41	8	5	44	1.58
835835--835882	24	2.0	24	87	0	69	39	12	6	41	1.68
835854--835901	20	2.5	19	86	6	69	43	12	2	41	1.54
835917--835968	2	26.0	2	100	0	104	50	0	0	50	1.00
840142--840202	21	2.9	21	73	9	61	37	11	14	36	1.83
841659--841688	3	10.3	3	92	7	53	63	0	0	36	0.95
843292--843587	148	2.0	148	95	1	540	36	14	16	32	1.89
845709--845774	10	6.0	11	72	24	59	69	3	1	25	1.11
845719--845780	23	2.7	24	78	14	67	70	4	0	24	1.06
845829--845895	33	2.0	35	94	5	120	53	1	10	34	1.44
847038--847093	3	19.0	3	81	3	60	62	0	0	37	0.95
847676--847718	23	2.0	21	86	13	61	18	25	4	51	1.66
847942--848057	36	3.2	35	72	7	99	38	14	18	28	1.90
848911--848974	22	2.9	22	77	9	67	40	12	10	35	1.78
856367--856448	43	1.9	43	89	0	128	36	21	8	32	1.84
858687--858718	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
858759--858810	5	9.8	5	79	8	50	71	3	1	23	1.13
859338--859364	14	1.9	14	100	0	54	14	29	7	48	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
860008--860063	3	19.0	3	77	3	51	60	1	0	37	1.07
865914--865954	21	2.0	21	85	9	57	14	9	9	65	1.46
867430--867477	17	2.8	17	78	12	53	29	4	4	62	1.32
867572--867616	22	2.0	22	83	8	56	66	2	0	31	1.04
869679--869735	23	2.5	23	78	16	64	29	0	8	61	1.26
876521--876549	15	1.9	15	100	0	58	41	20	24	13	1.89
878619--878656	19	2.1	19	95	5	69	42	15	21	21	1.89
878476--878696	94	2.3	94	83	3	239	35	15	23	25	1.94
879100--879306	78	2.6	79	88	2	301	38	11	23	27	1.89
879411--879582	20	7.6	20	67	24	83	41	12	23	21	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10