genome.fa.s1978.2.7.7.80.10.50.1000.9.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01001978.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00004013_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2594977

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   

This is table  9  of  10  ( 1125 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2188830--2188867	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
2189364--2189412	21	2.3	21	89	0	80	14	55	16	14	1.70
2189708--2189824	42	2.8	42	93	0	189	18	20	16	44	1.87
2190022--2190183	27	6.0	28	67	24	91	46	1	1	51	1.17
2190040--2190183	52	2.7	52	73	20	120	46	1	1	50	1.18
2190086--2190183	29	3.5	27	76	18	85	43	1	2	53	1.19
2190344--2190412	20	3.5	20	90	4	113	37	14	8	39	1.77
2190405--2190461	15	3.9	15	88	2	89	35	21	7	36	1.80
2190396--2190466	30	2.4	30	97	2	135	32	19	5	42	1.75
2191135--2191185	24	2.0	24	85	11	66	50	0	5	43	1.26
2191157--2191687	37	14.4	37	85	7	636	45	4	6	42	1.52
2191188--2191237	26	1.9	26	83	0	64	48	6	6	40	1.52
2191713--2191760	23	2.1	22	92	3	78	14	6	0	79	0.92
2191722--2191767	15	3.1	15	77	17	51	10	8	0	80	0.91
2193937--2194080	22	6.5	22	94	0	252	29	18	25	27	1.98
2203113--2203163	2	26.0	2	96	4	95	50	0	0	49	1.00
2203770--2203984	45	4.8	45	83	2	270	31	20	8	40	1.83
2203770--2204025	90	2.8	87	76	6	235	30	21	8	39	1.84
2207424--2207613	99	1.9	99	84	2	256	32	16	19	31	1.94
2216163--2216358	37	5.4	37	80	13	221	43	4	8	43	1.53
2216163--2216358	38	5.4	37	82	11	228	43	4	8	43	1.53
2216380--2216424	4	10.8	4	86	9	63	22	4	0	73	1.01
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2216379--2216438	22	2.8	21	79	18	70	18	5	0	76	0.96
2217762--2217807	5	9.2	5	92	0	74	19	4	0	76	0.96
2217711--2217807	15	6.2	15	72	13	79	21	7	1	70	1.18
2217711--2217807	10	9.3	10	75	10	79	21	7	1	70	1.18
2219323--2219362	21	1.9	21	85	10	55	5	60	12	22	1.52
2220525--2220577	25	2.1	25	89	6	81	67	1	3	26	1.17
2221794--2221843	4	12.8	4	78	19	52	78	0	2	20	0.86
2221795--2221838	11	3.9	11	88	5	61	77	0	2	20	0.88
2221794--2221851	16	3.6	16	84	9	66	77	0	1	20	0.86
2221795--2221853	12	5.0	12	84	12	61	76	0	1	22	0.88
2221877--2222260	35	11.3	32	67	15	123	40	11	4	42	1.63
2221900--2222130	33	6.9	30	76	13	113	41	12	4	41	1.64
2221877--2222260	69	5.6	67	76	12	315	40	11	4	42	1.63
2221906--2222258	103	3.4	105	85	8	462	41	12	4	41	1.63
2233826--2233863	18	2.1	18	85	14	51	76	0	13	10	1.02
2234634--2234692	29	2.1	29	84	6	77	8	6	28	55	1.55
2235032--2235081	6	7.3	7	82	14	52	78	0	0	22	0.76
2235038--2235081	21	2.1	21	87	8	63	77	0	0	22	0.77
2235109--2235471	103	3.5	103	82	7	351	41	11	3	43	1.59
2235109--2235471	35	10.4	35	79	7	348	41	11	3	43	1.59
2238017--2238073	28	2.0	28	96	0	105	40	22	17	19	1.91
2245055--2245139	43	2.0	43	88	4	127	29	3	28	38	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2245925--2246164	76	3.1	74	79	7	239	37	13	8	40	1.74
2251595--2251635	17	2.4	18	80	19	52	17	12	7	63	1.50
2251836--2251908	8	9.0	8	72	14	51	12	5	2	79	1.01
2251836--2251882	15	3.2	14	85	8	58	10	4	2	82	0.88
2255672--2255853	95	1.9	95	89	2	285	32	18	19	29	1.96
2257109--2257402	106	2.7	108	86	3	398	28	17	12	42	1.85
2257109--2257402	36	8.2	36	85	5	400	28	17	12	42	1.85
2257314--2257605	101	2.9	101	83	5	356	27	18	11	42	1.85
2257516--2257805	37	8.1	36	76	9	281	23	20	14	41	1.89
2257516--2257805	73	4.1	73	76	9	283	23	20	14	41	1.89
2257431--2257785	139	2.6	138	89	4	527	24	18	13	42	1.87
2257821--2257952	36	3.7	36	83	6	162	42	18	8	31	1.79
2258484--2258512	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
2259725--2259755	16	1.9	16	93	0	53	38	12	0	48	1.42
2259867--2259934	35	1.9	36	87	3	102	13	7	2	76	1.11
2268818--2268967	65	2.3	64	83	7	171	28	22	17	31	1.96
2282581--2282608	12	2.3	12	100	0	56	78	7	0	14	0.95
2285503--2285535	16	2.1	16	100	0	66	39	18	12	30	1.87
2285610--2285661	26	2.0	26	100	0	104	53	3	7	34	1.48
2286049--2286085	18	2.1	18	90	10	58	43	0	2	54	1.14
2286773--2286809	19	1.9	19	89	10	58	35	2	0	62	1.10
2286797--2286855	29	2.0	29	83	12	75	30	8	6	54	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2297820--2297859	18	2.3	18	95	4	73	30	20	20	30	1.97
2300329--2300409	21	3.9	21	85	0	108	25	27	20	25	1.99
2318652--2318677	3	8.7	3	100	0	52	30	0	0	69	0.89
2320122--2320179	27	2.1	27	81	9	64	46	12	17	24	1.81
2322345--2322729	45	8.6	45	87	4	521	29	21	9	39	1.85
2325904--2325947	19	2.4	19	81	7	56	54	2	0	43	1.12
2325891--2325951	17	3.4	18	77	11	54	54	1	0	44	1.10
2325917--2325992	33	2.3	34	80	14	88	63	5	0	31	1.17
2326982--2327014	3	11.3	3	93	6	59	69	0	0	30	0.88
2328254--2328324	23	2.7	27	72	16	69	25	9	1	63	1.34
2328301--2328362	31	1.9	33	84	12	85	37	1	4	56	1.30
2337532--2337565	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
2337570--2337605	18	2.0	18	100	0	72	33	5	11	50	1.61
2337659--2337702	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
2352866--2352894	2	15.0	2	92	7	51	51	0	0	48	1.00
2361234--2361509	93	3.0	93	92	0	453	31	20	22	25	1.98
2361503--2361591	42	2.1	42	91	0	142	26	24	19	29	1.98
2361587--2361662	36	2.1	36	95	0	134	36	21	21	21	1.95
2361561--2361778	114	1.9	114	88	1	330	34	22	21	22	1.97
2362100--2362349	53	4.7	53	86	2	333	29	21	25	23	1.99
2363919--2363952	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
2376517--2376598	25	3.3	25	93	3	139	9	43	15	30	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2384632--2384679	22	2.2	23	81	11	64	16	39	6	37	1.74
2391196--2391234	20	2.0	20	94	0	69	41	12	15	30	1.85
2393214--2393268	25	2.2	25	96	0	101	43	21	7	27	1.79
2398631--2398747	49	2.4	48	84	5	146	42	17	15	24	1.87
2399137--2399187	23	2.3	22	79	3	57	39	0	7	52	1.30
2399709--2399759	16	2.9	17	83	16	52	17	7	0	74	1.05
2399924--2399953	13	2.2	14	94	5	53	13	10	16	60	1.59
2407722--2407790	21	3.3	22	78	8	63	46	15	34	2	1.61
2408326--2408449	44	2.8	44	81	6	153	30	24	20	25	1.98
2408320--2408449	43	3.0	43	85	1	179	29	24	22	23	1.99
2414845--2415083	45	5.3	45	84	1	255	30	19	9	40	1.84
2414975--2415107	45	3.0	45	84	0	113	28	24	9	38	1.85
2414923--2415110	90	2.1	90	80	4	200	30	22	9	37	1.86
2414866--2415108	135	1.8	135	79	0	288	28	20	10	39	1.86
2415604--2415661	22	2.8	20	80	19	82	27	29	13	29	1.94
2415604--2415827	95	2.4	93	77	9	213	30	25	14	29	1.95
2421767--2421989	45	5.1	45	81	10	196	30	21	9	39	1.85
2421831--2421957	40	3.0	40	81	12	139	30	22	8	38	1.84
2421785--2422028	85	2.8	88	80	8	232	29	22	10	38	1.87
2421874--2422107	45	5.4	45	80	11	197	28	24	10	36	1.88
2421998--2422062	34	1.9	34	87	0	94	29	24	7	38	1.83
2421964--2422116	79	1.9	79	93	0	261	28	25	9	36	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2422522--2422556	15	2.2	16	90	10	54	28	34	5	31	1.81
2422514--2422587	19	4.0	19	69	27	52	27	35	9	28	1.88
2422611--2422706	22	4.5	22	81	12	87	30	25	14	30	1.95
2422615--2422692	22	3.6	22	86	5	88	30	26	12	29	1.93
2422631--2422693	22	2.9	22	90	0	90	30	23	14	31	1.94
2426408--2426490	22	3.8	22	69	6	78	36	22	15	25	1.94
2426752--2426800	20	2.4	21	89	3	73	26	22	22	28	1.99
2429525--2429567	22	2.0	22	86	9	61	44	4	2	48	1.36
2431768--2431812	21	2.1	21	95	0	81	13	33	22	31	1.92
2433669--2433695	12	2.2	12	100	0	54	55	7	0	37	1.28

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10