genome.fa.s1978.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01001978.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00004013_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2594977

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   

This is table  6  of  10  ( 1125 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1337763--1337829	30	2.2	30	86	0	89	14	19	26	38	1.91
1337763--1337829	10	6.7	10	73	11	57	14	19	26	38	1.91
1337874--1337911	17	2.2	17	100	0	76	18	47	23	10	1.79
1337901--1337938	7	5.6	7	87	6	60	15	28	28	26	1.96
1337858--1337918	22	2.6	23	82	12	79	16	42	24	16	1.88
1345122--1345201	10	8.2	9	74	15	61	15	28	27	28	1.96
1347081--1347121	14	3.0	14	89	7	66	48	19	2	29	1.61
1351801--1351972	70	2.4	70	89	0	263	58	12	4	23	1.53
1352628--1352673	22	2.1	22	91	0	74	32	4	0	63	1.14
1354487--1354511	12	2.1	12	100	0	50	56	0	16	28	1.41
1355715--1356022	109	2.8	109	85	3	334	26	25	3	45	1.69
1356219--1356244	13	2.0	13	100	0	52	30	7	7	53	1.57
1356651--1356686	3	12.0	3	100	0	72	33	0	0	66	0.92
1357285--1357328	23	2.0	22	86	4	61	65	9	20	4	1.38
1357929--1358006	6	12.5	6	79	12	70	79	0	19	1	0.80
1357927--1358002	8	9.6	8	76	11	59	80	0	18	1	0.79
1357928--1357988	17	3.7	16	82	4	68	80	0	18	1	0.80
1357928--1358002	30	2.4	29	84	10	87	80	0	18	1	0.79
1357930--1358002	16	4.7	15	78	11	76	79	0	19	1	0.81
1359032--1359243	108	2.0	109	83	4	268	30	31	12	26	1.92
1360413--1360723	137	2.3	137	79	5	335	28	28	17	26	1.97
1367981--1368086	3	34.7	3	88	3	158	35	0	0	63	1.01
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1368463--1368533	30	2.4	31	79	13	87	73	8	18	0	1.08
1369440--1369735	141	2.1	139	80	9	307	39	7	7	45	1.60
1376510--1376735	114	2.0	114	91	0	371	32	15	21	30	1.95
1377591--1377656	35	1.9	34	90	3	105	33	9	22	34	1.86
1377779--1377948	75	2.3	75	84	4	209	32	16	20	30	1.95
1379956--1380224	76	3.6	76	91	2	438	22	20	22	34	1.97
1380159--1380260	45	2.3	45	93	1	170	21	23	22	32	1.98
1380083--1380348	120	2.2	121	90	2	408	23	21	21	33	1.97
1380203--1380786	76	7.7	76	92	1	908	22	20	22	34	1.97
1380917--1381013	3	31.7	3	85	4	131	38	0	0	61	0.96
1381389--1381466	29	2.7	30	75	15	83	70	7	20	1	1.19
1385287--1385374	45	1.9	46	81	6	108	26	17	7	48	1.74
1385394--1385525	45	2.9	45	82	10	160	31	23	16	28	1.96
1385475--1385692	82	2.6	82	87	0	310	28	22	13	35	1.92
1388734--1388803	35	2.0	35	94	0	122	18	31	28	21	1.97
1388741--1388806	20	3.5	20	68	19	61	16	33	25	24	1.96
1389166--1389198	14	2.3	15	89	5	50	36	6	18	39	1.75
1400971--1401015	21	2.3	19	84	7	54	60	11	2	26	1.42
1408346--1408385	16	2.5	16	100	0	80	50	0	32	17	1.47
1412017--1412054	19	1.9	20	84	10	51	71	10	10	7	1.32
1412379--1412441	28	2.2	28	86	5	83	30	15	12	41	1.85
1412390--1412452	28	2.2	28	83	8	83	30	19	11	39	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1412632--1412671	21	1.9	21	94	0	71	25	10	45	20	1.81
1413733--1413757	9	2.8	9	100	0	50	20	36	0	44	1.52
1414262--1414396	61	2.3	59	87	6	186	58	17	12	11	1.63
1414860--1414899	21	1.9	21	89	0	62	52	5	5	37	1.45
1419933--1419974	21	2.0	21	95	0	75	26	14	42	16	1.86
1424382--1424412	16	1.9	16	93	0	53	74	3	0	22	0.96
1425709--1425738	15	2.0	15	93	0	51	23	66	3	6	1.30
1431177--1431208	13	2.5	13	100	0	64	40	21	25	12	1.88
1432185--1432227	19	2.1	21	87	8	63	18	11	2	67	1.32
1446881--1446940	21	2.9	21	80	2	68	28	30	25	16	1.97
1449643--1449681	20	2.0	19	95	5	69	20	41	25	12	1.88
1450061--1450094	14	2.4	14	95	0	59	14	17	23	44	1.86
1453126--1453424	83	3.6	83	85	2	409	26	19	20	34	1.96
1460396--1460437	3	14.3	3	95	5	77	69	0	0	30	0.89
1460526--1460599	14	5.2	14	73	12	62	77	6	1	14	1.05
1460534--1460599	28	2.4	26	82	10	78	77	7	1	13	1.05
1460522--1460599	9	8.4	9	74	13	52	76	6	1	15	1.04
1460537--1460589	22	2.6	19	88	8	70	75	9	0	15	1.04
1460501--1460614	51	2.3	49	81	14	128	75	7	2	14	1.13
1460809--1460871	14	4.9	13	81	14	69	77	0	3	19	0.90
1460792--1460863	23	3.2	22	80	7	74	77	0	5	16	0.94
1460800--1460864	32	2.1	30	86	11	87	78	0	4	16	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1462737--1462819	21	3.9	20	71	23	71	74	0	3	21	0.97
1462749--1462822	15	5.1	14	80	16	89	75	0	4	20	0.96
1462739--1462826	9	9.6	9	75	20	67	75	0	3	21	0.95
1462744--1462821	29	2.8	28	92	7	131	75	0	3	20	0.95
1463000--1463080	25	3.2	25	98	0	153	48	19	8	23	1.77
1465112--1465172	22	2.8	22	97	0	113	29	16	24	29	1.96
1465673--1465713	21	2.0	21	95	0	73	34	29	4	31	1.79
1465977--1466088	2	56.0	2	100	0	224	50	0	0	50	1.00
1467531--1467563	12	2.6	13	90	4	50	45	6	12	36	1.66
1467892--1467949	23	2.7	21	84	10	80	39	17	13	29	1.88
1480277--1480301	10	2.5	10	100	0	50	84	8	0	8	0.79
1480266--1480299	17	1.9	17	88	5	50	79	14	0	5	0.91
1481167--1481216	26	2.0	24	81	14	57	62	2	24	12	1.40
1483688--1483723	18	2.1	17	89	5	54	77	13	0	8	0.98
1484691--1484740	21	2.4	21	100	0	100	22	34	0	44	1.53
1487107--1487140	17	1.9	17	88	5	50	79	14	0	5	0.91
1488187--1488259	33	2.4	31	82	15	89	50	1	2	45	1.24
1488190--1488284	29	3.2	28	76	15	86	51	1	3	44	1.24
1488324--1488361	19	2.0	19	85	10	51	42	5	5	47	1.48
1488590--1488636	18	2.4	19	86	10	60	59	0	2	38	1.09
1490472--1490622	59	2.5	60	80	2	153	19	23	35	21	1.96
1493441--1493482	21	2.0	21	86	4	59	14	14	30	40	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1497794--1497962	86	2.0	86	86	2	241	27	17	27	28	1.97
1516666--1516704	20	2.0	20	84	0	51	20	17	20	41	1.91
1522133--1522181	25	1.9	26	83	4	64	36	10	14	38	1.80
1524370--1524446	31	2.4	32	78	8	86	27	24	25	22	2.00
1537180--1537218	19	2.0	21	85	10	55	30	20	12	35	1.90
1541408--1541553	32	4.6	32	69	3	107	32	16	17	33	1.92
1547473--1547503	16	1.9	16	100	0	62	32	25	12	29	1.93
1551707--1551751	17	2.8	17	93	6	76	17	22	22	37	1.94
1554788--1555131	31	11.0	30	77	9	321	30	16	20	32	1.95
1554784--1555131	63	5.5	63	91	0	545	30	16	20	32	1.95
1555091--1555152	30	2.0	31	81	3	72	19	17	25	37	1.94
1564805--1564840	13	2.8	13	95	0	63	19	11	13	55	1.68
1565757--1565809	2	26.5	2	100	0	106	50	0	0	49	1.00
1566523--1566660	58	2.4	58	81	4	145	31	19	6	42	1.77
1568076--1568148	35	2.1	35	100	0	146	60	6	5	27	1.45
1568088--1568145	19	3.2	19	63	22	52	60	3	5	31	1.35
1568816--1568870	9	6.2	9	72	19	53	32	1	0	65	1.03
1570396--1570434	21	1.9	21	84	5	53	35	2	5	56	1.35
1584203--1584271	28	2.5	28	88	9	113	26	18	15	39	1.91
1590029--1590415	191	2.0	192	89	7	597	21	19	4	54	1.61
1592390--1592476	18	4.8	18	85	0	102	29	29	20	19	1.97
1599381--1599454	18	4.1	18	85	0	94	29	29	18	21	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1610839--1610886	2	24.0	2	95	0	87	50	0	2	47	1.12
1611135--1611257	30	4.1	30	95	1	212	30	26	21	21	1.98
1611246--1611311	31	2.2	30	81	10	80	31	18	19	30	1.96
1612028--1612072	21	2.1	21	83	0	54	13	24	31	31	1.93
1615862--1615896	2	17.5	2	93	0	61	51	0	2	45	1.16
1616151--1616276	30	4.2	30	93	1	209	31	26	20	21	1.98
1616265--1616330	31	2.2	30	81	10	80	31	18	19	30	1.96
1617056--1617100	21	2.1	21	83	0	54	13	24	31	31	1.93
1619173--1619203	2	16.0	2	93	6	55	48	0	0	51	1.00
1628596--1628632	20	1.9	20	88	5	58	16	13	10	59	1.61

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10