genome.fa.s3744.2.7.7.80.10.50.1000.10.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01003744.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00008013_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2457414

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2138051--2138122	36	2.0	37	88	2	110	16	36	13	33	1.89
2141338--2141455	42	2.9	42	96	2	213	36	20	22	20	1.95
2149872--2149967	33	2.9	33	93	0	156	26	38	17	17	1.92
2157396--2157421	3	8.7	3	100	0	52	34	0	0	65	0.93
2158177--2158249	25	2.9	25	84	6	103	27	4	21	46	1.69
2160178--2160685	117	4.3	117	84	3	604	26	15	23	33	1.95
2160634--2160706	34	2.1	34	94	0	128	23	16	20	39	1.92
2160517--2160825	151	2.0	151	89	0	474	26	16	22	33	1.95
2160642--2160719	34	2.3	34	88	0	111	26	12	23	37	1.91
2162321--2162362	9	4.4	9	83	16	50	0	11	2	85	0.68
2162304--2162362	29	2.1	29	87	6	86	0	11	5	83	0.81
2162304--2162353	14	3.6	14	84	15	68	0	12	6	82	0.85
2162321--2162365	23	2.0	23	91	8	74	0	13	4	82	0.82
2162315--2162362	15	3.3	14	75	18	53	0	12	2	85	0.69
2162316--2162396	36	2.2	34	78	10	72	1	16	6	76	1.05
2164738--2164774	19	1.9	19	100	0	74	32	16	27	24	1.96
2166410--2166495	23	3.7	23	85	0	127	16	26	26	30	1.97
2166829--2166885	23	2.5	23	94	0	96	29	0	17	52	1.45
2166829--2166885	11	4.9	12	73	14	57	29	0	17	52	1.45
2190725--2190751	4	6.8	4	100	0	54	48	0	51	0	1.00
2193143--2193929	390	2.0	382	82	9	948	37	12	13	36	1.83
2198101--2198165	30	2.2	31	86	5	89	24	61	1	12	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2198248--2198672	60	7.1	60	92	1	532	22	54	9	13	1.67
2198257--2198475	30	7.3	30	65	22	111	22	55	8	13	1.65
2198248--2198672	120	3.5	120	87	2	595	22	54	9	13	1.67
2198248--2198678	180	2.4	179	86	2	587	22	54	9	13	1.67
2198605--2198738	42	3.2	42	82	6	164	23	57	6	11	1.58
2198730--2198846	54	2.2	54	84	3	155	26	57	7	8	1.56
2198740--2198818	18	4.4	18	78	0	68	21	56	10	11	1.63
2198788--2198846	18	3.3	18	80	0	55	28	57	3	10	1.48
2198826--2198860	12	2.9	12	86	0	52	42	54	2	0	1.15
2203299--2203323	12	2.1	12	100	0	50	76	0	0	24	0.80
2204899--2204936	18	2.1	19	85	5	51	15	2	0	81	0.80
2205416--2205446	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
2209139--2209181	14	3.1	14	83	3	52	9	9	13	67	1.42
2211468--2211627	28	5.6	29	79	10	170	34	22	6	36	1.81
2211466--2211603	55	2.5	54	81	11	145	34	21	6	37	1.80
2211629--2211673	16	2.7	17	86	6	74	11	22	48	17	1.78
2218865--2219024	29	5.6	29	86	3	198	35	22	5	36	1.76
2219021--2219053	17	1.9	17	93	0	57	12	24	42	21	1.86
2219133--2219159	10	2.7	10	100	0	54	55	7	0	37	1.28
2220186--2220216	16	1.9	16	93	0	53	38	35	9	16	1.81
2220427--2220473	21	2.2	21	84	0	67	19	27	17	36	1.93
2220455--2220545	41	2.2	42	80	5	105	34	20	18	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2220469--2220545	20	3.8	21	82	5	95	36	20	19	23	1.95
2220834--2220859	9	2.9	9	100	0	52	30	0	0	69	0.89
2221082--2221153	20	3.5	20	92	5	110	54	18	16	11	1.71
2221213--2221292	20	4.1	19	79	6	97	13	22	16	47	1.81
2222033--2222072	21	1.9	22	90	10	66	12	10	40	37	1.77
2222100--2222142	21	2.0	21	95	0	77	32	27	16	23	1.96
2222179--2222219	21	2.0	21	100	0	82	14	29	41	14	1.86
2222254--2222296	21	2.0	21	90	0	68	13	27	37	20	1.91
2222386--2222444	29	2.0	31	90	6	95	42	16	3	37	1.66
2222604--2222650	22	2.1	22	92	0	76	36	2	8	53	1.44
2225044--2225113	34	2.1	32	89	5	104	21	31	15	31	1.95
2225328--2225367	21	1.9	22	90	10	66	12	10	40	37	1.77
2225395--2225437	21	2.0	21	95	0	77	27	27	20	23	1.99
2225474--2225515	21	2.0	21	100	0	84	14	28	42	14	1.84
2225550--2225579	15	2.0	15	100	0	60	13	26	33	26	1.93
2225565--2225606	21	2.0	21	90	0	66	14	28	35	21	1.92
2225697--2225756	29	2.0	31	90	6	97	41	18	6	33	1.76
2227267--2227627	94	4.0	94	86	9	502	22	12	18	47	1.81
2227438--2227608	83	2.1	83	95	0	306	22	12	18	46	1.83
2227761--2227798	20	1.9	20	88	0	58	50	26	13	10	1.73
2227804--2227882	19	4.4	19	70	15	69	10	17	22	49	1.77
2228361--2228427	21	3.2	21	66	6	55	23	35	20	19	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2229779--2229814	14	2.6	14	95	0	63	33	0	22	44	1.53
2229921--2229967	19	2.5	19	92	0	76	44	19	21	14	1.86
2229970--2230015	19	2.4	19	88	0	65	45	26	13	15	1.82
2230015--2230137	33	3.7	33	91	2	185	11	21	17	48	1.79
2230050--2230109	19	3.4	19	69	21	67	13	16	18	51	1.76
2230126--2230168	20	2.2	19	83	4	50	20	20	20	37	1.95
2230139--2230207	20	3.4	20	70	18	52	26	15	24	33	1.95
2232692--2232738	24	2.0	24	95	0	85	34	17	21	27	1.95
2232696--2232747	24	2.2	24	85	0	68	36	19	19	25	1.95
2233596--2233887	21	14.3	20	85	4	162	27	20	19	32	1.97
2233596--2233886	41	7.1	40	80	5	147	27	20	19	31	1.97
2233595--2233844	21	12.3	20	87	5	229	26	21	18	34	1.96
2246150--2247322	586	2.0	586	98	0	2265	11	19	27	41	1.86
2247507--2247550	3	14.3	3	81	13	54	70	0	2	27	0.99
2251620--2251715	33	2.8	34	78	13	97	45	5	6	42	1.51
2251773--2251837	3	21.3	3	87	9	96	29	1	0	69	0.98
2253158--2253220	29	2.1	31	85	5	85	46	0	4	49	1.23
2253108--2253400	37	7.9	38	75	13	222	45	5	4	44	1.45
2254006--2254859	165	5.2	165	93	0	1361	24	21	25	29	1.99
2256795--2256836	3	14.3	3	80	14	52	71	0	2	26	0.98
2256834--2256866	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
2256982--2257042	29	2.1	29	81	6	70	44	1	4	49	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2256865--2257182	36	8.8	36	74	12	217	46	6	4	42	1.50
2259999--2260033	13	2.8	12	87	12	52	37	0	2	60	1.12
2262877--2262918	20	2.0	21	90	4	68	40	9	14	35	1.78
2267517--2267558	20	2.0	21	90	4	68	40	9	14	35	1.78
2269313--2269357	19	2.3	19	80	3	54	55	0	0	44	0.99
2270233--2270271	2	20.0	2	94	5	71	48	0	0	51	1.00
2270544--2270672	30	4.3	30	96	1	224	29	25	23	21	1.99
2270544--2270762	30	7.2	30	84	6	147	31	23	21	23	1.98
2270544--2270697	60	2.6	60	88	2	220	30	25	22	20	1.98
2270658--2270785	31	4.1	31	82	6	150	34	21	17	26	1.96
2270655--2270783	63	2.1	61	87	7	188	33	20	19	27	1.96
2271968--2272012	21	2.1	21	83	0	54	13	24	31	31	1.93
2274789--2274856	2	35.0	2	91	5	113	51	0	1	47	1.09
2275135--2275259	28	4.3	29	91	5	184	31	24	23	21	1.98
2275135--2275259	58	2.2	57	88	7	182	31	24	23	21	1.98
2275135--2275286	28	5.2	30	88	5	152	32	24	22	21	1.98
2275248--2275370	31	4.0	31	75	7	115	34	18	18	28	1.95
2275248--2275366	63	1.9	63	84	5	161	32	19	19	28	1.96
2276060--2276101	22	2.0	22	85	4	59	33	26	0	40	1.56
2276548--2276592	21	2.1	21	83	0	54	13	24	31	31	1.93
2278121--2278147	14	1.9	14	100	0	54	37	11	14	37	1.82
2278100--2278280	41	4.6	38	78	16	167	41	4	11	42	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2278109--2278320	81	2.6	79	86	7	277	41	5	10	42	1.61
2278355--2278379	13	1.9	13	100	0	50	24	0	4	72	1.02
2281060--2281152	37	2.5	37	83	0	105	41	5	13	38	1.68
2281623--2281778	15	10.5	15	64	27	50	35	3	1	59	1.24
2281629--2281729	25	4.2	24	67	22	68	31	1	1	64	1.16
2282009--2282061	19	2.7	19	83	11	63	18	5	0	75	0.99
2285395--2285464	7	9.7	7	73	16	54	78	5	14	1	1.00
2285401--2285452	16	3.3	16	79	12	63	78	5	15	0	0.92
2285381--2285452	31	2.3	31	86	6	101	75	6	18	0	1.02
2285395--2285438	8	5.6	8	86	7	56	79	2	18	0	0.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11