genome.fa.s3744.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01003744.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00008013_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2457414

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
683774--683894	48	2.5	49	91	2	199	33	22	13	30	1.92
691749--691809	23	2.7	23	89	0	95	29	27	26	16	1.97
696647--696686	13	3.0	13	81	3	53	62	0	25	12	1.30
704389--704431	20	2.2	20	86	0	59	34	20	13	30	1.92
708490--708550	23	2.7	23	89	0	104	27	26	27	18	1.98
709302--709390	44	2.0	44	97	0	169	29	19	2	49	1.60
710181--710221	21	2.0	21	95	0	73	39	19	14	26	1.90
713992--714045	28	1.9	28	81	7	65	48	1	0	50	1.11
715899--715942	20	2.3	19	81	11	54	22	25	6	45	1.77
722807--722887	42	1.9	43	84	2	110	20	18	8	51	1.72
724427--724480	25	2.2	25	100	0	108	33	29	7	29	1.85
725139--725194	26	2.2	26	81	12	62	73	1	5	19	1.12
725154--725194	19	2.2	19	86	8	57	73	0	2	24	0.96
726795--727052	110	2.4	108	88	2	376	23	18	24	33	1.97
731038--731079	7	5.9	7	84	15	59	71	0	0	28	0.86
731041--731078	16	2.3	17	95	4	69	73	0	0	26	0.83
731649--731711	10	6.3	10	71	14	58	76	1	0	22	0.88
731652--731709	19	3.3	19	81	16	63	74	1	0	24	0.92
733692--733739	9	5.6	8	92	7	69	87	0	0	12	0.54
733692--733739	8	5.4	9	85	14	73	87	0	0	12	0.54
733692--733739	18	2.8	17	93	6	87	87	0	0	12	0.54
733757--733798	7	6.1	7	97	2	77	28	40	0	30	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
734497--734534	19	2.0	19	94	0	67	31	13	5	50	1.63
736617--736657	18	2.3	18	91	4	66	29	4	2	63	1.28
738170--738222	26	2.0	26	96	0	97	50	5	15	28	1.66
742723--742771	24	2.0	24	100	0	98	59	12	16	12	1.62
744342--744381	21	1.9	21	85	10	55	55	5	2	37	1.35
749227--749279	19	2.8	19	94	0	97	30	30	16	22	1.96
749264--749389	64	2.0	64	87	4	182	29	24	19	26	1.99
749247--749389	65	2.2	66	83	6	186	30	23	19	26	1.98
749361--749409	19	2.6	19	84	9	57	24	28	20	26	1.99
750215--750253	17	2.3	17	95	0	69	12	30	23	33	1.92
755213--755284	21	3.3	21	76	11	65	25	25	23	26	2.00
755213--755292	23	3.6	23	72	14	78	27	25	22	25	2.00
757217--757242	13	2.0	13	100	0	52	0	30	0	69	0.89
758502--758562	23	2.7	23	86	0	86	19	26	26	27	1.99
762904--762969	23	2.9	23	86	0	87	27	24	27	21	1.99
763849--763903	23	2.4	23	93	0	92	36	20	7	36	1.80
768314--768378	23	2.8	23	85	0	94	26	24	27	21	1.99
768407--768614	105	2.0	105	84	1	274	36	20	16	26	1.94
769256--769310	23	2.4	23	93	0	92	36	20	7	36	1.80
769458--769490	17	2.1	17	88	11	52	30	15	3	51	1.58
773718--773782	23	2.8	23	78	0	76	26	24	26	23	2.00
773811--774018	105	2.0	105	85	1	283	36	20	16	26	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
774660--774714	23	2.4	23	93	0	92	36	20	7	36	1.80
779378--779438	23	2.7	23	92	0	104	18	27	27	26	1.98
780276--780333	28	2.0	28	83	9	73	18	3	22	55	1.58
805622--805767	65	2.2	66	93	1	258	42	15	12	29	1.84
807425--807466	20	2.0	20	86	4	57	30	0	4	64	1.14
807758--807806	18	2.8	18	84	3	64	8	14	10	67	1.42
808390--808466	32	2.5	31	91	4	120	16	3	22	57	1.56
809385--809664	83	3.4	81	80	5	321	30	17	16	35	1.92
815761--815838	37	2.1	37	83	7	95	47	1	3	47	1.28
821320--821348	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
821511--821536	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
827560--827785	112	2.0	112	99	0	443	27	24	26	22	2.00
828679--828797	30	4.0	30	100	0	238	33	22	20	23	1.97
828793--828893	31	3.2	31	79	8	123	33	17	18	29	1.95
828796--828892	32	3.1	31	80	12	117	35	17	17	29	1.93
829783--829817	18	1.9	18	88	11	54	22	17	5	54	1.64
830399--830443	21	2.1	21	87	0	63	15	24	28	31	1.96
832410--832461	17	3.2	17	75	10	54	32	3	13	50	1.60
835468--835837	183	2.0	185	91	4	597	40	3	9	45	1.54
836051--836143	29	3.2	29	83	3	105	40	4	9	45	1.57
836228--836301	31	2.4	30	75	6	76	40	10	10	37	1.75
836621--836774	60	2.6	60	82	4	177	42	5	23	28	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
844530--844562	17	1.9	17	88	11	50	63	6	18	12	1.48
846009--846055	23	2.1	23	84	4	60	53	4	19	23	1.63
866554--866589	17	2.1	17	100	0	72	47	11	0	41	1.39
868770--868800	6	5.2	6	100	0	62	0	16	48	35	1.46
868893--869195	145	2.1	145	94	0	534	37	21	19	21	1.95
868890--869214	21	15.7	21	75	11	215	36	21	20	21	1.95
875056--876094	4	261.8	4	98	1	2022	50	24	0	25	1.50
876503--876573	2	35.5	2	97	0	133	49	0	1	49	1.09
883413--883618	104	2.0	103	96	1	360	42	17	15	24	1.88
885256--888261	722	4.2	715	80	7	3032	41	13	12	32	1.82
887895--889391	376	4.0	376	95	0	2575	39	14	14	32	1.86
889056--892891	735	5.5	683	80	9	3351	40	15	12	32	1.84
898505--898533	11	2.6	11	100	0	58	75	0	13	10	1.04
900868--900915	16	3.0	16	96	0	87	33	22	25	18	1.97
904610--904700	31	2.9	31	96	0	164	24	9	24	41	1.85
905700--905775	33	2.3	32	88	2	107	36	2	14	46	1.59
913165--913269	51	2.1	51	98	0	201	27	15	20	37	1.92
917481--917520	21	1.9	22	90	10	66	12	10	40	37	1.77
917623--917713	20	4.8	20	76	15	84	26	18	27	27	1.98
917623--917692	36	1.9	36	88	0	104	27	18	27	27	1.98
917740--917793	16	2.9	19	73	24	53	25	12	29	31	1.93
921006--921059	21	2.5	20	80	11	63	27	22	22	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
921020--921067	21	2.3	21	85	7	62	29	25	16	29	1.97
921101--921149	16	2.7	18	77	22	50	28	16	28	26	1.97
922921--922979	20	3.0	20	85	7	77	54	0	6	38	1.27
924273--924297	13	1.9	13	100	0	50	36	0	0	64	0.94
924265--924317	19	2.8	18	78	15	63	32	0	0	67	0.91
924284--924352	31	2.2	33	79	12	81	36	1	0	62	1.04
937608--937949	83	4.1	83	84	1	445	32	17	19	30	1.95
938801--938864	27	2.4	26	84	10	76	59	18	4	17	1.54
939161--939202	18	2.3	18	87	0	57	9	45	7	38	1.64
941389--941454	19	3.7	18	74	9	55	69	3	0	27	1.03
954086--954219	59	2.3	59	83	7	157	33	14	18	33	1.91
954434--954558	60	2.1	60	84	0	160	41	10	8	39	1.70
982412--982859	230	1.9	230	85	2	614	44	10	5	39	1.63
983223--983254	10	3.1	11	86	13	50	18	9	9	62	1.52
983241--983267	14	1.9	14	100	0	54	14	14	7	62	1.51
996698--996752	29	1.9	28	82	10	67	49	9	1	40	1.45
997174--997204	16	2.0	16	93	6	55	0	29	12	58	1.35
1002123--1002189	34	2.0	34	90	0	107	34	19	16	29	1.94
1002317--1002400	5	16.4	5	95	4	150	39	0	0	60	0.97
1002564--1002594	14	2.2	14	100	0	62	25	6	12	54	1.62
1003107--1003289	60	3.1	59	81	6	165	31	19	5	43	1.74
1003412--1003579	59	2.8	59	79	9	173	46	5	21	26	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1010281--1010339	30	2.1	29	81	9	68	47	11	15	25	1.79
1010721--1010778	19	3.4	16	76	23	57	32	3	3	60	1.30
1011612--1011709	31	3.3	31	68	18	98	42	1	7	48	1.37
1011602--1011716	59	1.9	59	98	0	221	40	1	6	51	1.39
1012985--1013011	13	2.1	13	100	0	54	44	0	29	25	1.54
1013196--1013230	14	2.5	14	100	0	70	11	37	17	34	1.85
1013574--1013634	31	2.0	31	86	0	86	24	22	16	36	1.94
1015903--1015971	31	2.2	31	86	2	93	27	24	13	34	1.92
1017284--1017354	24	2.9	24	75	12	74	45	0	1	53	1.09
1017276--1017345	24	3.0	24	79	6	81	47	0	1	51	1.09

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11