genome.fa.s3744.2.7.7.80.10.50.1000.9.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01003744.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00008013_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2457414

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1963117--1963578	112	4.1	112	91	1	730	26	14	13	46	1.81
1963117--1963578	223	2.1	224	90	1	730	26	14	13	46	1.81
1965416--1965501	23	3.9	22	71	20	81	32	22	11	33	1.90
1975784--1975824	20	2.0	20	85	4	55	43	0	2	53	1.13
1976807--1976853	14	3.4	14	82	5	60	29	4	0	65	1.11
1976807--1976864	18	3.1	18	76	14	55	29	5	1	63	1.25
1977379--1977454	38	2.1	38	85	9	104	55	9	5	30	1.54
1977879--1977921	18	2.5	17	85	7	61	67	2	4	25	1.22
1978312--1978413	34	2.9	36	88	11	165	27	14	14	43	1.85
1978961--1980138	105	11.3	105	91	3	1767	21	17	26	33	1.96
1978961--1980138	205	5.6	206	91	3	1758	21	17	26	33	1.96
1978961--1980138	310	3.8	312	91	4	1831	21	17	26	33	1.96
1980729--1981196	65	6.9	67	73	13	242	38	11	19	30	1.87
1980874--1981136	36	7.4	36	77	10	247	40	12	19	27	1.88
1980823--1981202	138	2.8	137	84	1	483	39	12	18	28	1.87
1980910--1981094	102	1.8	102	89	2	291	40	13	17	28	1.87
1982078--1982121	22	2.0	22	91	8	72	27	11	22	38	1.88
1982729--1982767	19	2.0	20	90	5	62	0	15	5	79	0.90
1982722--1982774	27	2.0	27	81	7	63	0	18	3	77	0.92
1983953--1983991	8	5.0	8	84	6	53	58	12	17	10	1.61
1983953--1983991	15	2.5	15	87	4	51	58	12	17	10	1.61
1986470--1986550	27	3.0	26	76	7	81	72	2	12	12	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1986508--1986550	9	4.8	9	82	0	50	81	0	4	13	0.84
1986598--1986673	38	2.1	38	85	9	104	55	9	5	30	1.54
1986834--1986873	19	2.0	19	85	9	53	57	0	2	40	1.12
1986908--1986942	17	2.1	17	88	0	52	51	0	5	42	1.25
1987108--1987150	18	2.5	17	85	7	61	67	2	4	25	1.22
1987542--1987643	34	2.9	36	88	11	165	27	14	14	43	1.85
1990014--1990067	28	1.9	28	88	7	83	27	0	24	48	1.52
1990218--1990341	62	2.0	63	95	1	223	32	16	11	39	1.85
1990439--1990500	29	2.1	29	82	5	72	43	9	4	41	1.59
1993515--1993556	7	6.1	7	97	2	77	0	26	0	73	0.83
1995163--1995250	31	2.8	30	81	10	97	57	10	14	17	1.64
2008751--2008778	14	2.0	14	100	0	56	50	7	0	42	1.30
2009348--2009416	15	4.3	16	78	10	70	17	27	33	21	1.96
2009360--2009416	15	3.7	15	81	9	78	15	28	35	21	1.94
2009348--2009416	32	2.2	32	94	0	120	17	27	33	21	1.96
2011200--2011239	21	1.9	21	94	0	71	30	15	7	47	1.72
2011234--2011332	33	3.0	33	92	1	155	32	7	14	46	1.71
2011243--2011297	17	3.3	17	70	14	60	30	3	16	49	1.63
2011318--2011372	13	4.2	13	75	13	58	34	3	12	49	1.59
2011568--2011624	21	2.7	21	91	0	96	19	26	26	28	1.99
2011769--2011824	15	3.6	15	79	9	67	32	12	12	42	1.80
2011788--2011821	18	1.9	18	94	5	61	38	11	11	38	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2012131--2012171	15	2.7	15	100	0	82	17	29	36	17	1.92
2014417--2014468	25	2.2	25	86	6	72	42	3	0	53	1.19
2014429--2014515	25	3.6	23	75	21	81	37	3	1	57	1.23
2014442--2014502	22	2.6	24	84	7	81	39	4	1	54	1.32
2019165--2019207	21	2.0	21	100	0	86	41	27	4	25	1.75
2019548--2019593	23	2.0	23	87	4	67	52	0	2	45	1.13
2024559--2024601	16	2.7	16	96	0	77	11	34	6	46	1.67
2024557--2024601	8	5.4	9	75	20	53	11	35	6	46	1.66
2028506--2028560	28	2.0	27	82	7	65	60	16	1	21	1.45
2039892--2039959	30	2.3	30	97	0	127	36	2	33	26	1.72
2046152--2046185	3	11.3	3	100	0	68	67	0	0	32	0.91
2046307--2046379	20	3.7	20	79	3	85	35	23	10	30	1.89
2048518--2048588	21	3.4	21	80	0	88	19	18	36	25	1.94
2048518--2048598	42	1.9	42	94	0	144	20	18	37	23	1.94
2048887--2049005	62	1.9	63	81	5	143	31	32	12	23	1.92
2050718--2050760	20	2.2	20	91	4	70	44	25	18	11	1.84
2051331--2051373	20	2.2	20	95	0	77	18	11	25	44	1.84
2051825--2051864	14	3.1	14	79	13	50	42	0	0	57	0.98
2053288--2053363	36	2.1	36	85	7	100	47	1	3	47	1.29
2053509--2053546	20	1.9	20	88	0	58	26	26	5	42	1.76
2057155--2057219	29	2.2	29	86	0	94	26	6	16	50	1.68
2057452--2057481	15	2.0	15	93	0	51	56	0	0	43	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2057770--2057813	21	2.1	21	83	4	54	43	0	2	54	1.12
2058108--2058139	15	2.1	15	100	0	64	40	21	12	25	1.88
2060767--2060849	35	2.4	34	81	18	100	26	8	9	55	1.61
2067767--2067874	52	2.1	52	84	1	137	37	15	12	34	1.85
2083360--2083420	29	2.1	30	81	9	72	40	0	1	57	1.08
2084139--2084189	17	3.1	17	75	11	52	43	9	9	37	1.71
2084362--2084414	21	2.5	21	93	0	88	28	28	22	20	1.99
2084604--2084658	13	4.2	13	75	13	58	49	12	3	34	1.59
2084644--2084742	33	3.0	33	91	1	155	45	14	7	33	1.71
2084737--2084776	21	1.9	21	94	0	71	47	7	15	30	1.72
2084739--2084784	21	2.2	21	84	7	58	54	4	10	30	1.55
2093474--2093791	156	2.0	156	89	2	496	33	20	21	24	1.97
2095855--2096213	184	2.0	182	98	1	700	35	15	15	34	1.88
2099900--2099958	23	2.5	22	73	26	59	52	0	0	47	1.00
2101593--2101631	9	4.5	8	84	15	51	82	0	0	17	0.68
2101593--2101631	17	2.2	18	90	4	62	82	0	0	17	0.68
2101613--2101687	31	2.4	31	97	0	141	61	13	5	20	1.51
2104363--2104396	17	2.0	17	94	0	59	44	5	14	35	1.70
2104505--2104538	17	2.0	17	100	0	68	41	5	17	35	1.74
2104357--2104645	144	2.0	143	95	1	508	49	3	11	35	1.56
2108628--2109234	128	4.7	128	91	2	968	22	24	20	33	1.97
2109630--2109736	34	3.1	34	89	0	160	36	3	4	55	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2110257--2110372	21	5.5	21	80	8	137	23	26	32	17	1.96
2110274--2110365	42	2.2	42	94	0	157	25	25	31	18	1.98
2110375--2110422	21	2.3	21	88	0	69	20	12	41	25	1.87
2112148--2112226	33	2.4	32	81	12	90	59	1	0	39	1.06
2113116--2113306	20	9.6	20	74	13	108	33	23	15	27	1.95
2114053--2114086	12	2.8	12	90	0	50	55	29	0	14	1.40
2114212--2114258	24	2.0	24	95	0	85	21	21	21	36	1.96
2114440--2114467	3	9.3	3	100	0	56	64	0	35	0	0.94
2116530--2116565	18	2.0	18	94	0	63	55	25	2	16	1.55
2116877--2116939	20	3.1	21	82	8	78	23	19	22	34	1.96
2117029--2117078	25	2.0	25	96	0	91	26	8	22	44	1.80
2117465--2117501	18	2.1	18	89	0	56	32	5	10	51	1.60
2117457--2117509	24	2.2	24	86	0	70	35	3	13	47	1.61
2117770--2117856	39	2.2	39	93	4	149	47	18	16	18	1.83
2118114--2118158	20	2.2	21	88	4	65	17	20	17	44	1.87
2118209--2118349	61	2.2	63	82	8	162	51	14	1	32	1.51
2119722--2119817	21	4.6	21	73	8	70	21	17	34	26	1.96
2119722--2119821	42	2.4	42	81	6	121	22	17	35	26	1.95
2119769--2119824	21	2.7	21	75	10	69	25	14	33	26	1.94
2122270--2122328	22	2.7	22	74	7	57	25	13	35	25	1.93
2122488--2122542	21	2.6	21	88	0	83	38	10	23	27	1.88
2122488--2122551	21	3.0	21	83	0	74	39	12	23	25	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2122559--2122614	20	2.8	20	76	12	71	26	14	28	30	1.95
2123612--2123662	25	2.0	25	100	0	102	37	27	11	23	1.90
2126230--2126285	17	3.4	17	97	2	105	51	5	0	42	1.24
2127917--2127954	20	1.9	20	88	0	58	34	23	13	28	1.92
2127979--2128054	20	3.8	20	89	5	100	30	26	10	32	1.90
2127917--2128089	82	2.1	82	80	4	188	31	22	11	34	1.90
2127937--2128118	82	2.2	82	81	4	197	32	22	11	32	1.90
2128136--2128190	23	2.5	22	85	8	78	36	12	25	25	1.91
2129033--2129060	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
2129866--2130252	183	2.1	182	89	5	586	44	2	6	45	1.44

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11