genome.fa.s3805.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01003805.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00008145_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2300233

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   

This is table  1  of  11  ( 1239 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5310--5385	9	8.1	9	77	8	71	17	27	27	27	1.97
5312--5383	19	3.8	18	79	18	67	18	25	27	29	1.98
5387--5424	17	2.2	17	95	0	67	21	44	23	10	1.83
5371--5430	22	2.5	24	79	20	72	18	40	25	16	1.91
14826--15035	65	3.2	64	75	12	164	27	18	23	30	1.97
17065--17093	13	2.3	13	94	5	51	68	0	17	13	1.20
21893--21966	30	2.5	28	78	8	76	75	2	9	12	1.14
22731--22842	37	3.0	37	94	0	188	33	13	12	41	1.82
23710--23841	33	4.0	33	93	0	237	38	18	13	29	1.89
25202--25239	14	2.7	15	84	8	53	57	0	5	36	1.21
25956--25989	18	1.9	17	88	5	50	50	8	0	41	1.34
29988--30041	20	2.7	20	79	2	63	46	27	0	25	1.53
30082--30135	21	2.6	21	77	11	56	50	16	1	31	1.56
30078--30143	28	2.4	28	84	0	78	50	19	1	28	1.57
30255--30361	15	7.1	15	71	17	69	51	27	0	21	1.48
30297--30604	131	2.4	132	83	3	383	52	25	2	20	1.59
30557--30624	7	9.6	7	79	9	75	50	33	0	16	1.45
30557--30627	29	2.5	30	80	13	87	49	35	0	15	1.45
30817--30844	14	2.0	14	100	0	56	42	35	0	21	1.53
30819--30857	14	2.7	14	88	4	51	53	28	0	17	1.44
30848--30905	22	2.6	22	72	5	55	46	20	3	29	1.67
30941--31017	35	2.2	33	82	8	100	48	25	0	25	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31020--31103	29	2.9	29	69	3	71	48	25	1	25	1.58
33651--33681	10	2.9	11	90	9	55	22	0	38	38	1.54
36756--36866	31	3.5	32	71	12	104	30	18	19	31	1.96
37607--37652	22	2.0	22	87	4	65	21	23	32	21	1.98
48711--48779	33	2.1	33	97	0	129	31	13	17	37	1.88
71003--71073	23	3.1	23	85	4	63	39	22	19	18	1.92
82556--82628	37	2.0	37	100	0	146	68	8	0	23	1.16
84124--84160	5	7.8	5	87	6	51	56	18	0	24	1.41
86454--86507	21	2.6	21	82	2	65	35	29	9	25	1.87
86480--86623	57	2.5	57	93	1	234	34	22	14	27	1.94
87128--87184	20	2.8	20	87	10	89	24	17	14	43	1.86
91934--92203	46	6.0	46	81	10	319	22	21	15	41	1.90
92107--92183	38	2.0	38	97	0	145	22	24	15	37	1.93
111526--111871	136	2.6	135	86	1	480	31	18	20	29	1.96
111776--111969	98	2.0	98	92	0	325	30	18	18	32	1.95
111874--112142	135	2.0	136	88	5	402	31	17	20	30	1.96
121741--121814	20	3.7	20	80	7	87	31	22	25	20	1.98
121887--121943	21	2.7	21	84	7	71	21	22	33	22	1.97
122023--122082	30	2.0	30	90	6	95	43	15	6	35	1.72
125428--125504	21	3.7	21	94	0	136	23	19	36	20	1.95
125584--125641	30	2.0	29	90	10	91	44	17	5	32	1.70
125584--125643	29	2.0	30	93	6	104	43	16	6	33	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
130450--130568	57	2.1	57	93	0	202	26	14	24	35	1.93
151194--151629	55	8.2	55	82	7	508	30	21	19	28	1.97
151386--151575	97	1.9	98	89	3	294	31	20	18	28	1.97
151332--151629	152	2.0	152	86	5	415	30	20	19	29	1.97
151954--151997	21	2.1	21	91	0	70	25	25	22	27	2.00
152403--152624	45	4.9	45	95	0	381	30	22	7	40	1.81
152699--152778	40	2.0	40	85	0	106	22	26	23	27	2.00
153674--153743	24	2.9	24	89	4	106	32	8	7	51	1.60
158986--159141	65	2.4	65	86	3	199	30	20	18	30	1.96
160971--161010	21	1.9	21	89	0	62	55	7	5	32	1.50
166836--166880	16	2.9	15	77	9	54	22	0	31	46	1.52
167623--167674	19	2.7	19	96	0	95	30	28	21	19	1.97
167559--167717	84	1.9	83	88	3	239	29	21	20	28	1.98
170626--170673	2	24.0	2	100	0	96	50	0	0	50	1.00
174193--174370	95	1.9	96	85	3	252	32	15	23	28	1.95
174202--174393	95	2.0	96	82	5	237	33	15	23	28	1.95
174217--174419	95	2.1	94	80	7	223	32	14	23	29	1.94
174752--175181	55	7.8	55	91	1	639	30	22	18	28	1.97
175760--175788	14	2.1	14	100	0	58	27	10	20	41	1.85
176837--176871	5	7.0	5	93	0	52	54	0	2	42	1.15
180798--180844	19	2.5	19	96	0	85	27	6	27	38	1.81
181606--181671	19	3.2	21	71	25	61	31	0	0	68	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
184439--184527	9	10.6	9	68	22	59	74	2	2	21	1.04
184438--184527	16	5.4	17	69	14	62	74	2	2	21	1.03
184483--184526	12	3.6	12	82	17	63	79	4	0	15	0.89
184478--184529	25	2.1	25	100	0	104	80	3	0	15	0.85
186595--186757	64	2.5	65	81	6	188	34	18	22	24	1.96
189915--189946	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
190433--190471	11	3.6	11	79	6	53	48	10	15	25	1.76
190427--190483	21	2.7	21	97	0	105	47	8	10	33	1.69
193648--193699	18	2.9	18	100	0	104	17	23	32	26	1.96
196537--196614	21	3.7	21	89	0	129	50	6	12	30	1.66
199778--199835	18	3.0	20	85	10	75	17	25	31	25	1.97
201637--201680	22	2.1	21	91	8	72	15	13	15	54	1.71
210352--210405	2	27.0	2	100	0	108	50	0	0	50	1.00
210565--210589	13	1.9	13	100	0	50	32	16	24	28	1.96
213245--213298	15	3.6	15	79	13	58	33	5	20	40	1.76
213382--213462	23	3.5	23	98	0	153	17	18	27	37	1.93
213374--213475	46	2.2	46	89	0	159	16	20	25	37	1.93
217284--217350	2	33.5	2	96	0	125	50	0	0	49	1.00
224919--224968	19	2.7	18	75	25	50	50	6	14	30	1.66
225660--225718	23	2.6	23	88	0	91	28	28	23	18	1.98
232467--232517	23	2.2	23	93	6	86	33	19	25	21	1.97
232837--232870	17	1.9	18	88	5	52	38	14	5	41	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
235148--235313	25	6.7	24	84	7	199	42	0	20	36	1.52
235148--235313	50	3.4	50	85	5	223	42	0	20	36	1.52
235162--235313	75	2.0	75	88	5	227	42	0	21	36	1.53
239375--239409	18	1.9	18	100	0	70	45	5	14	34	1.68
243888--243934	6	7.5	6	77	17	51	51	14	17	17	1.77
245426--245450	13	1.9	13	100	0	50	68	0	0	32	0.90
247263--247304	3	14.3	3	95	5	77	64	0	0	35	0.94
253667--255133	739	2.0	739	91	1	2361	38	16	16	29	1.90
257068--257124	25	2.2	25	81	9	62	29	8	10	50	1.67
269168--269198	15	2.1	15	100	0	62	41	19	25	12	1.87
272493--272605	35	3.2	35	78	5	129	47	17	15	18	1.82
272778--272837	29	2.2	28	82	14	72	36	0	1	61	1.06
272791--272840	13	3.6	14	76	15	50	36	0	2	62	1.07
284063--284131	33	2.1	33	97	0	129	36	27	10	26	1.88
290961--291000	17	2.4	17	95	0	71	15	20	42	22	1.88
291276--291351	2	38.0	2	100	0	152	50	0	0	50	1.00
292583--292608	6	4.3	6	100	0	52	34	0	15	50	1.45
293324--293364	2	20.5	2	100	0	82	48	0	0	51	1.00
294010--294054	20	2.1	21	84	8	56	8	26	2	62	1.37
294069--294136	15	4.5	15	81	0	73	30	4	17	47	1.68
298803--298848	20	2.2	20	85	11	58	4	52	26	17	1.63
311415--311454	16	2.3	18	76	24	50	67	0	0	32	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
313237--313306	26	2.8	25	87	6	99	41	0	22	35	1.54
315084--315131	17	2.8	18	75	9	55	50	12	10	27	1.73
315095--315174	42	1.9	42	82	2	99	48	12	8	30	1.71
315111--315156	24	1.9	24	90	0	74	50	10	8	30	1.68
315133--315176	18	2.5	17	78	7	61	45	11	9	34	1.72
317927--318007	30	2.8	28	73	14	74	32	16	4	46	1.68
322342--322371	14	2.1	14	93	0	51	76	10	0	13	1.01
326208--326245	12	3.2	12	82	17	53	50	2	0	47	1.15
328186--328232	21	2.2	21	80	0	58	17	27	19	36	1.93
328186--328460	20	13.5	21	86	4	271	26	22	18	32	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11