genome.fa.s3805.2.7.7.80.10.50.1000.8.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01003805.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00008145_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2300233

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1673884--1674119	47	5.1	45	88	5	339	38	6	22	32	1.79
1674896--1674950	24	2.3	24	77	0	56	41	18	14	25	1.88
1674976--1675036	23	2.6	24	84	7	81	36	21	26	16	1.94
1685618--1685827	96	2.2	98	89	3	318	37	12	7	42	1.71
1687144--1687217	37	2.0	37	100	0	148	29	21	10	37	1.88
1689909--1690065	60	2.6	59	84	5	201	33	15	5	44	1.71
1690201--1690387	60	3.1	58	77	12	191	35	5	22	36	1.77
1696921--1696963	22	2.0	22	85	0	59	39	20	20	18	1.93
1704779--1704839	31	2.0	31	100	0	122	44	13	9	32	1.76
1710446--1712671	743	3.0	745	90	3	3611	39	13	16	29	1.88
1715805--1715860	2	29.0	2	92	7	98	48	0	0	51	1.00
1719010--1719039	5	6.0	5	92	0	51	3	36	0	60	1.14
1720992--1721038	21	2.2	21	96	0	85	29	34	17	19	1.94
1721053--1721133	21	4.0	21	77	6	94	20	22	23	33	1.97
1721059--1721134	40	1.9	40	88	0	116	22	21	23	32	1.98
1722007--1722144	23	6.4	23	76	9	98	36	23	19	20	1.95
1722021--1722154	21	6.4	21	74	11	114	35	26	18	19	1.95
1722021--1722171	40	3.6	42	80	7	175	37	24	18	19	1.94
1724107--1724153	13	3.6	13	85	0	67	36	17	17	29	1.92
1724099--1724158	26	2.3	26	82	5	77	36	13	16	33	1.88
1724200--1724306	28	3.8	28	100	0	214	46	10	14	28	1.77
1726177--1726470	45	6.6	45	87	5	364	30	19	11	38	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1726176--1726470	133	2.2	133	85	4	387	30	18	11	38	1.87
1726194--1726470	88	3.1	89	90	2	403	30	19	11	38	1.87
1726865--1726935	22	3.5	21	81	9	85	30	22	15	30	1.95
1727974--1728045	20	3.6	20	85	7	94	30	31	12	25	1.92
1731910--1731955	20	2.3	20	96	0	83	17	13	26	43	1.85
1737395--1737672	138	2.0	138	100	0	556	35	11	19	33	1.88
1738955--1738992	21	1.9	19	85	15	51	60	5	0	34	1.19
1741372--1741424	21	2.5	21	78	6	63	22	24	18	33	1.97
1741414--1741465	21	2.5	21	87	3	70	38	17	23	21	1.93
1741454--1741544	21	4.4	20	76	10	76	30	26	18	24	1.98
1741496--1741553	21	2.8	20	82	5	71	24	25	20	29	1.99
1741776--1741875	20	5.0	20	98	0	191	36	25	24	15	1.94
1741896--1741967	33	2.2	33	87	7	103	12	22	26	38	1.89
1743516--1743606	42	2.2	42	90	2	148	20	15	40	23	1.90
1743945--1743997	20	2.7	20	87	0	70	33	28	13	24	1.93
1743951--1744057	20	5.4	20	86	1	108	35	25	22	16	1.95
1744030--1744088	19	3.4	19	75	22	74	49	16	18	15	1.80
1744046--1744104	14	3.9	14	74	20	55	50	20	16	11	1.76
1744030--1744109	33	2.4	33	91	0	133	48	20	18	12	1.80
1744118--1744168	19	2.7	19	90	0	84	15	15	19	49	1.80
1744185--1744237	20	2.7	20	81	0	70	16	20	22	39	1.92
1744749--1744796	18	2.7	18	90	0	78	16	12	43	27	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1746118--1746160	20	2.2	20	91	0	68	51	20	18	9	1.74
1746655--1746727	20	3.7	20	90	0	119	26	17	28	27	1.98
1751354--1751416	21	3.0	21	85	0	81	28	14	26	30	1.95
1757595--1757646	20	2.6	21	85	11	65	36	21	15	26	1.93
1758343--1758405	21	3.0	21	85	0	90	26	17	26	28	1.98
1760467--1760552	18	4.6	18	81	11	109	30	31	20	17	1.96
1761513--1761583	19	3.7	19	100	0	142	21	30	16	30	1.95
1764533--1764599	18	3.5	18	77	18	73	28	28	22	20	1.99
1767157--1767205	20	2.5	20	82	0	62	32	14	30	22	1.93
1767231--1767284	22	2.7	19	82	8	63	37	16	16	29	1.91
1767718--1768261	20	23.5	20	68	22	172	46	11	21	20	1.82
1767738--1768082	47	7.3	47	82	10	416	46	11	21	20	1.82
1767785--1768007	67	3.2	67	83	12	295	46	11	22	20	1.82
1767872--1768036	27	6.5	27	70	21	133	46	12	21	20	1.82
1767852--1768224	171	2.2	168	88	2	550	46	11	21	20	1.82
1768043--1768109	27	2.5	27	90	0	98	50	11	19	17	1.77
1767996--1768159	74	2.2	74	89	3	242	48	12	18	20	1.80
1768070--1768279	47	4.6	46	80	11	245	45	10	22	20	1.82
1768549--1768594	20	2.3	20	100	0	92	39	0	26	34	1.57
1768651--1768923	68	4.0	68	86	0	375	31	15	24	29	1.95
1768652--1768900	136	1.8	136	92	0	417	31	16	24	28	1.96
1770559--1770597	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1772716--1772771	20	2.8	19	84	7	76	30	16	30	23	1.96
1772794--1772846	22	2.6	21	85	8	65	33	16	16	32	1.92
1773261--1774128	47	18.1	47	88	4	1245	45	11	21	20	1.83
1773907--1774175	67	3.9	67	73	20	239	44	12	22	19	1.84
1774548--1774794	68	3.6	67	83	4	307	31	14	24	29	1.95
1774549--1774794	136	1.8	136	88	0	375	31	14	24	29	1.95
1777177--1777215	19	2.1	19	95	0	69	46	17	0	35	1.49
1778887--1779033	60	2.5	59	84	3	179	39	4	23	31	1.76
1779311--1779381	31	2.3	31	97	0	133	46	2	5	45	1.41
1779710--1779765	15	3.6	15	79	9	67	42	12	12	32	1.80
1779713--1779763	17	3.1	17	77	11	61	43	11	9	35	1.75
1779910--1779966	21	2.7	21	97	0	105	24	26	28	21	1.99
1780162--1780216	13	4.2	13	75	13	58	49	12	3	34	1.59
1780202--1780300	33	3.0	33	94	1	164	45	15	7	32	1.73
1780295--1780334	21	1.9	21	94	0	71	47	7	15	30	1.72
1783830--1783866	10	3.7	10	92	0	65	29	0	0	70	0.88
1787824--1787903	30	2.6	31	80	11	85	31	2	2	63	1.20
1788211--1788243	13	2.4	14	90	5	50	21	6	0	72	1.05
1788219--1788264	18	2.6	17	75	24	51	17	10	0	71	1.13
1788213--1788263	15	3.5	15	82	10	54	17	9	0	72	1.11
1793558--1793684	36	3.6	34	70	9	110	25	18	14	41	1.88
1793567--1793730	72	2.3	72	96	0	301	28	16	14	41	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1793607--1793736	36	3.6	36	72	4	127	27	14	13	43	1.83
1793811--1793839	14	2.1	14	100	0	58	41	24	6	27	1.80
1793836--1793921	36	2.4	36	86	0	109	24	22	12	40	1.89
1793829--1794121	101	2.9	101	90	2	439	27	20	13	37	1.91
1793937--1794201	36	7.4	36	73	15	165	26	20	13	38	1.90
1794055--1794110	15	3.2	20	65	32	54	14	17	19	48	1.81
1794087--1794170	42	2.0	41	93	2	141	22	19	14	44	1.86
1794130--1794305	96	1.9	93	82	8	221	30	21	11	36	1.88
1794291--1794426	35	4.0	34	79	15	156	40	16	11	31	1.84
1794290--1794426	67	2.0	69	83	11	174	40	16	10	31	1.83
1796385--1796442	15	3.7	15	75	20	55	18	6	0	74	1.04
1798282--1798328	24	2.0	24	87	8	69	36	2	4	57	1.30
1808040--1808075	17	2.1	17	94	0	63	30	16	38	13	1.88
1808279--1808322	21	2.2	20	80	15	54	59	2	9	29	1.41
1809397--1809887	182	2.6	184	87	4	675	41	14	17	27	1.88
1810825--1811497	200	3.4	199	85	4	851	38	14	15	31	1.87
1817106--1817186	38	2.2	39	78	13	89	23	22	6	48	1.73
1826284--1826364	24	3.2	24	75	16	76	44	2	20	32	1.65
1834414--1834445	3	10.7	3	100	0	64	34	0	0	65	0.93
1835741--1835896	36	4.3	36	73	11	129	32	18	12	37	1.88
1835770--1835934	36	4.5	35	68	13	109	30	16	12	40	1.86
1835734--1836068	109	3.1	109	87	2	474	33	15	12	38	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1835745--1836074	111	3.0	111	87	2	461	33	15	12	39	1.84
1835994--1836351	74	4.8	73	79	9	341	32	18	10	38	1.85
1835997--1836287	36	7.9	36	68	9	122	32	19	10	37	1.86
1835965--1836322	148	2.4	146	84	5	443	33	18	10	37	1.84
1836196--1836791	179	3.3	179	90	2	910	34	14	11	39	1.82
1837067--1837244	93	1.9	93	83	4	234	30	21	17	29	1.96
1837754--1838034	104	2.7	103	86	3	384	34	15	11	38	1.84
1838290--1838467	93	1.9	93	85	4	243	29	24	18	27	1.98
1838640--1838827	38	5.0	38	71	8	134	34	17	9	39	1.81
1838648--1838845	36	5.3	36	70	11	130	33	17	9	39	1.81

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11