genome.fa.s3805.2.7.7.80.10.50.1000.10.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01003805.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00008145_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2300233

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2077962--2078622	100	6.6	98	78	7	578	38	11	15	35	1.83
2077991--2078622	202	3.2	194	80	6	665	38	11	15	34	1.83
2080229--2080273	2	22.0	2	88	4	63	44	0	4	51	1.21
2080230--2080273	19	2.4	19	88	3	63	43	0	4	52	1.22
2082270--2082621	54	6.5	54	90	0	488	33	15	15	35	1.89
2106006--2106434	54	7.9	54	90	2	623	32	19	16	31	1.94
2108085--2108128	18	2.4	18	92	0	79	38	15	20	25	1.92
2108789--2108837	19	2.5	19	83	9	55	34	12	28	24	1.91
2108862--2108913	19	2.5	22	84	9	74	36	17	15	30	1.91
2109256--2109671	54	7.7	53	87	3	508	32	18	17	31	1.94
2109257--2109671	162	2.6	162	87	2	593	32	18	17	31	1.94
2113920--2114005	5	18.2	5	74	21	71	17	1	2	79	0.91
2113911--2114005	26	3.6	27	82	13	87	17	2	2	77	0.96
2118581--2118635	20	2.8	20	100	0	110	30	20	25	23	1.98
2119235--2119363	23	5.6	23	90	0	150	23	25	23	27	2.00
2119233--2119363	69	1.9	69	83	0	172	23	25	22	28	2.00
2126043--2126103	23	2.7	23	89	0	86	22	24	24	27	2.00
2126054--2126111	23	2.5	23	88	0	71	22	22	22	32	1.98
2140522--2140639	21	5.7	21	70	6	71	34	26	17	21	1.95
2140645--2140799	20	7.7	20	86	4	222	32	26	19	21	1.97
2140627--2140800	40	4.3	39	82	6	197	34	26	18	20	1.96
2141179--2141249	33	2.2	33	92	0	115	11	22	16	49	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2141329--2141405	21	3.7	21	81	6	102	48	16	22	12	1.80
2141390--2141446	14	3.7	14	75	20	60	43	22	24	8	1.81
2141383--2141462	33	2.4	33	95	0	142	47	22	21	8	1.78
2141458--2141585	19	7.1	19	70	19	78	10	24	18	46	1.81
2141480--2141536	14	3.7	14	72	20	51	8	22	22	45	1.80
2141463--2141585	33	3.5	33	86	10	156	10	23	18	47	1.80
2141521--2141585	21	3.1	21	82	4	96	10	26	15	47	1.78
2143270--2143492	93	2.4	93	99	0	437	22	13	18	44	1.85
2143608--2143664	14	3.7	14	72	20	51	43	24	22	8	1.81
2143622--2143713	19	5.4	18	72	24	65	46	28	17	7	1.75
2143590--2143713	33	3.7	33	91	1	185	45	27	17	8	1.78
2143639--2143697	14	3.9	14	76	20	64	47	28	16	6	1.72
2143709--2143881	19	9.6	19	75	12	150	10	19	23	46	1.81
2143731--2143787	14	3.7	14	75	20	51	10	22	22	43	1.84
2143714--2143806	33	2.8	33	95	0	168	10	21	21	46	1.81
2143709--2143881	33	4.8	38	79	8	159	10	19	23	46	1.81
2145723--2145758	14	2.6	14	95	0	63	33	0	22	44	1.53
2145868--2145962	19	5.2	19	83	13	137	46	16	23	13	1.83
2145868--2145981	53	2.2	53	98	1	221	44	17	24	13	1.84
2145995--2146161	33	4.8	33	72	18	151	14	23	16	45	1.84
2145977--2146317	34	9.7	35	71	22	238	14	22	17	45	1.84
2145977--2146298	53	6.1	53	88	8	475	13	22	17	45	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2149521--2149749	20	11.4	20	85	1	235	19	17	25	37	1.94
2153879--2154042	7	23.3	7	93	3	267	59	0	39	0	1.02
2153883--2154037	11	14.5	11	73	21	89	60	0	39	0	1.02
2154917--2154965	24	2.0	25	84	11	66	24	6	2	67	1.24
2155251--2155805	174	3.1	181	89	3	804	42	13	14	29	1.84
2155802--2156090	53	5.5	53	94	1	501	14	22	16	46	1.84
2158586--2158632	24	2.0	24	87	8	69	38	21	14	25	1.92
2159325--2159553	20	11.4	20	85	1	235	19	17	25	37	1.94
2164064--2164250	7	27.3	7	85	12	255	59	0	40	0	1.02
2164068--2164204	3	40.3	3	79	20	130	58	0	41	0	0.98
2165126--2165174	24	2.0	25	84	11	66	24	6	2	67	1.24
2165462--2166107	174	3.6	182	86	4	907	42	13	14	29	1.84
2168350--2168395	15	3.1	15	90	0	74	23	8	54	13	1.66
2168601--2168625	12	2.1	12	100	0	50	24	0	60	16	1.36
2173376--2174163	200	4.0	198	86	6	1095	39	13	14	32	1.86
2173384--2174158	389	2.0	391	87	5	1120	39	13	14	31	1.85
2174054--2174092	20	2.0	20	89	0	60	43	2	17	35	1.63
2174055--2174098	20	2.2	20	83	0	52	47	2	15	34	1.58
2176522--2176573	24	2.2	24	89	6	79	28	5	13	51	1.64
2176533--2176585	24	2.2	24	86	0	70	33	3	13	49	1.60
2177980--2178798	200	4.1	200	91	1	1286	37	14	15	32	1.88
2181017--2181063	23	2.0	24	83	4	60	34	19	12	34	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2181162--2181212	23	2.2	23	85	0	66	33	21	7	37	1.82
2181172--2181221	23	2.2	23	88	0	73	34	18	10	38	1.84
2181017--2181395	158	2.4	158	94	1	652	33	14	12	39	1.84
2181333--2181379	23	2.0	23	87	0	67	34	19	10	36	1.86
2181651--2181690	13	2.8	13	82	17	53	35	7	0	57	1.27
2183047--2183124	3	25.7	3	73	12	52	34	3	1	60	1.23
2183052--2183099	25	2.0	24	87	4	69	33	6	2	58	1.35
2184590--2184629	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
2189973--2190024	25	2.1	25	85	7	70	34	19	1	44	1.62
2190026--2190063	18	2.1	18	95	0	67	34	13	0	52	1.40
2191826--2191894	3	23.7	3	85	11	99	31	0	0	68	0.90
2194184--2194219	15	2.5	14	91	8	63	27	2	0	69	1.02
2198830--2199546	54	13.3	54	92	0	1132	32	19	19	28	1.96
2199902--2200086	95	1.9	95	82	6	232	26	23	16	33	1.96
2204163--2204353	45	4.3	45	72	14	135	39	22	16	21	1.92
2204137--2204277	44	3.2	44	82	3	158	36	27	16	19	1.93
2204119--2204320	88	2.3	89	76	10	200	37	24	17	20	1.93
2205104--2205143	21	1.9	21	85	10	55	37	2	2	57	1.26
2207031--2207085	26	2.1	26	86	3	74	52	1	5	40	1.35
2211312--2211376	26	2.4	27	74	2	69	47	3	3	46	1.33
2213174--2213338	55	3.0	55	92	1	269	33	20	11	34	1.89
2215271--2215746	237	2.0	237	96	0	880	31	19	15	32	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2220185--2220459	55	5.0	55	88	3	401	33	19	10	36	1.87
2220780--2220850	22	3.5	21	87	9	94	26	21	15	36	1.93
2220780--2220850	19	3.5	19	83	12	88	26	21	15	36	1.93
2223991--2224582	283	2.1	282	84	2	749	32	14	6	46	1.69
2233110--2233142	14	2.3	15	94	5	59	36	18	0	45	1.49
2237770--2237940	91	1.9	91	85	0	234	31	16	26	25	1.96
2238302--2238994	54	12.8	54	90	0	956	31	21	19	27	1.97
2239656--2239696	21	2.0	21	100	0	82	34	29	21	14	1.93
2239983--2240015	14	2.3	15	94	5	59	36	18	0	45	1.49
2244561--2244599	21	1.9	20	84	5	51	33	2	2	61	1.23
2245218--2245258	21	2.0	21	95	0	73	51	0	7	41	1.30
2254400--2254432	17	2.0	17	88	5	50	39	6	0	54	1.25
2254802--2254846	19	2.4	19	81	7	56	40	28	28	2	1.69
2256245--2256474	36	6.4	36	84	6	243	15	25	15	44	1.85
2257711--2257780	34	2.1	34	91	0	113	24	11	4	60	1.49
2271238--2271264	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
2271721--2271767	20	2.4	20	83	13	62	51	0	27	21	1.48
2281640--2281687	23	2.1	23	88	0	69	35	12	18	33	1.89
2282098--2282170	23	3.3	21	73	19	58	38	20	5	35	1.76
2282112--2282175	23	2.8	23	95	0	110	35	23	4	35	1.76
2281754--2300233	430	43.4	430	95	2	33310	39	12	7	40	1.73
2282529--2282599	21	3.3	21	77	13	72	39	22	4	33	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2282534--2282604	23	3.2	22	84	8	90	39	22	4	33	1.74
2282973--2283035	23	2.7	23	92	0	99	38	20	4	36	1.74
2283403--2283465	23	2.7	23	92	0	99	38	20	4	36	1.74
2283834--2283896	23	2.7	23	92	0	99	38	20	4	36	1.74
2284265--2284327	23	2.7	23	92	0	99	38	20	4	36	1.74
2284693--2284755	23	2.7	23	92	0	99	38	20	4	36	1.74
2285125--2285187	23	2.7	23	92	0	99	38	20	4	36	1.74
2285555--2285617	23	2.7	23	92	0	99	38	20	4	36	1.74
2285985--2286047	23	2.7	23	92	0	99	38	20	4	36	1.74
2286415--2286477	23	2.7	23	92	0	99	38	20	4	36	1.74

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