genome.fa.s3805.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01003805.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00008145_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2300233

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
752609--752699	18	5.2	18	73	11	73	43	9	5	40	1.61
753264--753293	16	1.9	15	93	6	51	46	13	13	26	1.80
758903--758985	32	2.6	32	83	7	89	30	30	12	27	1.92
761517--761590	30	2.5	30	81	0	85	45	6	21	25	1.76
763534--763562	4	7.5	4	92	7	51	24	0	0	75	0.80
763523--763562	15	2.7	15	92	3	64	22	2	0	75	0.93
763998--764028	14	2.1	15	94	5	55	67	0	29	3	1.06
764998--765051	25	2.1	27	83	10	69	24	5	5	64	1.36
782021--782061	21	1.9	21	85	5	55	63	2	2	31	1.20
782047--782077	11	2.9	11	95	4	55	83	0	6	9	0.79
782468--782577	55	2.0	56	85	5	152	52	6	1	39	1.37
782471--782589	55	2.2	54	82	10	136	52	5	1	39	1.35
783533--783575	20	2.2	20	100	0	86	39	13	11	34	1.82
783652--783695	21	2.2	20	87	4	61	34	31	9	25	1.87
784465--784490	8	3.2	8	100	0	52	88	0	11	0	0.52
786574--786794	59	3.8	59	90	0	318	33	20	13	32	1.92
787151--787347	94	2.1	95	85	6	267	27	25	15	31	1.95
792129--792252	61	2.0	61	100	0	248	34	21	22	20	1.97
792920--793020	51	2.0	51	90	0	157	33	11	22	31	1.91
798012--798041	15	2.0	15	100	0	60	60	0	20	20	1.37
798015--798049	15	2.3	15	90	0	52	65	0	17	17	1.27
798204--798261	29	2.0	30	83	10	75	70	0	5	24	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
798327--798387	23	2.8	21	74	16	54	67	4	6	21	1.33
798714--798782	34	2.0	34	94	0	120	31	14	11	42	1.82
799378--799636	98	2.6	98	83	5	304	19	21	25	33	1.96
799378--799736	105	3.5	102	77	9	295	20	20	25	33	1.97
800440--800567	31	3.9	31	68	19	73	32	13	21	32	1.92
800346--800532	67	2.7	67	83	3	239	37	11	20	29	1.88
800489--800603	33	3.5	33	84	5	144	30	12	20	37	1.89
800645--801121	36	13.9	36	69	18	202	37	12	19	30	1.88
800773--800831	30	2.0	30	86	6	84	32	10	16	40	1.82
800786--801103	102	3.1	101	89	1	474	36	12	20	30	1.89
801982--802032	22	2.3	22	96	0	93	25	11	27	35	1.91
802670--802759	8	11.7	7	73	15	54	2	13	7	76	1.09
806433--806462	15	2.0	15	100	0	60	60	0	20	20	1.37
806436--806470	15	2.3	15	90	0	52	65	0	17	17	1.27
806565--806682	13	9.1	13	68	18	50	75	0	6	16	1.06
806594--806672	24	3.2	24	76	21	74	74	1	2	21	1.01
806616--806666	21	2.4	22	81	15	63	74	0	1	23	0.92
806603--806690	31	2.8	34	77	19	93	72	1	2	23	1.02
806606--806686	29	2.6	32	79	14	82	72	1	2	23	1.03
806618--806705	38	2.3	39	88	5	126	69	0	2	28	1.01
806753--806813	23	2.8	21	74	16	54	67	4	6	21	1.33
807141--807209	34	2.0	34	94	0	120	31	14	11	42	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
807310--807528	59	3.7	59	93	0	359	36	20	10	32	1.87
807879--808079	95	2.1	95	86	7	291	26	24	16	32	1.96
810561--810625	33	2.0	33	87	6	96	33	18	27	20	1.96
813148--813294	4	36.0	4	69	24	51	69	2	3	25	1.15
813764--813793	12	2.6	11	94	5	51	63	6	6	23	1.43
813811--813861	25	1.9	26	88	11	77	68	1	0	29	1.00
813877--813921	12	3.7	12	81	3	54	66	0	4	28	1.11
814493--814592	37	2.7	37	85	1	121	30	16	12	42	1.84
815327--816690	106	13.0	106	88	3	1973	22	18	24	34	1.96
815819--815974	43	3.4	43	67	17	118	21	18	25	34	1.96
818239--818310	18	3.6	20	75	17	62	1	13	5	79	0.98
818261--818300	9	4.3	9	90	3	62	0	12	2	85	0.71
818254--818300	18	2.5	19	86	10	69	0	12	4	82	0.80
818263--818324	21	3.0	20	77	17	63	0	16	4	79	0.90
822726--822781	29	2.0	27	82	6	67	80	3	1	14	0.93
823286--823325	12	3.6	11	87	9	55	65	5	5	25	1.34
823374--823439	20	2.9	22	78	17	64	63	0	9	27	1.24
823398--823437	20	2.0	21	95	5	73	65	0	5	30	1.14
824004--824108	37	2.8	37	86	0	147	29	15	14	40	1.86
824888--824937	20	2.5	20	87	3	75	50	32	2	16	1.56
836517--836566	20	2.5	20	87	3	75	50	32	2	16	1.56
840554--840602	20	2.5	19	93	3	80	53	32	0	14	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
844010--844051	21	2.2	18	87	12	57	45	0	4	50	1.23
846217--846286	21	3.3	21	78	4	68	61	1	4	32	1.24
846266--846303	16	2.4	16	82	4	51	63	0	5	31	1.17
846423--846531	51	2.2	51	96	3	204	55	3	11	29	1.51
846423--846496	24	3.0	24	64	16	62	58	4	13	24	1.53
846423--846499	25	3.1	25	67	10	77	58	3	12	24	1.52
847061--847136	36	2.1	37	87	7	111	28	14	14	42	1.85
847597--848117	109	4.9	105	83	6	511	21	19	25	33	1.97
848697--848855	67	2.4	67	88	4	232	34	11	22	32	1.89
848730--849205	36	13.9	36	67	18	212	36	12	21	29	1.90
848730--849187	102	4.5	102	90	1	659	36	12	21	29	1.90
850700--850761	20	3.0	21	79	9	65	1	16	6	75	1.08
850718--850770	23	2.4	22	84	6	72	0	15	5	79	0.91
853848--853907	24	2.6	24	79	12	63	65	1	5	28	1.23
853879--853916	16	2.4	16	82	4	51	63	0	5	31	1.17
854619--854694	36	2.1	37	87	7	111	28	14	14	42	1.85
863289--863463	90	2.0	89	89	3	271	45	6	9	38	1.62
870014--870191	90	2.0	90	93	0	302	46	6	11	35	1.66
871312--871358	6	8.0	6	78	4	51	51	14	2	31	1.55
877124--877173	12	4.1	12	74	23	50	14	12	8	66	1.45
884406--884445	17	2.4	17	86	0	53	35	15	10	40	1.80
884501--884546	18	2.6	18	78	0	56	32	6	10	50	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
887293--887365	30	2.4	31	86	9	96	28	24	16	30	1.96
891590--891634	17	2.9	16	83	12	58	60	0	4	35	1.17
892278--892307	13	2.3	13	94	0	51	20	16	20	43	1.88
895088--895136	3	16.0	3	95	4	89	67	0	0	32	0.91
898640--898691	13	4.0	13	89	0	77	28	23	17	30	1.97
898650--898828	95	1.9	96	81	10	224	35	20	14	30	1.92
902301--902467	90	1.9	89	96	1	307	43	6	10	39	1.66
908935--909018	23	3.6	23	85	1	114	21	23	22	32	1.98
914510--914560	20	2.5	19	84	9	57	45	7	11	35	1.70
915912--915968	29	1.9	30	86	10	82	61	12	14	12	1.57
925161--925206	22	2.1	21	84	4	56	54	2	2	41	1.25
927004--927035	12	2.7	12	95	0	55	46	0	40	12	1.42
930317--930381	33	1.9	33	84	9	87	46	1	4	47	1.32
944635--944660	3	8.7	3	100	0	52	69	0	0	30	0.89
952815--952868	2	27.0	2	100	0	108	50	0	0	50	1.00
956292--956346	20	2.8	20	77	5	67	34	30	16	18	1.93
956468--956706	20	11.9	20	79	4	203	39	21	17	20	1.93
956395--956708	20	15.7	19	73	13	108	39	21	17	20	1.92
957566--957619	24	2.2	24	93	0	90	20	18	20	40	1.91
960027--960079	20	2.7	20	90	0	79	33	18	22	24	1.97
960064--960262	33	5.8	33	75	16	149	44	17	22	15	1.86
960086--960260	53	3.3	53	94	0	305	45	17	21	15	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
960086--960260	19	9.8	19	72	20	155	45	17	21	15	1.85
960263--960384	19	6.4	19	94	0	208	15	20	16	47	1.82
960486--960522	14	2.6	14	86	0	56	48	21	0	29	1.50
963938--964078	19	7.8	19	71	17	122	45	19	23	12	1.83
963938--964061	33	3.5	33	84	7	140	44	19	24	12	1.84
964128--964199	20	3.6	19	81	5	81	13	16	19	50	1.79
964760--965035	20	13.6	20	78	7	227	18	18	23	39	1.92
964761--965035	40	6.8	40	81	6	277	18	18	23	38	1.93
964761--964951	40	4.7	41	91	1	296	18	19	24	37	1.94
964758--965096	40	8.3	41	75	11	111	20	18	23	37	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11