genome.fa.s3806.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01003806.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00008146_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1419252

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6669--6879	66	3.2	66	65	19	188	19	13	15	52	1.75
6654--6931	130	2.1	130	95	2	513	20	10	16	52	1.73
18323--18465	9	16.2	8	69	24	76	79	0	12	7	0.98
18320--18479	10	15.3	10	67	20	62	78	0	13	7	1.00
18339--18464	28	4.7	26	69	22	75	78	0	12	7	1.00
18373--18473	6	16.8	6	72	18	61	80	0	14	4	0.88
18339--18478	35	3.9	35	79	15	144	78	0	12	7	0.99
18330--18466	51	2.7	51	80	12	140	79	0	12	7	0.96
19754--20224	51	8.9	51	82	9	482	28	15	25	29	1.96
19758--20169	158	2.6	158	85	5	532	28	16	26	28	1.96
21446--21656	66	3.2	66	65	19	188	19	13	15	52	1.75
21446--21708	130	2.0	130	99	0	517	20	11	15	52	1.73
26287--26321	18	1.9	18	94	0	61	14	20	34	31	1.92
27009--27050	21	2.0	21	90	4	68	21	21	33	23	1.97
27082--27134	22	2.4	22	83	0	70	18	16	20	43	1.88
31069--31124	16	3.6	16	88	11	89	48	7	3	41	1.48
33086--33144	25	2.3	26	85	11	77	49	0	0	50	1.00
33345--33464	42	2.9	42	96	0	222	16	20	18	44	1.87
33659--33706	22	2.1	24	84	7	64	50	0	0	50	1.00
33663--33740	31	2.5	31	83	14	97	50	1	0	48	1.09
33677--33779	54	1.9	52	83	11	129	49	0	0	48	1.14
33995--34064	20	3.5	20	96	0	131	35	14	10	40	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33995--34073	40	2.0	40	89	0	122	35	15	8	40	1.78
34047--34128	15	5.5	15	85	2	103	35	17	7	40	1.77
34047--34128	30	2.8	30	88	1	121	35	17	7	40	1.77
34047--34134	45	2.0	44	90	2	140	32	17	6	43	1.75
37968--38029	29	2.1	29	84	0	79	25	25	25	22	2.00
39229--39295	27	2.5	27	90	0	107	38	13	2	44	1.59
39776--39815	21	1.9	21	89	0	62	45	2	15	37	1.59
40347--40377	11	2.8	11	95	0	53	61	0	0	38	0.96
41342--41383	21	2.0	21	85	0	57	50	0	0	50	1.00
41724--41819	30	3.3	30	73	11	74	58	1	0	40	1.05
42874--42997	62	2.0	63	88	1	187	41	8	4	44	1.57
43769--43813	23	2.0	22	83	16	56	33	0	4	62	1.15
48451--48558	15	7.6	15	66	19	61	40	1	5	51	1.36
48436--48566	42	3.1	42	98	0	253	41	2	6	50	1.40
58246--58321	32	2.3	32	82	6	91	26	14	25	34	1.94
58744--58828	32	2.6	33	82	14	104	38	25	8	27	1.84
58740--59321	121	4.8	121	80	6	586	35	24	14	25	1.93
59101--59265	65	2.7	60	80	10	188	38	21	13	26	1.90
59423--59664	85	2.9	83	85	6	328	37	21	14	26	1.92
59402--59680	85	3.3	83	82	7	323	37	20	16	25	1.93
59998--60051	3	17.7	3	88	3	81	31	3	0	64	1.11
69394--69534	73	1.9	73	86	0	201	31	19	24	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69467--69560	43	2.2	43	90	0	152	25	23	24	26	2.00
70053--70107	21	2.6	21	88	0	83	7	29	20	43	1.78
70096--70137	20	2.1	20	86	0	57	0	40	14	45	1.45
81453--81499	12	4.1	11	83	8	58	31	0	0	68	0.90
81460--81508	12	4.3	11	84	7	53	32	0	0	67	0.91
81559--81618	19	3.2	19	77	15	54	36	1	0	61	1.06
81741--81800	30	2.0	29	83	3	75	56	0	3	40	1.16
81837--81896	25	2.5	24	78	10	68	61	1	1	35	1.16
82064--82123	31	1.9	31	86	6	86	45	10	5	40	1.60
88809--88840	8	3.9	8	92	8	55	37	0	0	62	0.95
89650--89683	10	3.3	10	88	8	50	73	2	5	17	1.16
89670--89712	22	1.9	23	90	4	70	65	6	4	23	1.37
90534--90570	20	1.9	19	89	10	58	51	5	18	24	1.67
108788--108821	17	2.0	17	94	0	59	35	0	32	32	1.58
126511--126651	3	45.3	3	70	12	79	56	2	6	34	1.40
126602--126632	13	2.4	13	100	0	62	61	0	0	38	0.96
126534--126657	16	7.8	16	69	18	64	54	3	7	34	1.44
126813--127022	3	72.3	3	65	16	68	54	5	6	33	1.49
126822--126906	19	4.6	18	72	15	75	56	4	3	35	1.37
126817--126842	5	5.2	5	100	0	52	61	0	0	38	0.96
126913--126949	16	2.3	16	90	0	56	54	8	2	35	1.44
127269--127849	105	5.5	105	84	3	668	25	17	17	40	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
127269--127849	315	1.8	315	84	3	794	25	17	17	40	1.90
128404--128437	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
134099--134308	65	3.2	64	76	9	169	29	22	20	28	1.98
135414--135453	21	1.9	21	89	0	62	55	7	7	30	1.56
141652--141696	22	2.0	22	100	0	90	37	4	17	40	1.70
142069--142225	65	2.4	63	83	9	176	31	19	19	29	1.97
146113--146140	5	5.6	5	100	0	56	17	17	0	64	1.30
152515--152553	13	3.1	13	88	3	53	58	0	5	35	1.20
152796--152912	48	2.5	48	86	5	159	31	15	22	30	1.95
152833--153272	113	3.9	112	89	2	625	31	16	22	28	1.96
158421--158461	17	2.4	17	100	0	82	0	41	14	43	1.45
158421--158461	8	4.8	9	76	11	50	0	41	14	43	1.45
161630--161659	11	2.7	11	89	0	51	46	10	20	23	1.80
164678--164758	40	2.0	40	95	0	144	53	14	9	22	1.71
168872--168954	23	3.8	21	79	13	87	25	32	22	19	1.97
178361--178802	3	144.7	3	66	14	109	53	3	8	33	1.50
178400--178481	32	2.6	32	96	0	146	57	0	7	35	1.27
178452--178476	13	1.9	13	100	0	50	64	0	12	24	1.27
178444--178691	108	2.3	106	75	13	229	52	4	9	34	1.54
178706--178742	16	2.3	16	95	0	65	54	5	2	37	1.38
180986--181025	18	2.2	18	86	0	53	20	42	17	20	1.89
181016--181049	15	2.3	15	89	0	50	35	32	17	14	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
181134--181214	29	2.8	29	88	3	128	17	22	16	44	1.86
181598--181754	64	2.5	63	78	10	167	26	18	19	35	1.95
181788--181844	21	2.7	21	94	0	105	33	21	17	28	1.96
187886--187932	18	2.6	18	89	0	67	25	38	19	17	1.92
187916--187949	15	2.3	15	100	0	68	35	32	17	14	1.91
188034--188114	29	2.8	29	88	3	128	17	22	16	44	1.86
193642--193700	2	30.0	2	96	3	111	49	0	0	50	1.00
195697--195790	5	18.8	5	74	8	75	21	4	2	72	1.12
195697--195730	14	2.4	14	90	5	50	11	0	2	85	0.71
198557--198629	25	2.8	25	83	8	85	43	16	13	26	1.85
200283--200321	4	10.5	4	84	15	57	23	0	0	76	0.78
200730--200786	18	3.2	18	72	18	64	40	21	0	38	1.53
203923--203968	13	3.9	12	81	10	51	36	6	0	56	1.25
203909--203990	22	3.8	22	79	12	73	35	7	0	57	1.27
204379--204418	19	2.0	20	90	4	64	75	10	7	7	1.20
208028--208159	44	3.0	44	87	2	194	25	20	12	42	1.86
217413--217474	23	2.9	21	83	7	81	20	33	25	19	1.96
217456--217494	21	1.9	21	84	5	53	28	35	23	12	1.91
223430--223473	19	2.3	19	80	7	54	52	0	6	40	1.28
224727--224759	17	1.9	17	88	11	50	15	15	30	39	1.88
232076--232155	21	3.8	21	76	14	65	15	23	36	25	1.93
232096--232155	23	2.7	23	80	10	72	16	23	36	23	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
242294--242334	18	2.3	18	100	0	82	24	24	21	29	1.99
247228--247261	17	2.0	17	88	0	50	14	14	32	38	1.87
252865--252909	22	2.1	21	87	4	63	62	6	0	31	1.21
252970--253010	17	2.4	17	87	0	64	26	41	9	21	1.84
254351--254553	44	4.6	44	93	0	343	25	22	11	40	1.87
255127--255184	21	2.8	21	83	0	71	39	17	8	34	1.80
262192--262737	258	2.1	258	86	4	735	33	16	15	34	1.90
262769--262871	42	2.5	41	82	6	127	27	21	19	32	1.97
262518--262933	197	2.1	196	86	3	577	31	18	17	32	1.94
263212--263272	3	19.0	3	80	6	59	34	3	0	62	1.12

Tables:   1   2   3   4   5   6   7