genome.fa.s3806.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01003806.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00008146_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1419252

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
629252--629308	25	2.2	27	84	12	75	63	7	3	26	1.36
630680--630806	3	43.3	3	92	4	215	66	0	0	32	0.97
631037--631605	122	4.7	121	85	7	657	25	20	14	39	1.91
631036--631605	244	2.4	239	84	7	749	25	20	14	39	1.91
632382--632544	54	3.0	55	84	3	231	26	21	13	38	1.90
633419--633578	75	2.1	75	89	1	241	32	21	15	30	1.94
640211--640291	14	5.8	14	73	14	51	51	8	17	22	1.72
640340--640380	6	6.0	7	83	16	59	56	12	17	14	1.68
640457--640541	43	2.0	44	83	2	109	31	25	14	28	1.94
640926--640999	36	2.1	36	92	0	121	29	10	18	40	1.85
642800--642856	25	2.2	27	84	12	75	63	7	3	26	1.36
644228--644346	3	41.0	3	81	9	149	64	0	2	31	1.12
644931--644967	14	2.6	14	91	0	65	10	13	27	48	1.75
645088--645128	13	3.2	13	89	0	64	14	12	34	39	1.84
646773--646826	24	2.2	24	93	0	90	24	31	5	38	1.78
646792--646894	36	2.9	36	88	0	152	24	27	3	44	1.71
665317--665352	12	2.8	13	91	8	65	63	0	22	13	1.29
665344--665396	21	2.5	22	78	6	65	77	0	16	5	0.96
666559--667337	111	7.0	111	94	0	1249	30	22	17	29	1.97
666559--667337	220	3.5	222	93	1	1267	30	22	17	29	1.97
666554--667337	331	2.4	330	91	2	1248	30	22	17	29	1.97
668873--668900	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
670951--671424	182	2.6	181	87	2	648	43	13	16	26	1.86
671345--671391	20	2.4	19	82	10	67	53	10	17	19	1.72
671354--671396	20	2.3	19	88	11	63	51	11	16	20	1.75
673612--673655	21	2.1	21	91	0	70	40	11	31	15	1.83
673689--673754	33	2.0	33	90	0	105	28	0	48	22	1.51
675545--675593	19	2.6	19	93	0	80	30	2	10	57	1.43
675712--676883	199	5.9	200	97	0	2201	36	14	17	31	1.91
678347--678440	6	15.7	6	79	0	71	37	7	34	21	1.81
678347--678433	12	7.2	12	85	0	93	36	8	33	21	1.83
678347--678428	36	2.3	36	91	0	128	37	8	32	20	1.83
678364--678444	9	9.0	9	75	5	74	35	6	34	23	1.80
679636--679669	16	2.1	16	94	0	59	47	5	20	26	1.73
680031--680094	23	2.8	23	87	0	92	35	6	21	35	1.79
680031--680103	23	3.2	23	82	7	85	34	5	21	38	1.77
680483--681158	183	3.7	183	98	0	1257	34	15	17	32	1.91
683569--683638	25	2.8	25	97	0	131	40	11	11	37	1.77
683985--684034	23	2.2	23	88	0	73	34	4	24	38	1.74
684393--684465	23	3.2	23	84	0	92	35	4	20	39	1.72
684823--684895	23	3.2	23	86	0	92	35	4	20	39	1.72
683985--685492	431	3.5	430	97	0	2809	39	7	12	40	1.72
685254--685326	23	3.2	23	92	0	110	34	4	23	38	1.74
683782--685492	861	2.0	839	94	3	3007	40	7	12	39	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
685802--685849	23	2.1	23	84	0	60	31	14	14	39	1.86
686570--686604	3	11.7	3	100	0	70	65	0	0	34	0.93
686627--686676	20	2.4	21	80	10	57	46	4	6	44	1.47
690219--690316	50	2.0	49	84	9	128	16	26	32	24	1.96
690548--690613	16	4.1	16	75	11	55	33	0	1	65	1.02
690541--690610	24	3.0	23	78	17	74	30	0	1	68	0.98
690564--690612	18	2.8	18	74	17	50	32	0	2	65	1.04
690563--690619	26	2.1	27	83	3	71	28	0	1	70	0.98
692975--693055	38	2.3	31	75	24	81	25	9	9	54	1.64
699235--699260	4	6.5	4	100	0	52	76	0	0	23	0.78
703962--704091	66	2.0	66	87	0	188	37	21	20	20	1.94
704152--704186	12	2.9	12	86	0	52	51	17	22	8	1.72
707279--707319	21	2.0	20	86	9	57	31	24	19	24	1.98
707283--707327	21	2.1	21	84	8	56	28	28	20	22	1.98
723418--723543	38	3.3	38	75	4	108	42	10	14	33	1.79
736801--736829	4	7.2	4	100	0	58	51	0	0	48	1.00
738500--738539	19	2.1	19	100	0	80	20	22	32	25	1.98
741915--742042	48	2.8	45	77	12	141	28	22	7	41	1.80
745401--745483	33	2.5	33	86	11	107	3	20	3	72	1.15
745440--745469	12	2.5	12	100	0	60	0	23	6	70	1.11
745388--745509	48	2.5	47	79	12	115	3	19	4	72	1.14
745471--745513	15	2.9	15	96	0	77	0	16	4	79	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
745401--745503	35	3.0	33	81	9	111	2	18	4	73	1.13
746603--746637	6	5.8	6	96	0	61	28	34	20	17	1.95
748132--748252	47	2.6	44	76	16	127	30	21	7	40	1.81
761858--761893	18	2.1	18	94	5	65	61	0	0	38	0.96
762234--762604	132	2.8	130	81	3	440	40	15	11	31	1.84
763457--763509	23	2.4	21	80	17	63	73	0	3	22	0.99
763521--763586	6	10.5	6	76	20	64	77	0	1	21	0.85
763524--763585	3	20.7	3	76	12	56	75	0	1	22	0.88
763470--763592	18	6.6	18	74	18	74	74	0	3	21	0.95
763488--763592	31	3.6	28	78	18	83	75	0	2	21	0.94
763523--763589	13	5.5	13	81	16	72	76	0	1	22	0.87
763521--763601	28	3.0	26	80	10	83	76	1	2	19	0.97
765764--765970	106	2.0	106	89	0	315	23	19	23	33	1.97
766305--766375	36	2.0	36	88	0	106	39	14	21	25	1.90
766384--766512	36	3.5	36	67	4	87	37	14	17	29	1.90
766383--766541	72	2.1	75	85	6	218	38	14	17	28	1.89
766893--766928	18	2.0	18	94	0	63	41	33	8	16	1.78
767988--768042	19	2.8	20	79	15	62	0	14	5	80	0.89
767996--768048	7	7.3	7	76	16	54	0	15	3	81	0.83
767987--768048	24	2.6	23	82	7	70	0	14	4	80	0.87
769211--769272	21	2.9	19	79	16	52	53	8	19	19	1.69
771076--771140	23	2.9	23	73	15	64	72	0	7	20	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
771091--771210	24	5.2	24	69	19	69	71	0	4	23	1.08
771137--771192	3	18.7	3	84	14	71	71	0	1	26	0.96
771082--771238	21	7.1	21	66	19	61	72	1	5	20	1.12
771137--771196	31	2.0	30	93	3	102	71	0	1	26	0.95
783746--783886	69	2.0	69	95	0	255	21	14	18	45	1.85
792642--792687	22	2.1	22	88	8	67	63	8	13	15	1.52
795868--795953	23	3.7	23	92	0	136	25	18	25	30	1.98
798521--799804	6	221.3	6	84	13	1743	32	0	16	50	1.48
800809--801186	186	2.0	189	96	3	699	32	5	25	37	1.78
801549--801588	3	14.3	3	85	15	59	32	0	0	67	0.91
801549--801588	20	2.1	19	90	4	62	32	0	0	67	0.91
801549--801590	8	5.1	8	86	11	50	30	0	0	69	0.89
802226--802345	25	4.8	25	69	13	75	20	4	2	73	1.12
802259--802314	14	3.9	14	80	17	62	17	5	1	75	1.09
802253--802311	30	2.0	29	90	6	91	18	5	1	74	1.09
802805--802830	6	4.3	6	100	0	52	50	0	0	50	1.00
805743--805801	2	30.5	2	86	13	88	49	0	1	49	1.11
805743--805801	19	3.4	18	88	11	88	49	0	1	49	1.11
805743--805801	21	3.0	20	88	11	88	49	0	1	49	1.11
805747--805809	8	7.6	8	84	12	56	47	1	3	47	1.27
805743--805801	23	2.8	20	83	16	84	49	0	1	49	1.11
806028--806076	19	2.6	19	93	0	80	44	0	30	24	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
809968--810089	43	2.8	43	83	2	147	32	30	13	22	1.93
810222--810560	124	2.7	123	87	0	462	31	25	17	24	1.97
810570--810859	84	3.5	83	84	1	346	34	22	17	25	1.96
810581--810907	84	3.9	84	82	1	262	33	23	17	24	1.96
811287--811336	20	2.5	19	76	17	57	32	0	0	68	0.90
811293--811336	12	3.8	11	81	18	54	31	0	0	68	0.90
811287--811338	21	2.6	21	77	22	58	30	0	0	69	0.89
811977--812050	6	11.7	6	74	16	53	21	2	1	74	1.02
811991--812060	13	5.4	14	75	25	66	24	2	0	72	0.98
811977--812054	27	2.9	27	81	12	97	23	2	1	73	1.03

Tables:   1   2   3   4   5   6   7