genome.fa.s4693.2.7.7.80.10.50.1000.10.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01004693.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00010533_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2620943

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2013779--2013875	32	3.0	32	79	14	110	40	17	12	29	1.86
2013795--2013875	32	2.5	34	86	10	123	37	17	12	33	1.87
2015518--2015562	2	22.5	2	95	0	81	51	0	0	48	1.00
2015617--2015690	16	4.5	16	70	20	55	27	0	4	68	1.07
2015634--2015671	19	2.0	19	90	10	60	18	0	2	78	0.86
2015855--2015887	7	4.9	7	92	7	59	15	9	0	75	1.03
2015855--2015887	13	2.4	14	95	5	59	15	9	0	75	1.03
2015925--2015966	23	1.9	23	85	9	61	11	14	2	71	1.24
2021544--2021641	31	3.2	31	78	5	103	45	4	6	43	1.47
2028180--2028235	13	4.2	14	77	11	55	64	1	0	33	1.04
2028195--2028241	23	2.0	23	88	8	69	68	4	0	27	1.08
2028479--2029208	113	6.5	113	87	3	1087	28	20	14	36	1.92
2028480--2029206	338	2.1	339	90	3	1124	28	20	14	36	1.92
2029232--2029481	76	3.3	75	92	3	403	32	22	20	25	1.98
2030427--2030501	22	3.4	22	90	0	123	40	12	13	34	1.81
2032836--2032898	31	2.0	31	90	0	99	30	15	20	33	1.94
2033079--2033295	114	1.9	114	93	0	371	30	21	15	32	1.95
2035583--2035653	11	6.6	10	78	15	63	2	15	1	80	0.90
2035589--2035639	20	2.4	22	81	15	54	3	11	1	82	0.89
2035577--2035645	14	5.0	14	82	8	61	2	15	1	79	0.92
2035945--2035985	2	20.5	2	100	0	82	51	0	0	48	1.00
2037721--2037762	7	6.0	7	78	10	50	54	14	16	14	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2040134--2040170	18	2.1	18	90	10	58	40	0	0	59	0.97
2041419--2041471	3	19.0	3	77	14	51	64	1	0	33	1.05
2041419--2041472	19	2.8	19	83	5	65	64	1	0	33	1.04
2041397--2041471	22	3.4	21	78	10	62	60	1	0	38	1.06
2042049--2042140	3	31.7	3	93	6	163	67	0	32	0	0.91
2049129--2049176	21	2.3	21	85	7	62	25	8	52	14	1.69
2050501--2050556	20	2.8	19	81	7	58	23	33	14	28	1.94
2054272--2054311	21	1.9	21	85	10	55	62	0	12	25	1.30
2058512--2058603	44	2.1	44	82	11	111	42	1	22	33	1.61
2061959--2062000	21	2.0	21	86	9	59	59	0	14	26	1.35
2065454--2065500	3	15.7	3	95	0	85	65	0	31	2	1.04
2068992--2069039	21	2.3	21	85	7	62	25	8	52	14	1.69
2071621--2071735	3	39.7	3	89	10	186	66	0	33	0	0.92
2075226--2075273	21	2.3	21	85	7	62	25	8	52	14	1.69
2080207--2080256	20	2.6	19	84	9	57	54	2	12	32	1.49
2081782--2081837	20	2.8	19	81	7	58	23	33	14	28	1.94
2085134--2085199	30	2.2	30	84	10	82	65	0	10	24	1.24
2089396--2089487	44	2.1	44	82	11	111	42	1	22	33	1.61
2092841--2092882	21	2.0	21	86	9	59	59	0	14	26	1.35
2093641--2093667	14	1.9	14	100	0	54	51	3	0	44	1.19
2096010--2096057	21	2.3	21	88	0	69	25	8	54	12	1.65
2097443--2098292	424	2.0	422	94	2	1488	23	10	16	49	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2098445--2098538	32	3.0	32	84	1	109	41	6	6	45	1.55
2098848--2098893	23	2.0	23	86	0	65	45	10	2	41	1.51
2103150--2103196	21	2.2	21	85	7	60	25	8	51	14	1.71
2109659--2109692	16	2.1	16	89	10	52	50	0	0	50	1.00
2110184--2110226	16	2.8	15	82	6	59	74	2	0	23	0.93
2112071--2112115	20	2.3	20	80	3	56	46	4	2	46	1.35
2114375--2114415	6	6.8	6	100	0	82	65	17	0	17	1.27
2114459--2114508	18	2.7	19	84	9	59	10	20	4	66	1.38
2114702--2114787	40	2.2	40	85	4	113	34	13	16	34	1.88
2114798--2114849	24	2.1	26	89	7	81	15	13	17	53	1.72
2115100--2115165	23	2.8	23	81	6	80	6	9	24	60	1.49
2119085--2119131	21	2.2	21	88	0	67	17	51	6	25	1.69
2122935--2122982	21	2.3	21	85	0	60	27	8	52	12	1.67
2140282--2140329	22	2.2	21	85	3	60	25	8	54	12	1.65
2150087--2150124	20	1.9	20	94	0	67	39	15	10	34	1.82
2151946--2151985	21	2.0	20	90	5	62	35	5	5	55	1.44
2154448--2154487	20	1.9	20	85	10	53	30	0	2	67	1.04
2154739--2154781	17	2.4	16	82	17	50	9	16	0	74	1.06
2160026--2160171	35	4.2	35	77	12	156	26	19	11	43	1.85
2160122--2160355	63	3.6	63	73	15	217	28	20	11	40	1.86
2160193--2160469	35	8.1	35	72	14	148	27	20	11	40	1.87
2160103--2160432	133	2.5	135	86	5	474	26	20	11	41	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2160327--2160466	36	3.9	35	79	4	147	25	21	11	42	1.86
2160330--2160469	37	3.9	36	81	3	149	25	20	12	42	1.87
2162565--2162617	16	3.2	16	84	10	54	15	13	0	71	1.14
2162565--2162597	15	2.2	15	89	10	50	12	15	0	72	1.12
2162583--2162617	18	1.9	18	88	0	52	17	11	0	71	1.14
2162603--2162674	34	2.2	33	82	12	85	12	15	2	69	1.30
2165194--2165234	21	2.0	21	85	0	55	26	9	48	14	1.75
2166017--2166045	15	1.9	15	100	0	58	20	20	10	48	1.79
2166017--2166051	15	2.3	15	90	0	52	17	22	8	51	1.72
2178199--2178247	21	2.2	24	85	10	68	38	0	2	59	1.09
2179639--2179678	20	2.0	20	90	9	64	70	0	30	0	0.88
2182948--2182984	18	2.1	18	94	0	65	18	35	24	21	1.96
2183353--2183392	21	2.0	21	85	5	55	22	10	32	35	1.87
2183486--2183555	36	2.0	36	91	2	115	27	18	15	38	1.91
2189865--2190088	36	6.3	36	89	2	337	18	25	23	32	1.97
2189865--2190088	71	3.1	70	88	5	326	18	25	23	32	1.97
2189864--2190088	107	2.1	106	90	3	353	18	25	23	32	1.97
2198280--2198352	27	2.7	27	95	2	130	24	4	26	45	1.71
2205539--2205578	21	1.9	21	84	0	53	25	37	27	10	1.88
2207824--2207878	24	2.3	24	87	0	74	34	3	14	47	1.62
2214348--2214401	3	19.0	3	92	7	87	68	0	31	0	0.90
2217298--2217325	13	2.2	13	100	0	56	42	0	0	57	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2220342--2220387	2	23.0	2	90	0	74	45	0	4	50	1.21
2221544--2221602	22	2.7	22	92	2	93	23	18	33	23	1.97
2232218--2232260	22	2.0	22	85	0	59	39	27	11	20	1.88
2232396--2232437	23	1.9	22	85	9	59	40	2	4	52	1.35
2232976--2233020	20	2.3	20	80	3	56	48	2	2	46	1.26
2246609--2246646	20	1.9	20	100	0	76	31	21	21	26	1.98
2246850--2246926	22	3.5	22	89	1	111	29	11	27	31	1.92
2258033--2258873	98	8.6	99	82	6	999	35	24	20	19	1.96
2258131--2258865	189	3.9	189	93	1	1202	34	24	20	19	1.96
2260055--2260092	12	2.8	14	80	19	53	23	0	2	73	0.95
2263918--2264032	60	2.0	59	83	9	150	39	11	12	37	1.79
2264056--2264105	25	1.9	26	88	8	75	58	22	10	10	1.60
2266856--2266889	17	2.0	17	88	0	50	38	8	2	50	1.49
2269237--2269276	20	2.0	20	90	0	62	20	10	25	45	1.81
2277122--2277164	18	2.4	18	92	0	68	72	0	6	20	1.08
2277906--2277954	22	2.3	22	86	10	66	53	12	6	28	1.62
2278089--2278131	22	1.9	23	90	4	70	25	23	18	32	1.97
2285194--2285266	23	3.2	23	86	0	101	36	20	5	36	1.76
2285628--2285677	23	2.2	23	92	0	82	38	22	6	34	1.78
2286042--2286091	23	2.2	23	92	0	82	38	22	6	34	1.78
2285226--2286352	414	2.7	414	96	1	2077	38	10	7	43	1.68
2288883--2289825	183	5.2	183	97	0	1762	33	16	14	34	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2288883--2289825	365	2.6	366	97	0	1755	33	16	14	34	1.90
2291021--2291119	6	16.5	6	83	0	99	23	33	6	37	1.79
2291021--2291136	12	9.7	12	87	0	124	22	32	6	37	1.81
2291021--2291136	24	4.8	24	86	0	142	22	32	6	37	1.81
2291025--2291136	6	18.7	6	82	0	98	21	33	7	38	1.81
2292613--2293396	200	3.9	200	95	0	1415	30	17	15	36	1.91
2292613--2293396	401	2.0	400	95	0	1415	30	17	15	36	1.91
2295324--2295389	33	2.0	33	87	0	96	24	45	0	30	1.53
2295423--2295463	21	2.0	21	90	0	64	19	26	12	41	1.87
2295552--2295591	15	2.7	15	96	0	71	12	55	12	20	1.69

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12